Summary

Fabricação de chip micro-padronizado com espessura controlada para microscopia eletrônica criogênica de alta produtividade

Published: April 21, 2022
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Summary

Um chip micro-padronizado recém-desenvolvido com janelas de óxido de grafeno é fabricado aplicando técnicas de sistema microeletromecânico, permitindo imagens eficientes e de microscopia criogênica de elétrons de vários biomoléculas e nanomateriais.

Abstract

Uma grande limitação para a análise eficiente e de estrutura de alto rendimento de biomoléculas usando microscopia eletrônica criogênica (crio-EM) é a dificuldade de preparar amostras crio-EM com espessura de gelo controlada na nanoescala. O chip à base de silício (Si), que tem uma matriz regular de micro-buracos com janela de óxido de grafeno (GO) padronizado em um filme de nitreto de silício controlado pela espessura (SixNy), foi desenvolvido aplicando técnicas de sistema microeletrocrânico (MEMS). Fotolitografia UV, deposição de vapor químico, gravura molhada e seca do filme fino e lançamento de materiais de nanofolha 2D foram usados para a produção em massa dos chips micro-padronizados com janelas GO. A profundidade dos micro-buracos é regulada para controlar a espessura do gelo sob demanda, dependendo do tamanho do espécime para análise crio-EM. A afinidade favorável do GO em relação às biomoléculas concentra as biomoléculas de interesse dentro do microrifício durante a preparação da amostra crio-EM. O chip micro-padronizado com janelas GO permite imagens crio-EM de alto rendimento de várias moléculas biológicas, bem como nanomateriais inorgânicos.

Introduction

A microscopia eletrônica criogênica (crio-EM) foi desenvolvida para resolver a estrutura tridimensional (3D) de proteínas em seu estado natal 1,2,3,4. A técnica envolve a fixação de proteínas em uma camada fina (10-100 nm) de gelo vítreo e a aquisição de imagens de projeção de proteínas orientadas aleatoriamente usando um microscópio eletrônico de transmissão (TEM), com a amostra mantida à temperatura de nitrogênio líquido. Milhares a milhões de imagens de projeção são adquiridas e usadas para reconstruir uma estrutura 3D da proteína por algoritmos computacionais 5,6. Para uma análise bem-sucedida com crio-EM, a preparação crio-amostra foi automatizada por meio do congelamento do equipamento que controla as condições de mancha, umidade e temperatura. A solução amostral é carregada em uma grade TEM com uma membrana de carbono furada, sucessivamente borrada para remover a solução em excesso, e, em seguida, mergulha-congelada com etano líquido para produzir gelo fino e vítreo 1,5,6. Com os avanços da crio-EM e a automação da preparação da amostra7, a crio-EM tem sido cada vez mais utilizada para resolver a estrutura de proteínas, incluindo proteínas envelope para vírus e proteínas do canal de íons na membrana celular 8,9,10. A estrutura das proteínas envelope de partículas virais patogênicas é importante para a compreensão da patologia da infecção viral, bem como para o desenvolvimento do sistema de diagnóstico e vacinas, por exemplo, SARS-CoV-211, que causou a pandemia COVID-19. Além disso, técnicas crio-EM foram recentemente aplicadas às ciências materiais, como para materiais sensíveis ao feixe de imagem utilizados na bateria 12,13,14 e sistemas catalíticos 14,15 e análise da estrutura de materiais inorgânicos em estado de solução16.

Apesar dos desenvolvimentos perceptíveis em crio-EM e técnicas relevantes, existem limitações na preparação da criom amostra, dificultando a análise da estrutura 3D de alto rendimento. Preparar um filme de gelo vítreo com espessura ideal é especialmente importante para a obtenção da estrutura 3D de materiais biológicos com resolução atômica. O gelo deve ser fino o suficiente para minimizar o ruído de fundo de elétrons espalhados pelo gelo e proibir sobreposições de biomoléculas ao longo do caminhodo feixe de elétrons 1,17. No entanto, se o gelo é muito fino, pode fazer com que moléculas de proteínas se alinhem em orientações preferenciais ou desnaturais 18,19,20. Portanto, a espessura do gelo vítreo deve ser otimizada dependendo do tamanho do material de interesse. Além disso, um esforço extensivo é normalmente necessário para a preparação da amostra e a triagem manual da integridade do gelo e da proteína nas grades TEM preparadas. Esse processo é extremamente demorado, o que dificulta sua eficiência para análise de estrutura 3D de alto rendimento. Portanto, melhorias na confiabilidade e reprodutibilidade da preparação da amostra crio-EM aumentariam a utilização da crio-EM na biologia estrutural e na descoberta de medicamentos comerciais, bem como na ciência material.

Aqui, introduzimos processos de microfabização para a fabricação de um chip micro-padronizado com janelas de óxido de grafeno (GO) projetados para crio-EM de alta produtividade com espessura de gelo controlada21. O chip micro-padronizado foi fabricado usando técnicas de sistema microeletromecânico (MEMS), que podem manipular a estrutura e as dimensões do chip dependendo dos propósitos de imagem. O chip micro-padronizado com janelas GO tem uma estrutura de microwell que pode ser preenchida com a solução de amostra, e a profundidade da microwell pode ser regulada para controlar a espessura do gelo vítreo. A forte afinidade do GO com as biomoléculas aumenta a concentração de biomoléculas para visualização, melhorando a eficiência da análise da estrutura. Além disso, o chip micro-padronizado é composto por um quadro Si, que proporciona alta estabilidade mecânica para a grade19, tornando-o ideal para manusear o chip durante os procedimentos de preparação da amostra e imagens crio-EM. Portanto, um chip micro-padronizado com janelas GO fabricadas por técnicas MEMS fornece confiabilidade e reprodutibilidade da preparação da amostra crio-EM, que pode permitir uma análise eficiente e de estrutura de alto rendimento com base no crio-EM.

Protocol

1. Fabricação de chip micro-padronizado com janelas GO (Figura 1) Deposite o nitreto de silício.Deposite nitreto de silício de baixo estresse (SixNy) em ambos os lados do wafer Si (4 polegadas de diâmetro e 100 μm de espessura) usando deposição de vapor químico de baixa pressão (LPCVD) a 830 °C e uma pressão de 150 mTorr, sob um fluxo de 170 sccm diclorosilane (SiH2Cl2, DCS) e amônia …

Representative Results

Um chip micro-padronizado com janelas GO foi fabricado pela fabricação mems e transferência de nanofolha 2D GO. Os chips para micro-padronização foram produzidos em massa, com cerca de 500 chips produzidos a partir de um wafer de 4 polegadas (Figura 1B e Figura 2A,B). Os desenhos dos chips micro-padronizados podem ser manipulados usando diferentes desenhos da máscara de cromo (Figura 2) durante o procedimento …

Discussion

Os processos de microfabização para a produção de chips micro-padronizados com janelas GO são introduzidos aqui. O chip micro-padronizado fabricado foi projetado para regular a espessura da camada de gelo vítreo, controlando a profundidade do micro-buraco com janelas GO, dependendo do tamanho do material a ser analisado. Um chip micro-padronizado com janelas GO foi fabricado usando uma série de técnicas MEMS e um método de transferência de nanofolha 2D (Figura 1). A maior vantagem …

Disclosures

The authors have nothing to disclose.

Acknowledgements

M.-H.K., S.K., M.L., e J.P. reconhecem o apoio financeiro do Instituto de Ciência Básica (Grant No. IBS-R006-D1). S.K., M.L., e J.P. reconhecem o apoio financeiro do Programa de Pesquisadores Pioneiros criativos através da Universidade Nacional de Seul (2021) e da bolsa NRF financiada pelo governo coreano (MSIT; Grant Nos. NRF-2020R1A2C2101871 e NRF-2021M3A9I4022936). M.L. e J.P. reconhecem o apoio financeiro da Posco Science Fellowship da POSCO TJ Park Foundation e da bolsa NRF financiada pelo governo coreano (MSIT; Grant No. NRF-2017R1A5A1015365). J.P. reconhece o apoio financeiro da subvenção da NRF financiada pelo governo coreano (MSIT; Grant No. NRF-2020R1A6C10183), e os Programas de Iniciativas Interdisciplinares de Pesquisa pela Faculdade de Engenharia e Faculdade de Medicina da Universidade Nacional de Seul (2021). M.-H.K. reconhece o apoio financeiro da subvenção da NRF financiada pelo governo coreano (MSIT; Grant No. NRF-2020R1I1A0107416612). Os autores agradecem à equipe e à equipe do Centro Nacional universitário de Seul para Imagens Macromoleculares e Celulares (SNU CMCI) por seus esforços incansáveis e perseverança com os experimentos crio-EM. Os autores agradecem a S. J. Kim, do Centro Nacional de Instalações inter universitárias de Pesquisa, pela assistência aos experimentos fib-SEM.

Materials

1-methyl-2-pyrrolidinone (NMP) Sigma Aldrich, USA 443778
Acetone
AFM Park Systems, South Korea NX-10
Aligner Midas System, South Korea MDA-600S
AZ 300 MIF developer AZ Electronic Materials USA Corp., USA 184411
Cryo-EM holder Gatan, USA 626 single tilt cryo-EM holder
Cryo-plunging machine Thermo Fisher SCIENTIFIC, USA Vitrobot Mark IV
Focused ion beam-scanning electron microscopy (FIB-SEM) FEI Company, USA Helios NanoLab 650
Glow discharger Ted Pella Inc., USA PELCO easiGlow
Graphene oxide (GO) solution Sigma Aldrich, USA 763705
Hexamethyldisizazne (HMDS), 98+% Alfa Aesar, USA 10226590
Low pressure chemical vapor deposition (LPCVD) Centrotherm, Germany LPCVD E1200
maP1205 positive PR Micro resist technology, Germany A15139
Potassium hydroxide (KOH), flake DAEJUNG CHEMICALS & METALS Co. LTD., South Korea 6597-4400
Raman Spectrometer NOST, South Korea Confocal Micro Raman System HEDA
Reactive ion etcher (RIE) Scientific Engineering, South Korea Lab-built
SEM Carl Zeiss, Germany SUPRA 55VP
Si wafer JP COMMERCE, South Korea 4" Silicon wafer, P(B)type, (100), 1-30ohm.c m, DSP, T:100um
Spin coater Dong Ah Trade Corp., South Korea ACE-200
TEM JEOL, Japan JEM-2100F

References

  1. Dillard, R. S., et al. Biological applications at the cutting edge of cryo-electron microscopy. Microscopy and Microanalysis. 24 (4), 406-419 (2018).
  2. Meyerson, J. R., et al. Self-assembled monolayers improve protein distribution on holey carbon cryo-EM supports. Scientific Reports. 4, (2014).
  3. Palovcak, E., et al. A simple and robust procedure for preparing graphene-oxide cryo-EM grids. Journal of Structural Biology. 204 (1), 80-84 (2018).
  4. Xu, B. J., Developments Liu, L. applications, and prospects of cryo-electron microscopy. Protein Science. 29 (4), 872-882 (2020).
  5. Stewart, P. L. Cryo-electron microscopy and cryo-electron tomography of nanoparticles. Wiley Interdisciplinary Reviews-Nanomedicine and Nanobiotechnology. 9 (2), (2017).
  6. Murata, K., Wolf, M. Cryo-electron microscopy for structural analysis of dynamic biological macromolecules. Biochimica Et Biophysica Acta-General Subjects. 1862 (2), 324-334 (2018).
  7. Darrow, M. C., et al. Chameleon: next generation sample preparation for cryoEM based on spotiton. Acta Crystallographica a-Foundation and Advances. 75, 424 (2019).
  8. Hite, R. K., Tao, X., MacKinnon, R. Structural basis for gating the high-conductance Ca2+-activated K+ channel. Nature. 541 (7635), 52-57 (2017).
  9. Zhang, Y., et al. Cryo-EM structure of the activated GLP-1 receptor in complex with a G protein. Nature. 546 (7657), 248-253 (2017).
  10. Shaik, M. M., et al. Structural basis of coreceptor recognition by HIV-1 envelope spike. Nature. 565 (7739), 318-323 (2019).
  11. Liu, C., et al. The architecture of inactivated SARS-CoV-2 with postfusion spikes revealed by cryo-EM and cryo-ET. Structure. 28 (11), 1218-1224 (2020).
  12. Ren, X. C., Zhang, X. Q., Xu, R., Huang, J. Q., Zhang, Q. Analyzing energy materials by cryogenic electron microscopy. Advanced Materials. 32 (24), 1908293 (2020).
  13. Li, Y. Z., et al. Atomic structure of sensitive battery materials and Interfaces revealed by cryo-electron microscopy. Science. 358 (6362), 506-510 (2017).
  14. Li, Y. B., Huang, W., Li, Y. Z., Chiu, W., Cui, Y. Opportunities for cryogenic electron microscopy in materials science and nanoscience. Acs Nano. 14 (8), 9263-9276 (2020).
  15. Kim, Y., et al. Uniform synthesis of palladium species confined in a small-pore zeolite via full ion-exchange investigated by cryogenic electron microscopy. Journal of Materials Chemistry A. 9 (35), 19796-19806 (2021).
  16. Baumgartner, J., et al. Nucleation and growth of magnetite from solution. Nature Materials. 12 (4), 310-314 (2013).
  17. Rice, W. J., et al. Routine determination of ice thickness for cryo-EM grids. Journal of Structural Biology. 204 (1), 38-44 (2018).
  18. D’Imprima, E., et al. Protein denaturation at the air-water interface and how to prevent it. Elife. 8, 42747 (2019).
  19. Alden, N. A., et al. Cryo-EM-on-a-chip: custom-designed substrates for the 3D analysis of macromolecules. Small. 15 (21), 1900918 (2019).
  20. Naydenova, K., Peet, M. J., Russo, C. J. Multifunctional graphene supports for electron cryomicroscopy. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116 (24), 11718-11724 (2019).
  21. Kang, M. H., et al. Graphene oxide-supported microwell grids for preparing cryo-EM samples with controlled ice thickness. Advanced Materials. 33 (43), 2102991 (2021).
  22. Johra, F. T., Lee, J. W., Jung, W. G. Facile and safe graphene preparation on solution based platform. Journal of Industrial and Engineering Chemistry. 20 (5), 2883-2887 (2014).
  23. Yang, C., Pham, J. Characteristic study of silicon nitride films deposited by LPCVD and PECVD. Silicon. 10 (6), 2561-2567 (2018).
  24. Olson, J. M. Analysis of LPCVD process conditions for the deposition of low stress silicon nitride. Part I: preliminary LPCVD experiments. Materials Science in Semiconductor Processing. 5 (1), 51-60 (2002).
  25. Zheng, B. R., Zhou, C., Wang, Q., Chen, Y. F., Xue, W. Deposition of low stress silicon nitride thin film and its application in surface micromachining device structures. Advances in Materials Science and Engineering. 2013, 835942 (2013).
  26. Chuang, W. H., Fettig, R. K., Ghodssi, R. An electrostatic actuator for fatigue testing of low-stress LPCVD silicon nitride thin films. Sensors and Actuators a-Physical. 121 (2), 557-565 (2005).
  27. Shafikov, A., et al. Strengthening ultrathin Si3N4 membranes by compressive surface stress. Sensors and Actuators a-Physical. 317, 112456 (2021).
  28. Ng, W. H., et al. Controlling and modelling the wetting properties of III-V semiconductor surfaces using re-entrant nanostructures. Scientific Reports. 8, 3544 (2018).
  29. Han, D., et al. Nanopore-templated silver nanoparticle arrays photopolymerized in zero-mode waveguides. Frontiers in Chemistry. 7, 216 (2019).
  30. Escobedo, C. On-chip nanohole array based sensing: a review. Lab Chip. 13, 2445-2463 (2013).

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Cite This Article
Kang, M., Lee, M., Kang, S., Park, J. Fabrication of Micro-Patterned Chip with Controlled Thickness for High-Throughput Cryogenic Electron Microscopy. J. Vis. Exp. (182), e63739, doi:10.3791/63739 (2022).

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