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Las mitocondrias son orgánulos altamente dinámicos que son vitales para la supervivencia de cualquier animal, que experimentan eventos regulares de fisión y fusión en respuesta a las necesidades o tensiones del huésped, lo que lleva a la remodelación constante de la red mitocondrial. Debido a esto, poder evaluar la red mitocondrial en tres dimensiones, así como a lo largo del tiempo, ofrece un beneficio para comprender cómo responde el sistema a factores como el estrés o la intervención farmacéutica. Las imágenes de fluorescencia de las redes mitocondriales de las células permiten visualizar y monitorear estos cambios. Sin embargo, la red mitocondrial a menudo se describe como una estructura bidimensional y estática que se define por métricas no estandarizadas. Por lo tanto, nos propusimos describir una tubería que permite al usuario preparar sus imágenes para el localizador de eventos mitocondriales (MEL), una herramienta de complemento de ImageJ que detecta eventos de fisión y fusión en la red mitocondrial a lo largo del tiempo y de manera tridimensional, ofreciendo así información sobre los cambios dinámicos que sufre esta red. Además, describimos los beneficios de comprender la fisión y la fusión a la luz de los cambios en el recuento mitocondrial y los cambios morfológicos.