Articolo di ricerca
Qui viene presentato un protocollo microbiologico retrospettivo per analizzare campioni delle vie respiratorie inferiori nei pazienti in unità di terapia intensiva, inclusi l'elaborazione delle colture, l'identificazione della sclerosi multipla con MALDI-TOF e il confronto delle distribuzioni dei patogeni batterici nei pazienti COVID-19 negativi prima e dopo la pandemia di COVID-19.
Per confrontare la distribuzione dei patogeni batterici isolati da campioni delle vie respiratorie inferiori nei pazienti negativi in terapia intensiva COVID-19 prima e dopo la pandemia di COVID-19, sono stati analizzati retrospettivamente i risultati delle colture di pazienti ricoverati in un'unità di terapia intensiva per malattie toraciche ospedaliere universitarie. I pazienti senza sospetto clinico o radiologico di COVID-19 e con risultati PCR negativi sono stati inclusi e classificati come pre-COVID-19 o post-COVID-19 sulla base di marzo 2020. I campioni sono stati colti su agar di sangue di pecora al 5%, agar blu di metilene eosina e agar cioccolato, e valutati dopo un'incubazione di 24–48 ore a 37 °C. Solo i microrganismi dominanti che mostrano crescita almeno nel settore del secondo streaking sono stati considerati clinicamente significativi. Sono stati inclusi in totale 1.665 pazienti, con la crescita microbica rilevata nel 48,9% dei campioni, la maggior parte provenienti dal periodo pre-COVID-19. Acinetobacter baumannii è stato l'organismo più frequentemente isolato in entrambi i periodi. L'analisi di regressione logistica ha mostrato tassi di rilevamento ridotti di Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus (odds ratio ≈0,3), ed Escherichia coli (odds ratio ≈0,4) nel periodo post-COVID-19. I tassi di mortalità sono stati anch'essi più bassi nel periodo post-COVID-19, anche se non è stata osservata una differenza significativa nel tipo di dimissione. La diversità complessiva dei patogeni è rimasta simile tra i periodi; tuttavia, dopo l'inizio della pandemia sono state osservate diminuzioni in alcune rilevazioni batteriche. Questi risultati potrebbero riflettere cambiamenti nelle pratiche di controllo delle infezioni durante il periodo pandemico, anche se la causalità non può essere stabilita a causa del disegno retrospettivo dello studio e dell'assenza di misurazioni dirette dei fattori contribuenti.
Le infezioni delle vie respiratorie inferiori (LRTI) comprendono condizioni infiammatorie delle vie aeree, tra cui bronchite, bronchiectasi, bronchiolite, ascesso polmonare, versamento pleurale epolmonite 1. Queste infezioni rappresentano una delle principali cause di morbilità e mortalità nei pazienti ricoverati e rappresentano un rischio significativo in contesti ad alta gravità come le unità di terapia intensiva (ICU)2. Le LRTI rappresentano circa il 10%–25% delle infezioni ospedaliere, con tassi di mortalità segnalati che variano dal 22% al 71% tra i pazienti in terapiaintensiva 3,4. Possono derivare da patogeni batterici, virali o fungini, con agenti batterici comuni che includono Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae e Staphylococcusaureus 5. I bacilli Gram-negativi come Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. e Enterobacter spp. sono frequentemente associati a LRTI acquisiti in ospedale a insorgenza tardiva, spesso collegati a ricoveri prolungati e a una maggiore colonizzazione orofaringea.
La gestione della polmonite acquisita in ospedale è diventata sempre più difficile a causa dell'emergere di patogeni multi-resistenti ai farmaci. Gli esiti clinici sono influenzati non solo da fattori correlati al paziente, ma anche dall'organismo causante e dal suo profilo di suscettibilitàantimicrobica 7,8. Di conseguenza, la sorveglianza della distribuzione dei patogeni nelle terapie intensivi rimane essenziale per guidare la terapia empirica e migliorare gli esiti per i pazienti9.
La pandemia di coronavirus 2019 (COVID-19) ha modificato sostanzialmente i sistemi sanitari a livello mondiale, portando a cambiamenti significativi nelle pratiche di controllo delle infezioni, nelle strategie di gestione dei pazienti e nell'usodi antimicrobici 10–12. L'aumento dell'attuazione di misure di prevenzione delle infezioni e l'uso diffuso di antimicrobici ad ampio spettro in questo periodo potrebbero aver influenzato l'epidemiologia dei patogeni respiratori nei contesti di terapia intensiva.
Questo studio mirava a identificare i microrganismi responsabili delle infezioni delle vie respiratorie inferiori nei pazienti in terapia intensiva COVID-19 negativi e a confrontare la distribuzione dei patogeni prima e dopo la pandemia di COVID-19 utilizzando metodi microbiologici standardizzati.
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Il protocollo di studio è stato approvato dal Comitato Etico della Facoltà di Medicina dell'Università di Harran (decisione n. HRU/23.12.23; 10 luglio 2023). A causa del disegno retroattivo, il consenso informato fu rinunciato. Tutte le procedure sono state condotte secondo gli standard del laboratorio istituzionale. Gli strumenti di ricerca utilizzati in questo protocollo sono elencati nella Tabella dei Materiali.
1. Disegno dello studio e selezione dei pazienti
I risultati della coltura delle vie respiratorie inferiori dei pazienti ricoverati in una terapia intensiva per malattie toracici ospedalizzate universitarie tra marzo 2017 e marzo 2023 sono stati revisionati retrospettivamente. I pazienti sono stati inclusi se il COVID-19 non era sospettato clinicamente o radiologicamente e i risultati del test della reazione a catena della polimerasi SARS-CoV-2 (PCR) erano negativi. Sono stati esclusi i pazienti sotto i 18 anni e quelli con risultati PCR positivi.
I pazienti sono stati suddivisi in gruppi pre-COVID-19 (prima di marzo 2020) e post-COVID-19 (marzo 2020 e dopo) in base alla data del primo caso confermato di COVID-19 in Turchia.
2. Collezione di esemplari
I campioni delle vie respiratorie inferiori includevano espettorato, aspirazione tracheale profonda (DTA) e lavaggio broncoalveolare (BAL) raccolti in condizioni asettiche secondo le pratiche cliniche standard in terapia intensiva.
Campioni di sputum e DTA sono stati prelevati da pazienti intubati e non intubati utilizzando tecniche di aspirazione sterile. Campioni di BAL sono stati raccolti durante una broncoscopia fibrotica utilizzando un'instillazione salina sterile seguita da aspirazione.
3. Valutazione preliminare del campione
I campioni di expectorto e DTA sono stati inizialmente valutati tramite colorazione di Gram. I campioni erano considerati idonei per la coltura se contenevano almeno 25 leucociti polimorfonucleari e meno di 10 cellule epiteliali squamose per campo a bassa potenza a ingrandimento 100x. Gli esemplari che non soddisfavano questi criteri venivano esclusi.
4. Lavorazione della coltura
I campioni di espetto sono stati processati utilizzando un metodo di coltura qualitativa. I campioni sono stati inoculati su agar di sangue di pecora al 5%, agar blu di metilene eosina e agar cioccolato, quindi incubati aerobicamente a 37 °C e valutati dopo 24 e 48 ore. Solo i microrganismi predominanti che mostrano crescita che si estende almeno fino al secondo settore di striatura sono stati considerati clinicamente significativi.
I campioni DTA e BAL sono stati processati utilizzando metodi di coltura quantitativa. Le aliquote sono state inoculate sullo stesso mezzo e incubate in condizioni identiche. Sono state considerate significative soglie di crescita di almeno 100.000 unità formative di colonie (CFU) per mL per DTA e almeno 10.000 CFU per mL per i campioni BAL
5. Identificazione dei microrganismi
Tutti gli isolati che soddisfano criteri predefiniti sono stati identificati utilizzando la spettrometria di massa a tempo di volo per ionizzazione laser assistita da matrici (MALDI-TOF MS) secondo le procedure standard di laboratorio.
6. Registrazione e analisi dei dati
Caratteristiche demografiche, tipi di campioni, risultati delle colture, microrganismi identificati e esiti di discarica sono stati registrati sistematicamente. Le distribuzioni dei microrganismi sono state confrontate tra i periodi pre- e post-COVID-19.
7. Analisi statistica
Le analisi statistiche sono state effettuate utilizzando SPSS (versione 15.0) e il software Minitab. La normalità delle variabili continue è stata valutata utilizzando il test di Shapiro-Wilk. Le variabili categoriche sono state confrontate utilizzando il test del chi-quadrato. È stata condotta un'analisi di regressione logistica per valutare le associazioni tra distribuzione dei microrganismi e mortalità. Un valore p inferiore a 0,05 è stato considerato statisticamente significativo.
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La popolazione dello studio variava tra 18 e 103 anni, con un'età media di 68,95 più o meno 15,00. Le donne rappresentavano il 34,4% (n = 572) e gli uomini il 65,6% (n = 1093) dei partecipanti. Nel complesso, il 42,3% (n = 704) dei pazienti è stato dimesso, mentre la mortalità si è verificata nel 57,7%. La crescita microbica è stata rilevata nel 48,9% (n = 815) delle colture, mentre nessuna crescita è stata osservata nel 51,1% (n = 850).
I tipi di campione includevano l'espettoro (45,6%, n = 7...
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Le infezioni che si sviluppano nelle unità di terapia intensiva sono associate ad elevate morbilità e mortalità, e l'identificazione di agenti microbiologici causanti rimane essenziale per strategie efficaci di prevenzione e trattamento 1,7. Questo studio ha valutato i patogeni delle vie respiratorie inferiori isolati in una terapia intensiva per malattie toraciche per un periodo di sei anni e ha confrontato i periodi pre e post-...
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Gli autori dichiarano di non avere conflitti di interesse.
Gli autori riconoscono il supporto istituzionale fornito dall'amministrazione ospedaliera durante il periodo dello studio.
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| Nome | Azienda | Numero di catalogo | Commenti |
|---|---|---|---|
| Set per lavaggio broncoalveolare | Non applicabile | Non applicabile | Usato per la raccolta del campione BAL |
| Agar cioccolato | RTA | Non applicabile | Mezzo di coltura per campioni respiratori |
| Catetere per aspirazione tracheale profonda | Non applicabile | Non applicabile | Usato per la raccolta del campione DTA |
| Agar eosina metilene blu | RTA | Non applicabile | Mezzo selettivo per batteri Gram-negativi |
| Reagenti per colorazione di Gram | Non applicabile | Non applicabile | Usato per la valutazione microscopica preliminare |
| Incubatore (37 ºC) | Non applicabile | Non applicabile | Usato per l'incubazione delle colture |
| Sistema MALDI-TOF MS (VITEK MS) | bioMérieux | Non applicabile | Usato per l'identificazione batterica |
| Soluzione di matrice per MALDI-TOF MS | bioMérieux | Non applicabile | Usato secondo le istruzioni del produttore |
| Agar sangue di pecora (5%) | RTA | Non applicabile | Mezzo di coltura primario |
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