注:歴史的に、クラドグラムは形態の比較を通じて構築されてきました。現在では、遺伝子配列を関心のある種間で比較して、クラドグラムを構築することもできます。通常、DNA配列は化石に保存されていないため、このラボではBLASTデータベースを使用して、化石に密接に関連する生物種のDNA配列を他の何千もの生物種と比較します。
このラボを開始する前に、インストラクターは保存された3つの遺伝子配列をデスクトップ上のフォルダにダウンロードしています。
インストラクターがブラウザで開いたままにしておくべきBLASTホームページに移動し、ページ上部のメニューから保存された戦略をクリックします。
Evolutionary_Relationships_Gene1.txtファイルの「開く」をクリックします。
次に、「表示」をクリックして標準ヌクレオチドBLAST検索ページに移動します。画面の右上にある[Query Sequence]ボックスにDNA配列が表示されます。
画面の一番下までスクロールして、BLASTボタンをクリックしてください。注:データの処理と分析には少し時間がかかります。
データが処理されると、グラフィックサマリーが表示されます。 注: クエリ シーケンスは、ボックスの上部にある青い線で表されます。青い線の下の各線は、クエリに一致する BLAST データベース内の別のシーケンスを表します。これらのバーの長さと位置は、シーケンスのどこで、どの程度クエリに一致するかを表します。バーの色は、スコア、つまりシーケンスがクエリとどの程度同一であるかを表します。グラフィックサマリーの下には、データベースから取得されたDNA配列のうち、クエリ文に最も近いものの説明を含む、有意なアラインメントを生成する配列リストがあります。これらは、最も類似しているものが一番上にあり、最も類似していないものが一番下にあるものまで、降順でリストされています。右側には、各データベース配列が実験配列にどの程度密接に関連しているかに関するいくつかの統計があります。Max、Total、Query Coverage、および Identity のスコアが高いほど、クエリと取得されたシーケンスの類似性が高くなります。同様に、E値の数値が小さいほど、シーケンスの一致がランダムな偶然に見つかった可能性が低くなり、より有意にアライメントが正確になります。E 値 0 は、非常に有意な一致を示します。
リストされている最も類似した配置の説明の名前をクリックしてください。これにより、ページをさらに進めて、取得した配列とクエリ配列との間の正確なDNA配列のアラインメントを確認できます。
Sequence ID番号をクリックしてください。これにより、新しいタブが開き、取得した遺伝子配列に関するより具体的な情報が表示されます。
Source の隣にリストされるべき生物の科学名と一般名を特定して記録します。
遺伝子がコードするタンパク質を特定して記録します。これは、定義の隣にリストする必要があります。
タブを閉じて戻るをクリックすると、有意なアラインメントを生成するシーケンスリストに戻ります。
次に、次に類似したシーケンスについてステップ7〜9を繰り返します。
いくつかの種名を収集した後、重要なアラインメントを生成するシーケンスリストに戻り、選択:すべてをクリックして、リストされた各アライメントシーケンスの名前の横にあるすべてのボックスをオンにします。
Distance of tree resultsをクリックすると、BLASTの結果遺伝子配列とクエリ遺伝子配列のすべての類似性に基づいて系統群が作成されます。 注:クエリの化石の相対配列は黄色で強調表示されます。
ツリーに示されている他の分類群に対する配列の位置を記録します。
最後に、保存した戦略タブに戻り、次に保存した遺伝子配列をアップロードします。
前に示したように、残りの2つの化石の相対的なDNA配列を照会します（ステップ1〜16)。
