Name: ה-DNA מבוססי פרוטוקול זיהוי דגים המינים (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2010-04-28T17:00:00.000+00:00
Duration: 9 min 15 s
Description: למדו זיהוי מיני דגים מבוסס DNA באמצעות מערכת Agilent Fish Species Identification System. השיטה כוללת חילוץ DNA, PCR וניתוח RFLP לזיהוי מדויק של מיני דגים בדגימות שונות.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

Agilent Stratagene חטיבת מוצרים <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Harini ראבי </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נטליה Novorodovskaya </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סקוט Basehore </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> ג&#39;ף Braman </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רחל פורמוזה </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רונדה אלן </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> Rajesh Bagga </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דרק הול </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> שרה Jandle </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> דניאל האפמן </li></ul> Agilent מעבדות <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> רוברט קינקייד </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מרי מקברייד </li></ul> Agilent באירופה <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> נייג&#39;ל סקינר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> יורגן שניידר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטיבן מילר </li><li style=";text-align:right;direction:rtl"> מרטין Kratzmeier </li></ul> Campden BRI <ul style=";text-align:right;direction:rtl"><li style=";text-align:right;direction:rtl"> סטיב גארט </li></ul>

<ol><li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Improved+fish+species+identification+by+use+of+lab-on-a-chip+technology%5BTitle%5D)+AND+%22Food+Control%22%5BJournal%5D)">Improved fish species identification by use of lab-on-a-chip technology.</a> Food Control. 16 (7), 601-607 (2004).</li>
<li>Dooley, J. J., Sage, H. D., Clarke, M. -A. L., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Fish+species+Identification+Using+PCR-RFLP+Analysis+and+Lab-on-a-Chip+Capillary+Electrophoresis%3A+Application+to+Detect+White+Fish+Species+in+Food+Products+and+an+Interlaboratory+Study%5BTitle%5D)+AND+%22J.+Agric.+Food+Chem%22%5BJournal%5D)">Fish species Identification Using PCR-RFLP Analysis and Lab-on-a-Chip Capillary Electrophoresis: Application to Detect White Fish Species in Food Products and an Interlaboratory Study.</a> J. Agric. Food Chem. 53, 3348-3357 (2005).</li>
<li>Dooley, J., Garrett, S. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Determination+of+PCR-RFLP+Profiles+for+Fish+Species+Using+the+Agilent+2100+Bioanalyzer%5BTitle%5D)+AND+%22Agilent+Technologies+Application+Note%22%5BJournal%5D)">Determination of PCR-RFLP Profiles for Fish Species Using the Agilent 2100 Bioanalyzer.</a> Agilent Technologies Application Note. , (2005).</li>
<li>Dooley, J. J., Clarke, M. L., Sage, H. D., Brown, H. M., Garrett, S. D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Application+of+a+chip-based+capillary+electrophoresis+system+to+enable+simple+PCR-RFLP+identification+of+fish+species%5BTitle%5D)+AND+%22FSA+Final+Report+Q01069%22%5BJournal%5D)">Application of a chip-based capillary electrophoresis system to enable simple PCR-RFLP identification of fish species.</a> FSA Final Report Q01069. , (2004).</li>
</ol>

המחברים הם מועסקים על ידי Agilent Technologies המייצרת ריאגנטים ומכשירים המשמשים במאמר זה.

אנו מדגימים פשוט, מהיר, מדויק DNA מבוססת שיטת ההקרנה לזיהוי מינים של דגים ומאכלי ים. שיטה זו עוצמה מספקת לשחזור, תוצאות מדויקות תוך יום עבודה אחד פחות וזה יכול להיות מיושם מתקני בדיקה מסחרית עקב פרוטוקולים יעיל ההתקנה פשוטה. הוא מאופיין על ידי הדור של נתונים אובייקטיביים אשר נותחו באמצעות תוכנה RFLP מפענח עם מסד נתונים להרחבה פרופילים בניסוי מינים שמקורם בדגים. עם יישום שגרתי, זו שיטת הבדיקה יש את הפוטנציאל למנוע ואבחון לא נכון של מוצרי פירות ים ולסייע בשמירה רישומים מדויקים מתאים תאימות עם תקנות ממשלתיות.

<table><tbody><tr><td>Agilent 2100 Bioanalyzer (עם תחנת הכנה לשבבים ומערבל וורטקס של IKA)</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2939AA</td><td></td></tr><tr><td>מחשב נייד של Agilent 2100 Bioanalyzer &amp;תוכנה מקצועית</td><td>Agilent Technologies</td><td>G2953CA</td><td>G2950CA - מחשב שולחני (PC) &amp;תוכנה מקצועית</td></tr><tr><td>ערכת ריאגנטים Agilent Bioanalyzer DNA 1000 (מספר קטלוגי 5067-1504#)</td><td>Agilent Technologies</td><td>5067-1504</td><td></td></tr><tr><td>מכשיר תרמו-סייקלר (Thermal Cycler)</td><td>שונות</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>שפופרות PCR בפס</td><td>Agilent Technologies</td><td>401428</td><td></td></tr><tr><td>מכסים לפס PCR</td><td>Agilent Technologies</td><td>401425</td><td></td></tr><tr><td>מעמד עבודה בעל 96 בארות</td><td>Agilent Technologies</td><td>410094</td><td></td></tr><tr><td>ערכה לבידוד DNA ממערכת לזיהוי מיני דגים</td><td>Agilent Technologies</td><td>צור קשר</td><td></td></tr><tr><td>ערכה של ריאגנטים ל-PCR-RFLP למערכת זיהוי מיני דגים</td><td>Agilent Technologies</td><td>יצירת קשר</td><td></td></tr><tr><td>תוכנת RFLP Matcher</td><td>Agilent Technologies</td><td>צור קשר</td><td></td></tr><tr><td>אתנול 100%, 200 proof (בדרגת USP או שווה ערך)</td><td>שונים</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>מים סטריליים, נטולי נוקליאז</td><td>שונים</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>פיפטורים</td><td>שונות</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>אינקובטור או מקבץ מים המכוונים ל-65&amp;#x00B0;C</td><td>שונות</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>בקבוק זכוכית סטרילי או מבחנה מפוליפרופילן (למשל, BD Falcon מפוליפרופילן בנפח 14 מ"ל)</td><td>שונים</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>מבחנות בעלות תחתית עגולה או מבחנות קוניות מpolypropylene של BD Falcon בנפח 50 מ"ל)</td><td>שונות</td><td>שונים</td><td></td></tr><tr><td>מערבל וורטקס (Vortex mixer)</td><td>שונות</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>מיקרו-צנטריפוגה</td><td>שונות</td><td>שונים</td><td></td></tr><tr><td>מבחנות מיקרוצנטריפוגה 1.5 מ"ל</td><td>שונים</td><td>שונים</td><td></td></tr><tr><td>מעמד למבחנות 1.5 מ"ל</td><td>שונות</td><td>שונות</td><td></td></tr><tr><td>טיפים לפיפטית</td><td>שונים</td><td>שונים</td><td></td></tr></tbody></table>

ה-dna מבוססי פרוטוקול זיהוי דגים המינים

DNA-based Fish Species Identification Protocol

פיתחנו מהיר, פשוט, מדויק DNA מבוססת שיטת ההקרנה לזהות את מיני דגים הנמצאים דגימות פירות ים טריים ומעובדים. שיטה זו המגוונת מעסיקה הגברה PCR של הדנ&quot;א הגנומי המופקים דגימות דגים, ואחריו ניתוח שבר הגבלת אורך (RFLP) פולימורפיזם ליצור דפוסים קטע זה ניתן לפתור על 2100 Agilent Bioanalyzer ו מתאימים למין הנכון באמצעות תוכנת RFLP התאמת דפוסים. שיטת זיהוי דגים משתמש פשוט, אמין, טור מבוססי פרוטוקול ספין לבודד דנ&quot;א מדגימות הדגים. הדגימות מטופלים proteinase K לשחרר את חומצות גרעין לתוך פתרון. DNA הוא מבודד אז על ידי השעיית מדגם במאגר מחייב העמסה על כוס מיקרו ספין המכיל סיליקה מטריצה ​​מבוססי סיבים. חומצות גרעין ב לאגד את המדגם כדי המטריצה ​​סיבים. חומצות גרעין משותקת נשטפים להסרת מזהמים, ו-DNA הכולל הוא התאושש בנפח סופי של μl 100. ה-DNA מבודד מוכן הגברה PCR עם פריימרים ובלבד להיקשר רצפי נמצא כל הגנום דגים. המוצרים PCR מתעכלים אז עם שלושה אנזימי הגבלה שונים החליט על 2100 Agilent Bioanalyzer. אורך קטע מיוצר התגובות העיכול ניתן להשתמש כדי לקבוע את מינים של דגים שממנו דגימת DNA הוכן באמצעות דפוס RFLP התאמת תוכנה המכילה מסד נתונים של ניסויי הנגזרות דפוסי RFLP דגים ממינים רלוונטי מסחרית.

פרסום זה מתאר כיצד להשתמש מיני דגים Agilent מערכת זיהוי כדי לזהות את המין של דג על ידי הפקת DNA וביצוע PCR וניתוח RFLP.

ה-DNA מבוססי פרוטוקול זיהוי דגים המינים

פיתחנו שיטת סריקה מהירה, פשוטה ומדויקת המבוססת על DNA, לזיהוי מיני דגים הנוכחים בדגימות של פירות ים טריים ומעובדים. ...

מערכת זיהוי מיני דגים היא שיטה פשוטה, מהירה ומדויקת המבוססת על DNA לזיהוי מיני הדגים הנמצאים בדגימה נתונה. דגימות דגים מטופלות ב-proteinase K כדי לשחרר חומצות גרעיניות לתמיסה. לאחר מכן, ה-DNA הגנומי של הדגים מבודל ומוגבר באמצעות PCR בעזרת פריימרים הנקשרים לרצפים הנמצאים בכל הגנומים של דגים.לאחר מכן, מוביאים את תוצרי ה-PCR לעיכול באמצעות שלושה אנזימי הגבלה שונים ומפרידים אותם ב-Agilent 2100 bioanalyzer. ניתן להשתמש באורכי הפרגמנטים שנוצרו בתגובות העיכול כדי לקבוע את מין הדג באמצעות פולימורפיזם באורך פרגמנטים של הגבלה, או באמצעות תוכנה להתאמת תבניות RFLP. שלום, אני רחל פורמוזה מ-Agilent Technologies.היום נדגים לכם פרוצדורה לזיהוי מיני דגים המבוססת על DNA. פרוצדורה זו היא שיטת סריקה המאפשרת לזהות את מיני הדגים הנוכחים בדגימות טריות, קפואות, טחונות, מבושלות, מיובשות או דגימות שעברו עיבוד אחר. ניתן להשלים תהליך זה בפחות מיום עבודה אחד.אנו משתמשים בהליך זה כדי לבחון את האותנטיות של פירות הים, נושא החשוב מאוד לתעשיית פירות הים כיוון שהחלפה וסימון שגוי עלולים להוביל להשלכות כלכליות, סביבתיות ולהשלכות על בטיחות מזון משמעותיות. בנוסף, קביעת מין הדג על ידי זיהוי חזותי ושיטות מסורתיות אחרות עלולה להיות קשה במיוחד. לאחר שהדג עבר עיבוד, בדיקת DNA מספקת תוצאה מדויקת ואמינה הרבה יותר.כעת נתחיל. התחילו בהכנת הדגימות להפקת DNA על ידי העברה של 10 עד 1000 מיליגרם מכל דגימת רקמת דג, גולמית או מבושלת, למבחנות מיקרו-צנטריפוגה של 1.5 מיליליטר עבור כל דג. הוסיפו לדגימה 220 מיקרוליטר של תמיסת proteinase K שהוכנה טרי, ובצעו שאיבה ושחרור חוזרת (pipette up and down).דגרו את המבחנות בטמפרטורה של 65 °C למשך 10 דקות, ולאחר מכן סובבו בצנטריפוגה למשך שלוש עד חמש דקות ב-14,000 Gs כדי לשקיע רקמות שלא עוכלו. לאחר מכן, העבירו בזהירות 150 µL מכל אחד מהנוזלים העליונים (supernatants) למבחנה נקייה של 1.5 mL, תוך הימנעות מחומרים שלא עוכלו בתחתית ומחומרים שומניים הנמצאים בחלק העליון. הנוזל העליון ישמש כעת להפקת genomic DNA.התחל את מיצוי ה-genomic DNA על ידי הוספת 500 microliters של בופר לקשירת חומצות גרעין לכל דגימה. פעולה זו תביא את הנפח הכולל של הדגימה ל-650 microliters. ערבב את הדגימה ב-Vortex עד להומוגניזציה.בשלב הבא, העבירו כל דגימה לכוס ספין לקשירת DNA שהוצבה בתוך אחת ממבחנות הקליטה בנפח שני מיליליטר המסופקות בערכה. סגרו את מכסה המבחנה על חלקו העליון של כוס הספין. סובבו את הדגימות במשך דקה אחת ב-14,000 Gs כדי להטעין את ה-DNA על המטריצה של כוס הספין.לאחר הסנטריפוגה, הוציאו את כוסות הסינון, השליכו את התסנין והחזירו את הכוסות למסורבות המכילות. הוסיפו 500 µL של בופר שטיפה בריכוז 1x עם מלח גבוה. סגרו את המסורבות במכסה והעבירו שוב לסנטריפוגה לאחר הסנטריפוגה.שפוך את התסנן והחזר שוב את כוסות הצנטריפוגה (spin cups) לתוך מבחנות הקיבול. כעת הוסף 500 µL של 80% ethanol. סגור את המבחנה במיכל (cap) וסובב במהירות של 14,000 Gs למשך דקה אחת.חזור על שטיפת האתנול פעמיים נוספות לאחר השטיפה השלישית ב-80% ethanol, והשליך את התסננים. החזר את כוסות הצנטריפוגה למבחנות התמיכה והפעל צנטריפוגה במשך שתי דקות כדי לייבש את מטריצת הסיבים. כעת העבר את כוסות הצנטריפוגה למבחנות איסוף של 1.5 milliliter.הוסיפו 100 µL של תמיסת אלוציה (evolution buffer) לכל כוס ספין (spin cup), ישירות על מטריצת הסיבים בתוך הכוס. לאחר מכן, סגרו את מכסי מבחנות האיסוף על כוסות הספין והדגירו אותן בטמפרטורת החדר למשך דקה אחת. לאחר הדגירה, סובבו (spin) את הדגימות במהירות מקסימלית למשך דקה אחת.בשלב הבא, השליכו את כוס הצנטריפוגה וסגרו את המבחנות במכסים. במידה ומודדים את ריכוזי ה-DNA, הצפייה היא לריכוזים הנעים בין 5 ng/µL ל-500 ng/µL. ניתן כעת לאחסן את ה-DNA בטמפרטורה של 4 °C למשך חודש אחד; לאחסון לטווח ארוך, מקמו את ה-DNA בטמפרטורה של 20- °C או 80- °C.בצעו PCR באמצעות הפריימרים והריאגנטים המסופקים בערכת הריאגנטים P-C-R-R-F-L-P. בהתאם לפרוטוקול הכתוב המצורף, מומלץ להריץ כל דגימה, כולל בקרת חיובית ובקרת חסר-תבנית (no template control), בשכפול בזמן ריצת ה-PCR. הכינו תערובות מאסטר (master mixes) של אנזימי הגבלה עבור העיקרים עם DTE E one HAE three, ו-NL three על ידי ערבוב הרכיבים הבאים לפי הסדר: 1.5 µL של מים מזוקקים סטריליים, 0.5 µL של באפר אנזימטי 10x ו-0.5 µL של אנזים 10x.הכינו כמות מספיקה לכל הדגימות בתוספת נפח של תגובה אחת מתערובת reagent fourex three. לאחר מכן, חלקו 2.5 µL לכל מבחנה תגובה המסומנת בשם הדגימה והאנזים. עם השלמת ה-PCR, הוציאו את הדגימות מהמעגל התרמי והניחו אותן על קרח.הוסיפו 2.5 µL מכל תוצר PCR לכל אחד משלושת מבחני עיכול הרסטריקציה עבור אותה תגובה: DDE אחת, HAE שלוש, ו-NLA שלוש. לאחר מכן, ערבבו במכשיר וורטקס.בצעו צנטריפוגה קצרה והדגירו את העיכולים בטמפרטורה של 37 °C למשך שעתיים. במידה וזה נוח יותר, ניתן להדגיר את העיכולים למשך הלילה. לאחר העיכול, הדגירו את התגובות בטמפרטורה של 65 °C למשך 15 דקות.לאחר מכן, הוסיפו מיקרוליטר אחד של EDTA בריכוז 60 millimolar לכל מבחנה כדי לעצור את התגובה וערבבו במערבל (vortex). באמצעות ערכת התסריעים של ה-Agilent bioanalyzer, הכינו והטעינו את תוצרי עיקר ה-restriction digest לבארות של שבב DNA בהתאם למדריך הערכה. עבור כל דגימה, יש להטעין את שלושת העיקרים על אותו שבב.לאחר מכן, ערבבו את השבב במערבל (vortex) והכניסו אותו למכשיר. עם סיום ההרצה, עברו להקשר הבדיקה (assay context) ובחרו בלשונית סיכום השבב (chip summary). בשדה שם הדגימה, הזינו שם דגימה עבור כל 12 הבארים של השבב כדי לזהות את מיני הדגים עבור דגימות ה-DNA לבדיקה.הפעילו את תוכנית פענוח ה-RFLP על ידי לחיצה על הקובץ. לאחר מכן פתחו את קובץ ה-XAD. תיפתח תיבת דיאלוג לפתיחת קבצים.כעת בחרו את קובץ ה-XAD עבור שבב ה-DNA שבו השתמשתם. לחצו על "Open" (פתח) כדי לראות רשימה של הדגימות שהוטענו על השבב. בחרו את שלושת העיקרים (digests) המתאימים לדגימת ה-DNA הראשונה.בעמודת האנזים, ציינו את אנזימי ההגבלה ששימשו בשדה המסומן כגובה שיא מינימם כאחוז מהסמן התחתון. ערך ברירת המחדל הוא 10% במידת הצורך. ניתן להוריד ערך זה כדי לזהות שיאים קטנים שהוחמצו, או להעלותו כדי להשמיט שיאים הנובעים מרעש לא ספציפי באלקטרופורגרמה.לאחר ביצוע התאמות לערך גובה השיא המינימלי (min peak height), לחצו על reintegrate. כעת לחצו על calc בתחתית תיבת הדו-שיח. נתוני אורך הפרגמנט שהתקבלו מהרצת ה-bioanalyzer ימלאו את השדות בתוכנה.בשלב הבא, ברשימת התיבה הנפתחת של הניקוד (score) בפינה השמאלית העליונה של המסך, בחרו ב-dice. אם דגימת הדגים מורכבת ממין דגים בודד או מתערובת, ובמיוחד אם הדגימה עשויה להיות תערובת, עיינו בטבלה בתחתית המסך המסומנת כ-combined score list. שם יופיעו התאמות המינים הטובות ביותר בהתבסס על תוצאות כל שלוש תגובות העיכול.התאמות מושלמות עם ציון של אחת מודגשות בירוק. התאמות קרובות מודגשות בצהוב בחלקו העליון של המסך. ערך סף ה-cutoff הנמוך מציין את גודל הפרגמנט המינימלי ששימש בניתוח, וערך סובלנות ההתאמה קובע עד כמה אורך הפרגמנט חייב להיות קרוב לאורך הפרגמנט החזוי כדי להיחשב כהתאמה.הערכים המוצגים הם הגדרות ברירת המחדל וניתן להתאימם. חזור על שלבים אלה עבור ניתוח שאר דגימות ה-DNA שעל הקצה. דגימות DNA מארבעה מיני דגים שונים בודדו, הועשרו ועוברו בעיכול באמצעות השיטה המתוארת בסרטון זה.כאן מוצג ג'ל של ביו-אנליזר המראה את דגימות עיכור הרסטריקציה, תוך שימוש ב-Agilent Bioanalyzer ובמפענח RFLP. דפוסי כיפוף של התוכנה משמשים כאן לזיהוי הדגים. הדגימה הראשונה מזוהה נכון כפורל, השנייה כטונה, והשלישית כדג סלע.והדגימה האחרונה כקוד ספציפי. הרגע הצגנו בפניכם כיצד לבצע זיהוי מיני דגים המבוסס על DNA באמצעות שיטת ה-P-C-R-R-F-L-P של Agilent. בעת ביצוע הליך זה, חשוב להימנע מזיהום צולב של דגימות, מכיוון שהשיטה רגישה מאוד.זהו זה. כעת אתם יודעים כיצד לזהות במהירות, בקלות ובדיוק את מיני הדגים הנוכחים בדגימות שלכם. תודה לצפייה ובהצלחה בניסוייכם.

dna-based-fish-species-identification-protocol

Research

JoVE Journal

Biology

ביולוגיה

מאמר זה מתאר מיצוי DNA מקליפס זנב של דג זברה. הפרוטוקול מדגים שיטה מהירה ויעילה לניתוח גנוטיפים של דגי זברה.

מיצוי DNA מקליפ זנב: שיטה המשמשת בגנוטיפ של דגי זברה

אנו מתארים פרוטוקול חזק ותכליתי לניתוח ארכיטקטורה גרעינית ידי דגי DNA 3D באמצעות בדיקות ניאון שכותרתו ישירות.

דגי ה-DNA 3D חזקים באמצעות בדיקות שכותרתו ישירות

PCR בשילוב עם ניתוח ברזולוציה גבוהה להמיס (HRMA) הוא הוכיח כשיטת מהירה ויעילה לגנוטיפ דג הזברה.

מהירה ויעילה דג הזברה Genotyping באמצעות PCR עם רזולוציה גבוהה ממיסים ניתוח

שרשרת פולימראז משופר שיטת פולימורפיזם תגובת הגבלה שבר אורך עבור genotyping מיני נפוחיתיים ידי ספקטרומטריית נוזלי כרומטוגרפיה / מסה מתוארת. טור מונולית סיליקה הפוכה פאזיים מועסק להפרדת amplicons מתעכל. שיטה זו יכולה להבהיר את המוני monoisotopic של oligonucleotides, אשר הוא כלי שימושי לזיהוי רכב בסיס.

שרשרת פולימראז משופר אורך קטע התגובה הגבלת Genotyping פולימורפיזם של נפוחיתיים רעילים ידי נוזלי כרומטוגרפיה / ספקטרומטריית מסה

אנו מתארים פרוטוקול לסינון דגימות מים עם מחסנית מסנן וחילוץ DNA סביבתי (eDNA) מבלי לחתוך את המארז כדי להסיר את המסנן. פרוטוקול זה פותח עבור מטברקוד דנ"א מדגים, אולם הוא ישים גם לדנ"א סביבתי מאורגניזמים אחרים.

שימוש במחסנית סינון עבור הסינון של מי דוגמאות הפקת DNA הסביבה

הנפוץ ביותר ניתוח תוכן הבטן של macroinvertebrates הם חזותיים. הדורשים ידע אינטנסיבי ונעשית מורפולוגי של אורגניזמים טרף, הם מתגעגעים טרף גוף רך, בשל comminution חזקה של טרף, הם כמעט בלתי אפשרית עבור אורגניזמים מסוימים, כולל amphipods. אנו מספקים נתונים היסטוריים, רומן גישות גנטיות עבור macroinvertebrate טרף זיהוי בתזונה של amphipods.

פרוטוקול המעבדה הגנטית ניתוחים תוכן הבטן של הימית Macroinvertebrates באמצעות קבוצה ספציפית rDNA תחל

דיור מעבדה של טורקיז דגים גמבוזיים ניתן לשנות את בית ולגדל ביעילות אלפי דגים בודדים במערכת סינון מים מרכזי, העסקת התשתית באותו המשמש להכנת דג זברה סטנדרטי. כאן אנחנו פירוט רשימת נהלים סטנדרטיים לאפשר דגים גמבוזיים יעיל תחזוקה.

פרוטוקול עבור המעבדה דיור של טורקיז דגים גמבוזיים (Nothobranchius furzeri)

בריאות הדגים פראי יכול לשמש כמחוון של בריאות המערכת האקולוגית הימית. הערכות בריאות דגים מבוסס-necropsy לספק תיעוד של פצעים גלויים או מומים, הנתונים המשמשים לחישוב מדדי מצב, כמו גם את ההזדמנות כדי לאסוף את רקמות מיקרוסקופיים, ביטוי גנים והערכת אחרים מעמיק יותר ניתוחים.

הערכת הבריאות מבוסס necropsy דגים פראי

דג זברה שימשו מודל גנטי אמין האורגניזמים במחקר ביו-רפואי, במיוחד עם כניסתו של טכנולוגיות לעריכת ג'ין. כאשר הזחל פנוטיפים צפויים, זיהוי ה-DNA החילוץ, גנוטיפ יכול להיות מאתגר. כאן, אנו מתארים הליך genotyping יעיל עבור הזחלים דג זברה, מאת הזנב מסיכה, מוקדם ככל 72-h שלאחר ההפריה.

מיצוי DNA תפוקה גבוהה, Genotyping של הזחלים דג זברה 3dpf על-ידי המסיכה פין

בדיקות DNA סביבתיות דורשות תכנון קפדני, בדיקות, אופטימיזציה ואימות לפני תחילת איסוף נתוני השדה. כאן, אנו מציגים פרוטוקול שייקח את המשתמשים דרך כל שלב של תכנון בדיקת qPCR ספציפית למינים, מבוססת בדיקה לגילוי וכימות של דנ"א של מיני יעד מדגימות סביבתיות.

פיתוח ובדיקה של מבחני PCR כמותיים ספציפיים למינים עבור יישומי DNA סביבתיים

עבודה זו מתארת פרוטוקול לכימות צורת הסחוס הקרניופציאלי באמצעות תוכנה חופשית (tpsDigs2, MorphoJ ו-PAST) למדידת שינויים במבנה הפנים של זחלי דגי זברה.

ניתוחים מורפומטריים של צורה: ארגז כלים לתוכנת ניתוח לכימות צורת קרניופנים בדגי זברה

למדו זיהוי מיני דגים מבוסס DNA באמצעות מערכת Agilent Fish Species Identification System. השיטה כוללת חילוץ DNA, PCR וניתוח RFLP לזיהוי מדויק של מיני דגים בדגימות שונות.

ה-DNA מבוססי פרוטוקול זיהוי דגים המינים

גלה סרטונים נוספים