$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
1. Voorbereiding van GST en Nanoparticle (NP) Stamverwanten
- GST-TCO voorbereiding:
- Voeg 8 ul van TCO-NHS-oplossing (50 mM in DMSO) en 100 gl GST (1 mg / ml in PBS) en schud het mengsel bij kamertemperatuur gedurende 1 uur.
- Verwijder overtollig reagens met een Zeba draai ontzoutingskolom. Het gewonnen filtraat dat het GST-TCO conjugaat wordt bewaard bij 4 ° C vóór gebruik.
- GST-Tz voorbereiding:
- Voeg 6 pl Tz-NHS-oplossing (25 mM in DMF) 75 gl GST (1 mg / ml in PBS) en schud het mengsel bij kamertemperatuur gedurende 1 uur.
- Verdun het reactiemengsel met 25 pi PBS en zuiveren met behulp van een spin ontzoutingskolom. Het filtraat dat het GST-Tz conjugaat wordt bewaard bij 4 ° C vóór gebruik.
Opmerking: Massa analyse (MALDI-TOF) bleek dat gemiddeld 10 ~ Tz of TCO moleculen werden geconjugeerd aan GST. - NP-TCO voorbereiding:
- Voeg 100 ul van TCO-NHS-oplossing (50 mM in DMSO) te150 ui geamineerde nanodeeltjes (NP-NH2, 8,7 mg Fe / ml in PBS, 3 nm ijzerkern ~ 8000 Fe / NP) en schud mengsel bij kamertemperatuur gedurende 1 uur.
- Verwijder overtollig reagens door gelfiltratie gebruik van een NAP-10-kolom geëlueerd met PBS-buffer. Verzamel de gekleurde band met de NP-TCO product.
- Concentreer het filtraat in tot een eindvolume van ~ 150 ul met behulp van een centrifugale filterinrichting (100 k MWCO).
- Voeg 50 ul van barnsteenzuuranhydride (0,1 M in DMSO) aan de NP-TCO-oplossing en schud bij kamertemperatuur gedurende 1 uur (anhydride reageert met de resterende aminen terminale carbonzuren vormen. Dit voorkomt niet-specifieke interacties met het dextran oppervlak).
- Zuiver het NP-TCO product gebruik van een NAP-10 kolom elueren met PBS. Bewaar de oplossing van NP-TCO bij 4 ° C vóór gebruik.
2. Voorbereiding van de oppervlakte
Alle oppervlakteplasmonresonantie testen worden uitgevoerd op een Biacore T100 instrument (GE Healthcare) bij25 ° C met een CM5 sensorchip en PBS-P als loopbuffer tenzij anders vermeld. Biacore Controle en evaluatie software met het instrument meegeleverd worden ingezet voor het opzetten van experimenten en het analyseren van gegevens. Twee modi, de toepassing wizards en handmatige termijn zal worden gebruikt voor de voorbehandeling van het oppervlak en het toezicht op de chip capture-cycloadditie. Werkwijze builder mode wordt gebruikt voor het opzetten omgekeerde oriëntatie bindingsexperimenten en het meten cycloadditiereactie tarieven. Gegevens zijn dubbele verwijzing afgetrokken en kinetische analyses worden uitgevoerd met behulp van een 1:1 Langmuir bindend model.
- Gebruik de amine immobilisatie tovenaar sjabloon en selecteer immobilisatie op Flow cellen 1 (referentie) en 2 (detectie). Pas amine methode oppervlak carboxylgroepen geactiveerd door injectie van een 1:1 oplossing van 0,4 M EDC: 0,1 M NHS gedurende 480 seconden bij een stroomsnelheid van 10 pl / min. Stel de injectie van ethanolamine om de resterende geactiveerde esters tot 420 sec contacttijd lessen opeen stroomsnelheid van 10 pl / min.
- Input ligand naam, anti-GST (18 ug / ml in acetaatbuffer, pH 5,0) en stel injecteren een contacttijd van 420 sec bij een stroomsnelheid van 10 pl / min.
- Plaats vereiste oplossing flacons in reagens rek 2 en zorg ervoor dat de standpunten met de inhoud lijst passen. Opslaan en start immobilisatie.
Opmerking: Het uitvoeren van de immobilisatie wizard deze manier leidt tot anti-GST immobilisatie niveaus in het bereik van ~ 14.000 tot 17.000 RU. - Bewerk de immobilisatie wizard om alleen te injecteren GST ligand (20 ug / ml) oplossing voor 420 sec bij 5 pl / min meer dan verwijzing Flow cel 1.
3. Monitoring On-chip Capture-cycloadditie van gefunctionaliseerde moleculen
- Monitoring on-chip capture-cycloadditiereactie in real-time (figuur 2).
- Plaats GST-TCO (20 ug / ml), Tz-BnNH 2 (10 uM) en regeneratie (10 mM glycine, pH = 2,0) oplossing in flesjes reagens rek 2. Selecteer de manUAL run methode, stelt het debiet tot 5 pl / min en stromen weg naar cel 2 Flow.
- Injecteren oplossing van GST-TCO voor 420 sec.
- Injecteer oplossing van Tz-BnNH 2 600 sec.
- Regenereren het oppervlak met twee 30 sec injecties van regeneratie oplossing.
- Monitoring on-chip montage van meerdere componenten structuren realtime (Figuur 3):
- Plaats GST-Tz (20 ug / ml), NP-TCO (100 ug Fe / ml), Tz-BnNH 2 (10 uM) en regeneratie (10 mM glycine, pH = 2,0) oplossing in flesjes reagens rek 2. Selecteer het instrument handmatig run methode, stelt het debiet tot 5 pl / min en de stroom weg naar cel 2 Flow.
- Injecteer een oplossing van GST-Tz voor 60 sec.
- Injecteer een oplossing van NP-TCO voor 60 sec.
- Injecteer een oplossing van Tz-BnNH 2 voor 60 sec.
- Regenereren het oppervlak met twee 30 sec injecties van regeneratie oplossing.
4. MMonitoring van immobilisatie Dichtheid en Bepaling van Cycloadditiereacties tarieven
- Karakterisering van kleine molecule cycloadditiereactie tarieven (figuur 4).
- Selecteer nieuwe methode en input algemene parameters. In het panel test stappen maak een nieuwe stap en noem deze Sample. Stel het doel en Connect basisinstellingen te proeven.
- In het panel Cycle Soorten Maak een nieuwe cyclus stap en voeg de volgende opdrachten, Capture, Sample, Regeneratie 1 en Regeneratie 2.
- Selecteer de opdracht Capture; ingang ligand naam (GST-TCO, 20 ug / ml), contacttijd 120 sec bij 5 pl / min en stel stroomweg naar: Second. Selecteer de Sample commando; ingang 180 sec contacttijd, 60 sec dissociatie tijd, 30 pl / min debiet en zet stroomweg naar: Beide. Selecteer de Regeneration 1 commando; ingang regeneratieoplossing naam (10 mM glycine-HCl pH 2,0), contacttijd van 30 seconden bij 30 pl / min en stel stroomweg naar: Second. Herhaal hetzelfde voor Regeneratie 2 commando.
- Selecteer Setup Uitvoeren en stel stroomweg aan: 2-1. Kies volgende en vul monster lijst met analytoplossing (Tz-BnNH 2) en concentratie series (0.3-10 uM, 1:02 verdunning). Selecteer naast rack positie paneel. Plaats oplossing flacons in reagens rek 2 en verdunningsreeks in 96-well plaat en zorg ervoor dat de standpunten met de inhoud lijst passen. Opslagmethode template en start bindingassay. Bindingsgegevens en kinetische analyse worden getoond in Figuur 4.
- Karakterisering van NP cycloadditiereactie tarieven (figuur 4).
- Open het opgeslagen methode sjabloon van boven en verander de volgende parameters. Selecteer het paneel Capture; verandering ligand naam aan GST-Tz, 20 ug / ml. Selecteer het voorbeeld paneel; verandering contacttijd tot 120 sec contacttijd en dissociatie tijd tot 120 sec.
- Selecteer de sample lijst; analyt veranderen in NP-TCO en concentratie series (7-224 nM, 1:02 verdunning). Plaats oplossing flacons in reagens rack2 en verdunning serie in 96-well plaat en zorg ervoor dat de standpunten met de inhoud lijst passen. Opslagmethode template en start bindingassay. Bindingsgegevens en kinetische analyse worden getoond in Figuur 4.
5. Het meten van de binding van FKBP12 aan geïmmobiliseerd AP1497
Omgekeerde oriëntatie binding studies met FKBP12 de analyt en samengestelde AP1497 als geïmmobiliseerde ligand (Figuur 5). De algemene methode voor deze test wordt als volgt met behulp van de methode builder tool opgezet:
- Selecteer nieuwe methode en input algemene parameters. In het panel test stappen maken en een naam Capture, Sample and Regeneration stappen. Selecteer het corresponderende Doel en aansluiten basisinstellingen.
- Selecteer panel Cycle Types en maak 3 cyclus stappen: Vastleggen, Sample and Regeneration.
- Plaats de opdracht Capture tweemaal onder Capture cyclus stap. Selecteer Capture 1 paneel en selecteer capture oplossing als variable Stel contacttijd 300 sec bij een stroomsnelheid van 5 pl / min en stel stroompad: Second. Selecteer het paneel Vastleggen 2 en selecteert capture oplossing variabele ingesteld contacttijd 250 sec bij een stroomsnelheid van 5 pl / min en stel stroompad: Second.
- Plaats de Sample commando onder de Sample cyclus stap. Selecteer het voorbeeld paneel; set contacttijd tot 60 sec, dissociatie tijd tot 200 sec bij een stroomsnelheid van 30 pl / min en stel stroomweg naar: Beide.
- Plaats de Regeneratie commando twee keer onder de Regeneratiecyclus stap. Selecteer de Regeneration 1 paneel; ingang regeneratieoplossing naam (10 mM glycine-HCl pH 2,0), contacttijd van 30 seconden bij 30 pl / min en stel stroomweg naar: Second. Herhaal hetzelfde voor het paneel Regeneration 2.
- Selecteer Setup Uitvoeren en stel stroomweg aan: 2-1. Kies volgende en input capture oplossing namen (GST-TCO en AP1497-Tz), monster naam (FKBP12), concentratie-serie (,020-5 ug / ml, 1:02 verdunning) en MW (13.000). Plaats oplossing flacons in reagent rack 2 en verdunningsreeks in 96-well plaat en zorg ervoor dat de standpunten met de inhoud lijst passen. Opslagmethode template en start bindingassay. Kinetische analyse gegevens worden getoond in figuur 5.
6. Het meten van de binding van FKBP12 tot AP1497 Gehecht aan geïmmobiliseerd NP
De algemene methode voor de nanodeeltjes immobilisatie, klein molecuul derivatisering en FKBP12 bindingstest wordt als volgt met behulp van de methode builder tool set-up:
- Open het opgeslagen methode sjabloon van boven en aan te passen. Plaats een extra Capture commando onder Capture cyclus stap. Selecteer de Capture 1 paneel; deselecteren capture oplossing als variabele en de naam capture oplossing 1 (GST-Tz). Stel contacttijd tot 60 sec bij een stroomsnelheid van 5 pl / min en stel stroompad Second. Selecteer de Capture 2 paneel; deselecteren capture oplossing als variabele en de naam capture oplossing 2 (NP-TCO). Stel contacttijd tot 90 sec bij een stroomsnelheid van 5 pl / min eningesteld stroomweg naar tweede. Selecteer de Capture 3 paneel; deselecteren capture oplossing als variabele en de naam capture oplossing 3 (AP1497-Tz). Stel contacttijd 180 sec bij een stroomsnelheid van 5 pl / min en stel stroompad Second.
- Selecteer Setup Uitvoeren en stel stroomweg aan: 2-1. Kies volgende keer. Plaats oplossing flacons in reagens rek 2 en verdunningsreeks in 96-well plaat en zorg ervoor dat de standpunten met de inhoud lijst passen. Opslagmethode template en start bindingassay. Kinetische analyse gegevens worden getoond in figuur 5.