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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Questo saggio biologico si avvale di un modello di pesce predatore per valutare la presenza di metaboliti di alimentazione-deterrenti da estratti organici dei tessuti degli organismi marini a concentrazioni naturali utilizzando un punto di vista nutrizionale analoga matrice alimentare.
L'ecologia chimica marina è una disciplina giovane, nata dalla collaborazione di chimici ed ecologi marini negli anni '80 con l'obiettivo di esaminare le funzioni ecologiche dei metaboliti secondari provenienti dai tessuti degli organismi marini. Il risultato è stato una progressione di protocolli che hanno sempre più affinato la rilevanza ecologica dell'approccio sperimentale. Qui presentiamo la versione più aggiornata di un biotest di laboratorio per l'alimentazione dei pesci che consente ai ricercatori di valutare l'attività antipredatoria dei metaboliti secondari dei tessuti degli organismi marini. I metaboliti organici di tutte le polarità sono estratti in modo esaustivo dal tessuto dell'organismo bersaglio e ricostituiti a concentrazioni naturali in una matrice alimentare appropriata dal punto di vista nutrizionale. I pellet alimentari sperimentali vengono presentati a un predatore generalista in saggi di alimentazione di laboratorio per valutare l'attività antipredatoria dell'estratto. La procedura qui descritta utilizza il testa blu, Thalassoma bifasciatum, per testare l'appetibilità degli invertebrati marini dei Caraibi; Tuttavia, il design può essere facilmente adattato ad altri sistemi. I risultati ottenuti utilizzando questo test di laboratorio sono un importante preludio agli esperimenti sul campo che si basano sulle risposte alimentari di un gruppo completo di potenziali predatori. Inoltre, questo biotest può essere utilizzato per dirigere l'isolamento di metaboliti deterrenti per l'alimentazione attraverso il frazionamento guidato da biodosaggio. Questo biotest sull'alimentazione ha migliorato la nostra comprensione dei fattori che controllano la distribuzione e l'abbondanza di invertebrati marini sulle barriere coralline dei Caraibi e può informare le indagini in diversi campi di indagine, tra cui la farmacologia, la biotecnologia e l'ecologia evolutiva.
Ecologia chimica sviluppata attraverso la collaborazione di chimici ed ecologisti. Mentre la sotto-disciplina di terrestre ecologia chimica è stato intorno per qualche tempo, quello di ecologia chimica marina è solo pochi decenni vecchio, ma ha fornito importanti conoscenze sulla ecologia e comunità la struttura evolutiva degli organismi marini 1-8. Sfruttando le tecnologie emergenti di immersioni subacquee e di spettroscopia NMR, i chimici organici rapidamente generato un gran numero di pubblicazioni che descrivono nuovi metaboliti bentoniche invertebrati e alghe marine negli anni 1970 e 1980 9. Supponendo che metaboliti secondari devono servire a qualcosa, molte di queste pubblicazioni ascritti ecologicamente importanti proprietà a nuovi composti senza prove empiriche. Nello stesso tempo, gli ecologisti sono stati anche approfittando dell'avvento di immersioni subacquee e descrivere le distribuzioni e abbondanze di animali bentonici e piante precedentemente noti from metodi di campionamento relativamente inefficaci come il dragaggio. L'assunzione di questi ricercatori è che qualsiasi cosa sessili e corpo molle devono essere difesi chimicamente per evitare il consumo da parte di predatori 10. Nel tentativo di introdurre l'empirismo a quello che era il lavoro altrimenti descrittivo sulle specie abbondanze, alcuni ecologisti hanno cominciato estrapolando difese chimiche da saggi di tossicità 11. La maggior parte dei test di tossicità l'esposizione di pesci interi o di altri organismi a sospensioni acquose di estratti organici grezzi di tessuti invertebrati, con successiva determinazione delle concentrazioni in massa a secco di estratti responsabili dell'uccisione metà gli organismi di analisi. Tuttavia, i saggi di tossicità non emulare il modo in cui i potenziali predatori percepiscono preda in condizioni naturali, e gli studi successivi hanno trovato alcuna relazione tra la tossicità e l'appetibilità 12-13. E 'sorprendente che le pubblicazioni su riviste prestigiose utilizzate tecniche minimo o nullo ecological rilevanza 14-15 e oggi che questi studi sono ancora ampiamente citati. E 'ancora più allarmante notare che gli studi basati su dati di tossicità continuano ad essere pubblicati 16-18. Il metodo di analisi biologico descritto è stato sviluppato alla fine del 1980 per fornire un approccio ecologicamente rilevante per gli ecologi marini chimiche per valutare le difese chimiche antipredatory. Il metodo richiede un modello predatore di assaggiare un estratto organico greggio da parte dell'organismo bersaglio ad una concentrazione naturale in un punto di vista nutrizionale analoga matrice alimentare, fornendo dati appetibilità che sono più ecologicamente significativo di dati sulla tossicità.
L'approccio generale per valutare l'attività antipredatory dei tessuti di organismi marini comprende quattro criteri importanti: (1) un appropriato predatore generalista deve essere utilizzato in saggi di alimentazione, (2) metaboliti organici di tutte le polarità devono essere esaustivo estratte dal tessuto del bersaglio organismo, (3) i metaboliti devono be mescolato in un alimento nutrizionalmente sperimentale appropriata alla stessa concentrazione volumetrica come trovato nell'organismo da cui sono stati estratti, e (4) il disegno sperimentale e approccio statistico devono fornire una metrica significativa per indicare relativa distastefulness.
La procedura descritta di seguito è stato progettato specificamente per valutare le difese chimiche antipredatory in Caraibi invertebrati marini. Impieghiamo il wrasse bluehead, Thalassoma bifasciatum, come un modello di pesce predatore, perché questa specie è comune in barriere coralline dei Caraibi ed è noto per degustare un vasto assortimento di invertebrati bentonici 19. Tissue da parte dell'organismo bersaglio viene dapprima estratta, poi combinata con una miscela di cibo, e infine offerto ai gruppi di T. bifasciatum osservare se rifiutano i cibi estratto trattati. Dati del dosaggio con questo metodo hanno fornito importanti conoscenze sulla chimica di difesa degli organismi marini 12,20-21, lstoria ife compromessi 22-24, e la comunità ecologia 25-26.
NOTA: Fase 3 del presente protocollo coinvolge soggetti animali vertebrati. La procedura è stata progettata in modo che gli animali ricevano il trattamento più umano possibile ed è stato approvato dalla cura e l'uso Comitato Istituzionale Animal (IACUC) presso la University of North Carolina Wilmington.
1) Estrazione del tessuto
2) Preparazione alimentare
3) AppetibilitàBioassays
4) Significato Valutazione
Qui riportiamo i risultati di questo saggio biologico per sei specie di spugne caraibiche comuni (Figura 2). Questi dati sono stati inizialmente pubblicati nel 1995 da Pawlik et al. 12 e dimostrano la potenza di questo approccio per esaminare le differenze nelle strategie di difesa chimiche tra taxa concomitanti. I risultati sono stati riportati come un numero medio di pellet cibo mangiato + errore standard (SE) per ogni specie. Quasi nessun pellet sono stati consumati in test con estratti organici grezzi da clathrodes Agelas, Amphimedon compressa, e cauliformis Aplysina. Al contrario, pellet con estratti di Callyspongia vaginalis, Geodia gibberosa, e Micale laevis sono stati prontamente consumati nel test 12. Meno di sei pellet sono stati consumati per i primi tre specie, così sono stati considerati in modo significativo deterrente. Al contrario, il secondo tre specie non erano significativamente differenti dai controlli, ed eranoconsiderato appetibile.

Figura 1:. Schematica della procedura di saggio In tutte le fasi, il rifiuto di un pellet di controllo indica che questo insieme di pesce test sono poco collaborativo o sazi e non può essere utilizzato ulteriormente. Il protocollo inizia offrendo ogni set di pesci un pellet di controllo seguite da un pellet trattata. Poi, se il pellet trattata è accettato il campione viene segnato come accettata. Se il pellet trattato viene respinto, ma il successivo controllo del pellet è accettato, il campione viene segnato come rifiutata.

Figura 2: Consumo per Thalassoma bifasciatum di pellet alimentare (media + SE) che contiene estratti organici grezzi di spugne a concentrazioni naturali, segnalati nel 1995 da Pawlik 12 pesci consumati tutti i 10 pellets di controllo in tutti i casi. Dopo ciascuna specie, viene specificato il numero di campioni replicati (ogni replica dall'estrazione separata di un campione geograficamente distinta di tessuto spugna). Per ogni test individuale, gli estratti sono stati considerati deterrente se il numero di pellet consumati è inferiore o uguale a 6 (p = 0,057, modificate test esatto di Fisher), come indicato dalla linea tratteggiata nel grafico.
Gli autori dichiarano di non avere interessi finanziari concorrenti.
Questo saggio biologico si avvale di un modello di pesce predatore per valutare la presenza di metaboliti di alimentazione-deterrenti da estratti organici dei tessuti degli organismi marini a concentrazioni naturali utilizzando un punto di vista nutrizionale analoga matrice alimentare.
Ringraziamo James Maeda e Aaron Cooke per l'assistenza con le riprese e il montaggio di questo video. Il finanziamento è stato fornito dalla National Science Foundation (OCE-0550468, 1029515).
| Diclorometano | Fisher Scientific | D37-20 | |
| Metanolo | Fisher Scientific | A41220 | |
| Cloruro di calcio anidro | Fisher Scientific | C614-500 | |
| Cryocool Fluido termovettore | Fisher Scientific | 20-548-146 | Per concentratore sottovuoto |
| Acido alginico Sale sodico Alta viscosità | MP Biomedicals | 154723 | |
| Anelli mantello calamaro | N/A | N/A | Può essere acquistato al supermercato |
| Denatonium benzoato | Aldrich | D5765 | |
| Provetta da centrifuga graduata da 50 ml | Fisher Scientific | 14-432-22 | |
| Fiala a scintillazione da 20 ml | Fisher Scientific | 03-337-7 | |
| Pipette Pasteur monouso | Fisher Scientific | 13-678-20D | |
| Lampadine in gomma per pipette Pasteur | Fisher Scientific | 03-448-24 | |
| Lampadine rosse per erogazione pellet | Fisher Scientific | 03-448-27 | |
| Pallone a fondo tondo da 250 ml | Fisher Scientific | 10-067E | |
| Adattatore per fiala a scintillazione per rotavap | Fisher Scientific | K747130-1324 | |
| Weightboats | Fisher Scientific | 02-202B | |
| Microspatola | Fisher Scientific | 21-401-10 | |
| Siringa graduata da 5 ml | Fisher Scientific | 14-817-53 | |
| Siringa graduata da 10 ml | Fisher Scientific | 14-817-54 | |
| Lama di rasoio | Fisher Scientific | S17302 |