Secuenciación del genoma completo para la caracterización rápida del virus de la rabia mediante tecnología de nanoporos

Nuestra investigación utiliza la genómica avanzada para mejorar la vigilancia de patógenos en países de ingresos bajos y medios. Y esto nos ayuda a empoderar a los investigadores locales para que respondan a cinco grandes preguntas: quién, qué, dónde, por qué y cuándo. Y esto puede servir de base para soluciones prácticas sobre el terreno.

Utilizamos la tecnología de nanoporos para descentralizar la secuenciación. Su facilidad de uso, portabilidad y costos más baratos en relación con otras plataformas lo hacen ideal para entornos de bajos recursos. Y la capacidad de secuenciar rápidamente en la fuente de la muestra significa que podemos hacer vigilancia en la interfaz entre el entorno animal y humano.

Nos enfrentamos a desafíos en la obtención de genomas completos a partir de muestras de calidad variable. A menudo, las comunicaciones procedentes de zonas remotas se transportaban en malas condiciones de almacenamiento. Y además, tenemos una experiencia limitada en herramientas bioinformáticas que serían útiles para interpretar datos.

Así que estas herramientas serían como MADDOG y DRUG-V GLUE. Esto podría utilizarse para interpretar los datos de forma universal y ayudar a iniciar el control. Estamos tratando de demostrar cómo optimizan el protocolo para secuencias rápidas o para secuencias genómicas completas de rabia y ver cómo se puede adaptar y usar en los países de bajos ingresos para la secuenciación de la rabia con el fin de responder a diferentes preguntas sobre cómo está circulando realmente, qué está circulando y cuándo está circulando.

Y esta información es necesaria para las estrategias de eliminación de la rabia. La vigilancia genómica viral es ahora más accesible. Sin embargo, la orientación para el análisis y la interpretación de datos para los esfuerzos de control local es más limitada.

Nuestro protocolo ofrece una canalización de extremo a extremo, lo que permite a los científicos locales contar con capacidades de vigilancia de primera línea. La mayor disponibilidad de genomas virales y métodos para interpretar estos datos permite a los investigadores traducir la información epidemiológica en información procesable para los ministerios gubernamentales o los programas de control de enfermedades y guiar el proceso de toma de decisiones.