Las células T son un componente clave del sistema inmunitario adaptativo, ya que poseen capacidad citolítica directa, la capacidad de modular la respuesta inmunitaria mediante la producción de citocinas, la concesión de licencias de células B y células dendríticas, y el establecimientode la memoria inmunológica. Desempeñan un papel fundamental en el desarrollo inmunitario, la homeostasis y la vigilancia, la protección contra patógenos y la prevención y defensa contra el cáncer, así como en la alergia y la autoinmunidad. Las células T poseen una diversidad masiva de receptores de células T (TCR) que se generan a través de la recombinación de V(D)J, lo que permite a las células T reconocer una amplia gama de antígenos y montar respuestas inmunitarias efectivas contra varios patógenos 1,2. Las células T se pueden clasificar generalmente en dos categorías, las células T CD4, también conocidas como células T auxiliares, que ayudan principalmente a otras células inmunitarias, como las células B, a coordinar la respuesta inmunitaria, y las células T CD8, o células T citotóxicas, que matan directamente a las células infectadas o cancerosas mediante el reconocimiento de antígenos específicos presentados en sussuperficies.
El desarrollo de receptores de antígenos quiméricos (CAR) ha llevado a un aumento masivo en el interés en la ingeniería del genoma de las células T para inmunoterapias. Los CAR son proteínas diseñadas que fusionan los dominios de unión a antígenos derivados de anticuerpos con los dominios de señalización de las células T, lo que permite a las células T identificar y dirigirse a las células que expresan el epítopo específico reconocido por la porción de anticuerpos del CAR3. Estos receptores se han utilizado para una variedad de inmunoterapias, incluidas las enfermedades infecciosas y la autoinmunidad, pero la tecnología es más avanzada para las inmunoterapias contra el cáncer.
Las células CAR-T han sido extremadamente exitosas en el tratamiento de leucemias y linfomas, pero han mostrado una eficacia limitada para el tratamiento de tumores sólidos 4,5. Esto ha llevado a una ola de nuevos desarrollos que buscan mejorar la efectividad de las células CAR-T para las indicaciones de tumores sólidos. Se han desarrollado múltiples enfoques, incluyendo el blindaje de citocinas, la eliminación de genes de punto de control, receptores negativos dominantes, receptores de quimiocinas, la expresión de múltiples CAR en una célula, la modificación del CAR para mejorar la señalización intracelular y la integración en loci predeterminados, por ejemplo, el locus TRAC, para explotar los mecanismos reguladores del huésped para evitar el agotamiento 6,7,8. Muchos de estos enfoques requieren una carga genética más grande y/o una integración específica del sitio. Los enfoques alternativos también incluyen el uso de TCRs transgénicos para permitir que las células T se dirijan a los neoantígenos intracelulares 9,10. Sin embargo, esto tiene el inconveniente significativo de requerir que el TCR tenga especificidad tanto para el epítopo del neoantígeno como para la molécula HLA, lo que restringe el uso del producto terapéutico eventual a pacientes que expresan el HLA afín. Además, muchos tumores alteran o reducen la expresión de HLA en respuesta a la inmunoterapia, lo que reduce en gran medida la efectividad de las células T que expresan TCRs transgénicos11.
La mayoría de las terapias de células CAR-T o TCR-T en ensayos clínicos se fabrican utilizando vectores retrovirales, como lentivirus o gammaretrovirus, logrando una alta frecuencia de integración con carga de tamaño moderado. Sin embargo, los vectores virales sufren largos plazos de fabricación debido a los requisitos actuales de buenas prácticas de fabricación (cGMP) y a los perfiles de integración inespecíficos que crean un riesgo de mutagénesis insercional12,13. Además, puede ser difícil producir retrovirus transgénicos a títulos altos si la carga supera los 5 kb14. Otros vectores, como los derivados de virus adenoasociados recombinantes (rAAV), no se integran de forma natural, pero pueden transportar la plantilla del donante de ADN al núcleo y pueden utilizarse en combinación con CRISPR/Cas9 para facilitar la ingeniería genómica tradicional mediada por la recombinación dirigida por homología (HDR). Sin embargo, estos virus también tienen flujos de trabajo de producción largos y complicados y están limitados por el tamaño de la carga (<4,7 kb) y la necesidad de incluir brazos de homología largos (500-1000 pb)15,16,17,18.
Se ha descrito ingeniería genómica no viral utilizando transposones o una combinación de nucleasas dirigidas y una plantilla de donante de ADN en linfocitos humanos primarios 8,19,20. Sin embargo, estos enfoques están limitados por la respuesta tóxica a las moléculas de ADN desnudas en el citoplasma tras el reconocimiento por parte de los sensores de ADN citoplasmático expresados en los linfocitos21. Se han realizado intentos de utilizar inhibidores de moléculas pequeñas de estas vías de detección de ADN durante la transfección, pero la redundancia de estas vías puede complicar su uso en los protocolos cGMP22. En particular, los vectores de transposones, como la Bella Durmiente, PiggyBac y Tc Buster, permiten la integración de grandes cargas genéticas con altas eficiencias, pero tienen un perfil de integración inespecífico23,24. La integración de transgenes no virales dirigidos utilizando plantillas de ADN plásmido, lineal o monocatenario en combinación con una nucleasa dirigida para HDR es una alternativa atractiva, pero se ha visto limitada por la escasa eficiencia, especialmente con cargas genéticas cada vez más grandes, con menos del 10% de eficiencia reportada cuando se utiliza carga de más de 1,5 kb 8,19.
Aquí, presentamos el protocolo paso a paso para la inserción no viral de unión de extremos mediada por homología (HMEJ) de grandes cargas útiles de ADN en células T humanas primarias, como se describe en Webber, Johnson et al.25. HMEJ utiliza brazos de homología cortos de 48 pb flanqueados por sitios objetivo de ARNg Cas9 para permitir la integración dirigida de alta eficacia de grandes cargas de ADN en comparación con el HDR tradicional. Un método para reducir la citotoxicidad del ADN plasmídico en las células T primarias es emplear plásmidos con esqueletos minimizados, como minicírculos o nanoplásmidos25. Los minicírculos son vectores plásmidos miniaturizados producidos por escisión del origen de la replicación y el gen de resistencia a antibióticos mediante recombinación después de la amplificación del plásmido; se ha demostrado que mejoran la ingeniería no viral de las células T y reducen la toxicidad celular 23,24. Los nanoplásmidos también tienen un tamaño total reducido logrado mediante el uso de un origen mínimo de replicación y un marcador de selección no tradicional26. En nuestra experiencia, las plataformas vectoriales de minicírculos y nanoplásmidos ofrecen una mejora comparable en eficiencia y menor toxicidad en comparación con los plásmidos tradicionales25.
Aquí, presentamos un protocolo detallado que sinergiza la optimización temporal de la entrega de reactivos y la composición de reactivos, así como el uso de HMEJ y CRISPR/Cas9 para lograr una ingeniería genómica específica de sitio y alta eficacia de células T humanas primarias con plantillas de ADN multicistrónicas grandes (>6.3 kb) para su uso en inmunoterapias y una variedad de otras aplicaciones25. Logramos una mayor integración con los brazos de homología HMEJ y 48 pb que con los brazos de homología tradicionales utilizando brazos de homología de 1 kb, particularmente con cargas genéticas >1,5 kb25,27. Es importante destacar que las células T diseñadas a través de la reparación de HMEJ conservan una excelente expansión celular, citotoxicidad y producción de citocinas, al tiempo que conservan un fenotipo25 no agotado. Este protocolo es fácilmente adaptable a los estándares cGMP y es escalable a números celulares clínicamente relevantes, lo que permite una transición rápida para su uso futuro en una variedad de ensayos clínicos25.