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Genomweite Profilierung von Transkriptionsfaktor-DNA-Bindungsinteraktionen in Candida albicans: Eine umfassende CUT&RUN-Methode und Datenanalyse-Workflow
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Journal JoVE Biologie
Genome-wide Profiling of Transcription Factor-DNA Binding Interactions in Candida albicans: A Comprehensive CUT&RUN Method and Data Analysis Workflow
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Genomweite Profilierung von Transkriptionsfaktor-DNA-Bindungsinteraktionen in Candida albicans: Eine umfassende CUT&RUN-Methode und Datenanalyse-Workflow

DOI:
10.3791/63655-v

•

07:48 min

•

April 01, 2022

•

, , , , , ,
1Department of Molecular and Cell Biology,University of California, Merced, 2Quantitative and Systems Biology Graduate Program,University of California, Merced, 3Department of Applied Mathematics,University of California, Merced, 4Health Sciences Research Institute,University of California, Merced

Chapitres

  • 00:04Introduction
  • 00:49Isolation of Nuclei and Primary Antibody Binding
  • 02:40Binding of pAG-MNase to Antibody
  • 03:36Library Preparation for Sequencing
  • 05:22CUT&RUN Sequence Analysis
  • 05:54Results: Quality Control Steps and Evaluation of Ndt80 and Efg1 Enriched Peaks Using CUT&RUN Protocol
  • 07:22Conclusion

Summary

Traduction automatique

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Dieses Protokoll beschreibt eine experimentelle Methode und einen Datenanalyse-Workflow für die Spaltung unter Targets und die Freisetzung mittels Nuklease (CUT&RUN) im humanen Pilzpathogen Candida albicans.

Tags

Genome-wide ProfilingTranscription Factor-DNA BindingCandida AlbicansCUT&RUNChIP-chipChIP-seqEpitope TaggingNuclei IsolationFluorescence MicroscopyAntibody IncubationProtein AG-MNaseData Analysis Workflow

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