שינויים בבידוד חיידקים בדרכי הנשימה התחתונות בקרב מטופלי טיפול נמרץ לפני ואחרי מגפת הקורונה

Mahmut Ulger; Serif Kurtulus; Remziye Can; Salim Yakut; Mehmet Celik; Hatice Kalaycioglu; Fadile Yildiz Zeyrek

doi:10.3791/70651

מאמר מחקר

שינויים בבידוד חיידקים בדרכי הנשימה התחתונות בקרב מטופלי טיפול נמרץ לפני ואחרי מגפת הקורונה

DOI:

10.3791/70651

⸱

9 ביוני 2026

Mahmut Ulger¹ , Serif Kurtulus² , Remziye Can³ , Salim Yakut⁴ , Mehmet Celik⁵ , Hatice Kalaycioglu¹ , Fadile Yildiz Zeyrek⁴

¹Department of Chest Diseases, University of Harran Faculty of Medicine, ²Clinic of Chest Diseases, University of Health Sciences, Mehmet Akif Inan Training and Research Hospital, ³Mustafa Kemal Atatürk vocational and Technical High School, ⁴Department of Medical Microbiology, University of Harran Faculty of Medicine, ⁵Department of İnfectious Diseases and Clinical Microbiology, University of Harran Faculty of Medicine

במאמר זה

סיכום

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

כאן מוצג פרוטוקול מיקרוביולוגי רטרוספקטיבי לניתוח דגימות בדרכי הנשימה התחתונות בחולים בטיפול נמרץ, כולל עיבוד תרביות, זיהוי MS של MALDI-TOF, והשוואת התפוצצות פתוגנים חיידקיים בחולים שליליים לקורונה לפני ואחרי מגפת הקורונה.

תקציר

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

כדי להשוות את התפוצה של פתוגנים חיידקיים שבודדו מדגימות בדרכי הנשימה התחתונות אצל מטופלים ביחידת טיפול נמרץ שליליים עם COVID-19 לפני ואחרי מגפת הקורונה, נותחו בדיעבד תוצאות תרבית של מטופלים שאושפזו ביחידת טיפול נמרץ למחלות חזה בבית חולים באוניברסיטה. מטופלים ללא חשד קליני או רדיולוגי לקורונה ותוצאות PCR שליליות נכללו וסווגו כלפני COVID-19 או לאחר COVID-19 בהתבסס על מרץ 2020. הדגימות גודלו על אגר דם כבשים 5%, אגר כחול אאוסין מתילן ואגר שוקולד, והוערכו לאחר דגירה של 24–48 שעות בטמפרטורה של 37°C. רק מיקרואורגניזמים דומיננטיים שהראו גדילה לפחות במגזר הפסים השני נחשבו למשמעותיים קלינית. בסך הכל נכללו 1,665 מטופלים, כאשר התגלה גידול מיקרוביאלי ב-48.9% מהדגימות, כאשר רובם מתקופת שלפני COVID-19. Acinetobacter baumannii היה האורגניזם המבודד השכיח ביותר בשתי התקופות. ניתוח רגרסיה לוגיסטית הראה ירידה בשיעורי הגילוי של Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, ו-Staphylococcus aureus (יחס סיכויים ≈0.3), ו-Escherichia coli (יחס סיכויים ≈0.4) בתקופה שלאחר COVID-19. שיעורי התמותה היו גם נמוכים יותר בתקופה שלאחר COVID-19, אם כי לא נצפה הבדל משמעותי בסוג השחרור. המגוון הכולל של הפתוגנים נותר דומה בתקופות שונות; עם זאת, נצפו ירידות בזיהוי חיידקים נבחרים לאחר פרוץ המגפה. ממצאים אלו עשויים לשקף שינויים בפרקטיקות השליטה בהדבקה במהלך תקופת המגפה, אם כי לא ניתן לקבוע סיבתיות בשל תכנון מחקר רטרוספקטיבי והיעדר מדידות ישירות של גורמים תורמים.

מבוא

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

זיהומים בדרכי הנשימה התחתונות (LRTIs) כוללים מצבים דלקתיים בדרכי הנשימה, כולל ברונכיטיס, ברונכיאקטזיס, ברונכיוליטיס, מורסה ריאתית, תחריט פלאורלי ודלקת ריאות¹. זיהומים אלו מהווים סיבה עיקרית לתחלואה ותמותה בחולים מאושפזים ומהווים סיכון משמעותי בסביבות במצב חריף גבוה כגון יחידות טיפול נמרץ (ICU)². LRTI מהווים כ-10%–25% מהזיהומים הנרכשים בבתי חולים, עם שיעורי תמותה מדווחים שנעים בין 22% ל-71% בקרב מטופלי טיפול נמרץ ^3,4. הם עשויים להיווצר מפתוגנים חיידקיים, ויראליים או פטרייתיים, עם חומרים חיידקיים נפוצים כגון Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae ו-Staphylococcus aureus⁵. חיידקים גרם-שליליים כגון Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. ו-Enterobacter spp. קשורים לעיתים קרובות ל-LRTI שנרכשו מאוחר בבית חולים, לעיתים קרובות קשורים לאשפוז ממושך ולעלייה בקולוניזציה אורופרינגיאלית.

ניהול דלקת ריאות נרכשת בבתי חולים הפך למאתגר יותר ויותר בעקבות הופעת פתוגנים עמידים לרב-תרופות. התוצאות הקליניות מושפעות לא רק מגורמים הקשורים למטופל אלא גם מהאורגניזם הגורם ופרופיל הרגישות האנטימיקרוביאלית שלו ^7,8. כתוצאה מכך, מעקב אחר התפלגות הפתוגנים ביחידות טיפול נמרץ נותר חיוני להכוונת טיפול אמפירי ולשיפור תוצאות המטופלים⁹.

מגפת מחלת הקורונה 2019 (COVID-19) שינתה באופן משמעותי את מערכות הבריאות ברחבי העולם, והובילה לשינויים משמעותיים בפרקטיקות בקרת זיהומים, באסטרטגיות ניהול מטופלים ^{ובשימוש} באנטימיקרוביאלים^. יישום מוגבר של אמצעי מניעת זיהומים והשימוש הנרחב באנטימיקרוביאלים רחבי טווח בתקופה זו ייתכן שהשפיעו על האפידמיולוגיה של פתוגנים נשימתיים ביחידות טיפול נמרץ.

מחקר זה נועד לזהות מיקרואורגניזמים האחראים לזיהומים בדרכי הנשימה התחתונות בקרב חולי טיפול נמרץ שליליים לקורונה ולהשוות התפלגות פתוגנים לפני ואחרי מגפת הקורונה באמצעות שיטות מיקרוביולוגיות סטנדרטיות.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

פרוטוקול

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

פרוטוקול המחקר אושר על ידי ועדת האתיקה של הפקולטה לרפואה של אוניברסיטת חרן (החלטה מס' HRU/23.12.23; 10 ביולי 2023). עקב העיצוב הרטרוספקטיבי, הסכמה מדעת בוטלה. כל ההליכים בוצעו בהתאם לסטנדרטים של מעבדות מוסדיות. כלי המחקר המשמשים בפרוטוקול זה מופיעים בטבלת החומרים.

1. עיצוב המחקר ובחירת מטופלים

תוצאות תרבית בדרכי הנשימה התחתונות שנמצאו מאושפזים בטיפול נמרץ למחלות חזה בבית חולים אוניברסיטאי בין מרץ 2017 למרץ 2023 נבדקו בדיעבד. מטופלים נכללו אם הקורונה לא הייתה חשודה קלינית או רדיולוגית ותוצאות בדיקת תגובת שרשרת פולימראז (PCR) של SARS-CoV-2 היו שליליות. מטופלים מתחת לגיל 18 ואלו עם תוצאות PCR חיוביות הוצאו.

המטופלים סווגו לקבוצות לפני COVID-19 (לפני מרץ 2020) ואחרי COVID-19 (מרץ 2020 ואילך) בהתבסס על תאריך המקרה הראשון המאובחן בטורקיה.

2. אוסף דגימות

דגימות בדרכי הנשימה התחתונות כללו דגימות ליחה, שאיפת קנה הנשימה העמוק (DTA) ודגימות שטיפת סימפונות (BAL) שנאספו בתנאים אספטיים בהתאם לפרקטיקות קליניות סטנדרטיות בטיפול נמרץ.

דגימות ליחה ו-DTA התקבלו ממטופלים אינטובטיביים ולא אינטובטיביים באמצעות טכניקות יניקה סטריליות. דגימות BAL נאספו במהלך ברונכוסקופיה סיבית אופטית באמצעות הזרקת מי מלח סטריליים ואחריה שאיבה.

3. הערכת דגימה ראשונית

דגימות ליחה ו-DTA הוערכו תחילה באמצעות צביעת גרם. הדגימות נחשבו מתאימות לתרבית אם הכילו לפחות 25 לויקוציטים פולימורפונוקליים ופחות מ-10 תאי אפיתל קשקשיים בשדה בעל הספק נמוך בהגדלה של פי 100. דגימות שלא עמדו בקריטריונים אלו הוצאו.

4. עיבוד תרביות

דגימות הליחה עובדו בשיטת תרבית איכותנית. הדגימות חוסנו על אגר דם כבשים עם 5%, אגר כחול אאוזין מתילן ואגר שוקולד, לאחר מכן דגרו אירובי בטמפרטורה של 37 מעלות ועברו הערכה לאחר 24 ו-48 שעות. רק מיקרואורגניזמים דומיננטיים שהראו גדילה המתפרסת לפחות למגזר השני נחשבו למשמעותיים קלינית.

דגימות DTA ו-BAL עובדו בשיטות תרביות כמותיות. Aliquots חוסנו על אותו מדיום ודגרו בתנאים זהים. ספי גדילה של לפחות 100000 יחידות יצירת מושבות (CFU) למילילטר עבור DTA ולפחות 10000 CFU למילילטר עבור דגימות BAL נחשבו למשמעותיות.

5. זיהוי מיקרואורגניזמים

כל הבודדים שעומדים בקריטריונים מוגדרים מראש זוהו באמצעות ספקטרומטריית מסה בזמן טיסה (MALDI-TOF MS) בסיוע מטריצה, בהתאם לנהלים סטנדרטיים במעבדה.

6. רישום וניתוח נתונים

מאפיינים דמוגרפיים, סוגי דגימות, תוצאות תרביות, מיקרואורגניזמים מזוהים ותוצאות הפרשה נרשמו באופן שיטתי. התפלגות המיקרואורגניזמים הושוו בין תקופות שלפני ואחרי COVID-19.

7. ניתוח סטטיסטי

ניתוחים סטטיסטיים בוצעו באמצעות SPSS (גרסה 15.0) ותוכנת Minitab. הנורמליות של משתנים רציפים הוערכה באמצעות מבחן שפירו-וילק. משתנים קטגוריים הושוו באמצעות מבחן חי-ריבוע. בוצע ניתוח רגרסיה לוגיסטית להערכת קשרים בין התפוצה של מיקרואורגניזמים לתמותה. ערך p קטן מ-0.05 נחשב למובהק סטטיסטית.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

תוצאות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

אוכלוסיית המחקר נעה בגילאים שבין 18 ל-103 שנים, עם גיל ממוצע של 68.95 פלוס או מינוס 15.00. נשים היוו 34.4% (n = 572) וגברים 65.6% (n = 1093) מהמשתתפים. בסך הכל, 42.3% (n = 704) מהחולים שוחררו, בעוד שהתמותה התרחשה ב-57.7%. התגלה גידול מיקרוביאלי ב-48.9% (n = 815) תרבויות, בעוד שלא נצפה גידול ב-51.1% (n = 850).

סוגי הדגימות כללו ליחה (45.6%, n = 759), DTA (41.9%, n = 698), ו-BAL (12.5%, n = 208). המיקרואורגניזם המבודד ביותר היה Acinetobacter baumannii (21.5%, n = 358). בסך הכל נאספו 111...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

דיון

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

זיהומים המתפתחים ביחידות טיפול נמרץ קשורים לתחלואה ותמותה גבוהה, וזיהוי גורמים מיקרוביולוגיים נותר חיוני למניעה ואסטרטגיות טיפול יעילות ^1,7. מחקר זה העריך פתוגנים בדרכי הנשימה התחתונות שבודדו ביחידת טיפול נמרץ למחלות חזה במשך תקופה של שש שנים והשווה בין תקופות לפני ואחרי COVID-19. בהתאם לדיווחים קודמים, A. baumannii היה הפתוגן המבודד השכיח ביותר בשתי התקופות, מה שתומך בתפקידו המוכר כמיקרואורגניזם דומיננטי הקשור לטיפול נמ...

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

גילויים

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מצהירים שאין להם ניגודי עניינים.

תודות

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

המחברים מודים בתמיכה המוסדית שסיפקה הנהלת בית החולים במהלך תקופת המחקר.

הגישה מוגבלת. התחברו או התחילו תקופת ניסיון כדי לצפות בתוכן זה.

חומרים

רשימת החומרים שנעשה בהם שימוש במאמר זה
שם	חברה	מספר קטלוג	הערות
ערכת לקיחת דגימות ברונכואלוולוארי	לא חל	לא חל	משמש לאיסוף דגימת BAL
אגר שוקולד	RTA	לא חל	מדיום תרבות לדגימות נשימה
קטטר שאיבה עמוקה בקנה הנשימה	לא חל	לא חל	משמש לאיסוף דגימת DTA
אגר אאוזין מתילן כחול	RTA	לא חל	מדיום סלקטיבי לחיידקים גראם שליליים
חומרי צביעת גראם	לא חל	לא חל	משמש להערכה מיקרוסקופית ראשונית
חדר תרבות (37 ºC)	לא חל	לא חל	משמש לתרבות
מערכת MALDI-TOF MS (VITEK MS)	bioMérieux	לא חל	משמש לזיהוי חיידקים
תמיסת מטריקס ל-MALDI-TOF MS	bioMérieux	לא חל	משמש בהתאם להוראות היצרן
אגר דם כבש (5%)	RTA	לא חל	מדיום תרבות ראשוני

הדפסות חוזרות והרשאות

בקש הרשאה לשימוש חוזר בטקסט או באיורים של מאמר JoVE זה

בקש הרשאה

תגיות

Pathogen Distribution Acinetobacter Baumannii Klebsiella Pneumoniae Pseudomonas Aeruginosa Staphylococcus Aureus Escherichia Coli

שינויים בבידוד חיידקים בדרכי הנשימה התחתונות בקרב מטופלי טיפול נמרץ לפני ואחרי מגפת הקורונה

במאמר זה

סיכום

תקציר

מבוא

פרוטוקול

תוצאות

דיון

גילויים

תודות

חומרים

הדפסות חוזרות והרשאות

תגיות

מאמרים קשורים