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Biology

ग्लाइकन-मध्यस्थता प्रोटीन इंटरैक्शन के अध्ययन के लिए जैव सूचना विज्ञान संसाधन

Published: January 20, 2022 doi: 10.3791/63356
Automatic Translation
1,2,3
1Proteome Informatics Group, SIB Swiss Institute of Bioinformatics, 2Computer Science Department, University of Geneva, 3Section of Biology, University of Geneva

Summary

यह प्रोटोकॉल दिखाता है कि ऑनलाइन संसाधनों के साथ मानव प्रोटीन ग्लाइकोम का पता लगाने, तुलना करने और व्याख्या करने का तरीका क्या है।

Abstract

Glyco@Expasy पहल को अन्योन्याश्रित डेटाबेस और उपकरणों के संग्रह के रूप में लॉन्च किया गया था जो ग्लाइकोबायोलॉजी में ज्ञान के कई पहलुओं को फैलाते हैं। विशेष रूप से, इसका उद्देश्य ग्लाइकोप्रोटीन (जैसे सेल सतह रिसेप्टर्स) और ग्लाइकन द्वारा मध्यस्थता किए गए कार्बोहाइड्रेट-बाध्यकारी प्रोटीन के बीच बातचीत को उजागर करना है। यहां, संग्रह के प्रमुख संसाधनों को मानव प्रोस्टेट विशिष्ट एंटीजन (पीएसए) के एन-ग्लाइकोम और मानव सीरम प्रोटीन के ओ-ग्लाइकोम पर केंद्रित दो उदाहरणों के माध्यम से पेश किया जाता है। विभिन्न डेटाबेस क्वेरीज़ के माध्यम से और विज़ुअलाइज़ेशन टूल की मदद से, यह आलेख दिखाता है कि जानकारी के अन्यथा बिखरे हुए टुकड़ों को इकट्ठा करने और सहसंबंधित करने के लिए एक निरंतरता में सामग्री का पता लगाने और तुलना करने का तरीका क्या है। एकत्रित डेटा ग्लाइकन फ़ंक्शन के अधिक विस्तृत परिदृश्यों को खिलाने के लिए नियत हैं। इसलिए, यहां पेश किए गए ग्लाइकोइन्फॉर्मेटिक्स को किसी दिए गए संदर्भ में प्रोटीन ग्लाइकोम की विशिष्टता पर मान्यताओं को मजबूत करने, आकार देने या खंडन करने के साधन के रूप में प्रस्तावित किया गया है।

Introduction

ग्लाइकन, प्रोटीन जिससे वे जुड़े होते हैं (ग्लाइकोप्रोटीन) और प्रोटीन जिनसे वे बांधते हैं (लेक्टिन या कार्बोहाइड्रेट-बाइंडिंग प्रोटीन) सेल सतह पर मुख्य आणविक अभिनेता हैं। सेल-सेल संचार में इस केंद्रीय भूमिका के बावजूद, ग्लाइकोमिक्स, ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स, या ग्लाइकन-इंटरैक्टोमिक्स डेटा सहित बड़े पैमाने पर अध्ययन अभी भी जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स में अपने समकक्ष की तुलना में दुर्लभ हैं।

हाल ही में, जटिल कार्बोहाइड्रेट की ब्रांचिंग संरचनाओं की विशेषता के लिए तरीके, जबकि अभी भी वाहक प्रोटीन के लिए संयुग्मित किया जा रहा है विकसित नहीं किया गया था। ग्लाइकोप्रोटीन का जैवसंश्लेषण एक गैर-टेम्पलेट-संचालित प्रक्रिया है जिसमें मोनोसेकेराइड दाता, स्वीकार करने वाले ग्लाइकोप्रोटीन सब्सट्रेट, और ग्लाइकोसिलट्रांसफरेज़ और ग्लाइकोसिडेस एक इंटरैक्टिव भूमिका निभाते हैं। परिणामी ग्लाइकोप्रोटीन कई ब्रांचिंग बिंदुओं के साथ जटिल संरचनाओं को सहन कर सकते हैं जहां प्रत्येक मोनोसेकेराइड घटक प्रकृति में मौजूद कई प्रकारों में से एक हो सकता है। गैर-टेम्पलेट-संचालित प्रक्रिया ओलिगोसेकेराइड संरचनात्मक डेटा उत्पन्न करने के लिए एकमात्र विकल्प के रूप में जैव रासायनिक विश्लेषण लागू करती है। एक देशी प्रोटीन से जुड़ी ग्लाइकन संरचनाओं की विश्लेषणात्मक प्रक्रिया अक्सर चुनौतीपूर्ण होती है क्योंकि इसे मोनोसेकेराइड संरचना, लिंकेज और ब्रांचिंग अनुक्रम2 निर्धारित करने के लिए संवेदनशील, मात्रात्मक और मजबूत प्रौद्योगिकियों की आवश्यकता होती है।

इस संदर्भ में, मास स्पेक्ट्रोमेट्री (एमएस) ग्लाइकोमिक्स और ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स प्रयोगों में सबसे व्यापक रूप से उपयोग की जाने वाली तकनीक है। जैसे-जैसे समय बीतता है, ये उच्च थ्रूपुट सेटिंग्स में किए जाते हैं और डेटा अब डेटाबेस में जमा हो रहा है। विभिन्न प्रारूपों में ग्लाइकन संरचनाएं 3, GlyTouCan4 को पॉप्युलेट करती हैं, सार्वभौमिक ग्लाइकन डेटा रिपॉजिटरी जहां प्रत्येक संरचना एक स्थिर पहचानकर्ता के साथ जुड़ी होती है, भले ही परिशुद्धता के स्तर के बावजूद जिसके साथ ग्लाइकन को परिभाषित किया गया है (उदाहरण के लिए, संभवतः लापता लिंकेज प्रकार या अस्पष्ट संरचना)। बहुत समान संरचनाएं एकत्र की जाती हैं लेकिन उनके मामूली अंतर स्पष्ट रूप से रिपोर्ट किए जाते हैं। ग्लाइकोप्रोटीन का वर्णन किया गया है और GlyConnect5 और GlyGen6 में क्यूरेट किया गया है, दो डेटाबेस एक-दूसरे को क्रॉस-संदर्भित करते हैं। सबूत के संरचनात्मक टुकड़ों का समर्थन करने वाले एमएस डेटा तेजी से ग्लाइकोपोस्ट 7 में संग्रहीत किए जाते हैं। ऑनलाइन संसाधनों के व्यापक कवरेज के लिए, संदर्भ मैनुअल के अध्याय 52, ग्लाइकोबायोलॉजी की अनिवार्यता, ग्लाइकोइन्फॉर्मेटिक्स 8 के लिए समर्पित है। दिलचस्प बात यह है कि ग्लाइकोपेप्टाइड पहचान सॉफ्टवेयर हाल के वर्षों में 9,10 में फैल गया है, हालांकि पुनरुत्पादन के लाभ के लिए नहीं। बाद की चिंता ने एचयूपीओ ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स इनिशिएटिव (एचजीआई) के नेताओं को 2019 में एक सॉफ्टवेयर चुनौती निर्धारित करने के लिए प्रेरित किया। सीआईडी, ईटीडी और ईटीएचडी विखंडन मोड में एन- और ओ-ग्लाइकोसिलेटेड मानव सीरम प्रोटीन के जटिल मिश्रणों को संसाधित करने से प्राप्त एमएस डेटा, प्रतियोगियों को उपलब्ध कराया गया था चाहे वह सॉफ्टवेयर उपयोगकर्ता या डेवलपर्स हो। इस challenge11 के परिणामों पर पूरी रिपोर्ट केवल यहाँ उल्लिखित है। शुरू करने के लिए, पहचान का एक प्रसार देखा गया था। यह मुख्य रूप से खोज इंजन में लागू तरीकों की विविधता के कारण के रूप में व्याख्या की गई थी, उनकी सेटिंग्स की, और आउटपुट को कैसे फ़िल्टर किया गया था, और पेप्टाइड "गिना" गया था। प्रयोगात्मक डिजाइन ने कुछ सॉफ़्टवेयर और दृष्टिकोणों को (dis) लाभ पर भी रखा हो सकता है। महत्वपूर्ण रूप से, एक ही सॉफ़्टवेयर का उपयोग करने वाले प्रतिभागियों ने असंगत परिणामों की सूचना दी, जिससे गंभीर पुनरुत्पादन के मुद्दों को उजागर किया गया। यह विभिन्न प्रस्तुतियों की तुलना करके निष्कर्ष निकाला गया था कि कुछ सॉफ़्टवेयर समाधान दूसरों की तुलना में बेहतर प्रदर्शन करते हैं और कुछ खोज रणनीतियां बेहतर परिणाम देती हैं। यह प्रतिक्रिया स्वचालित ग्लाइकोपेप्टाइड डेटा विश्लेषण विधियों के सुधार का मार्गदर्शन करने की संभावना है और बदले में, डेटाबेस सामग्री को प्रभावित करेगी।

ग्लाइकोइन्फॉर्मेटिक्स के विस्तार ने वेब पोर्टल बनाने के लिए नेतृत्व किया जो कई समान या पूरक संसाधनों तक जानकारी और पहुंच प्रदान करते हैं। सबसे हाल ही में और अप-टू-डेट को व्यापक ग्लाइकोसाइंस पुस्तक श्रृंखला 12 के एक अध्याय में वर्णित किया गया है और सहयोग के माध्यम से, डेटा साझा करने और सूचना आदान-प्रदान का समाधान एक खुली पहुंच मोड में पेश किया जाता है। ऐसा ही एक पोर्टल विकसित किया गया था जिसे मूल रूप से Glycomics@ExPASy 13 कहा जाता था और Glyco@Expasy नाम दिया गया था, एक्सपैसी प्लेटफॉर्म 14 के प्रमुख ओवरहाल के बाद, जिसने दशकों से कई -ओमिक्स में उपयोग किए जाने वाले उपकरणों और डेटाबेस के एक बड़े संग्रह की मेजबानी की है, सबसे लोकप्रिय आइटम UniProt15-सार्वभौमिक प्रोटीन नॉलेजबेस है। Glyco@Expasy एक दृश्य वर्गीकरण और उनके interdependences के प्रदर्शन के आधार पर डेटाबेस और उपकरणों के उद्देश्य और उपयोग की एक उपदेशात्मक खोज प्रदान करता है। निम्नलिखित प्रोटोकॉल इस पोर्टल से संसाधनों के चयन के साथ ग्लाइकोमिक्स और ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स डेटा का पता लगाने के लिए प्रक्रियाओं को दर्शाता है जो ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स और ग्लाइकन-इंटरैक्टोमिक्स के बीच संबंध को ग्लाइकोमिक्स के माध्यम से स्पष्ट करता है। जैसा कि यह है, ग्लाइकोमिक्स प्रयोग संरचनाओं का उत्पादन करते हैं जहां मोनोसेकेराइड पूरी तरह से परिभाषित होते हैं और लिंकेज आंशिक रूप से या पूरी तरह से निर्धारित होते हैं, लेकिन उनका प्रोटीन साइट लगाव खराब है, यदि बिल्कुल भी, विशेषता है। इसके विपरीत, ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स प्रयोग सटीक साइट अनुलग्नक जानकारी उत्पन्न करते हैं, लेकिन ग्लाइकन संरचनाओं के खराब रिज़ॉल्यूशन के साथ, अक्सर मोनोसेकेराइड रचनाओं तक सीमित होते हैं। यह जानकारी GlyConnect डेटाबेस में एक साथ टुकड़ा है। इसके अलावा, GlyConnect में खोज उपकरण का उपयोग संभावित ग्लाइकन लिगेंड का पता लगाने के लिए किया जा सकता है जो UniLectin16 में उन्हें पहचानने वाले प्रोटीन के साथ वर्णित हैं, जो ग्लाइकन के माध्यम से GlyConnect से जुड़े हैं। यहां प्रस्तुत प्रोटोकॉल को एन-लिंक्ड और ओ-लिंक्ड ग्लाइकन और ग्लाइकोप्रोटीन के लिए विशिष्ट प्रश्नों को कवर करने के लिए दो वर्गों में विभाजित किया गया है।

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Protocol

नोट:: एक इंटरनेट कनेक्शन (बड़ी स्क्रीन पसंदीदा) और Chrome या Firefox जैसे एक अप-टू-डेट वेब ब्राउज़र के साथ एक डिवाइस की आवश्यकता है। सफारी या एज का उपयोग करना उतना विश्वसनीय नहीं हो सकता है।

1. GlyConnect में एक प्रोटीन एन-ग्लाइकोम से UniLectin के एक लेक्टिन के लिए

  1. Glyco@Expasy से संसाधनों तक पहुँचना
    नोट:: यहाँ वर्णित कार्यविधि GlyConnect तक पहुँचने के लिए है, लेकिन प्लेटफ़ॉर्म में रिकॉर्ड किए गए किसी भी संसाधन तक पहुँचने के लिए लागू किया जा सकता है।
    1. https://glycoproteome.expasy.org/glycomics-expasy पर जाएं और दाईं ओर बबल चार्ट पर विचार करें जो विभिन्न श्रेणियों जैसे ग्लाइकोकॉन्जुगेट्स या ग्लाइकन बाइंडिंग दिखा रहा है। बुलबुले में श्रेणियों को प्रतिबिंबित करने वाले सबसे बाएं मेनू में, ग्लाइकोप्रोटीन बॉक्स की जांच करें ताकि दाईं ओर बुलबुला चार्ट तुरंत उस श्रेणी से मेल खाने वाले बुलबुले में ज़ूम हो जाए।
      नोट: हरे बुलबुले उपकरण हैं और पीले बुलबुले डेटाबेस हैं। संसाधन पर विवरण प्रदान करने के लिए या तो एक पर क्लिक करना फिर से ज़ूम इन करता है। ऐसा करने से पहले, उपयोगकर्ता दूसरों के लिए उस संसाधन की निर्भरताओं को समझना चाह सकता है।
    2. निर्भरताओं पर जानकारी प्राप्त करने के लिए, संसाधन विषयगत वर्गीकरण टैब से संसाधन निर्भरता व्हील टैब पर ले जाएँ. अन्य स्रोतों के साथ एकीकरण के अपने स्तर की जांच करने के लिए पहिया में GlyConnect पर माउस रखें (चित्रा 1)।
    3. चरण 1.1.1 के रूप में GlyConnect बबल तक पहुँचने के लिए संसाधन विषयगत वर्गीकरण टैब पर वापस जाएँ और डेटाबेस के नवीनतम रिलीज़ में सामग्री के आँकड़े दिखाता है जो एक नए टैब में GlyConnect मुखपृष्ठ प्रदर्शित करने के लिए उस पर क्लिक करें (अनुपूरक चित्र1).
      नोट:: तालिका 1 में विस्तृत एक रंग योजना डेटाबेस में संग्रहीत जानकारी के विभिन्न प्रकार से मेल खाती है। यह रंग कोड GlyConnect में सभी एंटिटी पृष्ठों में मान्य है और पूरे समय संगत है। मुखपृष्ठ केंद्रित डेटासेट के लिए समर्पित चार वर्गों को भी प्रदर्शित करता है जैसे कि सार्स-कोव -2 स्पाइक प्रोटीन (कोविड -19) के ग्लाइकोसिलेशन का वर्णन करने वाले या मानव दूध ओलिगोसेकेराइड्स (एचएमओ) का बड़े पैमाने पर विवरण। इस प्रोटोकॉल में इनका पता नहीं लगाया जाएगा।
  2. एक प्रोटीन एन ग्लाइकोम की प्रासंगिक जानकारी की खोज
    नोट:: GlyConnect में सभी ग्लाइकन संरचनाओं को तीन वैकल्पिक और आमतौर पर उपयोग किए जाने वाले प्रारूपों में प्रदर्शित किया जाता है: (1) ग्लाइकन (SNFG) के लिए प्रतीक नामकरण17 (2) IUPAC संघनित18, और (3) ऑक्सफोर्ड19. इसके विपरीत, ग्लाइकन संरचना को व्यक्त करने के लिए कोई मानक संकेतन नहीं है। GlyConnect में, निम्नलिखित कोड का उपयोग किया जाता है: हेक्सोज़ के लिए हेक्स, एन-एसिटाइलहेक्सोसामाइन के लिए हेक्सएनएसी, फ्यूकोज़ के लिए डीएचेक्स और सियालिक एसिड के लिए न्यूएसी। सादगी के लिए, visualizing उपकरण एक संघनित संकेतन पर भरोसा करते हैं: हेक्सोज़ के लिए एच, एन-एसिटाइलहेक्सोसामाइन के लिए एन, फ्यूकोज़ के लिए एफ, और सियालिक एसिड के लिए एस। इसके अतिरिक्त, छोटे पत्र संशोधनों को नामित करते हैं जैसे कि एसिटिलेशन के लिए "ए", फॉस्फोराइलेशन के लिए "पी", और सल्फेशन के लिए "एस", इन तथाकथित प्रतिस्थापनों में से सबसे अधिक बार के लिए।
    1. GlyConnect मुखपृष्ठ से मानव प्रोस्टेट विशिष्ट एंटीजन (पीएसए) के एन-ग्लाइकोम को देखने और पता लगाने के लिए, निम्नानुसार आगे बढ़ें।
      नोट: मानव पीएसए के ग्लाइकोसिलेशन का अध्ययन वर्षों में किया गया है, विशेष रूप से प्रोस्टेट कैंसर के संदर्भ में। GlyConnect डेटाबेस तीन संदर्भ20,21,22 को संग्रहीत करता है, जो ग्लाइकोमिक्स और ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स डेटा को जोड़ता है। ध्यान दें कि यहां प्रदान किए गए परिणाम GlyConnect के सितंबर 2021 रिलीज के साथ प्राप्त किए गए थे। डेटाबेस का उपयोग लगातार डेटा अपडेट के कारण थोड़ा अलग आंकड़े प्राप्त कर सकता है।
    2. डेटाबेस के प्रोटीन दृश्य को खोलने के लिए प्रोटीन बटन का चयन करें। प्रोटीन दृश्य पृष्ठ में, खोज विंडो में प्रोस्टेट लिखें. आउटपुट में सूचीबद्ध दो प्रविष्टियों के लिए देखें जो अलग-अलग पीआई मूल्यों के साथ पीएसए के दो आइसोफॉर्मों को अलग करते हैं। पीएसए के सामान्य आइसोफोर्म के अनुरूप 790 (आईडी कॉलम) पर क्लिक करें।
      नोट:: ऊपर विस्तृत योजना में प्रकाशित कार्य से निकाली गई सारांश जानकारी दिखाता है जो शीर्ष बहु-रंगीन पट्टी के लिए देखें। नेविगेशन के लिए कई विकल्प संभव हैं जैसा कि नीचे वर्णित है।
    3. शीर्ष बहु-रंगीन पट्टी पर, नमूना प्रकारों को प्रदर्शित करने के लिए हरे रंग में स्रोत बटन पर क्लिक करें, जिसमें से प्रकाशित डेटा संसाधित किया गया था: मूत्र और सेमिनल द्रव। इस जानकारी को आगे ब्राउज़ करने के लिए, इन नमूना प्रकारों में से किसी एक पर क्लिक करें. वही किसी भी आइटम पर लागू होता है जो रंगीन बटन पर क्लिक करते समय दिखाई देता है।
    4. डेटाबेस की स्वास्थ्य संबंधी सामग्री की जांच करने के लिए, DISEASE बटन पर क्लिक करें, जिसमें दो आइटम शामिल हैं, जिनमें से एक प्रोस्टेट कैंसर है जो GlyConnect में संबंधित समर्पित रोग पृष्ठ से लिंक करता है। उस पृष्ठ के सारांश से पता चलता है कि तीन बड़े पैमाने पर अध्ययनों ने 308 मानव प्रोटीन में पाए जाने वाले 1,087 साइटों पर 319 रचनाओं की सूचना दी है।
    5. ग्लाइकोमिक्स डेटा से पीएसए से जुड़ी 135 संरचनाओं की पूरी सूची देखने के लिए STRUCTURE बटन पर क्लिक करें। ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स प्रयोगों द्वारा निर्धारित संबंधित 78 रचनाओं के लिए COMPOSITION बटन पर क्लिक करें। अधिक जानकारी प्राप्त करने के लिए किसी भी संरचना या संरचना पर क्लिक करें।
      नोट: विशेष संरचना को ले जाने वाले वैकल्पिक प्रोटीन की सूची या संरचना से मेल खाने वाली संरचनाओं की सूची जैसे विवरण प्राप्त किए जा सकते हैं। पीएसए को Asn-69 पर केवल एक एन-ग्लाइकोसिलेशन साइट के लिए जाना जाता है (भूरे रंग के साइट बटन के लिए गिना जाने वाला केवल एक आइटम)।
    6. रचनाओं की अस्पष्टता को कम करने के लिए, एक चयनित रचना के नीचे सुझाए गए STRUCT पर क्लिक करें (उदाहरण के लिए, Hex:6 HexNAc:3 NeuAc:1)। एक सुझाव हर बार किया जाता है जब मोनोसेकेराइड गिनती ऊपर सूचीबद्ध संरचना के साथ मेल खाती है (चित्रा 2)।
      नोट: हेक्स: 6 हेक्सएनएसी: 3 NeuAc: 1 एक ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स प्रयोग द्वारा उत्पन्न संरचना ग्लाइकोमिक्स डेटा से चार उच्च रिज़ॉल्यूशन संरचनाओं से मेल खाती है। पीएसए के मामले में, हल करने के लिए कोई साइट अस्पष्टता नहीं है क्योंकि केवल एएसएन -69 ग्लाइकोसिलेटेड है।
    7. प्रोटीन पृष्ठ का पूरी तरह से पता लगाने के लिए, पृष्ठ के दाईं ओर अधिक विवरण देखें (चित्र3)।
      1. पीएसए के लिए डिफ़ॉल्ट 3QUM PDB (प्रोटीन डेटा बैंक 23) प्रविष्टि देखें जो प्रत्येक मोनोमर (चित्रा 3) या वैकल्पिक 2ZCK प्रविष्टि से जुड़े दो जटिल ग्लाइकन के साथ दिखाया गया है, जो एक संलग्न कार्बोहाइड्रेट के कारण भी उपलब्ध है। दूसरी प्रविष्टि एक एकल श्रृंखला दिखाती है।
        नोट:: दोनों प्रविष्टियों को 3D LiteMol plugin24 जो SNFG-3D नोटेशन में ग्लाइकन प्रदर्शित करता है PDB-RCSB में अपनाया के साथ visualized हैं।
      2. प्रमुख प्रोटिओमिक्स डेटाबेस से प्रासंगिक कार्यात्मक जानकारी का पता लगाने के लिए अन्य क्रॉस-संदर्भों के संबंधित लिंक पर क्लिक करें, जैसे कि UniProt (चित्रा 3)।
  3. एक प्रोटीन एन-ग्लाइकोम की प्रासंगिक जानकारी को विज़ुअलाइज़ करना और सहसंबद्ध करना
    नोट: जैसा कि पिछले अनुभाग में देखा गया है, संरचनाओं या रचनाओं की लंबी सूचियों को पूरी तरह से पकड़ना मुश्किल हो सकता है और GlyConnect कुंजी जानकारी की कल्पना करने के लिए दो अलग-अलग उपकरणों पर निर्भर करता है, अर्थात्, GlyConnect ऑक्टोपस और GlyConnect Compozitor (पहला एक रंगीन बटन में कैप्चर की गई सारांश जानकारी का विस्तार करता है और दूसरा एक संरचना / संरचना के संदर्भ में संरचनात्मक निर्भरताओं को बाहर लाता है जो दूसरे में निहित है)। जैसा कि नीचे दिखाया गया है, GlyConnect ऑक्टोपस डेटाबेस सामग्री के प्रतिबिंब के रूप में एकाधिक या एकल कनेक्शन को हाइलाइट करने के माध्यम से डेटाबेस में संग्रहीत विभिन्न संस्थाओं के बीच संघों की पड़ताल करता है।
    1. पीएसए से जुड़े ग्लाइकन की विविधता में हाइब्रिड कोर संरचनाओं और अत्यधिक लगातार सियालिक एसिड युक्त संरचनाओं जैसे सामान्य संरचनात्मक लक्षणों की उपस्थिति की पुष्टि करने के लिए एक GlyConnect ऑक्टोपस खोज करें, जैसा कि नीचे वर्णित है।
    2. ऑक्टोपस होमपेज https://glyconnect.expasy.org/octopus/ पर जाएं। डिफ़ॉल्ट रूप से चयनित N-लिंक किए गए टैब को रखें. कोर सबटैब पर जाएं और हाइब्रिड आइकन पर क्लिक करें। गुण सबटैब पर जाएँ और Sialylated आइकन पर क्लिक करें। नीचे दिए गए हरे रंग के खोज बटन पर क्लिक करें।
      नोट:: खोज परिणाम ग्राफ़िक रूप से आइटम्स की तीन श्रेणियों के बीच संबंधों के रूप में प्रदर्शित होते हैं। डिफ़ॉल्ट रूप से, केंद्र सूची रचनाओं के लिए क्वेरी से मेल खाती है, बाएं संग्रह संबंधित प्रोटीन को फैलाता है, और दाएं एक संबंधित ग्लाइकन को फैलाता है।
    3. रिश्तों के प्रदर्शित ग्राफ में, H6N4F1S1 पर होवर छह प्रोटीन और तीन संरचनाओं के लिंक को हाइलाइट करने के लिए। H6N4F2S1 पर मँडराकर इसके विपरीत जो पीएसए के दो आइसोफॉर्म (दोनों को यूनिप्रोट आईडी: KLK3_HUMAN के रूप में संदर्भित) और एक संरचना (आईडी: 10996) के रूप में संदर्भित करता है। अपने SNFG प्रतिनिधित्व दिखाने के लिए संरचना आईडी पर होवर करें और संबंधित पृष्ठ (अनुपूरक चित्रा 2) को खोलने के लिए उस पर क्लिक करें।
    4. ग्लाइकोसिलेशन के संदर्भ का वर्णन करने वाले ऑक्टोपस के नोड्स को किसी भी अन्य विषय में बदलें। रंग कोड पहले वर्णित एक के समान रहता है ( तालिका 1 देखें)।
      1. ग्राफ के बीच में 15 विकल्प प्रदर्शित करने के लिए केंद्र नोड्स को ऊतकों में बदलें, जिनमें से कई शरीर के तरल पदार्थ हैं। ऊतक की जानकारी के आधार पर क्वेरी से मेल खाने वाले प्रोटीन और ग्लाइकन के बीच सभी संघों की तलाश करें। विभिन्न संघों को देखने के लिए ग्राफ के बीच में मूत्र या सेमिनल द्रव पर कर्सर रखें (चित्रा 4 ए, बी)।
      2. 13 विकल्पों को प्रदर्शित करने के लिए सेंटर नोड्स को रोग में बदलें, जिनमें से एक प्रोस्टेट कैंसर है। संबद्ध एकमात्र प्रोटीन पीएसए (KLK3_HUMAN) (पूरक चित्रा 3) है।
        नोट: प्रोटीन पृष्ठ में दिखाए गए पीएसए एन-ग्लाइकोम पर एक करीब से नज़र एक टर्मिनल NeuAc (a?-?) की बहुत उच्च आवृत्ति को एकल करती है Gal(b?-?) दो या तीन एंटीना के साथ संरचनाओं पर कई मामलों में GlcNac उपसंरचना. एक और ऑक्टोपस उस आधार पर उत्पन्न किया जा सकता है जैसा कि नीचे वर्णित है।
    5. खोज को ताज़ा करने के लिए साफ़ करें बटन पर क्लिक करें. गुण सबटैब पर जाएँ और द्वि-एंटीनारी आइकन पर क्लिक करें. निर्धारक सबटैब पर जाएँ और 3-Sialyl-LN (प्रकार 2) आइकन पर क्लिक करें। नीचे दिए गए हरे रंग के खोज बटन पर क्लिक करें।
    6. एक टर्मिनल 3-सियालाइल-एलएन (प्रकार 2) आकृति युक्त द्वि-एंटीनेरी ग्लाइकन के साथ ऑक्टोपस-पुनर्प्राप्त संघों की जांच करें, यानी, NeuAc (a1-3) Gal(b1-4)GlcNAc। आसान पढ़ने के लिए केंद्र नोड्स को ऊतकों में बदलें और पीएसए सामान्य आइसोफोर्म और सात संरचनाओं (पूरक चित्रा 4) के साथ सेमिनल फ्लूइड को सीधे कनेक्ट करने के लिए KLK3_HUMAN पर होवर करें।
      नोट:: दूसरा विज़ुअलाइज़ेशन उपकरण, GlyConnect Compozitor, उसकी एक सूची में प्रत्येक और प्रत्येक संरचना के बीच संभावित संबंधों का स्कैन करता है (नीचे देखें)। एक संबंध को दो रचनाओं के बीच केवल एक मोनोसेकेराइड से अलग होने के रूप में परिभाषित किया गया है। एक ग्राफ में प्लॉट किए गए ये पहचाने गए रिश्ते एक ग्लाइकोम की (dis) निरंतरता को उजागर करते हैं।
    7. GlyConnect Compozitor का उपयोग करें एक सूची में प्रत्येक और प्रत्येक रचना के बीच संभावित संबंधों का स्कैन करने के लिए, जैसा कि पीएसए के मामले के लिए नीचे दिखाया गया है।
      नोट:: GlyConnect Compozitor एक संदर्भ के साथ सहयोग में रचनाओं को संसाधित करता है। यह GlyConnect क्वेरी करने के लिए अलग टैब प्रदान करता है, उदाहरण के लिए, प्रोटीन, स्रोत, सेल लाइनें, रोग जो एक संदर्भ को अर्हता प्राप्त करने के लिए आत्म-व्याख्यात्मक हैं। यह पीएसए के साथ यहां निम्नानुसार सचित्र है।
    8. पीएसए के प्रोटीन पृष्ठ पर वापस जाएं: https://glyconnect.expasy.org/browser/proteins/790। पीएसए प्रविष्टि पृष्ठ के दाईं ओर, Compozitor लिंक पर क्लिक करें। सुनिश्चित करें कि Compozitor खोज फ़ील्ड प्रोटीन टैब (प्रोटीन: प्रोस्टेट-विशिष्ट एंटीजन, प्रजाति: होमो सेपियन्स, और ग्लाइकन प्रकार: एन-लिंक्ड) में Id 790 प्रविष्टि के विवरण के साथ पूर्व-भरे हुए हैं।
    9. डेटाबेस से डेटा पुनर्प्राप्त करने और कनेक्टेड रचनाओं के ग्राफ को प्रदर्शित करने के लिए चयन में जोड़ें बटन पर क्लिक करें। वर्चुअल नोड्स शामिल करें विकल्प का चयन रद्द करें। पीएसए एन-ग्लाइकोम का प्रतिनिधित्व करने वाली 78 रचनाओं का एक अच्छी तरह से जुड़ा हुआ सेट दिखाने वाले ग्राफ को प्रदर्शित करने के लिए कम्प्यूट ग्राफ बटन पर क्लिक करें, और ग्लाइकन की मुख्य विशेषताओं को दिखाते हुए एक बार प्लॉट।
    10. बार प्लॉट में बैंगनी बार पर होवर करें, जो ग्राफ में सभी sialylated संरचनाओं का पता लगाता है ताकि sialylated संरचनाओं की ओर एक अवलोकन योग्य पूर्वाग्रह प्रकट किया जा सके।
    11. मुख्य प्रोटीन टैब में रहें और प्रोटीन (नाम) क्षेत्र में प्रोस्टेट-विशिष्ट एंटीजन - उच्च पाई आइसोफोर्म (पीएसएएच) का चयन करें।
      नोट:: ग्लाइकन प्रकार और ग्लाइकन साइट फ़ील्ड स्वचालित रूप से भर जाते हैं।
    12. 57 रचनाओं की मात्रा वाले डेटाबेस से डेटा प्राप्त करने के लिए चयन में जोड़ें बटन पर क्लिक करें। दोनों आइसोफोर्मों के अधिरोपित रेखांकन उत्पन्न करने और दो पीएसए आइसोफोर्मों के ग्लाइकोम में अंतर का आकलन करने के लिए कम्प्यूट ग्राफ बटन पर क्लिक करें। रचनाओं/लेबलों (चित्र5) के अनुरूप संरचनाओं की संख्या के प्रदर्शन को संकेत देने के लिए नोड लेबल पर होवर करें।
  4. UniLectin में ग्लाइकन-बाइंडिंग जानकारी
    नोट: ऑक्टोपस में परीक्षण किए गए निर्धारक को याद करें, जिसे NeuAc (a2-3) Gal (b1-4) के रूप में वर्णित किया गया है। परिभाषा के अनुसार, यह एक ग्लाइकन संरचना का एक स्थापित बाध्यकारी हिस्सा है और, जैसे, UniLectin3D डेटाबेस 25 में खोजा जा सकता है।
    1. https://www.unilectin.eu/ पर जाएं और UniLectin3D बटन पर क्लिक करें। वैकल्पिक रूप से, सीधे पृष्ठ पर जाएं: इस पृष्ठ को खोलने के लिए ग्लाइकन खोज बटन पर https://www.unilectin.eu/unilectin3D/.Click: https://www.unilectin.eu/unilectin3D/glycan_search (अनुपूरक चित्र6)।
    2. एक सियालिक एसिड का प्रतिनिधित्व करने वाले बैंगनी हीरे पर क्लिक करें, जो डेटाबेस में संग्रहीत एक सियालिक एसिड के साथ समाप्त होने वाले सभी ग्लाइकन-बाइंडिंग रूपांकनों के प्रदर्शन का संकेत देता है। रूपांकनों के उस संग्रह के शीर्ष भाग में NeuAc (a2-3) Gal (b1-4) GlcNAc आकृति शामिल है जो पहले जांच की गई थी (अनुपूरक चित्रा 7)।
    3. NeuAc (a2-3) Gal(b1-4)GlcNAc motif पर क्लिक करें ताकि सभी लेक्टिन के प्रदर्शन को संकेत दिया जा सके, जिसके लिए NeuAc (a2-3) Gal(b1-4) GlcNac के साथ बातचीत की पुष्टि करने वाली एक 3D संरचना ज्ञात है। डिफ़ॉल्ट रूप से परिणाम सभी प्रजातियों में लेक्टिन दिखाता है। दृश्य को मानव-केंद्रित जानकारी तक सीमित करने के लिए फ़ील्ड द्वारा खोजें विकल्प का उपयोग करें.
    4. फील्ड द्वारा खोजें विकल्प पर क्लिक करें। प्रजाति क्षेत्र में, प्रकार होमो सेपियन्स. मूल सूची को फ़िल्टर करने के लिए एक्स-रे संरचनाओं का अन्वेषण करें बटन पर क्लिक करें। केवल एक प्रविष्टि बनी हुई है, अर्थात्, मानव गैलेक्टिन -8। पर क्लिक करें सूचीबद्ध आइटम के ऊपरी-दाएँ कोने पर 3 डी संरचना और सूचना देखें बटन NeuAc (a2-3) Gal (b1-4) GlcNac के साथ बातचीत मानव गैलेक्टिन -8 की विस्तृत जानकारी प्रदर्शित करने के लिए।
    5. दो अलग-अलग दर्शकों के साथ पृष्ठ पर प्रदर्शित मानव गैलेक्टिन -8 पर संरचनात्मक जानकारी तक पहुंचें।
      1. अणु को चारों ओर घुमाने के लिए माउस को पकड़ो और लेक्टिन 3 डी संरचना को दिखाने के लिए लिटमोल सॉफ़्टवेयर 26 एकीकृत के साथ लिगैंड को सामने लाएं। दाईं ओर के दृश्य को अपडेट करने के लिए बाईं ओर सूचीबद्ध इंटरैक्शन में से एक पर माउस और यह पता लगाने के लिए कि वह विशेष इंटरैक्शन पीएलआईपी सॉफ़्टवेयर 27 के साथ संरचना में कार्य करता है, जो लेक्टिन और लिगैंड के बीच परमाणु इंटरैक्शन का विस्तार करने के लिए एकीकृत है (चित्रा 6)।
    6. किसी भी हरे रंग के बटन पर क्लिक करें जो UniProt, PDB (यूरोपीय या अमेरिकी साइटों) में संबंधित प्रविष्टियों के लिए लिंक करता है, और GlyConnect इन क्रॉस-संदर्भों का पता लगाने के लिए।

2. खोज और GlyConnect में ओ-ग्लाइकोम की तुलना

  1. HGI चुनौती उच्च विश्वास डेटासेट ब्राउज़िंग
    नोट:: परिचय में उल्लिखित HGI डेटासेट GlyConnect डेटाबेस में संग्रहीत किया जाता है। इसमें 163 एन- और 23 ओ-ग्लाइकोपेप्टाइड्स होते हैं जो 37 ग्लाइकोप्रोटीन में पाए जाते हैं जिन्हें उच्च आत्मविश्वास सूची के रूप में माना जाता है। GlyConnect Compozitor28 ग्लाइकोम डेटा स्थिरता का आकलन करने के लिए महत्वपूर्ण है। महत्वपूर्ण रूप से, Compozitor आभासी नोड्स (ग्रे में दिखाया गया है) के लिए अनुमति देता है जब पृथक नोड्स को कनेक्ट करने के लिए केवल एक मध्यस्थ चरण की आवश्यकता होती है। इस तरह, आभासी नोड्स ग्राफ को कसते हैं और प्रयोगात्मक परिणामों में संभावित रूप से याद की जाने वाली संरचनाओं के रूप में व्याख्या की जा सकती है।
    1. GlyConnect मुखपृष्ठ से सीधे आलेख के संदर्भ पृष्ठ पर जाकर HGI डेटासेट ब्राउज़ करें: https://glyconnect.expasy.org/browser/references/2943.
      नोट:: रंगीन बटन में सारांश आंशिक रूप से आलेख में प्रदान किए गए आंकड़ों को दर्शाता है। फिर भी, यदि केवल 69 अद्वितीय पेप्टाइड्स सूचीबद्ध हैं, तो यह पेप्टाइड्स और साइटों या संरचनाओं के बीच कई संघों को दर्शाता है। लेख में, एक ग्लाइकोपेप्टाइड को पेप्टाइड और एक संरचना के अद्वितीय संयोजन के रूप में परिभाषित किया गया है। GlyConnect में, ग्लाइकोसाइट्स को पहले माना जाता है, और उन्हें संरचनाओं के साथ पेप्टाइड के संयोजन के रूप में वर्णित किया जाता है। यह GlyConnect और उपरोक्त उद्धरण के बीच आंकड़ों में विसंगति की व्याख्या करता है।
    2. एन-लिंक्ड रचनाओं की घटना की उच्च आवृत्ति की जांच करें, जैसे कि हेक्स: 5 हेक्सएनएसी: 4 NeuAc: 2, 43 पेप्टाइड्स में 42 साइटों पर पहचाना गया, जैसा कि 1 पेप्टाइड में 1 साइट पर पहचाने गए अधिकांश ओ-लिंक्ड रचनाओं की लगातार विशिष्टता के विपरीत है।
    3. डेटासेट की स्थिरता का आकलन करने के लिए संदर्भ प्रविष्टि पृष्ठ के दाईं ओर Compozitor लिंक पर क्लिक करें। सुनिश्चित करें कि Compozitor उपकरण सीधे संदर्भ के DOI संसाधित करता है और उपकरण के उन्नत टैब में संदर्भ = 10.1101/2021.03.14.435332 के साथ खोज फ़ील्ड भरता है। खोज को O-लिंक किए गए ग्लाइकन तक सीमित करने के लिए DOI संख्या के बाद &glycan_type =O-लिंक्ड लिखें, ताकि क्वेरी बन जाए:संदर्भ = 10.1101/2021.03.14.435332&glycan_
      टाइप = ओ-लिंक्ड
    4. डेटाबेस से डेटा प्राप्त करने के लिए चयन में जोड़ें बटन पर क्लिक करें (20 O-लिंक्ड रचनाएं हैं)। वर्चुअल नोड्स शामिल करें विकल्प चयनित रखें। जुड़े हुए रचनाओं के ग्राफ को प्रदर्शित करने के लिए Compute Graph बटन पर क्लिक करें। यह परिणाम ग्राफ को पूरा करने के लिए आवश्यक नौ आभासी नोड्स के साथ ग्लाइकन जैवसंश्लेषण की अपेक्षित निरंतरता में कई अंतराल पर प्रकाश डालता है (चित्रा 7)।
  2. GlyConnect में एक चयनित सीरम प्रोटीन के ओ-ग्लाइकोम के साथ तुलना
    नोट: यह आकलन करने के लिए कि क्या अंतराल को GlyConnect में संग्रहीत डेटा द्वारा भरा जा सकता है, संदर्भ के साथ सूचीबद्ध 37 में से एक O-ग्लाइकोसिलेटेड प्रोटीन का चयन किया गया था। डेटासेट में, इंटर-अल्फा-ट्रिप्सिन इनहिबिटर हेवी चेन एच 4 (Q14624) को थ्र -725 पर एक ओ-ग्लाइकोसिलेटेड होने की सूचना दी गई है।
    1. GlyConnect Compozitor के प्रोटीन टैब पर जाएँ (चरण 2.1.3 देखें). प्रोटीन सूची से, इंटर-अल्फा-ट्रिप्सिन इनहिबिटर भारी श्रृंखला H4 का चयन करें। सुनिश्चित करें कि प्रजाति चयन डिफ़ॉल्ट रूप से होमो सेपियन्स है। ग्लाइकन प्रकार में लिंक किए गए N-चयनित करें. सभी साइटों का चयन रद्द करने के लिए साइट के बाईं ओर पहले माइनस साइन पर क्लिक करके साइट सूची में केवल Thr-725 का चयन करें, और फिर सूची से केवल Thr-725 का चयन करके साइट सूची में केवल Thr-725 का चयन करें।
    2. चयन में जोड़ें बटन पर क्लिक करें (ध्यान दें कि छह रचनाएं Thr-725 के साथ जुड़ी हुई हैं)। जुड़े हुए रचनाओं के ग्राफ को प्रदर्शित करने के लिए कम्प्यूट ग्राफ बटन पर क्लिक करें (अनुपूरक चित्र8)।
    3. प्रदर्शित ग्राफ का निरीक्षण करें, जो नीले रंग में लेख डेटासेट की 20 ओ-लिंक्ड रचनाओं में से 17 अद्वितीय रचनाओं को दिखाता है और लाल रंग में डेटाबेस में छह में से तीन अद्वितीय हैं। दूसरे शब्दों में, दो स्रोतों के बीच ओवरलैप तीन रचनाओं में मौजूद है जो मैजेंटा में दर्शाए गए हैं। ध्यान दें कि ग्राफ का 45° रोटेशन स्वचालित रूप से उत्पन्न होता है।
      नोट:: वर्चुअल नोड्स की संख्या एक से कम है। जैसा कि यह पता चला है, H2N2S1 लेख डेटासेट की 20 ओ-लिंक्ड रचनाओं में गायब है और एक आभासी नोड के रूप में प्रतिनिधित्व किया गया है, अब डेटाबेस में इंटर-अल्फा-ट्रिप्सिन अवरोधक भारी श्रृंखला H4 के Thr-725 से जुड़ी एक अतिरिक्त संरचना से भरा हुआ है। यह ग्राफ की टोपोलॉजी को सरल बनाता है क्योंकि दो अन्य वर्चुअल नोड्स को बेकार कर दिया जाता है क्योंकि वे H1N2S1 और H2N2S2 के बीच के अंतर को भरने के लिए वैकल्पिक विकल्प थे। फिर भी, डेटाबेस से आयातित एक दूसरी संरचना को अलग किया जाएगा यदि दो नए वैकल्पिक वर्चुअल नोड्स H2N2F1S1 और H1N2F2S1 के निर्माण के लिए नहीं।
    4. वर्चुअल नोड्स को समझने के लिए, जाँचें कि क्या संबंधित रचनाएँ GlyConnect में मौजूद हैं। ऐसा करने के लिए, ग्राफ़ के नीचे निर्यात बटन पर क्लिक करें। केवल अन्य सभी विकल्पों का चयन रद्द करके वर्चुअल का चयन करें. 8 रचनाओं के चयन की प्रतिलिपि बनाने के लिए क्लिपबोर्ड आइकन पर क्लिक करें।
    5. चयन को Compozitor के कस्टम टैब की क्वेरी विंडो में चिपकाएँ. ग्लाइकन प्रकार फ़ील्ड में O-लिंक्ड का चयन करें. उदाहरण के लिए, 8 रचनाओं की सूची को नाम देने के लिए VN करने के लिए रचनाएँ फ़ील्ड में चयन लेबल सेट करें. चयन में जोड़ें बटन पर क्लिक करें, और फिर ग्राफ़ की गणना करें बटन पर क्लिक करें. सभी वर्चुअल नोड्स अब हरे नोड्स (चित्रा 8) के रूप में प्रदर्शित होते हैं।

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Representative Results

प्रोटोकॉल (अनुभाग 1) के पहले भाग से पता चला है कि ग्लाइकनेक्ट प्लेटफ़ॉर्म का उपयोग करके मानव प्रोस्टेट विशिष्ट एंटीजन (पीएसए) के एएसएन -69 पर संलग्न एन-ग्लाइकन की विशिष्टता या समानता की जांच कैसे करें। ऊतक-निर्भर (मूत्र और सेमिनल तरल पदार्थ), साथ ही ग्लाइकन अभिव्यक्ति में आइसोफॉर्म-निर्भर (सामान्य और उच्च पीआई) विविधताओं को दो विज़ुअलाइज़िंग टूल (चित्रा 4 और चित्रा 5) का उपयोग करके जोर दिया गया था।

सबसे पहले, GlyConnect ऑक्टोपस, जो डेटाबेस में संग्रहीत संस्थाओं के बीच संघों को प्रदर्शित करता है, ने (1) ऑक्टोपस में दिखाए जाने वाले विभिन्न निकायों का चयन करने और (2) संबंधित प्रविष्टियों की जांच करने के लिए लिंक पर क्लिक करने के माध्यम से प्रासंगिक जानकारी का पता लगाने का अवसर प्रदान किया। परिणाम ऊतक के आधार पर विशिष्ट संघ थे।

दूसरा, GlyConnect Compozitor, मूल रूप से ग्लाइकोपेप्टाइड पहचान के लिए एक संरचना फ़ाइल को परिभाषित / परिष्कृत करने के लिए डिज़ाइन किया गया था, का उपयोग दो ज्ञात पीएसए आइसोफोर्म (सामान्य और उच्च पीआई) में ग्लाइकन अभिव्यक्ति का आकलन करने के लिए किया गया था। प्रत्येक आइसोफोर्म ग्लाइकोम की तुलना ने चार नोड्स (रचनाओं) को बाहर निकालने के लिए एक अच्छी तरह से जुड़े ग्राफ का उत्पादन किया, जिनमें से दो उच्च पीआई आइसोफोर्म की विशेषता हैं। भले ही ग्लाइकोम ओवरलैप महत्वपूर्ण है, ग्लाइकन प्रॉपर्टी बार चार्ट ने आम से उच्च पीआई आइसोफोर्म (पूरक चित्रा 5) तक सियालीकरण की एक बूंद दिखाई।

इसके अलावा, UniLectin3D की खोज पीएसए ग्लाइकोम के संभावित पाठक के रूप में गैलेक्टिन -8 को एकल करती है क्योंकि उत्तरार्द्ध में एक NeuAc (a2-3) Gal (b1-4) GlcNac टर्मिनल एपिटोप के साथ कई संरचनाएं शामिल हैं। यह अनुसरण करने के लिए एक लीड प्रदान करता है और इसे अंतिम सबूत के रूप में नहीं माना जा सकता है। फिर भी, पीएसए और गैलेक्टिन को प्रोस्टेट कैंसर 29 में एक आवश्यक भूमिका निभाने के लिए जाना जाता है और गैलेक्टिन -8 की विशिष्ट भूमिका को हाल ही में हाइलाइट किया गया था। प्रोटोकॉल का पहला भाग ग्लाइकन द्वारा मध्यस्थता किए गए प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन के लिए एक संभावित परिदृश्य स्थापित करने के लिए संरचनात्मक (ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स) और कार्यात्मक (बाध्यकारी) डेटा को सहसंबंधित करता है।

प्रोटोकॉल (अनुभाग 2) के दूसरे भाग में, एक विशेष ऊतक (मानव सीरम) से जुड़े ओ-ग्लाइकन रचनाओं के एक उच्च-गुणवत्ता वाले सेट की जांच की गई थी और ग्लाइकन डेटाबेस सामग्री की तुलना की गई थी, जिससे ग्लाइकोपेप्टाइड्स की परिष्कृत पहचान के लिए ग्लाइकन संरचना फ़ाइल को अनुकूलित करने का विकल्प प्रदान किया गया था (चित्रा 7 और चित्रा 8)। ). यह एक डेटासेट (एचजीआई चुनौती परिणाम) से उपलब्ध 20 रचनाओं के न्यूनतम सेट पर भरोसा कर सकता है या सेट की स्थिरता को मजबूत करने के लिए GlyConnect में तर्कसंगत रूप से एकत्र किए गए 23 से 26 आइटमों के साथ बढ़ाया जा सकता है।

लाल हल्का नारंगी हरा हल्का नीला बैंगनी गुलाबी गहरा नीला भूरा गहरा नारंगी
प्रजातियां प्रोटीन ऊतक स्रोत निर्माण संयोजन रोग संदर्भ ग्लाइकोसाइट पेप्टाइड

तालिका 1: GlyConnect डेटाबेस की प्रत्येक एंटिटी के साथ संबद्ध रंग योजना और पूरे समय मान्य है।

Figure 1
चित्रा 1: GlyConnect के लिए Glyco@Expasy की निर्भरता पहिया instantiated. कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 2
चित्रा 2: एक चयनित ग्लाइकन संरचना के लिए ग्लाइकन संरचना का सुझाव दिया। एक ही ग्लाइकोप्रोटीन को लक्षित करने वाले ग्लाइकोप्रोटिओमिक प्रयोग की ग्लाइकन संरचना के लिए एक ग्लाइकोमिक्स प्रयोग से ग्लाइकन संरचना का सुझाव दिया गया है, यहां मानव प्रोस्टेट विशिष्ट एंटीजन (पीएसए), जैसा कि पीएसए के लिए ग्लाइकन कनेक्ट पृष्ठ में प्रस्तावित है (आईडी: 790)। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 3
चित्रा 3: पीएसए के लिए GlyConnect पृष्ठ के साइड राइट मेनू। अन्य प्रमुख डेटाबेस के लिए क्लिक करने योग्य क्रॉस-संदर्भ और पीडीबी में मौजूदा 3 डी संरचना के LiteMol ग्लाइकन प्लगइन के साथ प्रदर्शित करें। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 4
चित्रा 4: GlyConnect ऑक्टोपस का आउटपुट प्रोटीन और ग्लाइकन के बीच ऊतक-निर्भर संघों को दर्शाता है। क्वेरी हाइब्रिड और Sialylated इन मानदंडों से मेल खाने वाली सभी रचनाओं को वापस कर दिया है और प्रत्येक रचना डेटाबेस में दर्ज प्रोटीन और ग्लाइकन के बारे में संबंधित जानकारी को एक साथ जोड़ती है। ध्यान दें कि डिफ़ॉल्ट रूप से प्रजातियाँ होमो सेपियन्स पर सेट है लेकिन यह विकल्प परिवर्तनीय है। यहां, GlyConnect ऑक्टोपस सभी मानव प्रोटीन (बाएं नोड्स) को प्रदर्शित करता है जो उन ऊतकों के साथ हाइब्रिड और सियालाइलेटेड ग्लाइकन संरचनाओं (दाएं नोड्स) को ले जाता है जिसमें वे व्यक्त किए जाते हैं (केंद्र नोड्स)। (ए) मूत्र के साथ संघों को दो प्रोटीनों को दिखाते हुए हाइलाइट किया गया है: कोरियोगोनाडोट्रोपिन (GLHA_HUMAN) और पीएसए सामान्य आइसोफोर्म (KLK3_HUMAN) बिखरे हुए (विषम) ग्लाइकन संरचनाओं से जुड़े हुए हैं। (बी) सेमिनल द्रव के साथ संघों को पीएसए (KLK3_HUMAN) के दो प्रोटीन आइसोफोर्मों को दर्शाते हुए हाइलाइट किया गया है जो समूहीकृत (समान) ग्लाइकन संरचनाओं से जुड़े हैं। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 5
चित्रा 5: GlyConnect Compozitor का आउटपुट पीएसए के दो आइसोफॉर्मों के सुपरइम्पोज्ड एन-ग्लाइकोम दिखा रहा है। संघनित संकेतन में रचनाएँ प्रत्येक नोड लेबल करती हैं. आम आइसोफोर्म से जुड़े ग्लाइकन को नीले नोड्स के रूप में और उच्च पीआई आइसोफॉर्म के लोगों को लाल नोड्स के रूप में दर्शाया जाता है। ग्लाइकोम के बीच ओवरलैप को मैजेंटा नोड्स के रूप में दिखाया गया है। नोड्स के अंदर की संख्या पीएसए के बारे में GlyConnect डेटाबेस की सामग्री के अनुसार लेबल की गई संरचना से मेल खाने वाली ग्लाइकन संरचनाओं की संख्या का प्रतिनिधित्व करती है। दिखाए गए Compozitor ग्राफ को कच्चे आउटपुट से थोड़ा संशोधित किया गया है ताकि नेटवर्क को विघटित किया जा सके जो D3.js लाइब्रेरी द्वारा उत्पन्न होता है। ऐसा करना आसान है क्योंकि किसी भी नोड को ब्राउज़र विंडो स्पेस में खींचा जा सकता है जहां भी कोई उपयोगकर्ता चाहता है, और इस प्रकार पथों को छोटा या फैलाया जा सकता है। उपयोगकर्ता ज़ूम ऑन फ़ील्ड में शीर्ष-दाएँ कोने में ज़ूम ऑन फ़ील्ड में एक विशिष्ट रचना लिख सकते हैं ताकि संबंधित नोड पर ग्राफ़ को ज़ूम इन और केंद्र में रखा जा सके. कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 6
चित्रा 6: NeuAc (a2-3) Gal (b1-4) GlcNAc बाध्यकारी विवरण के साथ मानव गैलेक्टिन -8 की सारांश प्रविष्टि। हरे रंग के दृश्य पर क्लिक करने पर 3 डी संरचना और सूचना बटन (एक लाल दीर्घवृत्त के साथ इंगित किया गया) एक नया पृष्ठ खोलता है जिसमें अवशेष इंटरैक्शन पर एक क्लोज-अप को पीएलआईपी एप्लिकेशन (लाल तीर द्वारा इंगित) के साथ प्रदर्शित किया जाता है। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 7
चित्रा 7: GlyConnect Compozitor का आउटपुट एचजीआई चुनौती के मानव सीरम उच्च आत्मविश्वास डेटासेट के ओ-ग्लाइकोम को दिखा रहा है। वर्चुअल नोड्स के बिना (पाठ देखें), उस ग्राफ़ की कनेक्टिविटी कम है। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

Figure 8
चित्रा 8: GlyConnect Compozitor का आउटपुट GlyConnect डेटाबेस सामग्री का उपयोग करके HGI चुनौती के मानव सीरम उच्च आत्मविश्वास डेटासेट के O-ग्लाइकोम के पूरा होने की संभावना दिखा रहा है। Compozitor के कस्टम टैब का उपयोग कर पूरे GlyConnect डेटाबेस की सामग्री तक पहुँचने से पता चलता है कि वर्चुअल नोड्स के संगत रचनाओं को नोड लेबल में हाइलाइट किए गए के रूप में मौजूदा परिभाषित संरचनाओं के साथ मैप किया गया है। नोड आकार डेटाबेस में संग्रहीत संदर्भों की संख्या और संबंधित संरचना की रिपोर्टिंग का प्रतिनिधित्व करता है। नोड्स का सांख्यिक लेबल GlyConnect में संग्रहीत संबंधित संरचनाओं की संख्या को दर्शाता है। चयनित रचनाओं में डेटाबेस में शून्य से अठारह संभावित मैच प्रतीत होते हैं। वास्तव में, ये नोड्स केवल प्रयोगात्मक डेटासेट की सामग्री के प्रतिबिंब के रूप में आभासी हैं। इन अतिरिक्त नोड्स के यथार्थवाद का परीक्षण करने के लिए ग्राफ में जानकारी को परिष्कृत करने की सिफारिश की जाती है। कृपया इस आंकड़े का एक बड़ा संस्करण देखने के लिए यहाँ क्लिक करें.

अनुपूरक चित्रा 1: Glyco@Expasy मुखपृष्ठ का बुलबुला चार्ट. ग्लाइकोप्रोटीन श्रेणी पर ध्यान केंद्रित करने के लिए Glyco@Expasy मुखपृष्ठ के बबल चार्ट में ज़ूम करना। सॉफ्टवेयर हरे बुलबुले और पीले बुलबुले में डेटाबेस में दिखाया गया है. किसी भी बुलबुले पर क्लिक करना संसाधन के उद्देश्य को सारांशित करता है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 2: ऑक्टोपस-पुनर्प्राप्त संघों संरचना के आधार पर क्वेरी से मेल खाते हैं। मानव प्रोटीन (बाएं नोड्स) का डिफ़ॉल्ट GlyConnect ऑक्टोपस डिस्प्ले हाइब्रिड और सियालाइलेटेड ग्लाइकन संरचनाओं (दाएं नोड्स) को मिलान रचनाओं (केंद्र नोड्स) के साथ ले जाता है। संरचना H6N4F12S1 दोनों पीएसए isoforms (KLK3_HUMAN) के लिए अद्वितीय प्रतीत होता है। अद्वितीय संरचना आईडी (10996) पर क्लिक करने से संबंधित पृष्ठ को विवरण के साथ खोलता है जो दिखाता है कि दो आइसोफॉर्म वास्तव में इस विशेष ग्लाइकन को ले जाने वाले एकमात्र प्रोटीन हैं। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 3: ऑक्टोपस-पुनर्प्राप्त संघों रोग के आधार पर क्वेरी से मेल खाते हैं। सभी मानव प्रोटीन (बाएं नोड्स) का ग्लाइकन ऑक्टोपस डिस्प्ले हाइब्रिड और सियालाइलेटेड ग्लाइकन संरचनाओं (दाएं नोड्स) को उन बीमारियों के साथ ले जाता है जिनमें वे व्यक्त किए जाते हैं (केंद्र नोड्स)। प्रोस्टेट कैंसर के साथ संघों को पीएसए (KLK3_HUMAN) के सामान्य आइसोफोर्म को दिखाते हुए हाइलाइट किया गया है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 4: ऑक्टोपस-पुनर्प्राप्त संघों ऊतक जानकारी के आधार पर क्वेरी मिलान. सभी मानव प्रोटीन (बाएं नोड्स) का ग्लाइकनेक्ट ऑक्टोपस प्रदर्शन द्वि-एंटीनारी ग्लाइकन संरचनाओं को ले जाता है, जिसमें NeuAc (a1-3) Gal (b1-4) GlcNac आकृति (दाएं नोड्स) ऊतकों के साथ शामिल हैं जिसमें वे व्यक्त किए जाते हैं (केंद्र नोड्स)। सेमिनल द्रव के साथ संघों को पीएसए (KLK3_HUMAN) और सात संरचनाओं के केवल सामान्य आइसोफोर्म को दिखाते हुए हाइलाइट किया गया है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 5: GlyConnect Compozitor का आउटपुट पीएसए के दो आइसोफॉर्मों के सुपरइम्पोज्ड एन-ग्लाइकोम दिखा रहा है। संघनित संकेतन में रचनाएं प्रत्येक नोड को लेबल कर रही हैं। आम आइसोफोर्म से जुड़े ग्लाइकन को नीले नोड्स के रूप में और उच्च पीआई आइसोफॉर्म के लोगों को लाल नोड्स के रूप में दर्शाया जाता है। ग्लाइकोम के बीच ओवरलैप को मैजेंटा नोड्स के रूप में दिखाया गया है। नोड्स के अंदर की संख्या पीएसए के बारे में GlyConnect डेटाबेस की सामग्री के अनुसार लेबल की गई संरचना से मेल खाने वाली ग्लाइकन संरचनाओं की संख्या का प्रतिनिधित्व करती है। ग्लाइकन गुणों के बार चार्ट पर मूसिंग आवृत्ति और नोड्स के बीच नारंगी बुलबुले के रूप में पत्राचार दिखाता है। लगभग सभी पीएसए सामान्य आइसोफोर्म नोड्स को कवर किया जाता है। यह आवृत्ति उच्च पीआई आइसोफोर्म में गिरती है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 6: UniLectin3D में ग्लाइकन खोज इंटरफ़ेस. सियालिक एसिड SNFG प्रतीक (लाल रंग में गोलाकार) पर क्लिक करने से उन सभी लिगेंडों की खोज शुरू होती है जिनमें NeuAc होता है, जो UniLectin3D में संग्रहीत होता है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 7: NeuAc वाले सभी लिगेंडों के लिए खोज के आउटपुट का अंश। NeuAc (a2-3) Gal(b1- 4)GlcNAc ब्याज की आकृति लाल रंग में गोलाकार है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

अनुपूरक चित्रा 8: GlyConnect Compozitor का आउटपुट HGI डेटासेट के O-ग्लाइकोम को GlyConnect में एक के साथ सुपरइम्पोज़ किया गया है। GlyConnect Compozitor का आउटपुट नीले रंग में HGI चुनौती के मानव सीरम उच्च आत्मविश्वास डेटासेट के ओ-ग्लाइकोम को दर्शाता है, जो संदर्भ के साथ सूचीबद्ध 37 में से एक ओ-ग्लाइकोसिलेटेड प्रोटीन के ओ-ग्लाइकोम के साथ अतिरंजित होता है, यानी, GlyConnect में निहित अतिरिक्त जानकारी के साथ इंटर-अल्फा-ट्रिप्सिन इनहिबिटर भारी श्रृंखला H4। यह ग्राफ की कनेक्टिविटी को बढ़ाता है। कृपया इस फ़ाइल को डाउनलोड करने के लिए यहाँ क्लिक करें।

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Discussion

GlyConnect ऑक्टोपस अप्रत्याशित सहसंबंधों को प्रकट करने के लिए एक उपकरण के रूप में
GlyConnect ऑक्टोपस मूल रूप से ग्लाइकन की एक ढीली परिभाषा के साथ डेटाबेस को क्वेरी करने के लिए डिज़ाइन किया गया था। दरअसल, साहित्य अक्सर ग्लाइकोम में ग्लाइकन की मुख्य विशेषताओं की रिपोर्ट करता है जैसे कि फ्यूकोसिलेटेड या सियालेटेड होना, दो या दो से अधिक एंटीना से बना होना, आदि। इसके अलावा, ग्लाइकन चाहे एन- या ओ-लिंक्ड को कोर में वर्गीकृत किया जाता है, जैसा कि ग्लाइकोबायोलॉजी 1 के संदर्भ मैनुअल अनिवार्यताओं में विस्तृत है, जो अक्सर प्रकाशित लेखों में भी उद्धृत किए जाते हैं। अंत में, ग्लाइकन एपिटोप जैसे कि रक्त समूह एंटीजन संरचनाओं में एक और संपत्ति की मांग की जाती है और संभावित रूप से ग्लाइकन टाइप करने के लिए एकल होती है। अंत में, यह एक विशिष्ट ऊतक या चयनित प्रजातियों में व्यक्त ग्लाइकोम की सामान्य या विशिष्ट विशेषताओं की खोज करने के लिए प्रासंगिक हो सकता है। उस अर्थ में, एकत्र की गई जानकारी का उपयोग अद्वितीय तथ्यों के विपरीत नई मान्यताओं के स्रोत के रूप में किया जाना चाहिए।

GlyConnect Compozitor एक ग्लाइकन संरचना सेट को आकार देने के लिए एक उपकरण के रूप में
एक प्रोटीन पृष्ठ में वर्णित संरचनात्मक जानकारी ब्राउज़ करने की सीमाएं हैं क्योंकि सूचियां आइटम की गई संरचनाओं के साथ-साथ रचनाओं के बीच संबंधों को अस्पष्ट करती हैं। GlyConnect ऑक्टोपस पूर्व और GlyConnect Compozitor को उत्तरार्द्ध में भाग लेता है। अधिकांश GlyConnect प्रविष्टियों में सूचीबद्ध संरचनाओं पर एक सावधानीपूर्वक नज़र आम उपसंरचनाओं के अस्तित्व का पता चलता है। फिर भी इस जानकारी को एक समर्पित दर्शक की मदद के बिना नेत्रहीन रूप से समझना आसान नहीं है।

ग्लाइकन संरचना फ़ाइल की सामग्री ग्लाइकोपेप्टाइड पहचान सॉफ़्टवेयर के एक प्रमुख पैरामीटर के रूप में ग्लाइकन समूह की पहचान का समर्थन करती है, जिसे एचजीआई चुनौती के परिणामों का विश्लेषण करके स्थापित किया गया था। अधिकांश शास्त्रीय प्रोटिओमिक्स खोज इंजन एक संग्रह से ग्लाइको-आधारित संशोधनों के चयन को समायोजित करते हैं जो डेटाबेस / रिपॉजिटरीज़ या साहित्य में एकत्र किए गए डेटा से प्राप्त होता है। अन्य ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स समर्पित उपकरण ग्लाइकन जैवसंश्लेषण के ज्ञान का उपयोग करते हैं। इस तरह, संरचना फ़ाइल को सैद्धांतिक रूप से अपेक्षित एंजाइमेटिक गतिविधि के परिणाम के रूप में परिभाषित किया गया है। अंत में, खोज इंजन के रूप में कई संरचना फ़ाइलें हैं और उनके बीच ओवरलैप अत्यधिक परिवर्तनशील है। फिर भी, प्रोटिओमिक्स में पिछले अनुभव से सीखना, खासकर जब पोस्टट्रांसलेशनल संशोधनों के लिए जिम्मेदार होते हैं, तो पता चलता है कि खोज इंजन का प्रदर्शन खोज स्पेस 31 को सीमित करने के साथ सहसंबद्ध है। इसी तरह की टिप्पणियां ग्लाइकोप्रोटिओमिक्स में की जाती हैं और GlyConnect Compozitor को शिक्षित संरचना डेटा चयन का समर्थन करने के लिए डिज़ाइन किया गया था, जिसके महत्व पर पहले चर्चा की गई थी32।

इस उपकरण के उपयोग को प्रोटोकॉल में अपूर्ण रूप से चित्रित किया गया था, विशेष रूप से उन्नत टैब के बारे में जिसमें क्वेरीज़ जो सीधे अपने एपीआई (एप्लिकेशन प्रोग्रामिंग इंटरफ़ेस) के माध्यम से GlyConnect तक प्रोग्रामेटिक एक्सेस लॉन्च करते हैं, उन्हें व्यक्त किया जा सकता है। उदाहरण के लिए, टाइपिंग वर्गीकरण = होमो सेपियन्स &glycanType = एन-लिंक्ड &tissue = मूत्र और रोग = प्रोस्टेट कैंसर उन्नत टैब की क्वेरी विंडो में स्रोत टैब में संबंधित क्षेत्रों को भरने के बराबर है (प्रजातियों में होमो सेपियन्स का चयन करना, ऊतक में मूत्र, और ग्लाइकन प्रकार में एन-लिंक्ड) और रोग टैब (प्रजातियों में होमो सेपियन्स का चयन करना, रोग में प्रोस्टेट कैंसर और ग्लाइकन प्रकार में एन-लिंक्ड)। दूसरे शब्दों में, यह एक चरण में एक परिणाम प्रदान करता है जिसके लिए कई चयनों की आवश्यकता होगी।

अंत में, जबकि वर्चुअल नोड्स के निर्माण को प्रोटोकॉल में समझाया गया है, उनके संभावित अतिरेक को एक अतिरिक्त टिप्पणी की आवश्यकता होती है। दो समवर्ती विकल्प अप्रभेद्य हो सकते हैं क्योंकि ग्राफ में एंजाइमों की नकली कार्रवाई एंजाइम गतिविधियों के कालक्रम के लिए जिम्मेदार नहीं है। यही कारण है कि कॉम्पोज़िटर दो आभासी नोड्स के माध्यम से दो पथों का सुझाव देता है ताकि मोनोसेकेराइड के अनुरूप दो असंबद्ध नोड्स को दो अंतरों तक गिना जा सके। नए डेटा को शामिल करना अक्सर लापता लिंक प्रदान करता है। उपयोगकर्ता हमेशा वर्चुअल नोड्स पर विचार करने या खारिज करने के लिए स्वतंत्र है, (un) वर्चुअल नोड्स शामिल करें बॉक्स में टिक करके।

ज्ञात डेटाबेस और सॉफ़्टवेयर सीमाएँ
कुल मिलाकर, वेब पर किसी भी नेविगेशन के साथ, ऊपर वर्णित प्रोटोकॉल कभी-कभी एक गैर-मौजूद पृष्ठ की ओर ले जाते हैं, अक्सर एक साइट के अपडेट या दो साइटों के बीच अपडेट के संघर्ष के कारण। इस मामले में और, वास्तव में, उन सभी मामलों में जहां नेविगेशन बह नहीं रहा है, सबसे आसान एक्सपैसी हेल्पडेस्क को एक नोट भेजना है, जिसकी दक्षता ने पिछले 28 वर्षों में पोर्टल की सफलता में महत्वपूर्ण योगदान दिया है।

GlyConnect की सामग्री साहित्य में वर्तमान असंतुलन के प्रतिबिंब के रूप में पक्षपाती है। अधिकांश प्रकाशन स्तनधारियों में एन-ग्लाइकोसिलेशन की रिपोर्ट करते हैं और डेटाबेस मानव एन-ग्लाइकोप्रोटीन में समृद्ध है। फिर भी, हमें अतीत में कम सामान्य डेटासेट को शामिल करने और सलाह और सुझाव प्राप्त करने के लिए पूरी तरह से खुले रहने के लिए कहा गया है।

इसके अलावा, Compozitor वर्तमान में तीन संरचना डेटासेट की तुलना तक सीमित है। ऑक्टोपस में निर्धारक सबटैब के एक प्रमुख संशोधन की योजना बनाई गई है। Glyco@Expasy के संसाधनों को नियमित रूप से अपडेट की आवश्यकता होती है और कुछ को उचित समय पर नहीं किया जा सकता है; फिर भी, चेतावनियां और / या घोषणाएं प्रकाशित की जाती हैं जब ऐसा होता है।

पार्टनर पोर्टल, जिसे GlyGen (https://www.glygen.org) और GlyCosmos (https://www.glycosmos.org) के रूप में जाना जाता है, विभिन्न विकल्प और उपकरण प्रदान करते हैं। आखिरकार, किसी भी विकल्प पर ब्राउज़िंग और खोज जानकारी उच्च स्तर की व्यक्तिपरकता पर जोर देती है और काफी हद तक उपयोगकर्ताओं की आदतों और चिंताओं पर निर्भर करती है। हम केवल आशा कर सकते हैं कि हमारा समाधान समुदाय के एक हिस्से के अनुरूप है।

ग्लाइकोसाइंस का इनपुट जीवन विज्ञान परियोजनाओं में बढ़ रहा है और स्वास्थ्य के मुद्दों में ग्लाइकन की भूमिका स्थापित करने वाले अध्ययनों का लगातार उत्पादन किया जाता है। सार्स-कोव -2 पर हाल के फोकस ने ग्लाइकोसिलेटेड प्रोटीन के महत्व को फिर से प्रकट किया, विशेष रूप से संरचनात्मक दृष्टिकोण 33 में। ग्लाइकोइन्फॉर्मेटिक्स डेटा विश्लेषण और व्याख्या के दैनिक कार्यों में ग्लाइकोसाइंटिस्ट का समर्थन करता है।

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Disclosures

लेखकों ने हितों के टकराव की घोषणा नहीं की है।

Acknowledgments

लेखक गर्मजोशी से इस ट्यूटोरियल में उपयोग किए जाने वाले संसाधनों को विकसित करने में शामिल प्रोटिओम इंफॉर्मेटिक्स ग्रुप के पिछले और वर्तमान सदस्यों को स्वीकार करता है, विशेष रूप से, ग्लाइकनेक्ट के लिए जूलियन मैरिथोज़ और कैथरीन हेस, यूनिलेक्टिन के लिए फ्रैंकोइस बोनार्डेल, डेविड अलोक्सी, और ऑक्टोपस के लिए फ्रेडरिक निकिटिन, और ऑक्टोपस पर कॉम्पोज़िटर और अंतिम स्पर्श के लिए थिबाल्ट रॉबिन।

glyco@Expasy परियोजना का विकास शिक्षा, अनुसंधान और नवाचार (SERI) के लिए राज्य सचिवालय के माध्यम से स्विस संघीय सरकार द्वारा समर्थित है और वर्तमान में स्विस नेशनल साइंस फाउंडेशन (SNSF: 31003A_179249) द्वारा पूरक है। ExPASy स्विस इंस्टीट्यूट ऑफ बायोइन्फॉर्मेटिक्स द्वारा बनाए रखा जाता है और वाइटल-आईटी योग्यता केंद्र में होस्ट किया जाता है। लेखक ने एएनआर पीआईए Glyco@Alps (एएनआर -15-आईडीईएक्स -02), एलायंस कैंपस रोडानियन को-फंड (http://campusrhodanien.unige-cofunds.ch) लैबेक्स आर्केन / सीबीएच-यूरो-जीएस (एएनआर -17-यूरो-0003) द्वारा संयुक्त रूप से समर्थित यूनिलेक्टिन प्लेटफॉर्म पर उत्कृष्ट सहयोग के लिए ऐनी इम्बर्टी को भी स्वीकार किया है।

Materials

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जीव विज्ञान अंक 179
ग्लाइकन-मध्यस्थता प्रोटीन इंटरैक्शन के अध्ययन के लिए जैव सूचना विज्ञान संसाधन
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Lisacek, F. Bioinformatics Resources … More

Lisacek, F. Bioinformatics Resources for the Study of Glycan-Mediated Protein Interactions. J. Vis. Exp. (179), e63356, doi:10.3791/63356 (2022).

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