Article de recherche
Ici, un protocole microbiologique rétrospectif est présenté pour analyser des échantillons des voies respiratoires inférieures chez les patients en unité de soins intensifs, incluant le traitement en culture, l’identification de la SEP MALDI-TOF et la comparaison des distributions des pathogènes bactériens chez les patients négatifs au COVID-19 avant et après la pandémie de COVID-19.
Pour comparer la répartition des agents pathogènes bactériens isolés à partir d’échantillons des voies respiratoires inférieures chez les patients négatifs aux soins intensifs COVID-19 avant et après la pandémie de COVID-19, les résultats de culture des patients admis en unité de soins intensifs des maladies pulmonaires d’un hôpital universitaire ont été analysés rétrospectivement. Les patients sans suspicion clinique ou radiologique de COVID-19 et avec des résultats PCR négatifs ont été inclus et classés comme pré-COVID-19 ou post-COVID-19 selon mars 2020. Les spécimens ont été cultivés sur des agres sanguins de mouton à 5 %, des agres bleu de méthylène à éosine et des agres chocolat, et évalués après une incubation de 24 à 48 heures à 37 °C. Seuls les micro-organismes dominants présentant une croissance au moins dans le secteur de la deuxième strie ont été considérés comme cliniquement significatifs. Un total de 1 665 patients ont été inclus, avec une croissance microbienne détectée dans 48,9 % des échantillons, la majorité provenant de la période pré-COVID-19. Acinetobacter baumannii fut l’organisme le plus fréquemment isolé durant les deux périodes. L’analyse de régression logistique a montré une diminution des taux de détection de Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus (rapport de chances ≈0,3), ainsi que d’Escherichia coli (rapport de chances ≈0,4) dans la période post-COVID-19. Les taux de mortalité étaient également plus faibles dans la période post-COVID-19, bien qu’aucune différence significative de type de congé n’ait été observée. La diversité globale des agents pathogènes est restée similaire entre les périodes ; cependant, des diminutions de certaines détections bactériennes ont été observées après le début de la pandémie. Ces résultats pourraient refléter des changements dans les pratiques de contrôle des infections pendant la période pandémique, bien que la causalité ne puisse être établie en raison de la conception rétrospective de l’étude et de l’absence de mesures directes des facteurs contributifs.
Les infections des voies respiratoires inférieures (LRTI) englobent des affections inflammatoires des voies respiratoires, notamment la bronchite, la bronchiectasie, la bronchiolite, l’abcès pulmonaire, l’épanchement pleural etla pneumonie 1. Ces infections représentent une cause majeure de morbidité et de mortalité chez les patients hospitalisés et présentent un risque significatif dans les milieux à haute gravité tels que les unités de soins intensifs (USI)2. Les LRTI représentent environ 10 % à 25 % des infections hospitalières, avec des taux de mortalité rapportés allant de 22 % à 71 % chez les patients ensoins intensifs 3,4. Ils peuvent provenir de pathogènes bactériens, viraux ou fongiques, avec des agents bactériens courants tels que Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae et Staphylococcusaureus 5. Les bacilles à Gram négatif tels qu’Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. et Enterobacter spp. sont fréquemment associés à des LRTI hospitaliers à début tardif, souvent liés à une hospitalisation prolongée et à une colonisation oropharyngéeaccrue 6.
La prise en charge de la pneumonie contractée à l’hôpital est devenue de plus en plus difficile en raison de l’apparition de pathogènes multirésistants aux médicaments. Les résultats cliniques sont influencés non seulement par des facteurs liés au patient, mais aussi par l’organisme causant et son profil de susceptibilitéantimicrobienne 7,8. Par conséquent, la surveillance de la distribution des agents pathogènes en soins intensifs reste essentielle pour orienter la thérapie empirique et améliorer les résultats des patients9.
La pandémie de coronavirus de 2019 (COVID-19) a profondément modifié les systèmes de santé à travers le monde, entraînant des changements significatifs dans les pratiques de contrôle des infections, les stratégies de gestion des patients etl’utilisation des antimicrobiens 10–12. La mise en œuvre accrue des mesures de prévention des infections et l’utilisation généralisée d’antimicrobiens à large spectre durant cette période ont pu influencer l’épidémiologie des agents pathogènes respiratoires en réanimation.
Cette étude visait à identifier les micro-organismes responsables des infections des voies respiratoires inférieures chez les patients en soins intensifs négatifs au COVID-19 et à comparer la distribution des agents pathogènes avant et après la pandémie de COVID-19 en utilisant des méthodes microbiologiques standardisées.
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Le protocole d’étude a été approuvé par le comité d’éthique de la faculté de médecine de l’Université de Harran (décision n° HRU/23.12.23 ; 10 juillet 2023). En raison de la conception rétroactive, le consentement éclairé a été renoncé. Toutes les procédures ont été menées conformément aux normes des laboratoires institutionnels. Les outils de recherche utilisés dans ce protocole sont listés dans le tableau des matériaux.
1. Conception de l’étude et sélection des patients
Les résultats de culture des voies respiratoires inférieures provenant de patients admis en soins intensifs pour maladies pulmonaires d’un hôpital universitaire entre mars 2017 et mars 2023 ont été examinés rétrospectivement. Les patients ont été inclus si la COVID-19 n’était pas suspectée cliniquement ou radiologiquement et si les résultats du test de réaction en chaîne de la polymérase SARS-CoV-2 (PCR) étaient négatifs. Les patients de moins de 18 ans et ceux ayant des résultats positifs à la PCR ont été exclus.
Les patients ont été classés en groupes pré-COVID-19 (avant mars 2020) et post-COVID-19 (mars 2020 et après) en fonction de la date du premier cas confirmé de COVID-19 en Turquie.
2. Collection de spécimens
Les échantillons des voies respiratoires inférieures comprenaient des échantillons de crachats, d’aspiration trachéale profonde (DTA) et de lavage bronchoalvéolaire (BAL) prélevés dans des conditions aseptiques selon les pratiques cliniques standard en réanimation.
Des échantillons de crachats et de DTA ont été prélevés sur des patients intubés et non intubés à l’aide de techniques d’aspiration stériles. Des échantillons de BAL ont été prélevés lors d’une bronchoscopie à fibre optique utilisant une instillation saline stérile suivie d’une aspiration.
3. Évaluation préliminaire du spécimen
Les spécimens de crachats et de DTA ont d’abord été évalués par coloration de Gram. Les échantillons étaient jugés adaptés à la culture s’ils contenaient au moins 25 leucocytes polymorphonucléaires et moins de 10 cellules épithéliales squameuses par champ de faible puissance à un grossissement de 100 fois. Les spécimens ne répondant pas à ces critères ont été exclus.
4. Traitement de la culture
Les spécimens d’expectorations ont été traités selon une méthode de culture qualitative. Les échantillons ont été inoculés sur du agar sanguin de mouton à 5 %, de l’agar bleu de méthylène à éosine et de l’agar chocolat, puis incubés en aérobie à 37 °C et évalués après 24 et 48 heures. Seuls les micro-organismes prédominants présentant une croissance s’étendant au moins jusqu’au deuxième secteur de striation ont été considérés comme cliniquement significatifs.
Les spécimens DTA et BAL ont été traités selon des méthodes de culture quantitative. Les aliquotes ont été inoculées sur le même milieu et incubées dans des conditions identiques. Des seuils de croissance d’au moins 100 000 unités formant des colonies (UFC) par mL pour les DTA et d’au moins 10 000 UFC par mL pour les spécimens de BAL ont été considérés comme significatifs.
5. Identification des micro-organismes
Tous les isolats répondant à des critères prédéfinis ont été identifiés à l’aide de la spectrométrie de masse par désorbation laser assistée par matrice (MALDI-TOF MS) selon les procédures standard de laboratoire.
6. Enregistrement et analyse des données
Les caractéristiques démographiques, les types d’échantillons, les résultats des cultures, les micro-organismes identifiés et les résultats des pertes ont été systématiquement enregistrés. Les distributions des micro-organismes ont été comparées entre les périodes pré- et post-COVID-19.
7. Analyse statistique
Les analyses statistiques ont été réalisées à l’aide de SPSS (version 15.0) et du logiciel Minitab. La normalité des variables continues a été évaluée à l’aide du test de Shapiro-Wilk. Les variables catégorielles ont été comparées à l’aide du test du chi carré. Une analyse de régression logistique a été réalisée pour évaluer les associations entre la distribution des micro-organismes et la mortalité. Une valeur p inférieure à 0,05 était considérée comme statistiquement significative.
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La population étudiée avait entre 18 et 103 ans, avec un âge moyen de 68,95 plus ou moins 15,00. Les femmes représentaient 34,4 % (n = 572) et les hommes 65,6 % (n = 1093) des participants. Globalement, 42,3 % (n = 704) des patients ont été sortis de l’hôpital, tandis que la mortalité concernait 57,7 %. Une croissance microbienne a été détectée dans 48,9 % (n = 815) des cultures, tandis qu’aucune croissance n’a été observée dans 51,1 % (n = 850).
Les types d’échantillons comprenaient les crach...
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Les infections se développant en unités de soins intensifs sont associées à une morbidité et une mortalité élevées, et l’identification des agents microbiologiques causaux reste essentielle pour des stratégies efficaces de prévention etde traitement 1,7. Cette étude a évalué les agents pathogènes des voies respiratoires inférieures isolés dans une unité de soins intensifs pour maladies pulmonaires sur une période de six ans et a ...
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Les auteurs déclarent qu’ils n’ont aucun conflit d’intérêts.
Les auteurs reconnaissent le soutien institutionnel fourni par l’administration hospitalière pendant la période d’étude.
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| Nom | Entreprise | Numéro de catalogue | Commentaires |
|---|---|---|---|
| Ensemble de collecte pour lavage bronchoalvéolaire | Ne s'applique pas | Ne s'applique pas | Utilisé pour la collecte d'échantillons de LBAL |
| Agar chocolat | RTA | Ne s'applique pas | Milieu de culture pour échantillons respiratoires |
| Cathéter d'aspiration trachéale profonde | Ne s'applique pas | Ne s'applique pas | Utilisé pour la collecte d'échantillons d'ATD |
| Agar éosine méthylène bleu | RTA | Ne s'applique pas | Milieu sélectif pour bactéries Gram négatives |
| Réactifs de coloration de Gram | Ne s'applique pas | Ne s'applique pas | Utilisés pour l'évaluation microscopique préliminaire |
| Incubateur (37 ºC) | Ne s'applique pas | Ne s'applique pas | Utilisé pour l'incubation des cultures |
| Système MALDI-TOF MS (VITEK MS) | bioMérieux | Ne s'applique pas | Utilisé pour l'identification bactérienne |
| Solution matricielle pour MALDI-TOF MS | bioMérieux | Ne s'applique pas | Utilisé selon les instructions du fabricant |
| Agar au sang de mouton (5%) | RTA | Ne s'applique pas | Milieu de culture primaire |
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