El flujo de trabajo general de este estudio se ilustra en la Figura 1, que describe los pasos secuenciales de búsqueda bibliográfica, análisis bibliométrico, identificación de genes compartidos, construcción de la red de interacción proteína-proteína y análisis de enriquecimiento de vías.
Estrategia de búsqueda bibliográfica
La búsqueda bibliográfica se realizó el 22 de junio de 2025 en la base de datos19 de la Colección Central de Web of Science (WOS). La búsqueda se limitó al Science Citation Index Expanded (SCI-Expanded) y al Social Sciences Citation Index (SSCI), que cubren publicaciones desde el 1 de enero de 2015 hasta el 31 de diciembre de 2024. Los términos específicos de búsqueda y el número correspondiente de resultados se proporcionan en la Tabla 1. Tras la búsqueda inicial, se excluyeron tipos de documentos como resúmenes de reuniones, ponencias de congresos, materiales editoriales, capítulos de libros y publicaciones retractadas. Posteriormente, solo se conservaron los registros en inglés y de los tipos "Artículo" o "Artículo de Revisión" para un análisis posterior.
Análisis bibliométrico
El análisis y visualización bibliométricos requieren el soporte de herramientas de software específicas, cuyos detalles se proporcionan en la Tabla de Materiales. Este estudio tiene como objetivo construir un mapa de conocimiento del campo de investigación interdisciplinar que conecta la miositis y la artritis reumatoide. El ámbito analítico abarca el análisis de tendencias de publicación durante la última década, patrones de colaboración internacional y redes colaborativas, influencia académica entre instituciones/revistas/autores, palabras clave clave que reflejan puntos críticos de investigación y análisis de redes de citas.
Los datos de recuento anual de publicaciones se exportaron primero desde la base de datos Web of Science y se utilizaron para generar gráficos estadísticos que ilustraban las tendencias de publicación. Los datos de la literatura recuperados se importaron luego al software VOSviewer para su análisis: dentro del módulo "Coautoría", se seleccionaron secuencialmente las opciones para "Autores", "Organizaciones" y "Países" para generar redes de colaboración con autores, redes institucionales y redes de colaboración por países, respectivamente; dentro del módulo "Citación", se seleccionó la opción "Fuentes" para crear redes de colaboración con revistas; dentro del módulo "Co-citación", se eligieron "Fuentes Citadas" y "Autores Citados" para obtener redes de colaboración entre revistas citadas y redes de colaboración con autores citados. Para visualizar de forma más intuitiva las relaciones colaborativas internacionales, la red de colaboración nacional fue optimizada estéticamente aún más utilizando el software Scimago Graphica para mejorar la claridad visual y lainterpretabilidad 20.
El análisis de puntos críticos de palabras clave y términos temáticos interdisciplinares se realizó utilizando el softwareCiteSpace 21. El algoritmo Pathfinder fue seleccionado para la poda de la red, con el periodo de tiempo establecido desde enero de 2015 hasta diciembre de 2024, dividido en franjas mensuales. El tipo de nodo se configuró como "Palabra clave", lo que proporcionaba un mapa de clústeres de investigación basado en palabras clave, términos temáticos representativos para cada clúster y las 20 palabras clave de puntos calientes más frecuentes. El análisis de redes de citas seguía un flujo de trabajo procedimental similar, requiriendo únicamente la modificación del tipo de nodo a "Cited Reference" para realizar el análisis correspondiente.
Identificación de genes compartidos
Según el análisis bibliométrico, la palabra clave "miositis" mostró una relevancia significativa en el ámbito interdisciplinar de la patología muscular y la artritis reumatoide. Por ello, este estudio seleccionó miositis y artritis reumatoide como sujetos de investigación para realizar análisis génicos superpuestos. El procedimiento específico fue el siguiente: Primero, se recuperaron los genes objetivo asociados a miositis y artritis reumatoide de la basede datos GeneCards 22. Para garantizar la exhaustividad del análisis, este estudio no estableció un umbral de puntuación de relevancia e incluyó todos los genes reportados asociados a las enfermedades, construyendo así dos conjuntos génicos correspondientes. Al comparar estos dos conjuntos, se identificaron genes superpuestos. Estos genes superpuestos fueron finalmente definidos como "genes relacionados con comorbilidades AR-Miositis" y sirvieron como el conjunto de datos central para análisis posteriores.
Construcción de redes de interacción proteína-proteína (PPI)
Utilizando la función de consulta "Multiple proteins" en la base de datos STRING, enviamos la lista "Genes relacionados con comorbilidades con MIOSITIS AR (AR miositis) para el análisis23. El organismo se estableció en "Homo sapiens" con un umbral mínimo requerido de puntuación de interacción de ≥0,700 (confianza media). Los datos resultantes de la red de interacción proteína-proteína se importaron luego a Cytoscape para su visualización. Personalizando las formas y colores de los nodos a través del panel STYLE, se generó un diagrama de red de interacción proteína-proteína claramente visualizado.
Análisis de enriquecimiento de vías
El flujo de trabajo específico para el análisis de enriquecimiento de vías se desarrolló de la siguiente manera. Primero, se realizó el análisis de enriquecimiento de vías de la Enciclopedia de Genes y Genomas de Kyoto (KEGG) sobre el conjunto de genes compartido utilizando el paquete clusterProfiler en el softwareR 24. La significación estadística se evaluó mediante la prueba hipergeométrica y los valores p se ajustaron para múltiples pruebas utilizando el método de Benjamini-Hochberg para controlar la tasa de falsos descubrimientos. Se consideraron enriquecidas significativamente las vías con un valor p ajustado < 0,05 y se conservaron para análisis posteriores. Las vías relacionadas con enfermedades humanas específicas o procesos metabólicos generales se excluyeron manualmente para centrar el análisis en los mecanismos centrales de señalización. Las vías filtradas y sus genes asociados fueron posteriormente importados al software Cytoscape para construir una redde interacción 25. Se aplicó el algoritmo "yFiles Organic Layout" para generar una estructura jerárquica clara. Los atributos visuales se optimizaron aún más en el panel STYLE: la intensidad del color del nodo se asignó a la significación de enriquecimiento, el tamaño del nodo se ponderó por el número de genes centrales en cada vía, y el grosor de los bordes se ponderó por el coeficiente de similitud de Jaccard entre vías para reflejar el grado de solapamiento génico. Finalmente, se obtuvo una red de interacción de vías KEGG para un análisis exhaustivo.