レシオメトリック二分子ビーコン(RBMBs)は、生細胞内の画像の単一操作されたRNA転写物に使用することができる。ここでは、マイクロポリアルタイムで単一のRNA転写物の蛍光イメージングによる細胞内へのRBMBsの配信、RBMBsの調製および精製を記載している。
方法論記事
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レシオメトリック二分子ビーコン(RBMBs)は、生細胞内の画像の単一操作されたRNA転写物に使用することができる。ここでは、マイクロポリアルタイムで単一のRNA転写物の蛍光イメージングによる細胞内へのRBMBsの配信、RBMBsの調製および精製を記載している。
両方の遺伝子発現の時間的および空間的調節は細胞機能に重要な影響を持つことができ、成長の実現は、単一の生細胞内の個別のRNA転写産物を視覚化するために多様な技術が開発された。最近記載されている一つの有望な技術は、3 '非翻訳領域におけるRBMB標的配列の少なくとも4つのタンデムリピートを含むように操作されたRNA転写産物を検出するためのオリゴヌクレオチドベースの光プローブ、レシオメトリック二分子ビーコン(RBMB)を利用する。 RBMBsを具体的に相補的なRNAへのハイブリダイゼーションの際に、明るい蛍光シグナルを発するように設計されているが、それ以外は急冷されたままになります。この方法で合成プローブの使用は、赤方偏移し、光安定性を可能にし、高度に発光性有機染料は、画像形成に使用される。広視野蛍光顕微鏡下で見たときの離散蛍光スポットにおける工学的RNA転写産物の結果を複数のRBMBsの結合。したがって、個別のRNA転写物の移動が容易に蛍光画像の時系列を取ることによって、リアルタイムで可視化することができる。ここでは、マイクロポと単一のRNA転写物の生細胞イメージングによる細胞への送達、RBMBsの調製および精製を記載している。
RNA転写物の発現および調節は、細胞の挙動と運命を制御するための主な原因であり、複雑で動的なプロセスである。細胞機能を口述におけるRNAの重要性は以前から知られているが、ほとんどのRNAの解析ツールは、このような転写破裂、RNAなどの重要な調節事象を捕捉するために必要な空間および時間分解能を欠いているので、両者の間に明確な接続を描画することはしばしば困難である人身売買、およびローカライズされたRNAプロセシング。これは、個別のRNA転写物がリアルタイム1に生細胞内で可視化することを可能にするいくつかの技術の出現につながっている。おそらく、これらの技術の最も顕著な3'-UTR 2,3にMS2結合部位の縦列反復を含むように操作されたRNAを標的とGFP-MS2融合タンパク質を利用する。近接さ、複数のGFP分子をもたらすことで、個別のRNA転写物は、明るい蛍光スポットとして表示され蛍光顕微鏡を経由。 GFP-MS2システムは、直接可視化および転写の測定値4,5破裂 、ユニークな細胞内局在および処理6-9の検出、およびRNA輸送10のリアルタイムイメージングを含む、RNAの挙動に前例のない洞察を、提供してきました。しかし、GFP-MS2システムの大きな可能性にもかかわらず、結合していないGFP-MS2融合タンパク質は汎用性とこの技術のダイナミックレンジを制限する高いバックグラウンド蛍光信号を生成することができる。いくつかのアプローチは、タンパク質断片相補11、及び代替RNA結合タンパク質と12を標的に結合していないGFP-MS2 10の細胞内区画化を含む、このバックグラウンド信号を制限するために開発されてきた。しかしながら、これらのアプローチの全ては、RNA標的とGFP-MS2融合タンパク質の相対的な総発現に対して感受性のままである。
AとしてGFP-MS2システムにlternative、分子ビーコンはまた、3'-UTR 13,14における相補的な結合部位の縦列反復して操作されたRNA転写物を検出するために使用されてきた。分子ビーコンは、クエンチャーで、蛍光レポーターと他方の端部に一端で標識されているヘアピン形成オリゴヌクレオチドプローブである。標的RNAに結合されていない場合には蛍光レポーターとクエンチャーは、低蛍光状態になり、すぐ近くに残っています。ハイブリダイゼーションの際、蛍光レポーターとクエンチャーが離れて強制されると蛍光が復元されます。 GFP-MS2システムと同様、蛍光顕微鏡によって同定することができる明るい蛍光スポットにおける単一のRNA転写産物をもたらす上に複数の分子ビーコンの結合;しかしながら、バックグラウンド蛍光は、未結合の分子ビーコンの急冷構成に起因はるかに低いことが期待される。残念なことに、m個に組み込まれる巧妙な活性化メカニズムにもかかわらずolecularビーコンデザイン、生きている細胞に導入された場合にハイブリダイズしていない分子ビーコンは、ヘアピンコンフォメーションに残っていないことを成長している証拠がある。したがって、それらは有意にシグナル対バックグラウンドを低減する偽陽性シグナルを生成する。 15,16;この欠点を克服するために、私たちは最近、生きている細胞、レシオメトリック二分子ビーコン( 図1A RBMBs)で画像化RNAのための新しい合成プローブを開発しました。 RBMBsは、短いヘアピンRNA(shRNA)、および分子ビーコンの両方から特徴を有するハイブリッド構造を形成する2つの2'-O-メチルオリゴヌクレオチド鎖から構成されている。 3'-UUオーバーハングの長い二本鎖ドメインはshRNAのより特徴的である間ループし、蛍光活性化機構は、分子ビーコンに似ています。 shRNAの機能は、核輸出を駆動するように設計されている私たちは> 24時間に増加した細胞内寿命を見つけている、最小限の観察劣化し、ループの非特異的な開口を防止する。結果RBMBsは、分子ビーコンよりも有意に高いシグナル対バックグラウンドを示した。
これは、DNAベースのプローブは、RNAベースのプローブと同じ核外輸送機能を有していないのでRBMBsは、DNAオリゴヌクレオチドを用いて調製することができないことに留意すべきである。構造的に、RBMBループは、典型的には、RNAのハイブリダイゼーションの際の特異性および選択性の間のバランスを作成するために、長い15と21塩基の間であるように設計されている。 2つの自己相補的なドメインから構成する短いステムは、通常、4塩基であるように設計されている。長いステムが選択されている場合、RBMBループと標的RNAとのハイブリダイゼーションの速度は著しく17,18を減速される。より短いステム配列が選択されたとき、逆に溶融温度が高いバックグラウンドシグナルをもたらす、37℃でステムループ構造を維持するために頻繁に低すぎる。 RBMBの特異性も赤です茎長が短くなるようにuced。 RBMBステム-ループの配列はまた、RBMB性能に影響を与えることができるので、19を慎重に選択しなければならない。具体的には、理想的なループ配列は、最小の二次構造を有するべきである最小の二次構造を有するRNA配列にハイブリダイズし、タンパク質結合部位を回避し、および結合オフターゲットを回避する。 RBMBおよびRNA二次構造の両方の予測は、MFOLD 20などのソフトウェアを使用して得ることができる。コンプリメンタリオフターゲット部位は、ヌクレオチドの基本的なローカル割り付け検索ツール(BLAST)を使用して識別することができます。しかし、モデル予測およびタンパク質入札機関部位を同定することが困難に不整合により、すべてのRBMBsの特異性は、最終的には実験的に検証する必要があります。
望ましい場合には、ハイブリダイゼーション状態の影響を受けない非消光参照色素はRBMB 15に加えることができる。参照色素の添加は、PRができるプローブの配信のためにマーカーをovide全細胞蛍光のより正確な測定が必要な場合は、レシオメトリックイメージングに使用される。リファレンス色素は測定が送達細胞間のばらつきに起因バックグラウンドの差を調整することができる。しかし、個別のRNAを撮像する際は、参照色素を必要としない転写産物。注目すべきことに、いくつかの基準色素は核内でわずかに高いバックグラウンドシグナルをもたらし、核からRBMBsの輸出を妨害する可能性がある。
適切に設計されたときに、標的RNAは、少なくとも4つのRBMB結合部位( 図1B)16 を含むように操作された場合、RBMBsは、単一の生細胞内の画像個別のRNA転写物に使用することができる。 RBMBsを効率的に細胞生存率21全く影響がほとんどで、マイクロポレーションを介して細胞タイプの広い範囲内に送達することができ、遺伝子発現の定量的測定であることができる30分以内に取得しました。結合していないRBMBsからの蛍光を効率的に消光されるので、方法論は、RBMB濃度と標的RNAのレベルにかなり鈍感である。ここでは、マイクロポリアルタイムで単一のRNA転写物の画像化を介して生細胞へRBMBsを準備し、精製するために使用される方法の詳細な説明、ならびにRBMBsの送達のための一般的な手順を提供する。
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このプロトコルでは、一つのオリゴヌクレオチド(RBMB1)はCF640Rレポーター色素とその5 '末端で標識され、配列:5'mCmUmUmC mGmUmC mCmAmC mAmAmA mCmAmC mAmAmC mUmCmC mUのmGmAmAmG mGmAmC mGmGmC mAmGmC mGmUmG mCmAmG mCmUmC MUMU-3'。ヘアピン構造の形成を推進自己相補的ドメインは、太字で示しています。第二のオリゴヌクレオチド(RBMB2)はアイオワブラックRQ-Spをクエンチャーとの3 '末端で標識され、配列を有した:5'-mGmAmG mCmUmG mCmAmC mGmCmU mGmCmC mGmUmC-3'。
RBMBsの調製
8ウェルチェンカバーガラスコーティングされたポリ-D-リジンの調製
3プローブ配信
注:使用した細胞系は、少なくとも4順次結合してRNAを発現する統合された遺伝子構築物を含むべきで3 '非翻訳領域(UTR)にRBMBのための部位をる。標的配列はRBMBのループに相補的であるべきである。これは、陰性対照として、同じ細胞株が、タンデムリピートなしで、同じ遺伝子構築物を発現するように操作されることをお勧めします。このプロトコルでは、ヒト線維肉腫細胞株HT1080は、3'-UTRにおけるRBMB標的配列の96タンデムリピートを有するGFPの RNAを発現するように操作した。コントロール細胞株は、野生型GFPの RNAを発現するように操作した。
4。画像取得
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広視野蛍光顕微鏡で画像化する際まもなくRBMBsの存在下で、HT1080細胞のマイクロポ以下、それらの3'-UTR内の複数RBMB結合部位を含むように操作された個別のRNA転写物( 図2)のように明るい蛍光スポットとして表示されます。わずか4つのRBMB結合部位を有する個別のRNA転写物は、生細胞内で画像化することができるが、3'-UTRにおける結合部位よりRBMB、強い蛍光シグナル。信号は光退色に失われる前にまた、より長い各転写産物に結合しているより多くのRBMBsは、RNAを可視化することができる。このプロトコルでは、RNAは、3'-UTRにおけるRBMB標的配列の96タンデムリピートを含有するように構築された。ストリーミング画像の取得は、個別のRNA転写産物は、リアルタイム( 動画1)で結像されることを可能にする。個別のRNA転写物は、容易に細胞質および核O内で移動することがわかる細胞F。スポットのほとんどはブラウンまたはサブ拡散運動を受けるように見えるが、まれに向け輸送を受けているRNAは、( 動画2)観察される。論文のRN...
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従来の広視野顕微鏡を用いて、生きた細胞内の画像の単一設計されたRNA転写する能力は、各RNA転写物と結合していない蛍光プローブから発せられる低蛍光バックグラウンドに関連付けられる、明るく光安定蛍光シグナルを必要とします。この方法では、明るい蛍光シグナルは、各RNA転写物の上に、(96まで)の複数のオリゴヌクレオチドに基づく蛍光プローブ、 すなわち RBMBsをハイブリダイズさせることによって達成される。しかし、わずか4つのバインディングサイトは16で十分です。集団的信号をリアルタイムで追跡することができ、明るい蛍光スポットになる。集合的信号が失われる前に、蛍光色素の実質的な部分を光退色されなければならないので、複数のプローブの存在はまた、より長いイメージング時間を可能にする。なお、この技術は、RNA生物にユニークな洞察を提供し、目の測定範囲のRNAの挙動の広範囲の研究を可能にすることが想定されるさまざまな外部刺激へのRNA輸送の電子応答、RNAの運命と寿命に勉強し、そしてRNA規制への洞察を提供する、標的RNAのユニークな細胞内局在パターンを観察する。それに加えて、RNA発現の変化( すな...
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博士マークBehlke博士陵黄は原稿に記載された化合物の一部に類似の販売のためのオリゴヌクレオチドを提供していますどのIDTによって採用されている。 IDTは株式公開企業、しかし、ではない、彼らは個人的には、IDT内の任意の株式/持分を所有していない。
この作品は、国立科学財団キャリア賞(0953583)と健康NCI / R21-CA116102総合研究所、NCI / R21-CA125088、NIBIB / R01-EB012065、NCI / R01-CA157766によってサポートされていました。
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| 名前 | 会社 | カタログ番号 | コメント |
|---|---|---|---|
| ヌクレアーゼフリー水 | ライフテクノロジー | AM9932 | DEPC処理なし |
| DPBS | ライフテクノロジー | ズ 14190-144 | Ca2+およびMg2+ |
| >Cary 100 UV-Vis分光光度計 | アジレント・テクノロジー | ||
| リン酸二塩基性カリウム | フィッシャー・サイエンティフィック | P290-500 | |
| リン酸カリウム一塩基性 | フィッシャーサイエンティフィック | P284-500 | |
| ナトリウム一塩基性 | フィッシャーサイエンティフィック | S381-500 | |
| マイクロ遠心チューブ | エッペンドルフ | 22364111 | 1.5 ml |
| クロマトグラフィーカラム | キンブルチェイスライフサイエンス | 420400-0720 | 0.7 x 20 cm |
| Superdex 75 プレップグレード | GEヘルスケア | 17-1044-01 | |
| シリンジポンプ | Braintree Scientific | BS-300 | |
| シリンジ | BD | 301035 | 60 ml、ルアーロックチップ |
| 遠心フィルターユニット | ミリポア | UFC501096 | MW 10,000 カットオフ |
| 遠心分離機 5418 | エッペンドルフ | ||
| ポリ-D-リジン | Sigma-Aldrich | P7280-5MG | 凍結乾燥粉末、g-照射済み |
| 8ウェルチャンバーカバーグラス | フィッシャーサイエンティフィック | 155409 | 作業量 0.2-0.5 ml |
| HT1080 | ATCC | CCL-121 | ヒト線維肉腫細胞株 |
| 細胞培養フラスコ | コーニング | 430639 | 25 cm2 |
| DMEM | Life Technologies | 11965084 | |
| フェノールレッドを含まない | Life Technologies | 21063029 | グルコース |
| シ胎児血清 | Sigma-Aldrich | F2442-500ML | |
| ペネシリン/ストレプトマイシン | ライフテクノロジー | ズ | |
| トリプシン | ライフテクノロジー | ズ 25300054 | 0.05% トリプシン-EDTA |
| ネオントランスフェクションシステム | ライフテクノロジー | ズ MPK5000 | |
| ネオントランスフェクションシステムキット | ライフテクノロジー | MPK1096 | |
| 血球計算盤 | フィッシャーサイエンティフィック | 02-671-10 | |
| ヘシュト 33342 | ライフテクノロジー | ズ H1399 | |
| IX-81 倒立蛍光顕微鏡 | オリンパス | ||
| SOLAライトエンジン | ルーメンコール | ||
| メタモル | フィカルデバイス | ソフトウェア制御顕微鏡 | |
| Immersol oil 518F | Fisher Scientific | 12-624-66B |
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