Este estudio solo involucró líneas celulares comerciales establecidas y no incluyó participantes humanos, muestras clínicas ni experimentos con animales. Por tanto, no se requería la aprobación ética institucional ni el consentimiento informado. Todos los experimentos se realizaron de acuerdo con las directrices de seguridad del laboratorio institucional. Los reactivos peligrosos se manipulaban en campanas extractoras designadas, utilizando el equipo de protección individual (EPP) adecuado. Los residuos químicos y biológicos se eliminaban conforme a la normativa institucional. Los productos químicos, kits y reactivos utilizados en el protocolo se enumeran en la Tabla de Materiales.
1. Cultivo celular
Los macrófagos murinos RAW264.7, las células de carcinoma cervical humano HeLa y HEK293T células embrionarias de riñón humano fueron adquiridas al Banco Celular de la Academia China de Ciencias (Shanghái, China). Todas las células se mantuvieron en el Medio Águila Modificado (DMEM) de Dulbecco, que contenía un 10% de suero bovino fetal (FBS) y un 1% de penicilina-estreptomicina. El ambiente de cultivo se estableció en 37 °C con un 5% de CO₂ y humedad saturada.
2. Ensayo de viabilidad celular
La viabilidad celular se evaluó mediante un ensayo de Kit de Conteo Celular-8 (CCK-8). RAW264,7 células (2,5 × 104 celdas/pozo) se emplacaron en placas de 96 pozos y se cultivaron durante la noche a 37 °C. Las células fueron luego tratadas con concentraciones variables de XTT durante 24 horas, con o sin LPS (0,5 μg/mL). La concentración de LPS y la duración del tratamiento se optimizaron en experimentos preliminares para inducir respuestas inflamatorias moderadas sin causar citotoxicidad significativa. Posteriormente, se añadieron 10 μL de reactivo CCK-8 a cada pozo, y la placa se mantuvo a 37 °C durante 2 horas. La absorbancia se midió a 540 nm usando un lector de microplacas.
3. Determinación de los niveles de NO y PGE₂ en el medio de cultivo celular
Las células RAW264,7 se emplacaron en placas de 24 pozos a una densidad de 2,5 ×10 5 células por pozo y se cultivaron durante la noche a 37 °C. Las células fueron pretratadas con XTT durante 2 horas antes de la estimulación LPS o TNF-α (15 ng/mL) durante otras 24 horas. El periodo previo al tratamiento de 2 horas se eligió para permitir una interacción adecuada entre XTT y los blancos celulares antes del desafío inflamatorio. Los niveles de óxido nítrico (NO) y prostaglandina E₂ (PGE₂) en el medio de cultivo se cuantificaron siguiendo los protocolos del fabricante.
4. Reacción cuantitativa en cadena de la polimerasa en tiempo real (qRT-PCR)
Las 264,7 células RAW (2 × 106 células) se colocaron en placas de 6 pozos durante la noche y se pretrataron con diversas dosis de XTT durante 2 horas antes del desafío LPS (0,5 μg/mL) durante 24 horas. El ARN total se aisló usando reactivo TRIzol según las instrucciones del fabricante. La concentración y pureza del ARN se evaluaron utilizando un espectrofotómetro, y se utilizaron muestras con relaciones A260/A280 >1,8 para análisis posteriores.
El ARN total (2 μg) se transcribió inversamente en ADNc en un volumen de reacción final de 20 μL utilizando un kit de síntesis de ADNc. La PCR cuantitativa en tiempo real se realizó utilizando la química verde SYBR en un sistema de detección de PCR en tiempo real. Las secuencias de cebadores fueron las siguientes:
iNOS adelante: 5′-GGA TCT TCC CAG GCA ACC A-3′
Reversa iNOS: 5′-AAT CCA CAA CTC GCT CCA AGA TT-3′
COX2 hacia adelante: 5′-CAA CAC CTG AGC GGT TAC-3′
COX2 reversa: 5′-GTT CCA GGA GGA TGG AGT-3′
IL-1β adelante: 5′-GCC TTG GGC CTC AAA GGA AAG AAT C-3′
IL-1β reversa: 5′-GGA AGA CAC AGA TTC CAT GGT GAA G-3′
IL-6 delantero: 5′-TGG AGT CAC AGA AGG AGT GGC TAA G-3′
IL-6 reversa: 5′-TCT GAC CAC AGT GAG GAA TGT CCA C-3′
TNF-α delantero: 5′-CAC CAC GCT CTT CTG TCT-3′
TNF-α reverso: 5′-GGC TAC AGG CTT GTC ACT C-3′
GAPDH delantero: 5′-TGC ACC AAC TGC TTA GC-3′
GAPDH reversa: 5′-GGC ATG GAC TGT GGT GATO GAG-3′
El procedimiento de amplificación por PCR se realizó como: desnaturalización inicial a 95 °C durante 5 minutos, seguida de 39 ciclos de 95 °C durante 15 s y 60 °C durante 30 s. Los niveles relativos de expresión génica se calcularon utilizando el método 2−ΔΔCt con GAPDH como control interno.
5. Manchado occidental
Tras el tratamiento, las células RAW264.7 se homogeneizaron en un tampón RIPA que contenía inhibidores de proteasa e fosfatasa. Estos inhibidores se preparaban frescos inmediatamente antes de su uso para evitar la degradación y desfosforilación de proteínas. Los niveles totales de proteínas se cuantificaron utilizando un kit de ensayo BCA. Cantidades iguales de proteína se separaron mediante electroforesis en gel de dodecil sulfato de sodio y poliacrilamida al 10% y se transfirieron a las membranas de nitrocelulosa. Tras la transferencia, las membranas se incubaron con leche desnatada al 5% preparada en TBST que contenía Tween-20 (TBST) para bloquear, y luego se sondearon con anticuerpos primarios (dilución 1:1.000) durante la noche a 4 °C. A continuación, se sondó las membranas con anticuerpos secundarios conjugados con peroxidasa de rábano picante (dilución 1:5.000) durante 1 hora a temperatura ambiente. Las bandas proteicas se detectaron mediante un sistema de detección de quimiluminiscencia y las intensidades de las bandas se analizaron mediante cuantificación densitométrica.
6. Ensayo de inmunofluorescencia
Las células HeLa se sembraron en placas de 6 pozos y se pretrataron con XTT (8 μM) durante 4 horas antes de la estimulación de TNF-α (15 ng/mL) durante 30 minutos. Este periodo de preincubación de 4 horas se eligió para maximizar el compromiso del objetivo antes de la activación de NF-κB. Las células se fijaron con paraformaldehído al 4% durante 15 minutos y permeabilizaron con 0,25% de Triton X-100 durante 15 minutos a temperatura ambiente. Tras el bloqueo con albúmina sérica bovina al 2% (BSA) y suero de cabra al 10% diluido en solución salina tamponada con fosfato (PBS), las células se incubaron con un anticuerpo primario anti-p65 (dilución 1:250) durante la noche a 4 °C, seguidas de una sondeación con un anticuerpo secundario conjugado con TRITC (dilución 1:1.000) durante 1 hora a temperatura ambiente. Los núcleos fueron contrateñidos con DAPI (0,5 μg/mL) durante 5 minutos en la oscuridad. Las imágenes de fluorescencia se capturaron utilizando un microscopio de fluorescencia. Las células HeLa fueron seleccionadas porque su gran proporción citoplasma-núcleo facilita la visualización de la translocación nuclear p65.
7. Fracionamiento citoplasmático y nuclear
Las células HeLa fueron preincubadas con XTT durante 4 horas y luego estimuladas con TNF-α (15 ng/mL) durante 30 minutos. Las células se recogieron, enjuagaron con PBS frío y se procesaron para la extracción de proteínas citoplasmáticas y nucleares utilizando un kit comercial de extracción de proteínas nucleares y citoplasmáticas según las instrucciones del fabricante. Todos los procedimientos se realizaron sobre hielo para preservar la integridad de las proteínas.
8. Ensayo de desplazamiento térmico celular (CETSA)
CETSA se llevó a cabo como se describióanteriormente el 14. Se recogieron aproximadamente 1 × 107 células HeLa y se resuspendieron en 500 μL de inhibidores de proteasas que contienen PBS en frío, y luego se lisaron mediante tres ciclos de congelación-deshielo en nitrógeno líquido. Los lisados celulares se centrifugaron a 20.000 × g durante 15 minutos a 4 °C. Los supernadantes resultantes se alicotizaron por igual en dos grupos y se trataron con XTT (100 μM) o DMSO durante 1 hora a temperatura ambiente. XTT (100 μM) se aplicó para mejorar la sensibilidad a la detección en experimentos CETSA. Las muestras se alicitaron en siete tubos y se calentaron a las temperaturas indicadas durante 3 minutos, seguido de incubación a temperatura ambiente durante otros 3 minutos. Se recogieron fracciones de proteínas solubles para el análisis de inmunoabsorbente.
9. Acoplamiento molecular
Se realizó el análisis de acoplamiento molecular como se describióanteriormente 14. Las estructuras cristalinas de IKKβ (IDs PDB: 3BRT y 4KIK) fueron recuperadas del Banco de Datos de Proteínas (PDB). Las estructuras proteicas se preprocesaron con PyMOL (versión 2.3.4) para eliminar moléculas de agua, ligandos originales e impurezas, seguido de la adición de átomos de hidrógeno. Se calcularon cargas de Gasteiger y se identificaron bolsas activas usando AutoDock Tools (versión 1.5.6). Las estructuras proteicas se almacenaron entonces en formato PDBQT.
La estructura XTT se generó en Chem3D (versión 15.1) y se optimizó mediante minimización de energía. El acoplamiento semi-flexible se realizaba usando AutoDock Vina (versión 1.1.2). Las cajas de cuadrícula se construyeron para cubrir completamente los bolsillos activos, mientras que todos los demás parámetros permanecieron en los ajustes predeterminados. Se seleccionaron para su análisis las poses de acoplamiento con las energías de enlace más bajas y las conformaciones más estables. Las energías de unión por debajo de −5 kcal/mol se consideraron indicativas de una fuerte afinidad de unión según los criterios publicados. PyMOL se empleó además para visualizar modos de unión y evaluar enlaces de hidrógeno, interacciones hidrofóbicas, interacciones de van der Waals y posibles sitios de unión.
10. Análisis estadístico
Todos los análisis estadísticos se realizaron utilizando el software GraphPad Prism 5.0. Los datos se presentan como la media ± el error estándar de la media (SEM) de tres experimentos independientes. La significación estadística se evaluó mediante análisis unidireccional de la varianza (ANOVA) seguido de la prueba post hoc de Dunnett. Se consideró estadísticamente significativo un valor de p < 0,05.