La proteómica lagrimal ha recibido atención para explorar biomarcadores potenciales para enfermedades y afecciones oculares 1,2,3,4,5,6, para acceder a la patogénesis de la afección ocular y sistémica, así como para explotar la ventaja de la recolección no invasiva de muestras lagrimales utilizando tiras de Schirmer. El avance tecnológico de la espectrometría de masas de próxima generación ha permitido la cuantificación de proteínas en lágrimas a escala de microlitros con una exactitud y precisión que no eran posibles en el pasado. Los métodos de preparación de muestras aún no están estandarizados. Un flujo de trabajo de preparación de muestras robusto y estandarizado es esencial para el éxito de la aplicación clínica en la investigación de biomarcadores de proteínas lagrimales. El flujo de trabajo de preparación de muestras con trampeo en suspensión (S-Trap) se ha descrito recientemente como un método de preparación de muestras eficaz y sensible para un amplio análisis proteómico posterior 7,8. Sin embargo, esta estrategia no ha sido bien reportada en el análisis del proteoma lagrimal humano, superó a la preparación de muestras asistida por filtro (FASP) y a la digestión en solución en términos de eficiencia de digestión enzimática y el mayor número de identificación de proteínas por análisis de espectrometría de masas9. El enfoque basado en S-Trap se demostró en la preparación de tejido retiniano 10, tejido fijado en formol e incluido en parafina (FFPE)11, células 12, microorganismos 13 y biopsias líquidas14,15.
Este protocolo describe un flujo de trabajo cuantitativo integrado desde muestras clínicas hasta proteínas digeridas enzimáticamente para el descubrimiento de un panel de biomarcadores de proteínas lagrimales no invasivo con una estrategia técnica rápida, reproducible y robusta. Brevemente, el líquido lagrimal se recolectó con una tira Schirmer estándar y se secó inmediatamente con un calentador de marco oftálmico para evitar la autólisis de proteínas a temperatura ambiente. Las proteínas totales incluidas se extrajeron utilizando un tampón de lisis de dodecil sulfato de sodio (SDS) al 5% de acuerdo con la sugerencia del fabricante, seguido de la medición del ensayo de proteínas. A continuación, el lisado extraído se sometió a una reducción estándar con ditiotreitol (DTT) y alquilación con yodoacetamida (IAA).
Después de la acidificación con ácido fosfórico, se añadió a las proteínas agregadas un tampón de precipitación de proteínas de la columna que atrapa la suspensión que contenía un 90% de metanol y 100 mM de bicarbonato de trietilamonio (TEAB). A continuación, la muestra se transfirió a una nueva microcolumna de captura de suspensión. Digestión enzimática con tripsina de grado secuencial en una proporción de 1:25 (p/p, tripsina: proteína) a 47 °C durante 1 h. A continuación, los péptidos resultantes se eluyeron mediante centrifugación, secuencialmente con 50 mM de TEAB, ácido fórmico acuoso (AG) al 0,2% y acetonitrilo (ACN) al 50% que contenía un 0,2% de AG. Los péptidos eluidos se secaron al vacío y se reconstituyeron en AG al 0,1 %. La concentración peptídica se midió y se ajustó a 0,5 μg/μL para el análisis por espectrometría de masas.