Name: ניבוי של שימוש בנגיף HIV-1 Coreceptor (זיקה) על ידי ניתוח רצף באמצעות גישת genotypic (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2011-12-01T13:00:00.000+00:00
Duration: 7 min 6 s
Description: למדו לנבא שימוש בקורצפטור HIV-1 באמצעות ניתוח רצף האזור V3 בגן env. שיטה זו מסייעת בקביעת טיפול אנטי-רטרו-ויראלי מותאם אישית למטופלים.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

הכותבים ממומנים מקורוס, ערך התא MedSys, השרשרת ופרויקטי Resina.

<ol><li>Heger, E., Schuelter, E., Klimkait, T., Lengauer, T., Kaiser, R., Walter, H., Sierra, S. European coreceptor proficiency panel test. 9th European Workshop on HIV & Hepatitis Treatment Strategies & Antiviral Drug Resistance, Paphos, Cyprus, , (2011).</li>
<li>Lengauer, T., Sander, O., Sierra, S., Thielen, T., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Bioinformatic+prediction+of+HIV+coreceptor+usage%5BTitle%5D)+AND+%22Nature+Biotech%22%5BJournal%5D)">Bioinformatic prediction of HIV coreceptor usage.</a> Nature Biotech. 25 (12), 1407-1410 (2007).</li>
<li>McGovern, R., Dong, W., Zhong, X., Knapp, D., Thielen, A., Chapman, D., Lewis, M., James, I., Valdez, H., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Population-based+Sequencing+of+the+V3-loop+Is+Comparable+to+the+Enhanced+Sensitivity+Trofile+Assay+in+Predicting+Virologic+Response+to+Maraviroc+of+Treatment-na+ve+Patients+in+the+MERIT+Trial%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Population-based Sequencing of the V3-loop Is Comparable to the Enhanced Sensitivity Trofile Assay in Predicting Virologic Response to Maraviroc of Treatment-na ve Patients in the MERIT Trial.</a> 17th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections, San Francisco, USA, , (2010).</li>
<li>Reuter, S., Braken, P., Jensen, B., Sierra-Aragon, S., Oette, M., Balduin, M., Kaiser, R., Haussinger, D. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Maraviroc+in+treatment-experienced+patients+with+HIV-1+infection+-+experience+from+routine+clinical+practice%5BTitle%5D)+AND+%22Eur.+J.+Med.+Res%22%5BJournal%5D)">Maraviroc in treatment-experienced patients with HIV-1 infection - experience from routine clinical practice.</a> Eur. J. Med. Res. 15 (6), 231-237 (2010).</li>
<li>Recordon-Pinson, P., Soulie, C., Flandre, P., Descamps, D., Lazrek, M., Charpentier, C., Montes, B., Trabaud, M. A., Cottalorda, J., Schneider, V., Morand-Joubert, L., Tamalet, C., Desbois, D., Mace, M., Ferre, V., Vabret, A., Ruffault, A., Pallier, C., Raymond, S., Izopet, J., Reynes, J., Marcelin, A. G., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Evaluation+of+the+genotypic+prediction+of+HIV-1+coreceptor+use+versus+a+phenotypic+assay+and+correlation+with+the+virological+response+to+maraviroc%3A+the+ANRS+GenoTropism+study%5BTitle%5D)+AND+%22Antimicrob.+Agents.+Chemother%22%5BJournal%5D)">Evaluation of the genotypic prediction of HIV-1 coreceptor use versus a phenotypic assay and correlation with the virological response to maraviroc: the ANRS GenoTropism study.</a> Antimicrob. Agents. Chemother. 54 (8), 3335-3340 (2010).</li>
<li>Swenson, L. C., Knapp, D., Harrigan, P. R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Calibration+and+accuracy+of+the+geno2pheno+co-receptor+algorithm+for+predicting+HIV+tropism+for+single+and+triplicate+measurements+of+V3+genotype%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Calibration and accuracy of the geno2pheno co-receptor algorithm for predicting HIV tropism for single and triplicate measurements of V3 genotype.</a> 10th International Congress on Drug Therapy in HIV Infection, Glasgow, UK, , (2010).</li>
<li>Macartney, M. J., Cameron, J., Strang, A., García, A., Booth, C., Marshall, N., Johnson, M., Geretti, A. M. Use of a genotypic assay for the prediction of HIV-1 coreceptor tropism and guiding the use of CCR5 antagonists in clinical practice. 8th European HIV Drug Resistance Workshop, Sorrento, Italy, , (2010).</li>
<li>Sierra, S., Thielen, A., Reuter, S., Jensen, B., Esser, S., Fätkenheuer, G., Lengauer, T., Pfister, H., Sichtig, N., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tropism+determination+and+clinical+outcome+of+61+patients+under+MVC+treatment%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Tropism determination and clinical outcome of 61 patients under MVC treatment.</a> 8th European HIV Drug Resistance Workshop, Sorrento, Italy, , (2010).</li>
<li>Obermeier, M., Carganico, A., Bieniek, B., Schleehauf, D., Dupke, S., Fischer, K., Freiwald, M., Neifer, S., Schuler, C., Mayr, C., Klausen, G., Köppe, S., üünsche, T., Berg, T., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Tropism+testing+from+proviral+DNA+-+analysis+of+a+subgroup+from+the+Berlin+Maraviroc+cohort%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Tropism testing from proviral DNA - analysis of a subgroup from the Berlin Maraviroc cohort.</a> 8th European HIV Drug Resistance Workshop, Sorrento, Italy, , (2010).</li>
<li>Vandekerckhove, L. P., Wensing, A. M., Kaiser, R., Brun-Vezinet, F., Clotet, B., De Luca, A., Dressler, S., Garcia, F., Geretti, A. M., Klimkait, T., Korn, K., Masquelier, B. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((European+guidelines+on+the+clinical+management+of+HIV-1+tropism+testing%5BTitle%5D)+AND+%22Lancet+Infect+Dis%22%5BJournal%5D)">European guidelines on the clinical management of HIV-1 tropism testing.</a> Lancet Infect Dis. 11 (5), 394-407 (2011).</li>
<li>Walter, H., Eberle, J., Möller, H., Noah, C., Wolf, E., St rmer, M., Braun, P., Krn, K., D umer, M., Berg, T., Obermeier, M., Thielen, A., Kaiser, R. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Empfehlung+zur+Bestimmung+des+HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs+%28DAIG+Recommendations+for+the+HIV-1+tropism+testing%29%5BTitle%5D)+AND+%22%22%5BJournal%5D)">Empfehlung zur Bestimmung des HIV-1-Korezeptor-Gebrauchs (DAIG Recommendations for the HIV-1 tropism testing).</a> , (2011).</li>
<li>Obermeier, M. J., Carganico, A., Dupke, S., Schranz, D., Cordes, C., Freiwald, M., Klausen, G., Köppe, S., Schuler, C., Mayr, C., Schleehauf, D., Berg, T., Krznaric, I., Baumgarten, A. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Clinical+application+of+genotypic+co-receptor+tropism+testing+from+viral+RNA+and+proviral+DNA%3A+week+24+analysis+of+the+Berlin+maraviroc+cohort%5BTitle%5D)+AND+%22Journal+of+the+International+AIDS+Society%22%5BJournal%5D)">Clinical application of genotypic co-receptor tropism testing from viral RNA and proviral DNA: week 24 analysis of the Berlin maraviroc cohort.</a> Journal of the International AIDS Society. 13, Suppl . 4. 129-129 (2010).</li>
<li>Toma, J., Frantzell, A., Hoh, R., Martin, J., Deeks, S., Petropoulos, C., Huang, W. Determining HIV-1 Co-receptor Tropism Using PBMC Proviral DNA Derived from Aviremic Blood Samples. 18th Conference on Retroviruses and Opportunistic Infections, San Francisco, USA, , (2010).</li>
</ol>

מאמר הווידאו הזה הוא בחסות Viiv בריאות וGlaxoSmithKline.

רצף V3 מאפשר חיזוי כמיהות ויראלי אמין, כפי שמוצג במחקרים קליניים 3-9. למעשה, נחישות genotypic ששוקלת בהנחיות הנוכחיות באירופה ובגרמניה אוסטריות 10. בהשוואה לבדיקה הפנוטיפית, לא רק הוא הזמן הקצר המחזור (שווה ערך לבדיקת התנגדות), אבל גם הם העלויות. בנוסף, יתרון גדול של בדיקת genotypic הוא כי התוצאות מדורגות כFPR ולכן ניתן להתאימו לצרכימים של המטופלים. תוצאות Trofile, לעומת זאת, הן פשוט דוחות R5 או X4, וגישה לנתונים הגולמיים אינה נתונה. נכון לעכשיו, את ההנחיות האירופיות ממליצות FPR החתוך של 20% 10, בעוד שההנחיות אוסטריות הגרמניות תאפשרנה התאמת FPR חתוך במיוחד לצרכימים של כל מטופל 11. בקו הזה, לחולים עם מגוון רחב של אפשרויות תרופות תרופתיות, FPR הגבוה לחתוך-offs (&gt; 20%) הם recommהסתיים. לעומת זאת, לכבדות חולים שטופלו מראש עם אפשרויות טיפוליות מוגבלות, FPR הנמוך לחתוך-offs (&gt; 5%) עשויים לשמש. סוג זה של הדרכת טיפול נמשך כיום על ידי ההתנגדות לבדיקת NRTI, NNRTIs, חוקרים פרטיים, וINIS, שם ניתן לכלול תרופות באופן חלקי פעילות-בטיפול בחולים עם אפשרויות טיפוליות מופחתות. בנוסף, עם מספר גדל והולך של שינויי הטיפול genotypically מודרכים-, קליני רלוונטי FPR לחתוך-offs כל זמן להיות מותאם על ידי פנל של bioinformaticians, ירולוגים ורופאים. יתרון חשוב נוסף של בדיקת זיקת genotypic הוא האפשרות של ניתוח דגימות קליניות עם עומס נגיפי נמוך מאוד או אפילו גילוי (VL). במקרים אלה, כאשר הפלזמה RNA הוא לא amplifiable, DNA proviral יכול להיות רצף ומשמש לתחזיות אמינות 9,12. מן ראוי לציין כי מספר החולים עם עומס נגיפי נמוך או בלתי ניתן לגילוי גדל בצורה חדה בשנים האחרונות. נכון להיום, ה-Trofile assay מאפשר ניתוח של דגימות רק מחולים עם VL &lt;1000 עותקים / מ&quot;ל. עם זאת, מחקרים ראשוניים הראו כי ה-DNA proviral ניתן גם adecuate להיבדק על ידי Trofile 13.

<table border="1" style=";text-align:right;direction:rtl"><tbody><tr><td> שם המגיב </td><td> חברה </td><td> מספר קטלוגים </td><td> תגובות </td></tr><tr><td> ערכת Magna טהור קומפקטית חומצות גרעין בידודי </td><td> אבחון רוש </td><td> 04 802 993 001 </td><td></td></tr><tr><td> מערכת קומפקטית טהורה Magna </td><td> אבחון רוש </td><td> 03731146001 </td><td></td></tr><tr><td> T3000 thermocycler </td><td> Biometra </td><td> 050-723 </td><td></td></tr><tr><td> צעד אחד RT-PCR Kit </td><td> Qiagen </td><td> 210215 </td><td></td></tr><tr><td> HotStarTaq מאסטר מיקס הערכה </td><td> Qiagen </td><td> 203445 </td><td></td></tr><tr><td> ערכת טיהור PCR QIAquick </td><td> Qiagen </td><td> 28106 </td><td></td></tr><tr><td> Exonuclease (Exo) </td><td> Fermentas </td><td> EN0582 </td><td></td></tr><tr><td> FastAP phosphatase אלקליין Thermosensitive </td><td> Fermentas </td><td> EF0651 </td> &lt;td&gt; </td></tr><tr><td> BigDye שליחות קטלנית v3.1 מחזור רצף הקיט </td><td> אפלייד Biosystems </td><td> 4337457 </td><td></td></tr><tr><td> Sephadex G-50 Superfine </td><td> GE Healthcare </td><td> 17-0041-01 </td><td></td></tr><tr><td> ABI פריזמה רצף 3130 XL נימים </td><td> אפלייד Biosystems </td><td> 3130XL </td><td></td></tr></tbody></table>

ניבוי של שימוש בנגיף hiv-1 coreceptor (זיקה) על ידי ניתוח רצף באמצעות גישת genotypic

Prediction of HIV-1 Coreceptor Usage (Tropism) by Sequence Analysis using a Genotypic Approach

Maraviroc (MVC) היא התרופה התרופתית המורשה הראשונה מהכיתה של יריבי coreceptor. הוא נקשר למארח coreceptor CCR5, המשמש את רוב זני HIV כדי להדביק את התאים החיסוניים האנושיים (1 איור). בידודי HIV אחרים משתמשים coreceptor שונה, CXCR4. שהקולטן משמש, נקבע בווירוס על ידי חלבון Env (איור 2). בהתאם coreceptor שימוש, הווירוסים מסווגים כR5 או X4, בהתאמה. MVC נקשר לקולטן CCR5 עיכוב כנסתם של וירוסי R5 לתא המטרה. במהלך המחלה, וירוסי X4 עשויים להתגלות ומתגברים על וירוסי R5. קביעת שימוש coreceptor (המכונה גם זיקה) היא אפוא חובה לפני מתן של MVC, כפי שדרש EMA וה-FDA. הלימודים ליעילות MVC להניע, כשרון ו1029 בוצעו עם assay Trofile מMonogram, סן פרנסיסקו, ארה&quot;ב זה assay איכות גבוהה המבוססים על sophiבדיקות רקומביננטי sticated. הקבלה לבדיקה זו לשגרת היומיום היא נמוכה למדי מחוץ לארה&quot;ב, שכן רופאים באירופה ולא נוטים לעבוד עם מעבדות מומחים מבוזרות, אשר גם מספקות בדיקות עמידות הנגזרת ממנו. מעבדות אלו עברו כמה הערכות אבטחת איכות, אחרון שהוצגו ב2011 1. כבר כמה שנים, יש לנו בצענו קביעות כמיהות מבוססות על ניתוח רצף מאזור HIV env-V3 הגן (V3) 2. אזור זה נושא מספיק מידע כדי לבצע חיזוי אמין. נחישות genotypic שימוש coreceptor מציגה יתרונות כגון: זמן קצר מחזור (שווה ערך לבדיקת התנגדות), עלויות נמוכות יותר, אפשרות להתאים את התוצאות לצרכיהם של המטופלים ואפשרות של ניתוח דגימות קליניות עם עומס נגיפי נמוך מאוד או אפילו גילוי (VL ), במיוחד מאז מספר הדגימות נותחו עם VL &lt;1000 עותקים / μlגדל בערך בשנים האחרונות (3 איור). השלבים העיקריים לבדיקת זיקה (איור 4) הוכיחו בסרט הזה: 1. אוסף של דגימת דם 2. בידודו של הנגיף RNA מפלזמה וה-DNA proviral HIV / או מתאי הדם mononuclear 3. הגברה של אזור env 4. הגברה של אזור V3 5. תגובת רצף של amplicon V3 6. טיהור של דגימות הרצף 7. סידור את הדגימות המטוהרות 8. עריכת רצף 9. סידור נתונים לפרשנות וחיזוי כמיהות

החיזוי של שימוש coreceptor של HIV-1 נדרש לניהול קבוצה חדשה של תרופות תרופתיות, יריבי coreceptor כלומר. זה יכול להתבצע על ידי ניתוח רצף<em&gt; Env</em&gt; גן ופרשנות לאחר מכן באמצעות מערכת פרשנות מבוססת אינטרנט (geno2pheno<sub&gt; [Coreceptor]</sub&gt;).

ניבוי של שימוש בנגיף HIV-1 Coreceptor (זיקה) על ידי ניתוח רצף באמצעות גישת genotypic

Maraviroc (MVC) היא התרופה האנטי-רטרו-ויראלית הראשונה ברישוי מקבוצת מעכבי הקו-רצפטורים (coreceptor antagonists). היא נקשרת לקו-רצפטור CCR5 של המארח, המשמש את...

<a class="grey_button" href="http://www.jove.com/video/4153"> ספרדית </a>

prediction-hiv-1-coreceptor-usage-tropism-sequence-analysis-using

Research

JoVE Journal

Immunology and Infection

אימונולוגיה וזיהומים

האזור כתר לולאה רצפים שונים V3 של גליקופרוטאין את פני השטח המעטפה (gp120) של HIV-1 יכול להיות מאופיין מבנית במקרים רבים על ידי קיפול ב סיליקו תפקידים 10-22 של הלולאה באמצעות...

הערכת Dynamic תכונות רלוונטיים Immunologically מבנית השלישון של HIV-1 רצף V3 קראון Loop R2 על ידי מבראשית מתקפל

HIV כמיהות ניתן להסיק באזור V3 המעטפה ויראלי. V3 הוא PCR מוגבר בשלושה עותקים באמצעות מקוננות RT-PCR, רצף, ופירשו באמצעות תוכנת bioinformatic. דוגמאות עם רצף עם 1 או יותר (ים) עם ציונים נמוכים g2P מסווגים וירוס לא R5.

הסקה Genotypic של כמיהות HIV-1 שימוש אוכלוסייה מבוססת רצף של V3

לכמת רמות של HIV-1 RNA בפלסמה רצף יחיד HIV-1 הגנום של אנשים עם המון ויראלי מתחת לגבול הגילוי (50-75 עותקים / מ"ל) קשה. כאן אנו מתארים כיצד לחלץ ולכמת רנ"א נגיפי בפלסמה בזמן אמיתי באמצעות PCR assay כי מהימן אמצעים HIV-1 RNA עד 0.3 עותקים / מ"ל ​​וכיצד להגביר את הגנום הנגיפי על ידי רצף הגנום יחיד, ממדגמים עם המון ויראלי נמוך מאוד.

הגברה וכימות HIV-1 RNA אצל אנשים שנדבקו ב-HIV עם המון ויראלי מתחת לגבול של זיהוי על ידי מבחני קלינית רגילה

טכניקות כדי לנתח את המנגנונים בבסיס הפרשת הנף HIV-1 בexosomes מתוארות. פפטידים קצרים ספציפיים הנגזרים מהנף וtransfection החלבון נוצלו על מנת לקבוע את המבנה, תפקוד, ושותפים מחייבים של אזור שינוי ההפרשה של NEF. יש נהלים אלה רלוונטיות בכלל במחקרים מכניסטית רבים.

זיהוי של מוטיבים פונקציונליים והשותפים המחייבים מבוסס פפטיד

בדיקת עמידות לתרופות ל-HIV-1 אנשים נגועים נכשלו טיפול תרופתי (ART) יכולה להדריך את הטיפולים בעתיד ולשפר את תוצאות טיפול. תוצאות בריאותיות אופטימיזציה של פרט ואוכלוסייה בשכיחות איידס גבוהה, אך משאב מוגבל הגדרות סופו של דבר תדרוש גנוטיפ עמידות לתרופה במחיר סביר ונגיש ושיטות פרשנות.

שיטת ניטור משתלמת HIV-1 תרופות התנגדות להגדרות משאב מוגבלת

פתוגנזה של HIV-1 מוגדרת הן על ידי מאפיינים נגיפיים והן על ידי גורמים גנטיים של המארח. כאן אנו מתארים שיטה חזקה המאפשרת מדידות הניתנות לשחזור כדי להעריך את ההשפעה של וריאציה של רצף גן ה-gag על יכולת השכפול במבחנה של הנגיף.

הגבלת אנזים מבוסס שיבוט שיטה להערכה<em&gt; במבחנה</em&gt; יכולת שכפול של HIV-1 Gag-MJ4 וירוסי כימרי C סוג משנה

תחרות צמיחה בין נגיפים כמעט איזוגניים מספקת מדידה רגישה לקביעת כושר השכפול היחסי. הפרוטוקולים המתוארים כאן כוללים בניית שיבוטים רקומביננטיים של HIV-1, תחרות התפשטות וגידול וירוסים ושיטות ניתוח המותאמות להניב תוצאות רגישות ועקביות.

Pairwise צמיחת התחרות Assay לקביעת כושר השכפול של וירוסי כשל חיסוני אנושיים

אנו מתארים פרוטוקול להגברת אתרי אינטגרציה רטרו-ויראלית מה-DNA הגנומי של תאים נגועים, ריצוף הצמתים המוגברים של הווירוס-מארח ולאחר מכן מיפוי רצפים אלה לגנום ייחוס. אנו מתארים גם טכניקות לכימות התפלגות אתרי האינטגרציה ביחס להערות גנומיות שונות באמצעות BEDTools.

הגברה, רצף הדור הבא, ואת הגנום מיפוי ה- DNA של אתרי אינטגרצית retroviral

רצף proviral בודדים באורך מלא (היפוך) מספקת שיטה יעילה, תפוקה גבוהה עבור הגברה רצף של יחיד, ליד באורך מלא (שלמים ולא פגומה) HIV-1 הפרו-וירוס והיא מאפשרת קביעה של הפוטנציאל שלהם שכפול-כשירות. סלטות מתגבר על המגבלות של מבחני הקודם שנועדה רצף המאגר HIV-1 סמויה.

הגברה של יד באורך מלא הפרו-וירוס HIV-1 עבור הדור הבא רצפי

כאן אנו מציגים בגישה רצף עמוק המספקת של קביעה לא משוחדת של nascent-3' טרמיני, כמו גם פרופילים mutational של מולקולות דנ א חד גדילי. היישום העיקרי הוא אפיון nascent retroviral משלימים DNAs (cDNAs), intermediates שנוצר במהלך התהליך של retroviral שעתוק במהופך.

3'-Termini הקובע ורצפים של מולקולות Nascent חד גדילי ה-DNA הנגיפי במהלך HIV-1 הפוך שעתוק בתאים נגועים

הסיכות ולולאות של RNA יכולות לתפקד כצבעי יסוד לתמלול הפוכה (RT) בהיעדר התחל העצמי הספציפי ברצף, הפרעה למחקר של התעתיקים החופפים של התמלילים. פיתחנו טכניקה מסוגל לזהות את ה-RNA ספציפי סטרנד, ואנחנו השתמשנו בו כדי ללמוד HIV-1 antisense חלבון ASP.

זיהוי של וירוס הכשל החיסוני האנושי 1 (HIV-1) Antisense חלבון (ASP) תעתיקים בחולים על ידי סטרנד ספציפי-PCR

למדו לנבא שימוש בקורצפטור HIV-1 באמצעות ניתוח רצף האזור V3 בגן env. שיטה זו מסייעת בקביעת טיפול אנטי-רטרו-ויראלי מותאם אישית למטופלים.

ניבוי של שימוש בנגיף HIV-1 Coreceptor (זיקה) על ידי ניתוח רצף באמצעות גישת genotypic

גלה סרטונים נוספים