הדור של מסד נתונים מקיף החזה אונקולוגיה - כלי למחקר Translational

פרדיגמה מודרנית אחת של חקר הסרטן גורסת כי הבנת השינויים הגנטיים המובילים לסרטן תוביל לשיפורים במניעה, גילוי מוקדם, זיהוי סמנים פרוגנוסטיים ופיתוח טיפולים ממוקדים. מסד נתונים אונקולוגי זה ב- Microsoft Access מתפרש על פני שבע טבלאות עיקריות, כולל טבלת מטופל עם מידע קליני, טבלת TMA עם נתוני ביטוי חלבון וטבלת דגימות DNA. עם נתונים מוטציוניים, מפתחים קשרים כדי לקשר את הנתונים בין הטבלאות כך שניתן יהיה לקשר את מחקרי המעבדה של רקמות השייכות לחולה מסוים להיסטוריה הקלינית שלו.

לאחר מכן ניתן לאחזר את הנתונים המקושרים באמצעות שאילתה של מסד הנתונים ולנתח אותם סטטיסטית כדי לקבוע קשרים בין ביטוי חלבונים, DNA, מוטציות ותוצאות קליניות. בסופו של דבר, קישור נתונים קליניים ומעבדתיים מקל על חקר סטיות גנטיות וביטוי חלבונים מנקודת מבט של נקודות קצה קליניות בחולי סרטן. מרכיב מרכזי במחקר תרגומי הוא היכולת לצבור נתוני מחקר קליניים ומדעיים בסיסיים, ולמזג את השניים במערכת יחסים משמעותית.

עם זאת, הכלים הביואינפורמטיים הדרושים לשם כך הם לרוב מוגבלים ותלויים במוסד. מסד נתונים זה פותח כדי לעזור לחוקרים שלנו לענות על שאלות מפתח הרלוונטיות למחקר סרטן תרגומי, כגון כיצד ההרכב הגנטי והפרוטאומי של המטופל יכול לתרום לנקודות קצה קליניות מסוימות, כגון תגובה לטיפול או הישרדות. למרות שמסד נתונים זה פותח עבור חוקרים וקלינאים העוסקים בגידולים ממאירים בבית החזה, ניתן ליישם מודל זה על מחלות אחרות ולהתאים לצרכים של חוקרים ומוסדות אחרים.

אנו מקווים שתאמץ פרוטוקול זה עבור פרויקטי מסד הנתונים שלך. לפני התחלת פרויקט מסד נתונים תרגומי, חיוני לפתח פרוטוקולים מאושרים על ידי IRB. כדי לשמור על סודיות המטופל, סמן את כל הדגימות, הרקמות, הדם או נוזלי גוף אחרים שנאספו במזהה ייחודי ברקוד, ותעד אותם כראוי בטופס רכישת הדגימה.

כדי להתחיל בפיתוח מסד הנתונים, צור תחילה טבלאות ראשוניות כדי ללכוד תחומים מעניינים, כגון מידע על נתוני דגימת חולים, מיקרו-מערך רקמות ודגימות DNA. טבלאות עניין אחרות עשויות לכלול כנס אונקולוגיה של חזה, קווי תאים וטבלאות גאנס. כדי ליצור טבלה ב- Microsoft Access, עבור אל הכרטיסיה יצירה ובחר טבלה.

בתחילה, הטבלה מוצגת בתצוגת גליון נתונים. עם זאת, על מנת להזין משתנים מעניינים, יש להציג את הטבלה בתצוגת עיצוב. תחת הכרטיסיה בית, בחר תצוגה, תצוגת עיצוב, הזן ותאר משתנים מעניינים בתצוגת עיצוב עבור הטבלה של המטופל.

זה יכלול את מספר הרשומה הרפואית, שם המשפחה, השם הפרטי, תאריך הלידה וכו'. בתצוגת עיצוב, יש לתאר את תאריך השדה עם סוג נתונים מכיוון שמספר הרשומה הרפואית הוא מספר בן שבע ספרות. משתנה זה יתואר כמשתנה מספרי.

מכיוון ששם המשפחה של המשתנה הוא טקסט, הוא רשום כמשתנה טקסט חופשי. כדאי גם לספק תיאור של המשתנה. לדוגמה, עבור המין המשתנה, חשוב לאדם שמזין נתונים לדעת שיש להזין זכר כאחד ונקבה כשניים, לעצב את הטבלאות כדי להגביל את היתירות.

טבלת המטופל צריכה להיות המקום היחיד שבו מידע מפורט על החולים, הסרטן שלהם, המהלך הקליני שלהם, גורמי הסיכון שלהם ותוצאותיהם נשמר בתוך מאגר הנתונים. פתח טבלת נתונים לדוגמה כדי לקשר דגימות פתולוגיות למקורות המטופלים שלהן מכיוון שניתן לקבל מספר דגימות מכל מטופל. טבלה זו צריכה לקשר את מספר הזיהוי של כל דגימה למספר הרשומה הרפואית של המטופל בטבלת TMA ללכוד נתוני ביטוי חלבון הנובעים מניתוח אימונוהיסטוכימי של מיקרו-מערך רקמות.

סמן את החלבון שנחקר וזהה את רמת הביטוי של חלבון זה באמצעות מערכת ניקוד סטנדרטית. זהה גם את סוג הרקמה שנותחה, כגון גידול או רשימת רקמות רגילות, כל דגימות ה- DNA שעברו ניתוח מוטציות. בטבלת דגימות DNA, ציינו בבירור שינויים גנטיים, כגון תיאור המוטציה המדויקת, הגן שעבורו יש מוטציה והתוצאה הסופית של מוטציה כזו.

צור שולחן ישיבות אונקולוגי חזה חמישי לתיאור הפגישות השבועיות של הצוות הקליני לאונקולוגיה של בית החזה. כלול מידע רלוונטי הנובע מפגישות אלה כגון זמינות של דגימות פתולוגיות עבור כל מטופל, צור טבלת קווי תאים עצמאית המתארת את קווי התאים המשמשים במעבדה. למטרות מחקר, תאר מאפיינים חשובים השייכים לכל תא.

לבסוף, צור טבלה עצמאית נוספת עבור CL elgan כדי לרשום קולטן אוטולוגי, טירוזין קינאזות וציון מחט נלווה. מדד לדמיון עם חלבונים אנושיים. כדי להקל על שאילתות מטבלאות מרובות, יש לקשר טבלאות בודדות באמצעות מפתחות ראשיים.

צור מפתח ראשי או מזהה ייחודי עבור כל טבלה. מזהה ייחודי הוא מספר או מילה המייצגים אדם ייחודי אחד בלבד ולא ניתן לרשום אותם פעמיים בטבלה. לדוגמה, מספר הרשומה הרפואית של המטופל הוא המפתח העיקרי בטבלת המטופל.

כדי ליצור מפתח ראשי, עבור אל תצוגת העיצוב של טבלת העניין. לחץ לחיצה ימנית על השדה. זה יהפוך למפתח הראשי, ולחץ על האפשרות מפתח ראשי.

כדי לקשר את הטבלאות, עבור אל הכרטיסיה כלי מסד נתונים ולחץ על סמל קשרי הגומלין. גרור את העכבר מתחום העניין בטבלה אחת לשדה המתאים בטבלה אחרת. באופן זה, שתי טבלאות מחוברות לקשרי גומלין במקום.

לאחר מכן ניתן להפעיל שאילתה כדי לקבל מידע קשור מטבלאות מרובות, בחר באפשרות עיצוב השאילתה תחת הכרטיסיה יצירה, בחר והצג טבלאות, כולל תחומי העניין. לאחר מכן בחר משתנים מעניינים מכל טבלה. הפעל את השאילתה כדי להפיק טופס גיליון אלקטרוני של תוצאות ושמור את הנתונים באמצעות סיומת קובץ מתאימה לייבוא נתונים.

ודא שקיימת התאמה מושלמת בין שם המשתנים בנתונים המיובאים לבין שם המשתנים ב- Microsoft Access. לא ניתן לייבא את הנתונים בהצלחה אם המשתנים מתוארים באופן שונה, למשל אם יש רווחים באחד אך לא בשני. לאחר השגת סימטריה בין שתי הטבלאות, השתמש בשאילתת הוספה או עדכון כדי לייבא את הנתונים ל- Access.

שאילתת הוספה מוסיפה שורות חדשות של נתונים, כגון מטופלים חדשים, בעוד שאילתת עדכון תעדכן נתונים על ערכים שכבר נמצאים במסד הנתונים. כדי לייצא את הנתונים כגיליון אלקטרוני של Microsoft Excel, עבור אל הכרטיסיה נתונים חיצוניים ולחץ על ייצוא נתונים ל- Excel. Microsoft Access מאפשר גם לייצא נתונים בתבניות נפוצות אחרות.

חוקר מעוניין לתאם מידע עבור החלבון פקסין על פני שולחן המטופל, טבלת TMA וטבלת דגימות ה-DNA. מכיוון שהטבלאות כבר מקושרות באמצעות מספר הרשומה הרפואית, ניתן לבצע שאילתות בקלות על הנתונים על מנת לקבל את המידע הרלוונטי, היא לוחצת על לשונית היצירה ולוחצת על עיצוב שאילתה. היא בוחרת את שלושת טבלאות העניין של המטופלים, TMA ודגימות DNA מכל טבלה.

היא בוחרת את המשתנים המעניינים כגון שם המטופל מטבלת המטופל, מקור הדגימה מטבלת TMA, ביטוי פקסין מטבלת TMA ומוטציות פקסין מטבלת דגימות ה-DNA. היא לוחצת על שאילתת הפעלה כדי ליצור את השאילתה והתוצאות מופיעות בגיליון אלקטרוני של שאילתה. כל המטופלים שעבורם יש גם פקסין, נתוני הבעה וגם נתונים מוטציוניים יופיעו בגיליון אלקטרוני זה.

לאחר מכן היא יכולה לזהות את השכיחות של מוטציות כאלה, לתאם מוטציות ספציפיות עם שינויים בביטוי או לקשר מוטציות למשתנים קליניים כמו הישרדות. שימו לב שהתוצאות המוצגות כאן הן עבור מטופלים לדוגמה ולא מטופלים אמיתיים שזוהו במסד הנתונים. ניתן לייצא את התוצאות לניתוח נתונים ראשוניים על ידי הביוסטטיסטיקאי, והתוצאות משותפות עם החוקר.

בעת יצירת מסד נתונים כזה, חשוב לוודא שכל הנתונים מוזנים בצורה עקבית. יש להזין נתונים רק בשדה. אם החוקר בטוח בתוקפו, יש צורך להדגיש מחדש את החשיבות של שמירה על סודיות ושמירה על מסד נתונים העומד בקפדנות בתקנות HIPAA ו- IRB.

באמצעות פרויקט מסד נתונים תרגומי זה באמצעות Microsoft Access, הצלחנו לבנות מסד נתונים עם כמעט 3000 מטופלים ייחודיים ולקבל נתוני ביטוי של 63 חלבונים ייחודיים להתקדמות שאנו יכולים לבצע בזיהוי מוטציות כאלה יש פוטנציאל להוביל לשיפורים ביכולת שלנו למנוע, לזהות ולטפל במחלות הרסניות.