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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
이 프로토콜 신경 문화에 활동 전위 전송 공부에 대 한 미세 장치 microelectrode 배열 시험관에서 결합 하는 방법을 설명 하는 것을 목표로. 데이터 분석, 즉 탐지 및 전파 하는 활동 전위의 특성은 수행을 사용 하 여 새로운 고급, 아직 사용자 친화적이 고 자유롭게 사용할 수, 계산 도구.
Microelectrode 배열 (MEAs) 널리 신경 기능에 생체 외에서연구 하는 데 사용 됩니다. 이 소자 들은 오랜 기간 동안 동시 비-침략 적 기록/자극 electrophysiological 활동의 허용. 그러나, 모든 microelectrode 주위 모든 소스 로부터 신호를 감지의 통신을 이해 하 고 신경 회로에 전파 신호를 하려고 할 때 불리 될 수 있다. 신경 네트워크에서 여러 뉴런 동시에 활성화 될 수 있다 하 고 차별 하 고 신호 전파를 추적 하 고 어려운 겹치는 활동 전위를 생성할 수 있습니다. 이 한계를 고려 하면 우리는 생체 외에서 설치 electrophysiological 통신, 격리 및 높은 공간 및 시간적 해상도 axonal 신호를 증폭 할 수 있는 평가에 초점을 맞춘을 설립 했다. 미세 장치 및 MEAs 인터페이스, 우리 신경 축 삭과 microelectrodes의 잘 제어 맞춤 문화 분류 수 있습니다. 이 설치는 몇 주에 걸쳐 높은 신호 대 잡음 비율 스파이크 전파의 녹음을 수 있습니다. 함께 전문된 데이터 분석 알고리즘, 그것 제공 합니다 여러 통신의 상세한 정량화 관련 전파 속도, 전도 장애, 발사 속도, 참가자 스파이크, 속성 및 메커니즘을 코딩.
이 프로토콜 기판 통합 MEAs에 compartmentalized 신경 문화 설치를 만드는 방법을,이 설정에서 뉴런 문화 하는 방법 및 성공적으로 기록, 분석 하 고, 같은 실험에서 결과 해석 하는 방법을 보여 줍니다. 여기, 우리가 설립된 설치 신경 통신 및 axonal 신호 전파의 이해를 단순화 하는 방법을 보여줍니다. 이러한 플랫폼 설계 하 고 관리할 수 있는 신경 네트워크 topographies와 새로운 생체 외에서 모델에 대 한 방법을 포장. 그들은 균질 신경 문화, 또는 공동 문화 구성, 예를 들어 감각 신경 세포와 다른 세포 유형 간의 통신은 모니터링 및 평가 컨텍스트에서 사용할 수 있습니다. 이 설치 매우 흥미로운 조건을 연구, 예를 들어 neurodevelopment, 신경 회로, 코딩, neurodegeneration 및 neuroregeneration 접근 하는 정보를 제공 합니다.
신경 회로에 전기 통신 이해 정상적인 기능을 공개 하 고 역 기능을 해결 하기 위해 치료 전략을 고안 하는 기본 단계입니다. 신경 통합, 계산 및 활동 전위 (APs) 얇은 그들의 축 삭을 따라 전파를 릴레이. 전통적인 electrophysiological 기법 (예를 들어, 패치 클램프) 강력한 기술을 신경 활동을 공부 하지만 종종 soma 또는 모 수석 같은 큰 셀룰러 구조 제한. 높은 공간 해상도, axonal 신호를 공부 하는 대안을 제공 하는 이미징 기술을 하지만 그들은 기술적으로 어려운 수행 하 고 장기적인 측정1을 허용 하지 않습니다. 이러한 맥락에서 microelectrode 배열 (MEAs) 및 마이크로의 조합 공개 생체 외에서신경 네트워크2 내 neuron´s 활동 및 신호 전송의 기본적인 속성에 강력한 기여를 할 수 있습니다. , 3.
MEA 기술은 신경 문화의 extracellular 녹음에 의존합니다. 이 electrophysiological 방법론의 주요 장점은 장기, 동시 자극 및 기록 및 비-침략 적 방법3에 여러 사이트에서 지원 하는 기능입니다. MEAs 생체, 높은 전도성과 부식 방지 microelectrodes 유리 웨이퍼 기판에 만들어집니다. 그들은 기존의 셀 문화 바이오 코팅, 어떤 세포 접착을 크게 홍보 하 여 기판 및 셀3,4사이 봉인 저항 증가와 호환 됩니다. 또한, 그들은 디자인에서 다재 다능 한 그리고 microelectrodes 크기, 형상 및 밀도에 따라 달라질 수 있습니다. 전반적으로, MEAs 허용 동시 라이브 이미징 및 electrophysiological 녹음/자극의 장점과 함께 기존의 셀 문화 혈관으로 작동 합니다.
MEA 기술 사용 하 여 신경망5의 중요 한 특징의 연구에 기여 했다. 그러나, 통신 및 신경 회로에 Ap 전파 공부 MEAs의 성능을 제한 하는 고유의 기능이 있습니다. MEAs 단 세포와 축 삭, 같은 심지어 subcellular 구조에서 녹음 있지만 somal 신호에 비해, axonal 신호는 매우 낮은 신호 대 잡음 비율 (SNR)6. 또한, 모든 microelectrode 주위 모든 소스에서 세포 외 필드 전위를 감지의 특성에는 신경 회로에 신호 전파의 추적 지장을 초래할 수 있습니다.
그러나 최근 학문은 설명 했다,, 더 나은 녹음 상태는 축 삭이 성장할 수 있는 좁은 microchannels 내 맞춤 microelectrodes 함으로써 달성 될 수 있다. 이러한 구성을 통해 SNR에 상당한 증가 쉽게 수 axonal 신호 전파 감지7,,89,10,11,12, 13. MEA 기술을 미세 장치를 점 락의 전략 axonal 신호11증폭에 적합 한 전기적으로 절연된 microenvironment를 만듭니다. 또한,는 microgroove 따라 여러 감지 microelectrodes의 존재 검출 및 axonal 신호 전파의 특성에 대 한 근본 이다.
높은 제어 신경 네트워크 topographies와 플랫폼 생체 외에서 이러한 많은 연구 질문14에 적용할 수 있습니다. 이러한 플랫폼 신경 문화의 맥락에서 사용 되 게 적당 하지만 공동 문화 구성, 신경 세포와 다른 세포 유형 간의 통신 감시 되 고 평가 될 수 있습니다 어디를 확장 될 수 있다. 이 설치는 따라서 매우 흥미로운 조건을 neurodevelopment, 신경 회로, 정보 코딩, neurodegeneration, neuroregeneration 등 신경 관련 연구의 여러 탐험을 제공 합니다. 또한, 인간 유도 만능 줄기 세포15,16 의 신흥 모델 조합 신 경계에 영향을 주는 인간의 질병을 위한 잠재적인 치료의 개발에 새로운 길을 열 수 있습니다.
우리의 실험실 셀룰러 및 네트워크 수준 및 물리 치료사 및 pathologic 신 경계에 그들의 암시에 신경 프로세스를 이해 하 마이크로 (µEF)와 microelectrodes을 결합 하는이 플랫폼을 사용 하는. 신경 과학의 분야에서 이러한 플랫폼의 가치를 감안할 때,이 프로토콜의 목적은 기판 통합 MEAs 전면 compartmentalized 신경 문화를 창조 하는 방법을 보여 주는 문화 신경이이 플랫폼에 성공적으로 기록 하는 방법 하는 방법 분석 하 고 이러한 실험에서 결과 해석. 이 프로토콜은 신경 통신의 연구에서 신경 문화에 대 한 실험 도구 상자 풍부 하 게 확실히 것입니다.
동물 관련 된 모든 절차는 유럽 연합 (EU) 지침 2010/63/유럽 ( Decreto Lei 113/2013에 의해 포르투갈 법안 transposed)에 따라 수행 했다. 실험 프로토콜 (0421/000/000/2017) 모두 포르투갈어 공식 권위의 동물 복지 및 실험 (Direção Geral 드 음식 e Veterinária-DGAV)와의 호스트 기관 윤리 위원회에 의해 승인 되었다.
1. 문화 미디어 및 다른 솔루션의 준비
참고: 사용 당일 갓 코팅 솔루션을 준비 합니다. 사용 하지 않는 코팅 솔루션 및 문화 미디어는-20 ° C에 4 ° C 아래로 저장할 수 있습니다.
2. 미세 및 MEA 장치 준비
참고: 셀 뿌리기 전에 하루에 2.1 2.11 단계를 수행 합니다.
3. 전 두 엽 피 질 절 개
4. 대뇌 피 질의 신경 분리와 µEF에 문화
참고: 다음 절차 되었습니다 수행 층 류 두건 내부 자외선 살 균의 주기는 15 분 후. 표면적으로 후드 안에 배치 하는 모든 자료를 작업 70% 에탄올과 이전 소독 되어야 한다.
5. 자연 신경 활동을 기록
최대한 빨리 7 일 체 외 (DIV), 그러나 포획 2-3 주 (14-21 DIV) 성숙 하 고 전시에 안정적인 활동 참고: MEAs에 배아 대뇌 피 질의 뉴런 문화는 일반적으로 자발적인 활동 전시. 그것은 연구의 목적에 따라 electrophysiological 측정을 시작을 결정 하는 실험입니다. 이 프로토콜에서 µEF에서 신경 활동의 기록 상업 기록 시스템을 사용 하 여 설명 된다 (하드웨어 세부 사항에 대 한 재료의 표 참조), 난방 모듈 통합. 녹음을 수행 하는 데 사용 하는 자유롭게 사용할 수 있는 소프트웨어 (소프트웨어 정보에 대 한 재료의 표 참조).
6. 데이터 분석
참고: 다음 단계는 µSpikeHunter 소프트웨어, µEF와 함께 기록 된 데이터를 분석 하 (자유롭게 사용할 수 있는 pauloaguiar@ineb.up.pt에 이메일 요청에 따라), Aguiar의 연구소에서 개발 된 계산 도구를 사용 하는 방법을 보여 줍니다. 그래픽 사용자 인터페이스 (그림 2)는 데이터를 로드, 전파 스파이크 파도 식별, 그들의 방향을 결정 하는 데 사용 됩니다 (참가자 또는 역행) 전파 속도 추정 하는 고. µSpikeHunter 60-120 / 256-전극 MEAs와 함께에서 사용 될 수 있는 MEA2100 가족 시스템을 사용 하 여 얻은 녹음에서 생성 된 HDF5 파일와 호환 됩니다. 멀티 채널 실험을 사용 하 여 얻은 녹음 자유롭게 사용할 수 있는 소프트웨어를 사용 하 여 HDF5 파일을 쉽게 변환할 수 있습니다 ( 재료의 표참조).
여기 설명 된 프로토콜을 사용 하 여, µEF에 시드 E-18 쥐 대뇌 피 질의 뉴런 개발 하 고 한 달 이상에 대 한 이러한 문화 조건에서 건강 하 게 유지 수 있습니다. 3 ~ 5 일에 문화, 곧 대뇌 피 질의 뉴런 µEF (그림 1)의 axonal 구획으로 microgrooves 통해 그들의 축 삭 성장. 15 일 후에 문화, µEF에 경작 하는 대뇌 피 질의 뉴런 활동의 꾸준한 수준을 전시 하 것으로 예상 된다 고는 microgrooves 따라 활동 전위의 전파는 있습니다. 오래 된 문화 (> 14 DIV) 기존의 MEA 녹음18,19로 활동 금지에 의해 지배 하는 경향이 있다.
녹음 및 데이터 분석
µSpikeHunter (그림 2)와 원시 데이터 분석 탐지 및 전파 (microgrooves) 이내 4 microelectrodes의 세트에 따라 스파이크 파도의 추출 허용. 그림 3 은 이러한 이벤트 중 하나가 표시 됩니다. µSpikeHunter microelectrodes (시간 지연 제공)의 선택 된 쌍의 전압 파형 및 관련된 알려진된 전극 간 거리 사이 간 상관 관계에 따라 전파 속도의 추정에 대 한 허용.
추출 된 데이터 추가 사용자 지정 설계 된 코드를 사용 하 여 MATLAB에서 분석 했다. 전파의 대표 래스터 줄거리 스파이크 (16) 중 11 따라 파도 microgrooves 그림 4a에 표시 됩니다. 높은-및 낮은 활동 microgroove 순간 발사 속도 그림 4b에 표시 됩니다.
µEF 녹음 microelectrode 당 활동의 다양 한 레벨을 전시 한다. 자주, 몇 가지 microelectrodes somal 구획에는 "자동"입니다. 그러나, microgrooves 내에서 대부분 microelectrodes 활성화 될 하는 경향이 있다 (그림 5a). microgrooves 신호 증폭기8기능을 잘 설명 합니다. 기록 된 신호 진폭이 소스 전류의 크기에서 뿐만 아니라 주변 미디어의 저항력에 따라 달라 집니다. microgroove 따라 저항을 크게 somal 구획 (그림 5b)에 microelectrodes의 비교 측정 된 신호 진폭을 증가 특히 높은입니다.

그림 1 . 미 발달 쥐 대뇌 피 질의 뉴런 µEF에 경작입니다. (a) µEF의 사진. 눈금 막대: 1 cm. 경작 하는 µEF에 5 일 동안 보여주는 여러 축 삭 건너는 microgrooves 및 axonal 구획 (화살표)를 도달 하는 대뇌 피 질의 뉴런의 이미지 (b) 대표. 눈금 막대: 100 µ m. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 2 . µSpikeHunter 주요 그래픽 사용자 인터페이스의 화면 캡처. 사용자 수 µEF와 기록 데이터를 로드, 전파 스파이크 파도 식별, 그들의 방향을 결정 (참가자 또는 역행) 전파 속도 추정 하는 고. Kymograph 도구를 사용 하면 수동으로 전파 속도 kymograph에 그려진 라인에 따라 추정 수 있습니다. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 3 . 참가자 전파 스파이크 웨이브는 microgroove 내 4 microelectrodes (E8-E11)에 의해 감지. 각 추적 대표 한 microelectrode 원시 녹음 3 씨에 대 한 µSpikeHunter 분석 후, 먼 microelectrodes (E8 및 e 11) 사이의 교차 상관 0.52 m의 전파 속도의 계산을 허용/s. 여기를 클릭 하십시오 이 그림의 확대 이미지 보기.

그림 4 . 는 microgrooves 통해 정보 사격. (a) 자발적인 활동의 2 분의 대표 래스터 줄거리 기록 11 microgrooves 따라. 각 도트는 전파 스파이크 파를 (단위) 4 microelectrodes에 의해 감지 되 고 µSpikeHunter 분석을 통해 식별을 나타냅니다. 높은-및 낮은 활동 microgroove 각각 노란색과 빨간색으로 강조 됩니다. (b) 10 분을 따라 두 강조 표시 된 microgrooves에 대 한 (속도-코딩)로 순간 발사 속도의 진화. 유일한 전파 단위는 발사 속도의 계산을 위해 고려 되었다. 참고 작업 동기화 다른도 불구 하 고 발사 속도 수준. 즉각적인 발사 속도 100 양의 표준 편차와 가우스 커널 스파이크 이벤트 컨볼루션 계산 했다 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.

그림 5 . µEF에 extracellular 녹음의 품질입니다. (a) µEF 기록 ( 생체 외에서15 일에 쥐 대뇌 피 질의 뉴런) 20 kHz와 300 Hz. 전극 행 somal 구획 및 행 8-11은 microgrooves에 해당 하는 1-7에서 하이 패스 필터의 샘플링 속도 시간 창 (1 초). (b) 지정 된 행 (총 녹화 시간 10 분)에서 (스파이크 메서드를 사용 하는 임계값, 부정적인 단계, 6 x 표준 편차 설정 감지)를 추출 하는 스파이크 진폭의 전체 범위의 상자와 수염 음모. 스파이크의 진폭은 somal 구획 (행 1-7; 16 활성 microelectrodes)의 microelectrodes에 비해 (행 8-11; 16 microgrooves), microgrooves에서 microelectrodes에 상당히 큽니다. 일방통행 ANOVA, 던의 여러 비교 테스트, * * *p < 0.0001. 이 그림의 더 큰 버전을 보려면 여기를 클릭 하십시오.
저자는 공개 없다.
이 프로토콜 신경 문화에 활동 전위 전송 공부에 대 한 미세 장치 microelectrode 배열 시험관에서 결합 하는 방법을 설명 하는 것을 목표로. 데이터 분석, 즉 탐지 및 전파 하는 활동 전위의 특성은 수행을 사용 하 여 새로운 고급, 아직 사용자 친화적이 고 자유롭게 사용할 수, 계산 도구.
이 작품은 페더-경쟁 2020을 통해 푼도 최고 드 Desenvolvimento 지역 자금에 의해 융자 되었다-체제 프로그램 경쟁력 및 국제화 (POCI), 포르투갈 2020 그리고 포르투갈어에 의해 자금 FCT-Fundação 통해 파라 과학 전자는 기술 / Ministério 다 과학, 기술 전자 Ensino 우수한 PTDC/CTM-할머니/3146/2014 (POCI-01-0145-페더-016623) 프로젝트의 프레임 워크에서. 호세 C Mateus FCT (PD/BD/135491/2018)에 의해 지원 되었다. 파울로 Aguiar 과학적 고용의 프로그램이 과학-프로그램이 체제 Potencial Humano (POPH)-승진, ESF와 MCTES 및 프로그램 Investigador FCT, POPH 및 푼도 사회 최고에 의해 지원 되었다. 미세 소자 주앙 페드로 콘 데과 버지니아 추의 감독 아래 INESC-마이크로 및 나노기술, 포르투갈에서 조작 했다.
| B-27 Suplement (50X) | Thermo Fisher Scientific | LTI17504-044 | |
| Branched poly(ethylene imine) (PEI), 25 kDa | Sigma-Aldrich | 408727 | 4°C에서 3일 동안 2.5 kDa cut-off membrane을 사용하여 투석으로 분지형 PEI를 정제합니다. 5mM HCl 용액에 대한 C(매일 갱신). 정제된 PEI를 동결 건조합니다. |
| 세포 스트레이너(40 µ m) | Falcon | 352340 | |
| 원뿔형 마이크로튜브(1.5ml) | VWR | 211-0015 | |
| 일회용 기저귀, 60x40cm | Bastos Viegas SA | 455-019 | |
| 집게 Dumont #5, 직선 | Fine Science Tools | 91150-20 | |
| 집게 Dumont #5/45 | Fine Science Tools | 11251-35 | |
| 집게 Dumont #7, 곡선형 | Fine Science Tools | 91197-00 | |
| 열 비활성화 태아 소 세럼 프리미엄 | Biowest | S181BH-500ML | |
| Engelbreth-Holm-Swarm에서 제공하는 라미닌; | Sigma-Aldrich | L2020-1MG | 비보충 배지의 해당 부피에 분말을 용해시켜 1mg/mL에서 라미닌 원액을 준비합니다. 라미닌 용액을 -20°C에 보관하십시오. 작은 부분 표본의 C (20 µ L) 반복되는 동결/해동 주기를 피하기 위해. |
| L-글루타민 200mM | Thermo Fisher Scientific | LTID25030-024 | |
| Neubauer 개선된 계수 챔버 (혈구계) | Marienfeld | 630010 | |
| Neurobasal Medium (1X) | Thermo Fisher Scientific | 21103-049 | 신경 배양 |
| PDMS 미세유체 장치에 사용되는 Basal medium | 해당 사항 | 없음 해당 사항 없음 | 450 &mu와 20 마이크로 홈으로 상호 연결된 두 개의 세포 파종 구획으로 구성; m 길이 × 10 &뮤; m 높이 &시간; 14 &뮤; m 너비 치수 및 86 µ로 분리; m (총 100 사이의 사이 공간 μ m)을 사용합니다. |
| 페니실린-스트렙토마이신 (P/S) 용액 (100X) | Biowest | L0022-100 | |
| PES 주사기 필터 유닛 (Ø 30 mm), 0.22 &마이크로; 엠 | Frilabo | 1730012 | |
| 폴리프로필렌 원뿔형 튜브, 15 ml | Thermo Fisher Scientific | 07-200-886 | |
| 폴리프로필렌 원뿔형 튜브, 50 ml | Thermo Fisher Scientific | 05-539-13 | |
| 폴리스티렌 disposabel 혈청학 피펫, 10 ml | Thermo Fisher Scientific | 1367811D | |
| 폴리스티렌 디스포사벨 혈청학 피펫, 5 ml | Thermo Fisher Scientific | 1367811D | |
| 표준 재생 셀룰로오스 멤브레인(2kDa) | 스펙트럼 연구실 | 132107 | |
| 표준 수술용 가위, | Fine Science Tools | , 91401-14 | |
| 기판 통합 평면 MEA(256 미세 전극), | 다중 채널 시스템 | ,256MEA100/30iR-ITO | 252 질화티타늄(TiN) 기록 전극 및 16 x 16 정사각형 그리드로 구성된 4개의 내부 기준 전극. 각 기록 전극은 30 µ입니다. m의 직경과 100 &m의 간격을 둡니다. |
| 주사기 루어락 팁, 10 ml | Terumo Europe | 5100-X00V0 | |
| 주사기 루어락 팁, 50 ml | 테루모 유럽 | 8300006682 | |
| Terg-A-Zyme | 시그마-알드리치 | Z273287 | MEA 세척에 사용되는 효소 활성 분말 세제 |
| 조직 배양 플레이트, 35 mm | StemCell Technologies | 27150 | |
| 조직 배양 플레이트, 90mm | Frilabo | 900095 | |
| Trypan Blue 용액(0.4%) | Sigma-Aldrich | T8154 | |
| Trypsin (1:250) | Thermo Fisher Scientific | 27250018 | |
| 비닐 테이프 471 | 3M | B40071909 |