NOTE : Historiquement, les cladogrammes ont été construits par comparaison de morphologie. Aujourd’hui, les séquences génétiques peuvent également être comparées entre les espèces d’intérêt pour construire des cladogrammes. Les séquences d’ADN ne sont généralement pas conservées dans les fossiles, donc pour ce laboratoire, vous utiliserez la base de données BLAST pour comparer les séquences d’ADN d’espèces vivantes étroitement liées au fossile à des milliers d’autres espèces vivantes.
Avant de commencer cet atelier, votre instructeur aura téléchargé les trois séquences de gènes conservées dans un dossier sur votre bureau.
Accédez à la page d’accueil de BLAST, que l’instructeur aurait dû laisser ouverte dans votre navigateur, et cliquez sur Stratégies enregistrées dans le menu en haut de la page.
Cliquez sur Ouvrir dans le fichier Evolutionary_Relationships_Gene1.txt.
Ensuite, cliquez sur Afficher pour accéder à la page de recherche Standard Nucleotide BLAST. Vous devriez pouvoir voir la séquence d’ADN dans la zone Séquence de requête en haut à droite de l’écran.
Faites défiler vers le bas de l’écran et cliquez sur le bouton BLAST. Remarque : Le traitement et l’analyse des données prendront quelques instants.
Lorsque les données ont été traitées, un résumé graphique apparaît. REMARQUE : Votre séquence de requête est représentée par la ligne bleue en haut de la zone. Chacune des lignes situées sous la ligne bleue représente une autre séquence de la base de données BLAST qui correspond à votre requête. La longueur et l’emplacement de ces barres représentent l’endroit et la quantité de la séquence correspondant à la requête. La couleur de la barre représente son score, c’est-à-dire l’identité de la séquence avec la requête. Sous le résumé graphique se trouve la liste des séquences produisant des alignements significatifs, qui contient des descriptions des séquences d’ADN extraites de la base de données qui correspondent le mieux à la phrase de requête. Ceux-ci sont répertoriés par ordre décroissant, du plus similaire en haut au moins similaire en bas. Sur la droite, il y a plusieurs statistiques sur le degré de parenté entre chaque séquence de base de données et la séquence expérimentale. Plus les scores Max, Total, Couverture de requête et Identité sont élevés, plus les séquences de requête et récupérées sont similaires. De même, plus la valeur E est faible, moins la correspondance des séquences a de chances d’être trouvée par hasard et, plus important encore, l’alignement est précis. Une valeur E de 0 indique une correspondance très significative.
Cliquez sur le nom de la description de l’alignement le plus similaire répertorié. Cela vous amènera plus bas dans la page à l’alignement exact de la séquence d’ADN entre la séquence récupérée et la séquence de requête.
Cliquez sur le numéro d’identification de la séquence. Cela ouvrira un nouvel onglet avec des informations plus spécifiques sur la séquence de gène récupérée.
Identifiez et enregistrez les noms scientifiques et communs de l’organisme, qui doivent être répertoriés à côté de Source.
Identifiez et enregistrez la protéine codée par le gène, qui doit être répertoriée à côté de Définition.
Fermez l’onglet et appuyez sur Retour pour revenir à la liste Séquences produisant des alignements significatifs.
Ensuite, répétez les étapes 7 à 9 pour les séquences suivantes les plus similaires.
Après avoir collecté plusieurs noms d’espèces, retournez à la liste Séquences produisant des alignements significatifs et cliquez sur Sélectionner : Tout pour cocher toutes les cases à côté des noms de chaque séquence d’alignement répertoriée.
Cliquez sur Distance des résultats de l’arbre pour créer un phylogramme basé sur la similitude de toutes les séquences de gènes de résultat BLAST avec la séquence de gènes de requête. Remarque : La séquence relative des fossiles de votre requête sera mise en surbrillance en jaune.
Enregistrez l’emplacement de votre séquence par rapport aux autres groupes de taxons affichés dans l’arbre.
Enfin, retournez à l’onglet Stratégies enregistrées et téléchargez la prochaine séquence de gènes enregistrée.
Interrogez les deux séquences d’ADN fossiles restantes comme démontré précédemment (étapes 1 à 16).
