Cizallamiento de cromatina: un método para generar fragmentos de cromatina mediante digestión enzimática

- Los factores de transcripción son proteínas que se unen a un sitio específico en el ADN para regular la expresión génica. Los errores en los factores de transcripción alteran esta actividad, lo que conduce a la sobreexpresión de genes, lo que causa cáncer. Para comprender el papel de los factores de transcripción y la regulación génica, podemos realizar un ensayo de inmunoprecipitación de cromatina o CHIP, y el cizallamiento de la cromatina es un paso importante en el flujo de trabajo de CHIP.

Para el cizallamiento de la cromatina, estabilice el complejo ADN-proteína mediante la adición de formaldehído. El formaldehído entrecruza las proteínas con la secuencia de ADN asociada mediante la formación de enlaces covalentes. A continuación, utilice un tampón de lisis adecuado para lisar las células y liberar la cromatina que contiene los complejos de proteínas y ADN reticulados y la centrífuga. Cizallar la cromatina utilizando la enzima nucleasa microcócica. Esta enzima escinde la cromatina entre los nucleosomas y digiere los extremos sueltos del ADN. Centrifugar la mezcla y recoger el sobrenadante.

Cargue el sobrenadante en el gel de agarosa TBE para analizar el tamaño adecuado de lo