Summary
生物样本库是生物医学研究的重要资源，欧洲肿瘤研究所的转化和数字医学生物样本库是该领域的典范。在这里，我们详细介绍了生物样本库管理不同类型人类生物样本的标准操作程序。
Abstract
生物样本库是关键的研究基础设施，旨在收集、存储、处理和共享高质量的人类生物样本和相关数据，用于研究、诊断和个性化医疗。欧洲肿瘤研究所（IEO）的转化和数字医学生物样本库是该领域的里程碑。生物样本库与临床部门、内部和外部研究小组以及行业合作，支持患者的治疗和科学进步，包括创新诊断、生物标志物发现和临床试验设计。鉴于生物样本库在现代研究中的核心作用，生物样本库标准操作程序（SOP）应该非常精确。由认证专家进行的SOP和控制确保最高质量的样品，以实施基于科学的诊断，预后和治疗个性化策略。然而，尽管为标准化和协调生物样本库做出了许多努力，但这些协议遵循一套严格的规则、质量控制和基于道德和法律原则的指南，并不容易获得。本文介绍了一家大型癌症中心的生物样本库标准操作程序。
Introduction
生物样本库是生物储存库，旨在收集、存储、处理和共享人类生物样本和相关数据，用于研究和诊断。它们的作用不仅对生物标志物的发现和验证至关重要，而且对新药的开发也至关重要1。因此，绝大多数转化和临床研究项目都依赖于获得高质量的生物标本。在这方面，生物样本库被认为是学术研究与制药/生物技术行业之间的桥梁2，3，4，5。由于大数据收集和人工智能提供了前所未有的机会，生物样本库在癌症研究中的作用正在不断发展6。
生物样本库处理的广泛生物材料与临床病理学信息相结合，包括人口统计学和环境数据、肿瘤类型、组织学分级、分期、淋巴血管浸润的存在和生物标志物状态7，8。可获得的高质量标本和数据越多，研究推进和影响医疗保健服务的速度就越快9.有一个基于道德和法律原则的严格监管框架，应遵循广泛采用的SOP、质量控制和指南（例如，美国国家癌症研究所、英国癌症生物样本库联合会和欧盟国际生物与环境储存库协会）10，11。
为生物样本库的所有主要方面开发SOP在质量，可追溯性，一致性，可重复性和周转时间方面带来了几个优势12，13。SOP实施的另一个重要方面是生物样本库管理的优化，这为生物样本库员工和研究人员提供了更好的解决问题和替代程序14。所有这些方面都是生物样本库工作流程的一部分（图1）。
图1：有助于优化生物样本库的不同因素。 缩写：LIMS = 实验室信息管理系统。 请点击此处查看此图的大图。
这些高度具体和敏感的数据需要严格的生物样本库管理标准程序。应向所有需要获取生物样本库样本和数据的研究人员提供详细且经过验证的项目表格。请求中提供的信息应包括研究方法和设计、目的、目的和预算。应设立一个生物库技术科学委员会，其主要作用是评估研究项目的申请。该机构应包括来自生物库部门、临床部门、研究小组、数据保护、法律办公室和技术转让办公室的成员。
欧洲肿瘤研究所（IEO）的转化和数字医学生物样本库在所提供服务的质量和数量以及创新方面是生物样本库的全球参考。这个完全认证的设施（UNI EN ISO 9001：2015-Certiquality）是BBMRI-ERIC意大利节点（即生物样本库和生物分子资源研究基础设施）的组成部分，并与临床单位和研究基础设施相互作用。
生物样本库储存的生物标本类型存在很大的异质性。这些包括组织样本（新鲜冷冻或石蜡保存）生物体液（例如血浆、血清、血液、尿液、粪便）、细胞培养物和外周血单核细胞 （PBMC）。我们的生物样本库与欧洲生物样本库研究基础设施（BBMRI-ERIC）协同运作，该基础设施是欧洲最大的生物样本库网络之一，为访问生物样本库和生物分子资源提供了一个门户，由国家节点15协调。除BBMRI-ERC外，国际生物和环境储存库协会（ISBER）在生物样本库16操作程序标准化方面发挥了重要作用。
生物样本库部门是病理学部门的一部分，致力于患者的中心地位，支持临床研究的发展，持续改进，人力资源的增强，国际合作，支持培训活动，工作场所的安全以及科学和技术发展。共同的愿景是在服务和创新的质量和数量方面为生物样本库建立国家和欧洲地标。收集的生物样本用于识别新的生物标志物和新药（例如，开发越来越个性化的疗法），并通过卓越的研究确保为患者提供最佳治疗。
在事先验证患者是否存在科学研究参与协议后收集和处理每个生物标本15.生物采集标本用于进行研究项目或临床试验，包括过量（即，不需要用于诊断目的）病理和非病理性手术样本、液体活检（例如血液、血清、血浆和尿液）和其他生物标本。这些生物材料根据专用的冷冻保存方案进行储存。本文提供了大型癌症中心的生物样本库协议。
Protocol
该协议侧重于用于乳腺癌、卵巢癌、前列腺癌、肺癌和结肠癌的 SOP。此处描述的所有程序均已获得科学技术委员会，伦理委员会（EC）以及乳腺，妇科，泌尿科，胸外科和消化系统手术计划的主任的批准。研究程序遵循 1964 年赫尔辛基宣言、2018 年通用数据保护条例 （GDPR） 法案以及随后的修正案。源自 GDPR 法案的机构研究参与协议 （RPA） 代表从所有患者获得的收集生物样本和个人、临床和遗传数据的知情同意。从所有患者那里获得RPA，用于存储，处理和将获得的数据用于科学目的。
1. 生物样本的先决条件
- 根据RPA和项目协议检查患者是否符合入组条件，并向所有患者提供详细的RPA描述。
- 提高患者参与度，例如，在候诊室播放教育卡通视频，告知患者RPA的重要性和影响。为所有患者提供小工具书签（请参阅 https://www.ieo.it/it/PER-I-PAZIENTI/I-diritti-del-paziente/Consensi-informati/ 和 https://vimeo.com/679070846 可免费访问的卡通动画短片）。
- 培训人员在每个住院阶段进行同意管理，如果患者参与特定研究，请提供其他信息。
注意：如果未签署 RPA，则不会收集生物样本。 - 避免包括出现SARS-CoV-2（COVID-19）、乙型肝炎（HBV）、丙型肝炎（HCV）和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的病例。
2. 生物样本库软件
- 使用实验室信息管理系统 （LIMS） 软件跟踪所有生物样品。确保良好的操作系统的可用性，该系统可在患者注册时自动获取个人和临床信息，并且可以与病历、行政案例、RPA 和患者病理数据集成，如图 2 所示。
- 确保使用生物样本库软件记录生物样本。
- 使用代码识别患者。为每个人分配一个唯一的代码，该代码与病历编号（个人就诊、患者服务类型）相匹配。
注意：在注册期间，科学 RPA 会在操作系统中以电子方式更新。
- 使用代码识别患者。为每个人分配一个唯一的代码，该代码与病历编号（个人就诊、患者服务类型）相匹配。
- 生成等分试样 ID
- 指出样品来源的年份和解剖部位或生物流体类型（表1）（表2），并为每个样品添加一个渐进式唯一编号。
- 对于双侧器官，添加一个序列号，以区分生物样本的来源与右侧或左侧器官。为缩写分配后缀 1（左）或 2（右）两位数。
注意：例如，详细ID看起来像“12-B-00100-01”，其中12表示年份，B表示器官=乳房。
- 使用每个等分试样的 ID 注册
- 跟踪两种宏观类型的生物样品：固体和液体。
- 分为子类别：新鲜样品和冷冻样品。
图 2：生物库 LIMS 的代表性界面。 科学 RPA 从临床记录服务器以电子方式更新。缩写：LIMS = 实验室信息管理系统;RPA = 研究参与协议。 请点击此处查看此图的大图。
表 1：生物流体类型和相应代码。请按此下载此表格。
表 2：组织样品类型和相应代码。请按此下载此表格。
3. 样品采集
- 日常手术计划准备
- 确定患者是否已签署 RPA 以及他们是否符合条件。
- 检查以下条件：
- 验证患者是否符合纳入标准：在适当的感染风险“RI”字段中报告任何 HIV、HBV、HCV 和 COVID-19 阳性病例，以避免收集生物标本。
- 通过正确填写每个患者档案中的 研究/ 项目字段，验证患者是否参加了临床试验或特定批准的研究项目。
- 如果感染风险未知，请通知技术人员;丢弃结果为阳性或风险未知的标本。
- 在生物样本库中处理和储存样品，如图 3所示。
- 收集与接受手术的患者相关的新鲜和冷冻组织样本。
- 通过吸气或脱落技术收集细胞学样本，用于手术切除小病变。
- 收集院前患者、参加临床试验的患者以及参与批准筛查项目的任何其他受试者的生物体液（例如血液、血清、血浆、PBMC、口腔拭子、尿液、粪便和腹水）。
图 3：示例层次结构。 从单个患者开始，多个子类别的发作被处理并存储在生物库中。缩写：PMBC = 外周血单核细胞;LIMS = 实验室信息管理系统。 请点击此处查看此图的大图。
4. 血液样本采集
- 将患者的血液收集在含有抗凝剂Na2 EDTA（7.2mg，喷雾干燥）的6 mL真空容器中。注册标有医疗记录编号和剧集代码的真空容器，并以两种不同的方式处理它们：新鲜或冷冻。
- 对于新鲜样本，请在生物样本库软件中登记血液样本。用生物样本库ID代码标记真空容器，并将其交付给授权用户。
- 对于储存在生物库中的冷冻样品，准备两个冷冻库 2D 编码管，每个管 900 μL 血液（图 4）。在生物样本库软件中注册等分试样，将它们放在特定的条形码板上，并将其储存在冰箱（-80°C）中以确保恒温。
图 4：冷冻样品材料 。 （A） 二维条形码管，（B） 单管条形码阅读器，以及 （C） 用于注册和存储的管板。 请点击此处查看此图的大图。
5. 血清样本采集
- 将患者的血液收集在含有喷雾涂层二氧化硅的 6 mL 真空容器“塑料血清管”中以诱导凝血。将真空容器在室温（RT）下放置3小时以诱导凝血，然后在20°C下以828× g 离心10分钟。
- 将血清 （450 μL） 储存在 0.5 mL Cryobank 2D 编码管中，每个样品总共 3-4 个等分试样。如果最后一个等分试样的血清体积小于 450 μL，请在注册期间将其指定为“剩余”，以跟踪冷冻血清的正确量。
- 在生物样本库软件中注册等分试样，将它们放在特定的条形码板上，并将其储存在冰箱（-80°C）中以确保恒温。
注意：等分试样的数量取决于采集的全血的初始量和获得的血清量。
6.外周血单核细胞分离
- 打开层流罩，用70%乙醇清洁。准备装有生物废物的袋子、无菌 1x 磷酸盐缓冲盐水 （PBS） 和一个空的无菌 50 mL 锥形管。
- 将血液（来自EDTA收集管）倒入空的无菌50 mL锥形管中，并使用无菌的1x PBS（例如，15 mL血液+ 15 mL 1x PBS）1：1稀释。使用PBS冲洗血管。
- 在20°C下以400× g 离心管30分钟，并在生物危害罩下处理管。使用巴斯德移液管回收含有PBMC的中间白色层，并将其置于新的无菌50 mL锥形管中。加入多达45mL的PBS洗涤PBMC，混合并在4°C下以400× g 离心10分钟。 回收沉淀，将其重悬于PBS中，并使用一次性伯克室计数细胞。
注意：PBS的体积取决于颗粒。从 15 mL 血液中，确保重悬体积为 2-3 mL，然后稀释 1：10 进行计数。使用公式 （1）：
重悬体积 10，000 × × × mL 稀释因子 3 平方的平均值 = 总细胞数 （1） - 用PBS再次洗涤PBMC，混合并在4°C下以400× g 离心10分钟。 在冷冻培养基（胎牛血清 （FBS） + 10% 二甲基亚砜 [DMSO]）中以 2-3 x 106 个细胞 /mL 稀释 PBMC。通过将 1 mL 重悬细胞转移到每个冷冻管中来制备 Cryobank 2D 编码管，将它们放入特定的冷冻盒中，并尽快将其储存在 −80 °C。
注意：冷冻培养基由具有无菌10%DMSO的FBS组成，并在-20°C下等分储存长达6个月。一旦在4°C缓慢解冻，必须在2周内使用。
7. 血浆样本采集
- 将患者的血液收集在含有抗凝剂Na2 EDTA（7.2mg，喷雾干燥）的6 mL真空容器中。将装有全血的真空容器在4°C下以2，000× g 离心10分钟以分离血浆。
- 使用3mL巴斯德移液管去除血浆的上层，转移到无菌的15mL锥形无菌管中，并在4°C下以16，000× g 离心10分钟以消除污染的血细胞。将血浆转移到 1 mL 冷冻银行二维码管中。
- 在生物样本库软件中注册等分试样，将它们放在特定的条形码板上，并将其储存在冰箱（-80°C）中以确保恒温。
8. 粪便和口腔拭子样本采集
- 在含有以下特定溶液的 15 mL 管中收集粪便和口腔拭子：50 mM Tris-HCl、10 mM NaCl 和 10 mM EDTA，pH 7.5。
- 在生物样本库软件中注册试管。用生物样本库代码标记试管。
- 将粪便和口腔拭子储存在生物库冰箱中的4°C。
9. 组织处理
- 让病理学家检查组织样本，以确定诊断程序不需要的材料是否足以用于研究目的。
注意：当组织体积小于1.5 mm3时，将其存储在OCT中或作为与特定研究请求相关的新鲜样品（A）提供。 - 只要有可能，甚至收集病理组织的非病理对应物（NP）（P）。将样品放入标记为P和NP的无菌细胞培养培养皿中（图5）。将组织保持在4°C的冰上，如果有足够的材料，则将其分成三部分（A，B和C）。
- 新鲜组织样品（A）：将P和NP组织的新鲜等分试样放入具有每个特定方案中定义的适当培养基的管中，并将其发送到外部研究单位（例如，研究实验室）。
- OCT组织样品（B）：将P和NP组织的新鲜等分试样放入冷冻模具中，用OCT树脂（10.24%聚乙烯醇，4.26%聚乙二醇和85.5%非反应性成分）填充，并立即将它们置于-80°C的速冻装置中。
注意：在-80°C下，OCT包埋的组织需要60-150秒才能冷冻。 - 组织 样本（C）：将剩余的组织样本放入闪速冷冻装置的冷冻银行二维编码管中。
- 将板储存在-80°C。
注意：对于每个冷冻的OCT等分试样，在分发及其使用之前进行质量检查测试以进行组织学评估，如第11节所述。
图 5：组织样本的生物样本库工作流程。 缩写：LIMS = 实验室信息管理系统;OCT = 最佳切割温度。 请点击此处查看此图的大图。
10. 组织冷冻
- 使用快速冷冻设备在异戊烷蒸气中快速冷冻组织。将组织样品置于-120°C的异戊烷中3分钟，并将其储存在-80°C的冷冻保存室中。
注意：使用快速冷冻冷冻两种方法冷冻肿瘤和健康组织样本，以保持核酸的完整性。
11. 组织质量控制
- 将低温恒温器仪器放在温度在-20°C至-40°C之间的冷藏容器中，并从OCT块17中切下一些冷冻切片。对组织冷冻切片18进行苏木精和伊红（H&E）染色。在光学显微镜下分析组织的形态19。
注意：这些部分的厚度为3-12μm。- 填写特定表格（表3）。
表3：OCT包埋和冷冻组织切片的质量控制形式。 缩写：OCT = 最佳切割温度。 请按此下载此表格。
12. 为研究目的索取和检索标本
- 请求存储的等分试样：
- 获取一份完整的表格，其中包含研究项目名称，首席研究员（PI），取件日期和简要说明。对软件数据库 （DB） 运行查询，选择等分试样，为技术人员生成取货清单，并检查每个检索到的等分试样的条形码。
注意：要从生物样本库获取样本，我们研究所的研究人员或外部合作者（营利性或非营利性）必须使用特定表格申请，该项目由技术科学委员会和伦理委员会进行评估。
- 获取一份完整的表格，其中包含研究项目名称，首席研究员（PI），取件日期和简要说明。对软件数据库 （DB） 运行查询，选择等分试样，为技术人员生成取货清单，并检查每个检索到的等分试样的条形码。
Representative Results
按照上述SOP，我们从2012年4月至2021年12月共收集了38，446份带注释的生物液体活检和总共10，205份组织样本（图6A）。此外，我们还详细分析了从泌尿科、妇科、老年科以及头颈科、腹部骨盆科和胸外科收集的样本。我们收集的组织样本数量最多的是来自乳腺肿瘤（图6B，C）。自 2019 年以来，随着多年来需求的显着增加，我们还开始收集其他生物标本，例如尿液、粪便和口腔拭子（图 6D）。
如图 6A 所示，由于 COVID-19 大流行和肿瘤程序的相关减少，2020-2021 年期间收集的样本量（尤其是组织）受到影响。重要的是，在此期间，由于使用了前几年收集的适当储存和注释的生物样本库样本，科学工作并没有减少。正确收集生物标本和相关临床病理学数据使我们能够拥有一个结构良好且具有竞争力的回顾性和前瞻性生物库。为此，手术标本的选择必须由病理学家进行，以确保正确的诊断，并有机会使用适当的组织标本进行研究。在我们的生物样本库中，我们牢固地建立并遵循特定的工作程序，因此我们在生物样本库的背景下应用符合ISO 9001认证的标准化程序进行研究。
图 6：2012 年至 2021 年欧洲肿瘤研究所生物样本库累积收集情况。 累积收集（A）组织样本（橙色曲线）和血液与血清样本（蓝色曲线）;累积收集（B）乳腺组织样本（红色曲线）;累积收集（C）卵巢组织样本（绿色曲线），前列腺（灰色曲线），肺（浅蓝色曲线）和结肠组织样本（黄色曲线）。从2019年到2021年，累计收集（D）其他生物样本：粪便（蓝线）、口腔拭子（粉红线）、血浆（浅绿色线）和尿液（紫线）。 请点击此处查看此图的大图。
Discussion
尽管肿瘤学取得了巨大进步，但癌症仍然是全球发病率和死亡率的主要原因20。了解肿瘤异质性、其随时间推移的时间演变以及靶向治疗的结果严格依赖于常规临床护理背景下的准确数据收集21.在这方面，“多组学”方法在肿瘤预测病理学中获得了动力22。传统的基于组织的生物标志物评估正在使用多种新的生物分析物进行整合，例如血液、血浆、尿液、唾液和粪便23，24，25，26。因此，生物样本库现在被认为是加强临床实践的关键基础设施。回顾癌症研究的历史，我们意识到，如果没有直接检查癌症组织或液体活检，最令人印象深刻和突破性的发现是不可能的。随着时间的推移，癌症组织的来源和要检查的液体活检类型已经从粗略的解剖，随机的“偶遇”，在某些情况下，非法贩运演变为有组织的癌症收藏和战略性的现代肿瘤学库。对许多伦理问题的考虑在实践中和将现代肿瘤学库与过去的肿瘤学收藏区分开来的主要因素上都发生了很大变化。
由于癌症研究的进步和现代技术现在提供的大量分子信息，越来越明显的是，生物银行，特别是癌症中心的生物银行，可能面临几种类型的方法论问题。其中，技术已成为一个普遍的挑战，仍然阻碍着SOP的标准化和协调。维护核心生物样本库活动的另一个关键方面是拥有一个集成的LIMS软件，能够接收并自动维护所有医院ID和来自医院软件的所有编码临床数据。值得注意的是，还可以获得用于管理生物样本库的其他有价值的软件和一些免费软件，用于管理生物样本库27，28，29，30，31。生物样本库的另一个关键步骤是为所有患者实施参与协议以及存储临床数据和生物标本所需的法律和道德协议10，32。
在这方面，该议定书有明确的指导方针，不允许在没有同意的情况下收集和储存生物标本。这也是一个关键问题，因为即使在样本储存后，患者也可以撤回参与;因此，已经实施了从生物样本库中快速取出这些样本的方法。来自我们生物库招募的患者的生物标本遵循严格的收集和储存协议。在这方面，已经对几个重要方面进行了评估，以监测这一进程，并正在不断加以改进。特别是，ISO9001认证需要几个性能指标，例如温暖的缺血时间，根据组织的来源，必须保持不到30分钟或60分钟。此外，按照严格的时间程序15，33，34，35，36使用标准化方案收集液体活检和生物体液。
具体功能在生物样本库的工作流程中非常重要。其中包括经过认证的病理学家的存在，这保证了出于诊断原因对组织进行采样，以及在与高质量样品兼容的时间范围内收集组织用于生物样本库（缺血时间是某些类型研究的重要指示，例如需要较少温暖缺血时间的RNA依赖性测定）。此外，管理标本储存所需的空间在生物样本库中非常重要。收集的液体活检数量可能由研究设计决定。液体活检通常可以在术前和随访期间收集，由每个研究设计定义。
由于癌症预防的筛查运动和肿瘤的早期诊断，即处于发育早期阶段的小尺寸乳腺肿瘤，以及微创手术技术的提供，减少了可用于研究的组织样本数量（因为大多数组织样本总是用于诊断目的）。在过去几年中，收集和储存生物标本的能力有了很大的提高。这可以在生物流体中观察到，反映出该生物库的能力增加，以支持该研究所的研究小组对患者来源的注释材料日益增长的需求。尽管有这些改进，但我们在多中心研究方面遇到了一些限制，这些研究需要世界不同地区生物样本库之间的协调，只有通过实施类似的程序才能整合。
在排除了有关生物样本库的大多数伦理和技术问题（包括收集所有临床和人口统计信息）之后，下一个目标是实施用于诊断和研究目的的所有组织学制备和染色的数字化。这对于下一代研究至关重要，下一代研究将极大地受益于完全集成的数字病理学和生物样本库，这将成为未来的标准。只有具有集成数据和数字图像的大量患者才能推动多中心、大型人工智能 （AI） 研究，以改善癌症患者护理。总之，我们相信良好的医疗保健不会以诊断和治疗结束。最佳做法包括找到持续诊断和治疗改善任何疾病的方法，特别是严重影响预期寿命或质量的疾病。
Disclosures
作者没有利益冲突需要披露。
Acknowledgments
作者要感谢所有在过去十年中通过捐赠生物标本积极参与我们研究计划的患者。没有他们，这项研究是不可能的。我们也感谢在IEO工作的所有人员，护士，技术人员，生物学家，医生以及所有临床和研究单位的主任。作者感谢Pier Paolo Di Fiore教授和Giancarlo Pruneri教授的指导。最后，我们将这项工作献给IEO的创始人Umberto Veronesi教授，以及他将癌症研究和患者护理相结合的开创性方法。
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Blue Max Con Tubes 15 mL | Falcon B.D | 352096 | |
| Blue Max Con Tubes 50 mL | Euroclone Spa | FLC352070 | |
| Box with 81 position for tissue storage | Ettore Pasquali Srl. | 06.0945.00 | |
| cf-DNA/cf-RNA Preservative Tubes | Norgen Biotek | 63950 | Preservation and isolation of both cf-DNA and cf-RNA from a single tube and in particular preserve cf-DNA/ct-DNA for 30 days at ambient temperature and for up to 8 days at 37 °C |
| Cryomold Standard (25 X 20 X 5 mm) | Olympus Italia S.r.l. | 4557 | Disposable plastic Cryomold molds create a uniformly shaped, flat-surface specimen block when used with O.C.T |
| Dimethyl Sulfoxide Plastic Bottle - 1 L | Vwr International S.R.L. | MFCD00002089 | It acts to preserve the reconstitution of the medium for the storage of frozen cells |
| Dpbs 1x W/o Ca And Mg - 500 mL | Microtech Srl | TL1006-500ML | Washing Buffer cell |
| Dualfilter T.I.P.S 1,000 µL | Euroclone Spa | 4809 | |
| Dualfilter T.I.P.S 200 µL | Euroclone Spa | 4823 | |
| Easytrack Barcode Reader for single tube datamatrix | Twin Helix Srl | TH-ETR4400 | 2D barcode tubes reader with USB connection |
| Fetal Bovine Serum Origin Brazileu S/fil | Microtech S.R.L | RM10532-500ML | Defrost at +4 °C, usually for two days, and once melted, start decomplementation at 56 °C for 45 min Let it cool down to room temperature, and aliquot it. Refroze them to -20 °C, and remember to defrost them every time the aliquots are needed |
| Ficoll Paque Plus (ge) 6 x 500 mL | Euroclone Spa | GEH17144003 | Ficoll is a medium for density gradient, It is sterile and ready for use. It alloes to get peripheral blood mononuclear cells, bone marrow and umbilical cord blood |
| Fixing solution Killik of 100 mL (OCT) | Bio-optica Milano S.p.a. | 05-9801 | Gel inclusion medium that solidifies at cold the water-soluble tissue (e.g., biopsies, frustules) |
| FLASH-FREEZE | Milestone | n.a. | Freezing appliance |
| Forma 8600 Series Chest Freezers (Temperature Range: -50 °C to -86 °C) 85 liters | Thermo Fisher Scientific Srl | 803CV | Orizzontal freezer |
| Isopentane 500 mL | Vwr International S.R.L. | 24872260 | Liquid included in theFLASH-FREEZE camera for freezing |
| Nautilus Lims Software | Thermo Scientific™ | n.a. | The software implementation is able to track all patients’ biological samples. Receives Personal and Clinical information automatically during registration due to the integration with IEO operating systems. Nautilus is integrated with the web service through three IEO operative systems: BAC - IEO central registry with personal information, wHospital - medical record |
| Pasteur pipette 10 mL | Euroclone Spa | CC4488 | |
| Pasteur pipette 3 mL | Euroclone Spa | APT1502 | |
| PATHOX | Dedalus ItaliTesi Elettronica e Sistemi Informativi S.p.A.a S.p.A. | n.a. | PATHOX - management system for the Pathology unit where several factors are registered for the Biobank, such as the histological samples, the related diagnoses, and biomarkers |
| Petri dishes, polystyrene - size 100 mm x 20 mm, slippable | Euroclone Spa | FLC353003 | |
| Set of 4 adapters 19 x 5/7 mL vac | Thermo Fisher Scientific Srl | 75003680 | |
| Set of 4 adapters 4 x 50 conical | Thermo Fisher Scientific Srl | 75003683 | |
| Set of 4 adapters 9 x 15 mL conical | Thermo Fisher Scientific Srl | 75003682 | |
| Single-use slide for counting cell | Biosigma S.P.A. | 347143/001 | Specifically used for individual cell count |
| Stamps Freezerbondz for tissue boxes, nitrogen-liquid proof , H 9,53 mm x L 25,40 mm | Twin Helix Srl | THT-152-492-3 | |
| Thermo Scientific TSX Series Ultra-Low Freezers (-50 °C to -86 °C) 949 liters | Thermo Fisher Scientific Srl | TSX70086V | Vertical freezer |
| Thermo Scientific Refrigerated Centrifuge SL16R | Thermo Fisher Scientific Srl | 75004030 | |
| Tissue box labels in Permanent | Twin Helix Srl | THT-199-482-3 | |
| Tuerks Solution | Merck Life Science S.R.L. | 1092770100 | In light microscopy, it is specifically used as stain for leukocyte |
| TX-400 Rotor TX-400 swinging bucket hol | Thermo Fisher Scientific Srl | 75003181 | |
| White box for storage | Bio Optica | 07-7300 | |
| wHospital Software | wHealth Lutech Group | n.a. | wHospital - medical record management system with personal information, administrative cases, and the informed consent of the patients |
References
- Pagni, F., et al. Targeting immune-related biological processes in solid tumors: We do need biomarkers. International Journal of Molecular Sciences. 20 (21), 5452 (2019).
- Braun, K. L., et al. Cancer patient perceptions about biobanking and preferred timing of consent. Biopreservation and Biobanking. 12 (2), 106-112 (2014).
- Bycroft, C., et al. The UK Biobank resource with deep phenotyping and genomic data. Nature. 562 (7726), 203-209 (2018).
- Saifuddin, S. R., et al. King's Health Partners' Prostate Cancer Biobank (KHP PCaBB). BMC Cancer. 17 (1), 784 (2017).
- Lopez, G., et al. Molecular insights into the classification of luminal breast cancers: The genomic heterogeneity of progesterone-negative tumors. International Journal of Molecular Sciences. 20 (3), 510 (2019).
- Kinkorová, J. Biobanks in the era of personalized medicine: Objectives, challenges, and innovation: Overview. The EPMA Journal. 7 (1), 4 (2015).
- Luo, J., et al. Intravital biobank and personalized cancer therapy: The correlation with omics. International Journal of Cancer. 135 (7), 1511-1516 (2014).
- Invernizzi, M., et al. Quality of life interventions in breast cancer survivors: State of the art in targeted rehabilitation strategies. Anticancer Agents in Medicinal Chemistry. 22 (4), 801-810 (2021).
- Roux, J., Zeghidi, M., Villar, S., Kozlakidis, Z. Biosafety and biobanking: Current understanding and knowledge gaps. Biosafety and Health. 3 (5), 244-248 (2021).
- Sanchini, V., et al. A trust-based pact in research biobanks. From theory to practice. Bioethics. 30 (4), 260-271 (2016).
- Vaught, J., Kelly, A., Hewitt, R. A review of international biobanks and networks: Success factors and key benchmarks. Biopreservation and Biobanking. 7 (3), 143-150 (2009).
- Ferrin, I., et al. Isolation, culture, and expansion of mesenchymal stem cells. Methods in Molecular Biology. 1590, 177-190 (2017).
- Hermansen, J. U., et al. The Norwegian childhood cancer biobank. Cancer Reports. , 1555 (2021).
- Schmelz, M., et al. A plan for emergency shutdown and reopening for a consortium of biobanks. Biopreservation and Biobanking. 19 (5), 394-398 (2021).
- Salvaterra, E., Corfield, J. Advances in Biobanking Practice Through Public and Private Collaborations. , Bentham Science Publishers. (2017).
- Snapes, E., Simeon-Dubach, D. ISBER best practices for repositories, moving toward the fifth edition. Biopreservation and Biobanking. 20 (1), 107-108 (2022).
- Fischer, A. H., Jacobson, K. A., Rose, J., Zeller, R.
- Mendoza, A. S., Bishop, J. Staining methods in frozen section: Best lab practices. Laboratory Best Practice Blog. UC Davis Health. , Available from: https://health.ucdavis.edu/blog/lab-best-practice/staining-methods-in-frozen-section-best-lab-practices/2020/03 (2020).
- Craciun, L., et al. Tumor banks: A quality control scheme proposal. Frontiers in Medicine. 6, 225 (2019).
- Ma, X., Yu, H.
- Angerilli, V., et al. The role of the pathologist in the next-generation era of tumor molecular characterization. Diagnostics. 11 (2), 339 (2021).
- Correa-Aguila, R., Alonso-Pupo, N., Hernández-Rodríguez, E. W. Multi-omics data integration approaches for precision oncology. Molecular Omics. , (2022).
- Salati, M., et al. ctDNA analysis in the personalized clinical management of gastroesophageal adenocarcinoma: Turning hope into reality. Future Oncology. 17 (33), 4607-4618 (2021).
- Mirzayi, C., et al. Reporting guidelines for human microbiome research: The STORMS checklist. Nature Medicine. 27 (11), 1885-1892 (2021).
- Cortvrindt, C., Speeckaert, R., Delanghe, J. R., Speeckaert, M. M. Urinary epidermal growth factor: A promising "next generation" biomarker in kidney disease. American Journal of Nephrology. , (2022).
- Fusco, N., Fumagalli, C., Guerini-Rocco, E. Looking for sputum biomarkers in lung cancer secondary prevention: Where are we now. Journal of Thoracic Disease. 9 (11), 4277-4279 (2017).
- Im, K., Gui, D., Yong, W. H. An introduction to hardware, software, and other information technology needs of biomedical biobanks. Methods in Molecular Biology. 1897, 17-29 (2019).
- Paul, S., Gade, A., Mallipeddi, S. The state of cloud-based biospecimen and biobank data management tools. Biopreservation and Biobanking. 15 (2), 169-172 (2017).
- Fthenou, E., et al. implementation, and integration of heterogenous information technology infrastructures in the Qatar biobank. Biopreservation and Biobanking. 17 (6), 494-505 (2019).
- Tukacs, E., et al. Model requirements for Biobank Software Systems. Bioinformation. 8 (6), 290-292 (2012).
- Willers, C., et al. A versatile, secure, and sustainable all-in-one biobank-registry data solution: The A3BC REDCap model. Biopreservation and Biobanking. , (2021).
- D'Abramo, F., Schildmann, J., Vollmann, J. Research participants' perceptions and views on consent for biobank research: A review of empirical data and ethical analysis. BMC Medical Ethics. 16, 60 (2015).
- Policiuc, L., et al. The foundation of personalized medicine is the establishment of biobanks and their standardization. Journal of BUON. 23 (3), 550-560 (2018).
- Lygirou, V., Makridakis, M., Vlahou, A. Biological sample collection for clinical proteomics: Existing SOPs. Methods in Molecular Biology. 1243, 3-27 (2015).
- Pisapia, P., Malapelle, U., Troncone, G. Liquid biopsy and lung cancer. Acta Cytologica. 63 (6), 489-496 (2019).
- Spruessel, A., et al. Tissue ischemia time affects gene and protein expression patterns within minutes following surgical tumor excision. Biotechniques. 36 (6), 1030-1037 (2004).
