Los biomateriales entran en contacto directo o indirecto con los tejidos humanos, por lo que es importante evaluar su citotoxicidad. Esta evaluación puede realizarse por varios métodos, pero existe una alta discrepancia entre los enfoques utilizados, comprometiendo la reproducibilidad y la comparación entre los resultados obtenidos. En este trabajo, proponemos un protocolo para evaluar la citotoxicidad de los biomateriales utilizando extractos solubles, que utilizamos para biomateriales dentales. Se detalla la preparación de los extractos, desde la producción de pellets hasta su extracción en un medio de cultivo. La evaluación de la citotoxicidad de los biomateriales se basa en la actividad metabólica mediante el ensayo MTT, la viabilidad celular mediante el ensayo de sulforodamina B (SBR), el perfil de muerte celular mediante citometría de flujo y la morfología celular mediante May-Grünwald Giemsa. Además de la evaluación de citotoxicidad, se describe un protocolo para evaluar la función celular basado en la expresión de marcadores específicos evaluados por inmunocitoquímica y PCR. Este protocolo proporciona una guía completa para la evaluación de la citotoxicidad de los biomateriales y los efectos celulares, utilizando la metodología de extractos, de una manera reproducible y robusta.