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方法論記事

メカノノードポアセンシング:マルチパラメータシングルセル粘弾性測定のための迅速でラベルフリーのプラットフォーム

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DOI:

10.3791/64665

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2022年12月2日

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この記事について

サマリー

ここでは、メカノノード細孔センシング(mechano-NPS)と呼ばれるエレクトロニクスベースのマイクロ流体プラットフォームを使用して、単一細胞を機械的に表現型化する方法を示します。このプラットフォームは、細胞の弾性と粘性の両方の生物物理学的特性を測定しながら、1〜10細胞/秒の中程度のスループットを維持します。

要約

細胞の機械的特性は、幹細胞の分化から癌の転移に至るまで、さまざまな生物学的プロセスや疾患に関与しています。原子間力顕微鏡(AFM)やマイクロピペット吸引(MA)など、これらの特性を測定する従来の方法は、細胞の完全な粘弾性応答を反映した豊富な情報をキャプチャします。ただし、これらの方法は非常に低いスループットによって制限されます。リアルタイム変形能サイトメトリー(RT-DC)などのハイスループットアプローチは、細胞の弾性特性のみを反映する単一パラメータ読み出しに制限されることが多いため、限られた機械的情報しか測定できません。これらの方法とは対照的に、メカノノードポアセンシング(mechano-NPS)は、中程度のスループットでセルのマルチパラメータ粘弾性測定を達成するためのギャップを埋める、柔軟でラベルフリーのマイクロ流体プラットフォームです。直流(DC)測定は、マイクロ流体チャネルを通過する細胞を監視し、狭い狭窄を通過する前、最中、および後に細胞のサイズと速度を追跡するために使用されます。この情報(サイズと速度)は、各セルの横方向の変形、変形に対する抵抗、および変形からの回復を定量化するために使用されます。一般に、このエレクトロニクスベースのマイクロ流体プラットフォームは、複数の粘弾性セル特性を提供し、したがって細胞の機械的状態のより完全な全体像を提供します。最小限のサンプル調製で済み、(高速カメラとは対照的に)簡単な電子測定を利用し、標準的なソフトリソグラフィ製造を利用するため、このプラットフォームの実装はシンプルでアクセスしやすく、ダウンストリーム分析に適応できます。このプラットフォームの柔軟性、有用性、感度は、多様な細胞に関する独自の機械的情報を提供し、基礎科学や臨床診断においてさらに多くのアプリケーションの可能性を秘めています。

概要

単一セルは動的な粘弾性材料です1。多数の内部および外部プロセス(例えば、有糸分裂の開始または細胞外マトリックス[ECM]のリモデリング)は、それらの構造および組成2,3,4に影響を与え、しばしばそれらの現在の状態を補完する明確な生物物理学的特性をもたらす。特に、機械的特性は、細胞の発生、生理学、および病理学の重要なバイオマーカーであることが示されており、標準的な分子的および遺伝的アプローチを補完できる貴重な定量的情報を生み出しています5、6、7。例えば、Liらは最近、薬剤耐性と薬剤応答性の急性前骨髄球性白血病細胞の機械的な違いを説明し、RNA-seqを使用して発現差のある細胞骨格関連遺伝子を明らかにしました8。単一細胞力学と細胞機能の間の複雑な相互作用を理解することにより、メカノフェノタイピングは基礎科学と臨床診断の変革においてより広い用途を持っています9。

単一細....

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プロトコル

1. デバイス形状の設計

  1. サイジングセグメントとリカバリセグメントの幅を選択して、測定する最大のセルの直径よりも広く、十分な信号対雑音比(SNR)を維持します。さまざまな細胞株の異なるサイジングおよび回収セグメント幅の例については、 補足表2 を参照してください。
  2. 収縮セグメント幅を選択して、メカノフェノタイピングを受ける細胞の平均サイズに30%〜40%のひずみを適用します。ひずみは次のようにfigure-protocol-1定義されます。ここで、dはセル直径、wcは収縮チャネル幅2,8です。さまざまな細胞株のさまざまな収縮セグメント幅については、補足表2を参照してください。
    注:直径が大きく異なる細胞の種類または条件を比較する場合は、各細胞の種類/条件に固有の収縮セグメント幅で個別のデバイス設計を使用する必要があります。
  3. 一意のデバイス ジオメトリごとに参照デバイスを設計します。これは、....

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結果

ここで紹介するメカノフェノタイピングプラットフォームは、単一細胞の生物物理学的特性を中程度のスループットで測定するためのシンプルで汎用性の高いアプローチです。細胞は、一定の圧力駆動の流れを使用してマイクロ流体チャネル(図1A)を通って流れます。細胞が通過すると、マイクロ流体チャネルの長さと生成される電流パルスがデータ収集ハードウェアを使用して記録されます。取得した信号(図1B、C)は、MATLABのカスタムソフトウェアを使用して処理され、関連するシングルセルの機械的特性が抽出されます。 図1D は、実験プロトコルのグラフィカルな概要を示しています。

デバイスを製造するために、最初に負のマスターモールドが作成され、PDMSの鋳造に使用されます(図2)。 補足図3に示す成功したマスタ.......

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ディスカッション

このメカノフェノタイピング技術を使用した単一細胞の機械的特性の測定は、デバイス製造、データ取得、およびデータ分析の3つの段階で構成されています。各段階では、実験結果に大きな影響を与える可能性のある注目すべき側面があります。デバイスの製造時には、正確で再現性のある結果を得るには、一貫したチャネル形状とデバイス間の均一性が不可欠です。具体的には、各デバイスの側壁は比較的滑らかでなければならず(図4Ai)、複製デバイス間のチャネルの高さは同等でなければなりません。特に収縮チャネル(図4Aii)において、細胞の流れを部分的に妨げる欠陥のあるデバイスは廃棄する必要があります。チャネル形状に識別可能な欠陥があるデバイスを使用すると、不正確で再現性のない結果になります。データ収集中、データ収集中にユーザーがチャネル内の詰まりの存在を認識できることが重要です。サンプルスクリプト「NPS.m」(https://github.com/sohnlab/node-pore-sensing-public で入手可能)は、現在の測定値を表示し、ユ.......

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開示事項

L. L. Sは、2022年7月12日に発行された米国特許第11,383,241号「メカノノードポアセンシング」、J.キム、S.ハン、L.L.ソンを保有しています。

謝辞

本研究は、NIBIB 1R01EB024989-01およびNCI 1R01CA190843-01からの助成金によって支援されました。A.L.とR.R.は、H2H8協会大学院研究フェローシップの支援を受けました。KLCは、国立科学財団大学院研究フェローシップとシーベル奨学生フェローシップによってサポートされました。

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材料

この記事で使用された材料の一覧
名前会社カタログ番号コメント
アセトンJ.T. Baker5356-05純度 (GC)  ≥ 99.5% (https://us.vwr.com/store/product/6057739/acetone-99-5-vlsi-j-t-baker)
アルミ箔n/an/a
アナログローパスフィルターThorLabsEF504≤240kHz通過帯域、同軸BNCフィードスルー (https://www.thorlabs.com/thorproduct.cfm?partnumber=EF504#ad-image-0)
生検パンチインテグラミルテックス33-31AA-P / 251mm、使い捨て、プランジャー付き(https://mms.mckesson.com/product/573313/Miltex-33-31AA-P25)
ブレードなし N/ A
BNCケーブルポモナエレクトロニクス2249-C-12https://www.digikey.com/en/products/detail/pomona-electronics/2249-C-12/603323?utm_adgroup=Coaxial%20Cables%20%28RF%29&utm_source=google&utm_
medium=cpc&utm_campaign=
Shopping_Product_Cable%20Assemblies_NEW&utm_term=
&utm_content=同軸%20ケーブル%20%28RF%29&gclid=Cj0KCQjwlK-WBhDjARIsAO2sErQqnVJ
pj5OXVObuTI8ZUf1ZeIn7zvzGnx
mCWdePrG6SdEJMF3X6ubUaAs
w-EALw_wcB
クリーンルームポリエステル綿棒サーモフィッシャーサイエンティフィック18383https://www.fishersci.com/shop/products/texwipe-cleantip-alpha-polyester-series-swabs-6/18383
電流プリアンプDL Instruments1211https://www.brltest.com/index.php?main_page=product_info&products_
id=1419
カスタムPCB (部品付き)該当なし 該当なしファイルを参照 4 と
5 DAQ 端子台National Instruments BNC-2120https://www.ni.com/en-in/support/model.bnc-2120.html
DAQ to BNC-2110 ケーブル ナショナルインスツルメンツSHC68-68-EPMhttps://www.ni.com/en-in/support/model.shc68-68-epm.html
データ収集ボード(DAQ)ナショナルインスツルメンツPCI-6251
https://www.ni.com/docs/en-US/bundle/pci-6251-feature/page/overview.html デシケーターサーモフィッシャーサイエンティフィック5311-0250https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/5311-0250
メスBNCからバナナプラグアダプターPomona Electronics72909https://www.digikey.com/en/products/detail/pomona-electronics/72909/1196318
Fetal Bovine Serum (FBS)VWR89510-186https://us.vwr.com/store/product/18706419/avantor-seradigm-select-grade-usda-approved-origin-fetal-bovine-serum-fbs
GlassCutter ChemglassCG-1179-21https://chemglass.com/plate-glass-cutters-diamond-tips
金エッチング液 TFAトランセンNC0977944https://www.fishersci.com/shop/products/NC0977944/NC0977944
ホットプレートサーモフィッシャーサイエンティフィックSP131825 
イソプロピルアルコールスペクトラムケミカルI1056-4LTPL純度(GC)  ≥99.5% (https://www.spectrumchemical.com/isopropyl-alcohol-99-percent-fcc-i1056)
金属製ハードウェア エンクロージャハモンド 製造EJ12126https://www.digikey.com/en/products/detail/hammond-manufacturing/EJ12126/2423415
メタノールSigma-Aldrich34860純度 (GC)  ≥99.8% (https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/substance/methanol320467561)
MF-321 現像剤Kayaku Advanced Materialsn/a
https://kayakuam.com/products/mf-321/ MICROPOSIT S1813 ポジ フォトレジストデュポンn/a
https://kayakuam.com/products/microposit-s1800-g2-series-photoresists/ リン酸緩衝生理食塩水 (PBS)サーモフィッシャーサイエンティフィック10010049https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/10010049?SID=srch-hj-10010049
フォトマスクファインラインイメージングn/aフォトマスクは、当社のCADデザインからカスタムオーダーされています(https://www.fineline-imaging.com/)
プレーンガラス顕微鏡スライドフィッシャーサイエンティフィック12-553-5B材質:ソーダライム、L75 x W50 mm、厚さ:0.90–1.10ミリメートル 
プラズマクリーナーHarrick PlasmaPDC-001https://harrickplasma.com/plasma-cleaners/expanded-plasma-cleaner/
プラスチックシャーサーモフィッシャーサイエンティフィックFB0875712100 mm (https://www.fishersci.com/shop/products/fisherbrand-petri-dishes-clear-lid-raised-ridge-100-x-15mm/FB0875712)
圧力コントローラーFluigentMFCS-EZhttps://www.fluigent.com/research/instruments/pressure-flow-controllers/mfcs-series/
圧力コントローラーソフトウェアFluigentMAESFLO
プログラミング &データ取得および解析用MATLABR2021b
PTFE TubingCole Parmer06417-310.032" ID x 0.056" (https://www.coleparmer.com/i/masterflex-transfer-tubing-microbore-ptfe-0-032-id-x-0-056-od-100-ft-roll/0641731)
Scepter 2.0 ハンドヘルド自動セルカウンターミラポア シグマPHCC20060https://www.sigmaaldrich.com/IN/en/product/mm/phcc20060
シリコンウェーハウェーハ ワールド288576.2 mm、片面ポリッシュ (https://www.waferworld.com/product/2885)
スピンコーターn/a該当なし
SU-8 3025 ネガ フォトレジストカヤク アドバンスド マテリアルズ 該当なし
https://kayakuam.com/products/su-8-2000/ SU8 デベロッパーカヤク アドバンスド マテリアルズ https://kayakuam.com/products/su-8-developer/
シガード 184 ポリジメチルシロキサンダウ ケミカル4019862https://www.ellsworth.com/products/by-market/consumer-products/encapsulants/silicone/dow-sylgard-184-silicone-encapsulant-clear-0.5-kg-kit/
テープスコッチ810-341296https://www.staples.com/Scotch-Magic-Tape-810-3-4-x-36-yds-1-Core/product_130567?cid=PS:GS:SBD:PLA:OS&gclid=
Cj0KCQjwlK-WBhDjARIsAO
2sErRwzrrgjU0NjFkDkne1xm
vT7ekS3tdzvAgiMDwPoxocgH
VTQZi7vJgaAvQZEALw_wcB
チタン、プラチナ、金該当なし該当なし トリプル
出力電源キーサイトE36311A
https://www.newark.com/keysight-technologies/e36311a/dc-power-supply-3o-p-6v-5a-prog/dp/15AC9653 UVマスクアライナーカール・サス・アメリカMJB3マスクアライナー 
補足ー レ 計算ソフトウェア (https://www.mathworks.com/products/matlab.html)

参考文献

  1. Pegoraro, A. F., Janmey, P., Weitz, D. A. Mechanical properties of the cytoskeleton and cells. Cold Spring Harbor Perspectives in Biology. 9 (11), 022038(2017).
  2. Kim, J., et al. Characterizing cellular mechanical phenotypes with mec....

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