Name: הכנת איים עובריים פרימטים קפואים שאינם אנושיים לריצוף RNA משולב של גרעינים בודדים וריצוף ATAC, ומטבולומיקה בתפזורת (וידאו) | JoVE Journal
Uploaded: 2024-11-08T12:40:00.000+00:00
Duration: 3 min 39 s
Description: למד בידוד גרעינים מאיים עובריים פרימטים קפואים לריצוף RNA ו-ATAC, עם שימור שקע ציטופלזמי למטבולומיקה. שיטה זו מאפשרת ניתוח רב-שכבתי של מטבוליזם וגנום מאותו דגימה.

ai_agent_IP

ai_agent

maintenance

instantTrialDurationMinutes

isBiopharma

enableNewMyJoveSectionDesign

educationFeatures

seoMetaApi

ai_copilot_institution_blacklist

ai_chat_institution_blacklist

freeAccessWindow

ssoRoleCapture

scheduledMaintenanceBanner

joveLabsFeatures

disable_autoplay_for_bots

extended_trial_duration

5 minutes

<meta charset="utf8"></head><body>מ-RNA למטבוליטים: פרופיל רב-אומי של איים עובריים פרימטים לא אנושיים

<ol><li>Christensen, A. A., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+beta+cell+in+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Diab+Rep%22%5BJournal%5D)">The beta cell in type 2 diabetes.</a> Curr Diab Rep. 19 (9), 81(2019).</li>
<li>Elsakr, J. M., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Developmental+programming+of+the+pancreatic+islet+by%5BTitle%5D)+AND+%22Trends+Dev+Biol%22%5BJournal%5D)">Developmental programming of the pancreatic islet by.</a> Trends Dev Biol. 10, 79-95 (2017).</li>
<li>Salzberg, L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Risk+factors+and+lifestyle+interventions%5BTitle%5D)+AND+%22Prim+Care%22%5BJournal%5D)">Risk factors and lifestyle interventions.</a> Prim Care. 49 (2), 201-212 (2022).</li>
<li>Pound, L. D., Kievit, P., Grove, K. L. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((The+non-human+primate+as+a+model+for+type+2+diabetes%5BTitle%5D)+AND+%22Curr+Opin+Endocrinol+Diabetes+Obes%22%5BJournal%5D)">The non-human primate as a model for type 2 diabetes.</a> Curr Opin Endocrinol Diabetes Obes. 21 (2), 89-94 (2014).</li>
<li>Kang, R. B., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-nucleus+RNA+sequencing+of+human+pancreatic+islets+identifies+novel+gene+sets+and+distinguishes+%CE%B2-cell+subpopulations+with+dynamic+transcriptome+profiles%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles.</a> Genome Med. 15 (1), 30(2023).</li>
<li>Basile, G., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Using+single-nucleus+RNA-sequencing+to+interrogate+transcriptomic+profiles+of+archived+human+pancreatic+islets%5BTitle%5D)+AND+%22Genome+Med%22%5BJournal%5D)">Using single-nucleus RNA-sequencing to interrogate transcriptomic profiles of archived human pancreatic islets.</a> Genome Med. 13 (1), 128(2021).</li>
<li>Cabé, C. M., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((High-quality+brain+and+bone+marrow+nuclei+preparation+for+single+nuclei+multiome+assays%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">High-quality brain and bone marrow nuclei preparation for single nuclei multiome assays.</a> J Vis Exp. (202), e65715(2023).</li>
<li>Nuclei from embryonic mouse brain for single cell multiome ATAC + gex sequencing. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Elsakr, J. M., Deeter, C., Ricciardi, V., Gannon, M. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Analysis+of+non-human+primate+pancreatic+islet+oxygen+consumption%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Analysis of non-human primate pancreatic islet oxygen consumption.</a> J Vis Exp. (154), e60696(2019).</li>
<li>Chromium next gem single cell multiome ATAC + gene expression reagent kits user guide. , Available from: 
 <a target="_blank" href="https://www.10xgenomics.com">https://www.10xgenomics.com</a> (2022).</li>
<li>Maruyama, A., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Extraction+of+aqueous+metabolites+from+cultured+adherent+cells+for+metabolomic+analysis+by+capillary+electrophoresis-mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22J+Vis+Exp%22%5BJournal%5D)">Extraction of aqueous metabolites from cultured adherent cells for metabolomic analysis by capillary electrophoresis-mass spectrometry.</a> J Vis Exp. (148), e59551(2019).</li>
<li>Ooga, T., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metabolomic+anatomy+of+an+animal+model+revealing+homeostatic+imbalances+in+dyslipidaemia%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Metabolomic anatomy of an animal model revealing homeostatic imbalances in dyslipidaemia.</a> Mol Biosyst. 7 (4), 1217-1223 (2011).</li>
<li>Ohashi, Y., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Depiction+of+metabolome+changes+in+histidine-starved+Escherichia+coli+by+CE-TOFMS%5BTitle%5D)+AND+%22Mol+Biosyst%22%5BJournal%5D)">Depiction of metabolome changes in histidine-starved Escherichia coli by CE-TOFMS.</a> Mol Biosyst. 4 (2), 135-147 (2008).</li>
<li>Chiou, J., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Single-cell+chromatin+accessibility+identifies+pancreatic+islet+cell+type%E2%80%93+and+state-specific+regulatory+programs+of+diabetes+risk%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Genetics%22%5BJournal%5D)">Single-cell chromatin accessibility identifies pancreatic islet cell type– and state-specific regulatory programs of diabetes risk.</a> Nat Genetics. 53 (4), 455-466 (2021).</li>
<li>Pang, Z., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Metaboanalyst+6.0%3A+Towards+a+unified+platform+for+metabolomics+data+processing%2C+analysis+and+interpretation%5BTitle%5D)+AND+%22Nucleic+Acids+Res%22%5BJournal%5D)">Metaboanalyst 6.0: Towards a unified platform for metabolomics data processing, analysis and interpretation.</a> Nucleic Acids Res. , 253(2024).</li>
<li>Willency, J. A., Lin, Y., Pirro, V. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Targeted+metabolomics+in+human+and+animal+biofluids+and+tissues+using+liquid+chromatography+coupled+with+tandem+mass+spectrometry%5BTitle%5D)+AND+%22STAR+Protoc%22%5BJournal%5D)">Targeted metabolomics in human and animal biofluids and tissues using liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry.</a> STAR Protoc. 5 (1), 102884(2024).</li>
<li>Behnke, J. -S., Urner, L. H. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Emergence+of+mass+spectrometry+detergents+for+membrane+proteomics%5BTitle%5D)+AND+%22Anal+Bioanal+Chem%22%5BJournal%5D)">Emergence of mass spectrometry detergents for membrane proteomics.</a> Anal Bioanal Chem. 415 (18), 3897-3909 (2023).</li>
<li>Ouimet, C. M., D'amico, C. I., Kennedy, R. T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Advances+in+capillary+electrophoresis+and+the+implications+for+drug+discovery%5BTitle%5D)+AND+%22Expert+Opin+Drug+Discov%22%5BJournal%5D)">Advances in capillary electrophoresis and the implications for drug discovery.</a> Expert Opin Drug Discov. 12 (2), 213-224 (2017).</li>
<li>Alexandrov, T. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Spatial+metabolomics+and+imaging+mass+spectrometry+in+the+age+of+artificial+intelligence%5BTitle%5D)+AND+%22Annu+Rev+Biomed+Data+Sci%22%5BJournal%5D)">Spatial metabolomics and imaging mass spectrometry in the age of artificial intelligence.</a> Annu Rev Biomed Data Sci. 3, 61-87 (2020).</li>
<li>Ewald, J. D., et al. <a target="_blank" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=((Web-based+multi-omics+integration+using+the+analyst+software+suite%5BTitle%5D)+AND+%22Nat+Protoc%22%5BJournal%5D)">Web-based multi-omics integration using the analyst software suite.</a> Nat Protoc. 19, 1467-1497 (2024).</li>
</ol>

<table><tbody><tr><td>מזרק צינורית מוח עכברוש 33 גרם</td><td>Protech International</td><td>8IC315IS5SPC</td><td>עבור קנולציה של צינורות וניפוח לבלב</td></tr><tr><td>פניצילין/סטרפטומיצין</td><td>פישר</td><td>15-140-122</td><td>עבור מדיה</td></tr><tr><td>RT FBS</td><td>Millipore/Sigma</td><td>F4135-500ML</td><td>עבור מדיה</td></tr><tr><td>RT RPMI 1640</td><td>תרמו פישר מדעי</td><td>11-875-135</td><td>עבור מדיה RT</td></tr><tr><td>קולגנאז P</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>11213865001</td><td>לעיכול לבלב</td></tr><tr><td>בקר Dnase I</td><td>Sigma Aldrich</td><td>11284932001</td><td>למדיה RT ובידוד</td></tr><tr><td>דקסטרוז</td><td>פישר</td><td>D16-1</td><td>הריכוז הסופי יהיה 2.8 מ"מ</td></tr><tr><td>סידן כלוריד</td><td>פישר</td><td>C4901-500G</td><td>הריכוז הסופי יהיה 0.5 מ"מ</td></tr><tr><td>HEPES</td><td>Gibco</td><td>15630-080</td><td>סופי הריכוז יהיה 10 מ"מ</td></tr><tr><td>סרום בקר אלבומין (BSA) Fraction 5</td><td>Research Products International</td><td>A30075100</td><td>הריכוז הסופי יהיה 0.5 מ"ג/מ"ל</td></tr><tr><td>Dulbecco's Modified Eagle Medium</td><td>Gibco</td><td>11966025</td><td>לקטיף ידני של איים</td></tr><tr><td>20x Nuclei Buffer</td><td>10X Genomics</td><td>2000153/2000207</td><td></td></tr><tr><td>Digitonin (5%)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>BN2006</td><td>ייתכן שיהיה צורך לחמם את הדיגיטונין ל-65 מעלות; C להמסת משקעים לבנים</td></tr><tr><td>MACS SmartStrainers (30 ומיקרו; M)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-098-458</td><td></td></tr><tr><td>MACS BSA תמיסת מלאי (10%)</td><td>Miltenyi Biotec</td><td>130-091-376</td><td></td></tr><tr><td>IGEPAL CA-630</td><td>Sigma Aldrich</td><td>i8896</td><td>הכן מלאי של 10% באמצעות</td></tr><tr><td>תמיסת טריזמה הידרוכלוריד מי MilliQ, pH 7.5</td><td>Sigma Aldrich</td><td>T2319-1L</td><td></td></tr><tr><td>תמיסת נתרן כלוריד, 5 M</td><td>Sigma Aldrich</td><td>S6546-1L</td><td></td></tr><tr><td>תמיסת מגנזיום כלוריד, 1 M</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>M1028-100 מ"ל</td><td></td></tr><tr><td>מעכב סיגמא מגן רנאז</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>3335402001</td><td></td></tr><tr><td>DTT</td><td>Research Products International</td><td>D11000-5.0</td><td></td></tr><tr><td>עלי גלולה חד פעמיים ללא רנז</td><td>פישר סיינטיפיק</td><td>12-141-368</td><td></td></tr><tr><td>טווין 20</td><td>פישר ביוריאגנטים</td><td>BP337-500</td><td>הכן מלאי של 20% באמצעות</td></tr> צינורות <tr><td>מים ללא נוקלאז</td><td>MilliQ Promega</td><td>PR-P1193</td><td></td></tr><tr><td>DNA LoBind (5 מ"ל)</td><td>Eppendorf</td><td>30108310</td><td></td></tr><tr><td>Cryovials (1.5 מ"ל)</td><td>VWR</td><td>20170-225</td><td></td></tr><tr><td>Posi-Click Tubes (0.6 מ"ל)</td><td>דנוויל</td><td>C-2177</td><td></td></tr><tr><td>טריפאן כחול (0.4%)</td><td>Thermo Fisher Scientific</td><td>T-10282</td><td></td></tr><tr><td>שקופיות ספירת תאים כפולות</td><td>Bio-Rad</td><td>1450011</td><td></td></tr><tr><td>MiiliQ מערכת מים אולטרה-טהורים</td><td>Millipore/Sigma</td><td>7003/05/10/15</td><td></td></tr><tr><td>מסנן חיתוך 5 kDa</td><td>HMT Metabolome Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>תקנים פנימיים</td><td>HMT Metabolome Technologies</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P10, P20, P200 ו-P1000 פיפטות</td><td>Eppendorf</td><td>2231000602</td><td></td></tr><tr><td>קצות פיפטות, 10 ומיקרו; L</td><td>VWR</td><td>76322-528</td><td></td></tr><tr><td>קצות פיפטה, 1000 ומיקרו; L</td><td>תרמו פישר סיינטיפיק</td><td>21-236-2A</td><td></td></tr><tr><td>טיפים לפיפטה, 20 ומיקרו; L</td><td>Genesee Scientific</td><td>23-404</td><td></td></tr><tr><td>טיפים לפיפטה, 200 ומיקרו; L</td><td>ארה"ב מדעי</td><td>1120-8810</td><td></td></tr><tr><td>מיקרוסקופ ניגודיות פאזה</td><td>אולימפוס</td><td>BX41-PH-B</td><td></td></tr><tr><td>רוזנת II מונה תאים אוטומטי</td><td>תרמו פישר AMQAX1000</td><td></td><td></td></tr><tr><td>מדעי DPBS (1x)&nbsp;</td>צנטריפוגה <td>Gibco</td><td>14190-144</td><td></td></tr><tr><td>Allegra X-30R</td><td>בקמן-קולטר</td><td>B06315</td><td></td></tr><tr><td>RNase-ZAP</td><td>סיגמא אולדריץ'</td><td>R2020</td><td></td></tr></tbody></table>

הכנת איים עובריים פרימטים קפואים שאינם אנושיים לריצוף rna משולב של גרעינים בודדים וריצוף atac, ומטבולומיקה בתפזורת

Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics

איכות תפוקות הריצוף תלויה מאוד באיכות הקלט הגרעיני. פיצוץ גרעיני ופגיעה בקרום הגרעין החיצוני יגרמו לזיהום RNA ו-DNA סביבתי בניתוח, מה שיכניס רעש לנתונים. לתמצית גרעינית טהורה תהיה עדות מינימלית לגרעינים עטופים ברכיבים ציטופלזמיים (איור 2A) או לעיכול יתר, כפי שמעידים גרעינים מתפוצצים (איור 2B). קלט גרעיני אידיאלי יכיל גרעינים שלמים (איור 2C).
פרטים על ניתוח נתוני ריצוף RNA ו-ATAC של גרעין יחיד ניתנים בהרחבה במקומות אחרים 5,14. אשכולות מייצגים של אוכלוסיות תאים מהכנה גרעינית עוברית מסוג NHP מודגמים באמצעות UMAP באיור 3A. נתוני מטבולומיקה מנותחים בקלות באמצעות תוכנת קוד פתוח, כפי שתואר קודם לכן15. ניתן להמחיש ספקטרום שנוצר, וניתן להשוות מטבוליטים מועשרים באיים של עובר מסכר הניזון מ-WSD לאלה שמקורם בסכר הניזון מ-CD (איור 3B-F).
<img alt="Figure 1" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig01.jpg"> איור 1: סקירה כללית של פרוטוקול בידוד גרעינים ושבר ציטוסולי. איי לבלב עובריים נשמרו ואוחסנו ב -80 מעלות צלזיוס עד יום הבדיקה. גרעינים בודדו ונוצלו לריצוף RNA ו-ATAC של גרעין יחיד. החלק הציטוסולי לאחר השטיפה הראשונה של בידוד גרעינים נשמר עבור ספקטרומטריית אלקטרופורזה-מסה נימית. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig01large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 2" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig02.jpg"> איור 2: הדגמה של קלט גרעינים תקין בבדיקת מולטיומיקה של גרעין יחיד. דוגמאות ל-(A) גרעין עטוף בציטופלסמה, (B) גרעין מתפרץ עם קרום גרעיני פגוע, ו-(C) גרעין שלם עם מורפולוגיה מעוגלת. פסי קנה מידה: 10 מיקרומטר. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig02large.jpg" target="_blank">לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
<img alt="Figure 3" class="xfigimg" src="/files/ftp_upload/66849/66849fig03.jpg"> איור 3: נתונים מייצגים ממולטיומיקה משולבת של גרעין יחיד ומטבולומיקה בתפזורת. (א) אשכולות UMAP של תת-סוגים תאיים בתוך איי NHP עובריים מבודדים בהתבסס על ביטוי גנים. הערכה כמותית של המטבוליטים הגליקוליטיים, (B) פוספט דיהידרוקסיאצטון ו-(C) גליצרול-3-פוספט בחלק הציטוסולי מאיי NHP עובריים מבודדים כאשר הסכר הוזן ב-WSD (mWSD) או בתקליטור (mCD). תזונה אימהית עשויה גם לווסת באופן דיפרנציאלי את חילוף החומרים באמצעות (D) מחזור חומצת לימון (2-oxoglutarate), (E) מטבוליזם של חומצות אמינו (קריאטין), ועל ידי שינוי (F) מצב חמצון-חיזור תאי (גלוטתיון) באיים עובריים. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849fig03large.jpg" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להציג גרסה גדולה יותר של איור זה.</a>
טבלה 1: נוסחאות חיץ לבידוד גרעינים. מוצגים רכיבים מפורטים של גרעינים, ליזיס, דילול ליזיס ומאגרי שטיפה. במידת הצורך, יש לדלל ריאגנטים לריכוז המלאי לפני הכנת החיץ. <a href="https://www.jove.com/files/ftp_upload/66849/66849_Table%201.xlsx" target="_blank">אנא לחץ כאן כדי להוריד טבלה זו.</a>

הכנת איים עובריים פרימטים קפואים שאינם אנושיים לריצוף RNA משולב של גרעינים בודדים וריצוף ATAC, ומטבולומיקה בתפזורת

One challenge in studies using tissue collected from multiple cohorts is avoiding batch effects when preparing for large-scale multi-omic experiments, ...

preparation-frozen-non-human-primate-fetal-islets-for-combined-single

Research

JoVE Journal

Developmental Biology

ביולוגיה התפתחותית

כאן, אנו מציגים פרוטוקול לבודד במהירות את הגרעינים באיכות גבוהה מן הרקמה טרי או קפוא עבור רצפי RNA בנפט מקבילים במורד הזרם. אנו כוללים רקמת חומרי ניקוי-מכניים, היפוטוניק-מכניים הפרעה ותא פירוק אפשרויות, אשר שניהם יכול לשמש עבור בידוד של גרעין האטום.

בידוד של חוט השדרה למבוגרים גרעינים עבור רצפי RNA חד-גרעין בנפט מקבילים

כאן, אנו מציגים פרוטוקול כדי לייצר באיכות גבוהה, בקנה מידה גדול של נתונים הטרנססקריפט של תאים בודדים מבודדים איונים הלבלב האנושי באמצעות droplet-מבוססי microfluidic בודד מיקרופלוג של תא RNA רצף הטכנולוגיה.

תא בודד RNA רצף וניתוח של איי הלבלב האנושי

פרסום זה מתאר פרוטוקול לבידוד של גרעינים מאדיפוציטים בוגרים, טיהור על-ידי מיון המופעל באמצעות קרינה פלואורסצנטית ורמת תא בודדת מופעלת.

בידוד של שאדיפוז של גרעיני הרקמה עבור יישומים גנומית של תא יחיד

הטרוגניות תוך-גידולית היא תכונה אינהרנטית של גידולים, כולל גליומות. פיתחנו פרוטוקול פשוט ויעיל המשתמש בשילוב של חוצצים וצנטריפוגה הדרגתית כדי לבודד גרעינים בודדים מרקמות גליומה קפואות טריות למחקרי רצף גרעין יחיד ו- ATAC.

בידוד גרעינים מגידולים טריים במוח קפוא ל-RNA-seq חד-גרעיני ו-ATAC-seq

כאן, המחברים מציגים את התועלת של MULTI-seq עבור פנוטיפ והצמד הבא scRNA-seq ו- scATAC-seq באפיון פרופילי הנגישות של תעתיק וכרומטין ברשתית.

ניתוח מרובב של ביטוי גנים ברשתית ונגישות כרומטין באמצעות scRNA-Seq ו- scATAC-Seq

פיתחנו שיטה המעשירה ומבודדת אוכלוסיות אסטרוציטים אנושיות מרקמה קפואה טרייה לשימוש בניתוחים מולקולריים במורד הזרם.

בידוד של אוכלוסיות אסטרוציטים אנושיות בוגרות מקורטקס קפוא טרי באמצעות מיון גרעינים המופעלים על ידי פלואורסצנציה

כאן אנו מציגים פרוטוקול לבידוד גרעינים מרקמות כבד מוקפאות בהבזק, בארכיון עבור RNA-seq, ATAC-seq ומולטיומיקה של מפרקים (RNA-seq ו-ATAC-seq).

בידוד גרעינים מרקמת כבד קפואה עבור מולטיומיה חד-תאית

אנו מציגים פרוטוקול לבדיקה עבור כרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ריצוף בתפוקה גבוהה (ATAC-seq) במיוחד על אדיפוציטים באמצעות מיון גרעין עם רקמות שומן שבודדו מעכברי כתב טרנסגניים עם תיוג פלואורסצנטי גרעיני.

ATAC-Seq ספציפי לאדיפוציט עם רקמות שומן באמצעות מיון גרעין המופעל על ידי פלואורסצנטיות

כאן אנו מציגים פרוטוקול המתאר הכנת גרעיני תאים. לאחר מיקרודיסקציה ודיסוציאציה אנזימטית של רקמת הלב לתאים בודדים, תאי האב הוקפאו, ולאחר מכן בידוד של תאים טהורים בני קיימא, ששימשו לריצוף RNA של גרעין יחיד ובדיקת גרעין יחיד לכרומטין נגיש לטרנספוזאז עם ניתוחי ריצוף בתפוקה גבוהה.

בידוד גרעינים מתאי אב לבביים של עכברים עבור אפיגנום ופרופיל ביטוי גנים ברזולוציה של תא בודד

המחקר מתאר פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים איכותיים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף RNA של גרעינים בודדים במורד הזרם.

פרוטוקול פשוט, מהיר ואוטומטי חלקית לבידוד גרעינים בודדים מרקמות יונקים קפואים לצורך ריצוף גרעין יחיד

הביולוגיה של רקמת השומן הבין-שרירית (IMAT) לא נחקרה במידה רבה בשל הנגישות המוגבלת של רקמת האדם. כאן, אנו מציגים פרוטוקול מפורט לבידוד גרעינים והכנת ספרייה של IMAT אנושי קפוא לריצוף RNA של גרעינים בודדים כדי לזהות את ההרכב התאי של מחסן שומן ייחודי זה.

בידוד גרעינים מרקמת שומן בין-שרירית אנושית וריצוף RNA חד-גרעיני במורד הזרם

למד בידוד גרעינים מאיים עובריים פרימטים קפואים לריצוף RNA ו-ATAC, עם שימור שקע ציטופלזמי למטבולומיקה. שיטה זו מאפשרת ניתוח רב-שכבתי של מטבוליזם וגנום מאותו דגימה.

הכנת איים עובריים פרימטים קפואים שאינם אנושיים לריצוף RNA משולב של גרעינים בודדים וריצוף ATAC, ומטבולומיקה בתפזורת

גלה סרטונים נוספים