Démonstration de l’alignement des séquences pour prédire l’outil de sensibilité entre espèces pour une évaluation rapide de la conservation des protéines

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10 février 2023

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Sara M. F. Vliet¹ , Monique Hazemi² , Donovan Blatz² , Marissa Jensen³ , Sally Mayasich⁴ , Thomas R. Transue⁵ , Cody Simmons⁵ , Audrey Wilkinson⁵ , Carlie A. LaLone⁶

¹Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Scientific Computing and Data Curation Division, U.S. Environmental Protection Agency, ²Oak Ridge Institute for Science and Education, ³Swenson College of Science and Engineering, Department of Biology, University of Minnesota Duluth, ⁴University of Wisconsin-Madison Aquatic Sciences Center, ⁵General Dynamics Information Technology, Research Triangle Park, ⁶Office of Research and Development, Center for Computational Toxicology and Exposure, Great Lakes Toxicology and Ecology Division, U.S. Environmental Protection Agency

Ici, nous présentons un protocole pour utiliser la dernière version de l’outil SeqAPASS (Sequence Alignment to Predict Across Species Susceptibility) de l’Environmental Protection Agency des États-Unis. Ce protocole démontre l’application de l’outil en ligne pour analyser rapidement la conservation des protéines et fournir des prédictions personnalisables et facilement interprétables de la sensibilité chimique entre les espèces.

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Susceptibilité interspécifique

Prédiction de la toxicité

Alignement d'acides aminés

Analyse des domaines protéiques

Visualisation des données

Prédiction de la susceptibilité

Mutagenèse dirigée

Protéines de bioaccumulation

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