Génération de base de données complète en oncologie thoracique - Outil de recherche translationnelle

Selon un paradigme moderne de la recherche sur le cancer, la compréhension des altérations génétiques menant au cancer permettra d’améliorer la prévention, la détection précoce, l’identification de marqueurs pronostiques et la mise au point de thérapies ciblées. Cette base de données d’oncologie dans Microsoft Access s’étend sur sept tables principales, notamment une table de patient avec des informations cliniques, une table TMA avec des données d’expression de protéines et une table d’échantillons d’ADN. Avec les données mutationnelles, des relations sont développées pour relier les données entre les tables afin que les études de laboratoire des tissus appartenant à un patient particulier puissent être liées à ses antécédents cliniques.

Les données liées peuvent ensuite être récupérées via une requête de la base de données et analysées statistiquement pour déterminer les relations entre l’expression des protéines, l’ADN, les mutations et les résultats cliniques. En fin de compte, la mise en relation des données cliniques et de laboratoire facilite l’étude des aberrations génétiques et de l’expression des protéines du point de vue des paramètres cliniques chez les patients atteints de cancer. Un élément clé de la recherche translationnelle est la capacité d’accumuler des données de recherche clinique et de recherche en sciences fondamentales, et de fusionner les deux dans une relation significative.

Cependant, les outils bioinformatiques nécessaires pour ce faire sont souvent limités et dépendent des institutions. Cette base de données a été développée pour aider nos chercheurs à répondre à des questions clés pertinentes à la recherche translationnelle sur le cancer, telles que la façon dont la constitution génétique et protéomique d’un patient peut contribuer à certains paramètres cliniques, tels que la réponse au traitement ou la survie. Bien que cette base de données ait été développée pour les chercheurs et les cliniciens impliqués dans les tumeurs malignes thoraciques, ce modèle peut être appliqué à d’autres maladies et pour répondre aux besoins des chercheurs et d’autres institutions.

Nous espérons que vous adopterez ce protocole pour vos propres projets de bases de données. Avant de lancer un projet de base de données translationnelle, il est essentiel d’élaborer des protocoles approuvés par l’IRB. Pour protéger la confidentialité des patients, étiquetez tous les échantillons, tissus, sang ou autres fluides corporels collectés avec un identificateur unique à code-barres et documentez-les de manière appropriée dans le formulaire d’approvisionnement en échantillons.

Pour commencer à développer la base de données, créez d’abord des tables primaires pour capturer les domaines d’intérêt, tels que les informations sur les données d’échantillons de patients, les microréseaux de tissus et les échantillons d’ADN. D’autres tables d’intérêt peuvent inclure la conférence sur l’oncologie thoracique, les lignées cellulaires et les tables gans. Pour créer une table dans Microsoft Access, accédez à l’onglet Créer et sélectionnez Table.

Initialement, le tableau est présenté en mode Feuille de données. Toutefois, pour entrer des variables d’intérêt, la table doit être présentée en mode Création. Sous l’onglet Accueil, sélectionnez Affichage, Mode Création, entrez et décrivez les variables d’intérêt dans la vue Conception pour la table du patient.

Il s’agira notamment du numéro de dossier médical, du nom, du prénom, de la date de naissance, etc. En mode Conception, la date du champ doit être décrite avec un type de données, car le numéro de dossier médical est un numéro à sept chiffres. Cette variable sera décrite comme numérique.

Étant donné que la variable nom de famille est du texte, elle est répertoriée comme une variable de texte libre. Il est également utile de fournir une description de la variable. Par exemple, pour la variable sexe, il est important que la personne qui saisit les données sache que le masculin doit être entré comme un et la femme comme deux, concevez les tables de manière à limiter la redondance.

La table des patients doit être le seul endroit où des informations détaillées sur les patients, leur cancer, leur évolution clinique, leurs facteurs de risque et leurs résultats sont conservées dans la base de données. Élaborer un tableau d’échantillons de données pour relier les échantillons pathologiques à leurs sources de patients, car plusieurs échantillons peuvent être obtenus de chaque patient. Ce tableau doit relier le numéro d’identification de chaque échantillon au numéro de dossier médical du patient dans une table TMA qui saisit les données d’expression des protéines résultant de l’analyse immunohistochimique des microréseaux de tissus.

Étiquetez la protéine qui a été étudiée et identifiez le niveau d’expression de cette protéine à l’aide d’un système de notation standardisé. Identifiez également le type de tissu qui a été analysé, comme la tumeur ou les tissus normaux, énumérez tous les échantillons d’ADN qui ont subi une analyse mutationnelle. Dans un tableau d’échantillons d’ADN, annotez clairement les altérations génétiques, telles qu’une description de la mutation exacte, du gène pour lequel il existe une mutation et du résultat final d’une telle mutation.

Générer une cinquième table de conférence en oncologie thoracique pour décrire les réunions hebdomadaires de l’équipe clinique d’oncologie thoracique. Incluez les informations pertinentes résultant de ces réunions, telles que la disponibilité des échantillons pathologiques. Pour chaque patient, établissez un tableau de lignées cellulaires autonome qui décrit les lignées cellulaires utilisées en laboratoire. À des fins de recherche, décrivez les caractéristiques importantes appartenant à chaque cellule.

Enfin, créez une autre table autoportante pour CL elgan afin d’énumérer les récepteurs autologues, les tyrosine kinases et le score d’aiguille associé. Une mesure de similitude avec les protéines humaines. Pour faciliter les requêtes à partir de plusieurs tables, les tables individuelles doivent être liées via des clés primaires.

Établissez une clé primaire ou un identificateur unique pour chaque table. Un identificateur unique est un nombre ou un mot qui ne représente qu’un seul individu unique et qui ne peut pas être répertorié deux fois dans une table. Par exemple, le numéro de dossier médical d’un patient est la clé primaire de la table du patient.

Pour établir une clé primaire, accédez à la vue de conception de la table qui vous intéresse. Faites un clic droit sur le champ. Cela deviendra la clé primaire, puis cliquez sur l’option clé primaire.

Pour lier les tables, allez dans l’onglet Outils de base de données et cliquez sur l’icône des relations. Faites glisser la souris du champ d’intérêt d’une table vers le champ correspondant d’une autre table. De cette manière, deux tables sont reliées par des relations en place.

Pour obtenir des informations associées à partir de plusieurs tables, sélectionnez l’option de conception de requête sous l’onglet Créer, sélectionnez et affichez des tables, y compris les champs qui vous intéressent. Sélectionnez ensuite les variables qui vous intéressent dans chaque table. Exécutez la requête pour produire une feuille de calcul des résultats et enregistrez les données à l’aide d’une extension de fichier appropriée pour importer des données.

Vérifiez qu’il existe une correspondance parfaite entre le nom des variables dans les données importées et le nom des variables dans Microsoft Access. Les données ne peuvent pas être importées si les variables sont décrites différemment, par exemple s’il y a des espaces dans l’une mais pas dans l’autre. Une fois la symétrie obtenue entre les deux tables, utilisez une requête d’ajout ou de mise à jour pour importer les données dans Access.

Une requête d’ajout ajoute de nouvelles lignes de données, telles que de nouveaux patients, tandis qu’une requête de mise à jour mettra à jour les données sur les entrées déjà présentes dans la base de données. Pour exporter les données sous forme de feuille de calcul Microsoft Excel, accédez à l’onglet Données externes et cliquez sur Exporter les données vers Excel. Microsoft Access permet également d’exporter des données dans d’autres formats couramment utilisés.

Un chercheur souhaite corréler l’information relative à la protéine paxine sur la table du patient, la table TMA et la table des échantillons d’ADN. Comme les tables sont déjà reliées via le numéro de dossier médical, les données peuvent être facilement interrogées. Afin d’obtenir les informations pertinentes, elle clique sur l’onglet créer et clique sur conception de la requête. Elle sélectionne les trois tables d’intérêt pour les patients, l’ATM et les échantillons d’ADN de chaque table.

Elle sélectionne les variables d’intérêt telles que le nom du patient dans la table du patient, l’origine de l’échantillon dans la table TMA, l’expression de la paxine dans la table TMA et les mutations Paxin dans la table des échantillons d’ADN. Elle appuie sur run query pour générer la requête et les résultats s’affichent dans une feuille de calcul de requête. Tous les patients pour lesquels il existe à la fois des données paxin, expressionnelles et mutationnelles apparaîtront dans cette feuille de calcul.

Elle peut ensuite identifier la fréquence de ces mutations, corréler des mutations spécifiques avec des changements d’expression ou associer des mutations à des variables cliniques telles que la survie. Veuillez noter que les résultats présentés ici concernent des patients échantillons et non de vrais patients identifiés dans la base de données. Les résultats peuvent être exportés pour l’analyse des données primaires par le biostatisticien, et les résultats sont partagés avec le chercheur.

Lors de la création d’une base de données comme celle-ci, il est important de s’assurer que toutes les données sont saisies de manière cohérente. Les données ne doivent être saisies que dans un champ. Si le chercheur est certain de sa validité, il est nécessaire de souligner à nouveau l’importance de maintenir la confidentialité et de conserver une base de données qui soit en stricte conformité avec les réglementations HIPAA et IRB.

Grâce à ce projet de base de données translationnelle utilisant Microsoft Access, nous avons été en mesure de construire une base de données avec près de 3000 patients uniques et d’avoir des données d’expression sur 63 protéines uniques. Les progrès que nous pouvons faire dans l’identification de ces mutations ont le potentiel d’améliorer notre capacité à prévenir, détecter et traiter des maladies dévastatrices.