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La capacidad de alto rendimiento de la secuenciación de ácidos nucleicos a través de enfoques de secuenciación de próxima generación ha avanzado enormemente el conocimiento de los investigadores de biología molecular y celular. Estas técnicas avanzadas incluyen la secuenciación de ARN del transcriptoma completo, la secuenciación del ADN de regiones específicas para identificar polimorfismos de nucleótido único (SNP), la secuenciación del ADN de factores de transcripción unidos en la secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP) o regiones de cromatina abierta en el ensayo para la secuenciación de cromatina accesible por transposasa (ATAC) y la secuenciación de ARN unicelular1 . En biología vascular, estos avances han permitido a los investigadores dilucidar mecanismos complicados de desarrollo y enfermedad, junto con la distinción de patrones de expresión génica a lo largo de un continuo de fenotipos variables 2,3. Los experimentos futuros pueden definir aún más mecanismos complejos combinando la secuenciación de próxima generación con modelos evaluados de desarrollo vascular, pero los métodos para la preparación de muestras deben ser compatibles con las técnicas avanzadas de secuenciación.
La calidad, precisión y reproducibilidad de los enfoques de secuenciación de próxima generación dependen del método de preparación de la muestra. Al aislar un subconjunto de células o generar suspensiones unicelulares a partir de tejidos, los métodos óptimos de digestión y purificación son esenciales para maximizar el número celular, la viabilidad y la pureza de la población celular 4,5. Esto requiere un equilibrio en el método de digestión: la digestión fuerte es necesaria para liberar células del tejido y obtener suficientes células para los enfoques posteriores, pero la viabilidad celular se verá afectada negativamente si la digestión es demasiado fuerte 6,7. Además, la pureza de la población celular es necesaria para obtener resultados sólidos y un análisis preciso de los datos, que se puede lograr a través de FACS. Esto resalta la importancia de optimizar los métodos de aislamiento celular para aplicar la secuenciación de próxima generación a modelos establecidos de desarrollo vascular.
Un modelo bien caracterizado para investigar el desarrollo vascular es el modelo murino de desarrollo vascular retiniano. La vasculatura retiniana murina se desarrolla postnatalmente en un plexo superficial bidimensional, con brotación angiogénica inicial del nervio óptico visible en el día postnatal (P)3, frente angiogénico con células del tallo y de la punta y maduración inicial del vaso visible en P6, y maduración del plexo vascular visible después de P9 8,9. Durante la remodelación del plexo vascular inicial, las células endoteliales se especifican hacia fenotipos arteriales, capilares y venosos en diferentes vasos para generar una red circulatoria10,11. Por lo tanto, este método permite a los investigadores visualizar la formación del plexo vascular angiogénico y la especificación y maduración arterial-venosa endotelial en varios puntos de tiempo durante el desarrollo9. Además, este modelo proporciona un método para investigar los efectos de la manipulación transgénica sobre la angiogénesis y el desarrollo del plexo vascular, que se ha aplicado para la investigación del desarrollo vascular, malformaciones arteriales-venosas y neovascularización inducida por oxígeno 12,13,14,15,16 . Para combinar los enfoques de secuenciación de próxima generación con el modelo de desarrollo vascular retiniano murino, es necesario un protocolo optimizado para el aislamiento de las células endoteliales del tejido retiniano.
Este protocolo describe un método optimizado para digerir el tejido retiniano de ratones en P6 para maximizar el rendimiento celular, la pureza y la viabilidad. El tejido retiniano se aísla de ratones P6, se digiere durante 20 minutos, se inmunotiñe para CD31 y CD45 y se purifica a través de FACS para aislar una suspensión unicelular de células endoteliales en aproximadamente 2,5 h (Figura 1A). Se encontró que estas células endoteliales mantienen una alta viabilidad durante 60 minutos después del aislamiento17, lo que permite la preparación de la biblioteca para los métodos de secuenciación de próxima generación. Además, se proporcionan resultados representativos para la activación del sistema de control de control de calidad y el sistema de control de calidad de dos métodos separados de secuenciación de próxima generación que utilizan este protocolo de aislamiento: secuenciación de ARN del transcriptoma completo y secuenciación de ARN unicelular. Este método permite que los enfoques de secuenciación de próxima generación se utilicen junto con el modelo de vascularización retiniana para dilucidar nuevos mecanismos de desarrollo vascular.