Thomas Dandekar Department of Bioinformatics University Wuerzburg Biography Publications Institution JoVE Articles Thomas Dandekar has not added a biography. If you are Thomas Dandekar and would like to personalize this page please email our Author Liaison for assistance. Publications Vers Une Compréhension Systémique De La Listeria Monocytogenes Métabolisme Au Cours De L'Infection Frontiers in Microbiology. 2012 | Pubmed ID: 22347216 PlateletWeb : Une Produit Biologique Analyse Des Systèmes De Signalisation Des Réseaux Dans Les Plaquettes Humaines Blood. Jan, 2012 | Pubmed ID: 22123846 Résolution Temporelle En Silico Modélisation Du CAMP Affiné Dans Les Plaquettes De Signalisation : Boucles De Rétroaction, Titrées Phosphorylations Et Modulation Pharmacologique BMC Systems Biology. 2011 | Pubmed ID: 22034949 Intégration De Modèles Booléens Illustrée Sur La Transduction De L'hépatocyte Briefings in Bioinformatics. Oct, 2011 | Pubmed ID: 22016404 Limites De La Croissance Physiologique Staphylococcus Aureus : Aperçu à Partir Des Calculs De Flux Construits Sur La Protéomique Et Les Données Externes De Métabolite Proteomics. May, 2011 | Pubmed ID: 21472852 Réponse Immunitaire De La Fourmi Camponotus Floridanus Contre Les Agents Pathogènes Et Son Endosymbiote Mutualiste Obligatoire Insect Biochemistry and Molecular Biology. Aug, 2011 | Pubmed ID: 21440063 Modélisation Des Effets Antibiotiques Et Cytotoxiques De L'isoquinoléine Dimère IQ-143 Sur Le Métabolisme Et Sa Régulation Chez Staphylococcus Aureus, Staphylococcus Epidermidis Et Les Cellules Humaines Genome Biology. 2011 | Pubmed ID: 21418624 Un Métabolomique Et Protéomique D'étude De L'adaptation De Staphylococcus Aureus à La Famine De Glucose Molecular BioSystems. Apr, 2011 | Pubmed ID: 21327190 Deux Kinases De CDK-comme Noyau Localisée Avec Un Rôle Crucial Pour La Réplication D'érythrocytaires Malaria Parasite Sont Impliqués Dans La Phosphorylation De Facteur D'épissage Journal of Cellular Biochemistry. May, 2011 | Pubmed ID: 21312235 Unicellulaire Génomique Révèle Le Style De Vie De Poribacteria, Un Phylum De Candidat Associé Symbiotiquement Les éponges Marines The ISME Journal. Jan, 2011 | Pubmed ID: 20613790 Expansion Et Criblage Virtuel D'Indinavir Dérivés Inhibiteurs De Protéase Du VIH-1 En Utilisant Pharmacophoric - Similitude De Forme Marquant La Fonction Plomb Bioinformation. 2010 | Pubmed ID: 20978602 Technologie Des Microréseaux De Haut-débit Dans Le Diagnostic Des Entérobactéries Basés Sur L'analyse De Régression Et De Sélection Sonde De Génome BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20964857 Déchiffrer Le Métabolisme Intracellulaire De Listeria Monocytogenes Par Mutant De Dépistage Et De Modélisation BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20955543 Pharmacogénomique Stratégies Contre La Résistance Microbienne : De Clair à Sombre à Innovantes Pharmacogenomics. Sep, 2010 | Pubmed ID: 20860457 Protecs, Complet Et Puissant De Stockage Et Un Système D'analyse De Données OMICS, Appliqué Pour Le Profilage De La Réponse D'anaérobiose De Staphylococcus Aureus COL Proteomics. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20662099 Profilage Du Développement Par Spectrométrie De Masse De La Phosphocholine Contenant Des Phospholipides Dans Le Système Nerveux De Rat Révèle Des Gradients Temporo-spatiales Journal of Neurochemistry. Aug, 2010 | Pubmed ID: 20524967 Métabolisme Carboné Bactériennes Pathogènes Intracellulaires Et Des Liens Possibles Avec Virulence Nature Reviews. Microbiology. Jun, 2010 | Pubmed ID: 20453875 Transcriptome Survey of Le Tardigrade Milnesium Tardigradum D'anhydrobiotic Par Rapport Hypsibius Dujardini Et Richtersius Coronifer BMC Genomics. 2010 | Pubmed ID: 20226016 Analyse Protéomique De Tardigrades : Vers Une Meilleure Compréhension Des Mécanismes Moléculaires Par Des Organismes Anhydrobiotic PloS One. 2010 | Pubmed ID: 20224743 Le Package D'évaluation IronChip : Un Ensemble De Modules Perl Pour Une Solide Analyse De Microarrays Personnalisés BMC Bioinformatics. 2010 | Pubmed ID: 20193060 BioNet : Un R-Package Pour L'analyse Fonctionnelle Des Réseaux Biologiques Bioinformatics (Oxford, England). Apr, 2010 | Pubmed ID: 20189939 Caractérisation D'une Nouvelle Interaction Entre Phosphoprotéine Stimulée Par Vasodilatateur Et Abelson Interacteur 1 Dans Les Plaquettes Humaines : Une Approche Concertée De Calculatoire Et Expérimentale Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Apr, 2010 | Pubmed ID: 20110575 Y Compris Les Structures Secondaires D'ARN Améliore La Précision Et La Robustesse De La Reconstruction D'arbres Phylogénétiques Biology Direct. 2010 | Pubmed ID: 20078867 Réponse à Tardigrades Au Stress : Expression Différentielle Des Gènes De Chaperons Moléculaires Cell Stress & Chaperones. Jul, 2010 | Pubmed ID: 19943197 Modélisation De La Croix-hybridation Sur Puces à ADN Phylogénétiques Augmente La Puissance De Détection D'espèces étroitement Apparentées Molecular Ecology Resources. Jan, 2009 | Pubmed ID: 21564570 JANE : Cartographie Efficace De Procaryote SUST Et Séquence De Longueur Variable Se Lit Sur Les Génomes Modèles Connexes BMC Bioinformatics. 2009 | Pubmed ID: 19943962 Tardigrade Workbench : Comparant Les Protéines Liées Au Stress, Clusters De Protéines Similaires à La Séquence Et Fonctionnelles Ainsi Que Les éléments De RNA Dans Les Tardigrades BMC Genomics. 2009 | Pubmed ID: 19821996 Modélisation Des États De Système Dans Les Cellules Hépatiques : Survie, L'apoptose Et Leurs Modifications En Réponse à L'infection Virale BMC Systems Biology. 2009 | Pubmed ID: 19772631 Le Virus De La Vaccine Recombinant Oncolytiques Fortement Atténué GLV - 1 H 68 : Caractéristiques De Génomiques Comparatives Et La Contribution De L'inactivation De La F14.5L Molecular Genetics and Genomics : MGG. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19701652 CA/C1 Peptidases Le Paludisme Parasites Plasmodium Falciparum Et P. Berghei Et Leurs Hôtes Mammifères--une Analyse Bioinformatical Biological Chemistry. Nov, 2009 | Pubmed ID: 19663681 Détecter Les Dépendances Espèces-site Dans Les Grands Alignements Multiples De Séquences Nucleic Acids Research. Oct, 2009 | Pubmed ID: 19661281 Bioinformatical Approches Pour Détecter Et Analyser Les Interactions Entre Protéines Methods in Molecular Biology (Clifton, N.J.). 2009 | Pubmed ID: 19544036 Mécanismes Moléculaires De La Tolérance Dans Les Tardigrades : Nouvelles Perspectives Pour La Préservation Et à La Stabilisation Du Matériel Biologique Biotechnology Advances. Jul-Aug, 2009 | Pubmed ID: 19472511 Annotation ITS2 5.8S-28S ARNr Et L'interaction HMM Gene. Feb, 2009 | Pubmed ID: 19026726 Méta-analyse Sans Surveillance Sur Les Ensembles De Données Expression Génétique Diversifié Permet Mieux Comprendre La Fonction Du Gène Et De La Réglementation Bioinformatics and Biology Insights. 2008 | Pubmed ID: 19812781 Modélisation Des Réseaux De Lipides Phagosome Qui Régulent L'assemblage De L'actine BMC Systems Biology. 2008 | Pubmed ID: 19061496 Nouvelles Tendances En Pharmacogénomique Stratégies Contre Le Développement De La Résistance Dans Les Infections Microbiennes Pharmacogenomics. Nov, 2008 | Pubmed ID: 19018725 Synchrone Analyse Visuelle Et D'édition De La Séquence De L'ARN Et Les Alignements De Structure Secondaire Utilisation 4sale BMC Research Notes. 2008 | Pubmed ID: 18854023 ProfDistS: (Profil A) Phylogénie Distance Basé Sur La Séquence - Alignements De Structure Bioinformatics (Oxford, England). Oct, 2008 | Pubmed ID: 18723521 ITS2 Données Corroborent Une Chlorophycée Monophylétique DO-groupe (Sphaeropleales) BMC Evolutionary Biology. 2008 | Pubmed ID: 18655698 Identification Des Modules Fonctionnels Dans Les Réseaux D'interaction Protéine-protéine : Une Approche Intégrée Exacte Bioinformatics (Oxford, England). Jul, 2008 | Pubmed ID: 18586718 Le Chromosome Linéaire De La Plante-pathogène Mycoplasma « Candidatus Phytoplasma Mali » BMC Genomics. 2008 | Pubmed ID: 18582369 Interactions De Protéine Plaquettaire : Carte, Signalisation, Composants Et La Phosphorylation Groundstate Arteriosclerosis, Thrombosis, and Vascular Biology. Jul, 2008 | Pubmed ID: 18451328 Analyse Exploratoire De Données Du MCL Révèle Des Réseaux D'expression De Gènes Impliqués Dans La Survie Et Le Pronostic, Appuyée Par Une Analyse Exploratoire De CGH BMC Cancer. 2008 | Pubmed ID: 18416826 Interactions Du Bleu De Méthylène Avec Réductases Disulfure Humaine Et Leurs Orthologues De Plasmodium Falciparum Antimicrobial Agents and Chemotherapy. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17967916 La Base De Données ITS2 II: Modélisation Homologie La Structure Des ARN Pour Systématique Moléculaire Nucleic Acids Research. Jan, 2008 | Pubmed ID: 17933769 Utilisation De Fonctionnels Plaquettes Humaines Hautement Purifiées Pour L'identification De Nouvelles Protéines De L'IPP, Voie De Signalisation Thrombosis Research. 2008 | Pubmed ID: 17931695 Exonization De Souris Active L1s : Un Pilote Du Transcriptome Evolution ? BMC Genomics. 2007 | Pubmed ID: 17963496 Réseau Intégré De Reconstruction, La Visualisation Et L'analyse à L'aide De YANAsquare BMC Bioinformatics. 2007 | Pubmed ID: 17725829 Profonde Phylogénie Métazoaires In Silico Biology. 2007 | Pubmed ID: 17688440 Distinguer Les Espèces RNA (New York, N.Y.). Sep, 2007 | Pubmed ID: 17652131 Utilisation Des Méthodes De Contexte Des Analyse Et Du Génome De Le Voie Génomique Fonctionnelle Du Métabolisme Des Nucléotides Mycoplasma Pneumoniae Gene. Jul, 2007 | Pubmed ID: 17467928 Une Vision Intégrée Des Profils D'expression Et Le Soluté Génique Des Tumeurs De L'Arabidopsis : Une Approche à L'échelle Du Génome The Plant Cell. Dec, 2006 | Pubmed ID: 17172353 4sale - Un Outil Pour Synchrone Séquence De L'ARN Et Alignement De La Structure Secondaire Et D'édition BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17101042 Schémas XML Pour Les Types Courants De Données Bioinformatiques Et Leur Application Dans Les Systèmes De Flux De Travail BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17087823 Ingenio--un Génome Intégré Et Orthologue Visionneuse Pour Les Comparaisons De Génome De Génome Améliorées BMC Bioinformatics. 2006 | Pubmed ID: 17054788 Modélisation Sites D'interaction Dans Des Domaines Protéiques Avec Interaction Profil Des Modèles De Markov Cachés Bioinformatics (Oxford, England). Dec, 2006 | Pubmed ID: 17000753 Une Applet Java Pour Explorer La Classification Niveau Plus élevé Des Eucaryotes Avec Accent Sur La Taxonomie Des Protistes The Journal of Eukaryotic Microbiology. Sep-Oct, 2006 | Pubmed ID: 16968448 Séquence Du Génome Entier De Listeria Welshimeri Révèle Des étapes Communes, Réduction Du Génome Avec Listeria Innocua Comparativement à Listeria Monocytogenes Journal of Bacteriology. Nov, 2006 | Pubmed ID: 16936040 Le Espaceur Interne Transcrit 2 Base De Données - Un Serveur Web Pour (pas Seulement) à Faible Analyses Phylogénétiques De Niveau Nucleic Acids Research. Jul, 2006 | Pubmed ID: 16845103 Règlement Et Le Cycle Cellulaire Du Fer : Identification D'un élément Favorisant Le Fer Dans La Région Non Traduite 3' De La Division Cellulaire Humaine Cycle 14 a ARNm Par Une Stratégie De Criblage Microarray Raffiné The Journal of Biological Chemistry. Aug, 2006 | Pubmed ID: 16760464 Lysosomales Du Cytosquelette Et Métaboliques Des Altérations Dans La Cardiomyopathie Des Souris Knockout Cathepsine L FASEB Journal : Official Publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology. Jun, 2006 | Pubmed ID: 16636100 Cartographie Du Génome-large D'intégrations De Vecteur De Virus Spumeux Dans Une Lignée Cellulaire Humaine The Journal of General Virology. May, 2006 | Pubmed ID: 16603537 Analyse Des Données Sages Dans Les Plaquettes Humaines : Caractéristiques De La Transcriptome Dans Une Cellule Anucléés Thrombosis and Haemostasis. Apr, 2006 | Pubmed ID: 16601835 RIP Mort Domaine Structural Interactions Impliquées Dans La Survie Et La Prolifération Induite Par Le TNF Proteins. May, 2006 | Pubmed ID: 16470584 13C Isotopologue études De Perturbation Du Métabolisme Carboné De Listeria Monocytogenes Et Sa Modulation Par Le Régulateur De Virulence Pig23 Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. Feb, 2006 | Pubmed ID: 16461909 Analyse Des Et Les Prédictions De Fonction Pour Les Protéines Hypothétiques Ou Putatifs Auparavant Conservées Dans Blochmannia Floridanus BMC Microbiology. 2006 | Pubmed ID: 16401340 Plaquettes De Compréhension. Leçons De Promesses D'analyse De Réseau, La Génomique Et La Protéomique Thrombosis and Haemostasis. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16363231 B-Raf Et C-Raf Signalisation étudiés Dans Un Modèle Simplifié De La Cascade Des Kinases Mitogène Biological Chemistry. Nov, 2005 | Pubmed ID: 16307482 La Modélisation Par Homologie a Révélé Que Plus 20.000 ARNR Espaceur Interne Transcrit 2 (ITS2) Structures Secondaires RNA (New York, N.Y.). Nov, 2005 | Pubmed ID: 16244129 CBCAnalyzer: Inférer Phylogénies Basées Sur Les Changements De Base Compensatoires Dans Les Structures Secondaires D'ARN In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15996120 Métabolites Et La Flexibilité De La Voie In Silico Biology. 2005 | Pubmed ID: 15972010 YANA - Un Outil Logiciel Pour L'analyse Des Modes De Flux, Expression Génique Et Les Activités Enzymatiques BMC Bioinformatics. 2005 | Pubmed ID: 15929789 SA-2 Et La Phylogénie Gène De L'ARNr 18S De Aplysinidae (Verongida, Demospongiae) Journal of Molecular Evolution. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15871043 Les Efforts Actuels Dans L'analyse De L'ARNi Et Arni Ciblent Des Gènes Briefings in Bioinformatics. Mar, 2005 | Pubmed ID: 15826358 ProfDist: Un Outil Pour La Construction D'arbres Phylogénétiques Grande Partie Basée Sur Les Distances Profil Bioinformatics (Oxford, England). May, 2005 | Pubmed ID: 15677706 L1Base : D'annotation Fonctionnelle à La Prédiction Des éléments Actifs De Ligne-1 Nucleic Acids Research. Jan, 2005 | Pubmed ID: 15608246 Interdépendance Métabolique Des Bactéries Intracellulaires Obligatoires Et Leurs Hôtes D'insectes Microbiology and Molecular Biology Reviews : MMBR. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15590782 Composants Partagés De Complexes Protéiques--polyvalents Construction Blocs Ou Objets Biochimiques ? BioEssays : News and Reviews in Molecular, Cellular and Developmental Biology. Dec, 2004 | Pubmed ID: 15551274 Estimation Phylogénie Précise Et Robuste Basé Sur Distances Profil: Une étude De L'Chlorophyceae (Chlorophyta) BMC Evolutionary Biology. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15222898 Riborégulateurs Finder--un Outil Pour L'identification Des Riborégulateurs RNAs Nucleic Acids Research. Jul, 2004 | Pubmed ID: 15215370 Pharmacogénomique Stratégies Contre Le Développement De La Résistance Dans Les Infections Microbiennes Pharmacogenomics. Jun, 2004 | Pubmed ID: 15165173 Phylogénie Des Firmicutes Avec Une Référence Particulière à Mycoplasma (Mollicutes) Comme Inférées à Partir De Phosphoglycérate Kinase Aminés De Données De Séquences D'acides International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. May, 2004 | Pubmed ID: 15143038 Une Nouvelle Famille Conservée De L'oxyde Nitrique Synthase ? Trends in Biochemical Sciences. May, 2004 | Pubmed ID: 15130557 Myoglobine Non Lié : La Diversité Structurale Et Dynamique Du Ligand Non Journal of the American Chemical Society. Feb, 2004 | Pubmed ID: 14971914 Un Système Open Source Protéique Gel De Documentation Pour L'analyse Du Protéome Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Jan-Feb, 2004 | Pubmed ID: 14741024 En Quête Du Prototype De L'oxyde Nitrique Synthétase FEBS Letters. Nov, 2003 | Pubmed ID: 14596904 Une Méthode De Classification Des Métabolites Dans Les Analyses Topologiques Voie Basés Sur La Minimisation Du Nombre De Voies Bio Systems. Aug, 2003 | Pubmed ID: 12941488 Vers La Prédiction Site De Clivage Informatisé Des Endopeptidases De Cystéine Biological Chemistry. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12887057 Métabolites : Un Coup De Main Pour L'évolution De La Voie ? Trends in Biochemical Sciences. Jun, 2003 | Pubmed ID: 12826406 Une Logiciel Boîte à Outils Pour L'analyse Des éléments Régulateurs De RNA Nucleic Acids Research. Jul, 2003 | Pubmed ID: 12824342 Soupçonné D'utilité Des Enzymes Ayant Des Activités Multiples Dans Le Génome De Petite Espèces De Mycoplasmes : Le Remplacement De L'activité Par Des Kinases Glycolytiques Et Gène Kinase De Diphosphate De Nucléoside « Ménage » Manquant Omics : a Journal of Integrative Biology. 2002 | Pubmed ID: 12427276 Reconstruction De Voie Et De L'analyse Génomique Comparative Pharmacogenomics. Mar, 2002 | Pubmed ID: 11972445 Un Serveur D'analyse De Domaine Structural Polyvalent à L'aide De Matrices De Poids De Profil Journal of Chemical Information and Computer Sciences. Mar-Apr, 2002 | Pubmed ID: 11911710 Un tissu combiné 3D Conçu Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bio-ingénierie La base de données ITS2 Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biologie
Un tissu combiné 3D Conçu Claudia Göttlich*1, Lena C. Müller*1, Meik Kunz*3, Franziska Schmitt1, Heike Walles1,4, Thorsten Walles2, Thomas Dandekar3, Gudrun Dandekar1,4, Sarah L. Nietzer1 1Department of Tissue Engineering and Regenerative Medicine (TERM), University Hospital Wuerzburg, 2Department of Cardiothoracic Surgery, University Hospital Wuerzburg, 3Department of Bioinformatics, University Wuerzburg, 4Translational Center Wuerzburg, Fraunhofer Institute Interfacial Engineering and Biotechnology IGB Bio-ingénierie
La base de données ITS2 Benjamin Merget1,2, Christian Koetschan1, Thomas Hackl1, Frank Förster1, Thomas Dandekar1, Tobias Müller1, Jörg Schultz1, Matthias Wolf1 1Department of Bioinformatics, Biocenter, University of Würzburg, 2Institute of Pharmacy and Food Chemistry, University of Würzburg JoVE 3806 Biologie