Name: how transcription activators turn genes on
Uploaded: 2020-11-23T11:47:37.000Z
Duration: 2 min 42 s
Channel: JoVE

Aktywatory transkrypcji to białka, które są odpowiedzialne za inicjację transkrypcji przez polimerazę RNA. Mają dwie podstawowe domeny - jedną, która wiąże się z DNA, a drugą, która aktywuje transkrypcję.
Domeny wiążące DNA zawierają jeden z kilku charakterystycznych motywów strukturalnych, w tym typowe motywy, takie jak helisa-skręt-helisa, palec cynkowy i leucynowe struktury zamka błyskawicznego. 
Domena helisa-skręt-helisa składa się z dwóch helis alfa połączonych ze sobą łańcuchem aminokwasowym, który reprezentuje obrót. Jedna helisa jest odpowiedzialna za rozpoznawanie sekwencji DNA i pasuje do głównego rowka. Białka te wiążą się z DNA w postaci dimerów. 
Palec cynkowy zawiera helisę alfa i dwuniciowy arkusz beta utrzymywany razem przez atom. Helisa wiąże się z głównym rowkiem za pomocą dwóch histydyn w łańcuchu aminokwasowym. 
Zamek błyskawiczny z leucyny składa się z dwóch monomerów, które oddziałują ze sobą w kształcie litery Y, która wiąże się z DNA. Monomery składają się z leucyny w co siódmej pozycji na końcu C, która oddziałuje z leucyną na przeciwległym monomerze. N-koniec monomeru, który składa się z podstawowych motywów, wiąże się z DNA.
Druga istotna domena w aktywatorze, domena aktywująca transkrypcję, rekrutuje koaktywatory, niezbędne białka, które pośredniczą w wiązaniu aktywatorów z polimerazą RNA. Te koaktywatory promują transkrypcję poprzez kilka mechanizmów, takich jak modyfikacja histonów, która powoduje zwiększony dostęp maszynerii transkrypcyjnej do DNA. 
Aktywatory mogą również wysyłać sygnały za pośrednictwem swoich koaktywatorów, aby aktywować polimerazę RNA i zainicjować transkrypcję.
W niektórych przypadkach aktywatory są niezbędne do wydłużenia transkryptu. Niektóre polimerazy wstrzymują transkrypcję po kilku nukleotydach i potrzebują obecności aktywatora do wznowienia transkrypcji. 
Transkrypcja pojedynczego genu może być regulowana przez kilka różnych aktywatorów. Gdy więcej niż jeden aktywator jest zaangażowany w regulację transkrypcji, mogą działać synergistycznie, aby drastycznie zwiększyć szybkość transkrypcji w porównaniu z pojedynczymi aktywatorami.

<ol>
	<li>Ma, J. (2006). Aktywatory transkrypcji i mechanizmy aktywacji. W Ekspresja i regulacja genów (s. 147-158). Springer, Nowy Jork, Nowy Jork.</li>
	<li>Green, M. R. (2005). Aktywacja transkrypcji eukariotycznej: dokładnie na celu. Komórka molekularna, 18(4), 399-402.</li>
</ol>

aktywatory transkrypcji eukariotycznej

Eukaryotic Transcription Activators

Aktywatory transkrypcji to białka, które rozpoczynają transkrypcję genów z DNA na RNA. W większości przypadków białka te zawierają dwie oddzielne domeny – domenę wiążącą się z DNA i domenę aktywującą transkrypcję; jednakże w niektórych przypadkach pojedyncza domena jest odpowiedzialna zarówno za wiązanie, jak i aktywację transkrypcji, co widać w przypadku receptora glukokortykoidowego i MyoD. Domeny wiążące są zdolne do rozpoznawania i interakcji z sekwencjami regulatorowymi DNA. Domeny te są klasyfikowane do różnych rodzin i nazywane zgodnie z cechami strukturalnymi, które umożliwiają rozpoznawanie i wiązanie DNA. Niektóre typowe typy domen wiążących obejmują zamek leucynowy, palec cynkowy i motywy helisa-zwrot-helisa. Natomiast domeny odpowiedzialne za aktywację transkrypcji genów są zwykle krótkimi, prostymi sekwencjami i są mniej złożone niż domeny wiążące. Są one klasyfikowane według składu aminokwasów na kategorie, takie jak bogate w glutaminę, bogate w prolinę i bogate w alaninę. Aktywatory transkrypcji pomagają w rekrutacji różnych białek wymaganych do transkrypcji, takich jak ogólne czynniki transkrypcyjne, polimeraza RNA i koaktywatory. Wszystkie te białka razem są znane jako kompleks przedinicjacyjny i ich rekrutacja do odpowiedniego miejsca zależy od aktywatorów transkrypcji. Aktywatory te mogą wiązać się z miejscem blisko promotora genu lub kilka tysięcy par zasad dalej od genu, aby spełniać swoją funkcję. W przypadkach, gdy są one związane z miejscem oddalonym od genu, polegają na elastyczności DNA, które pozwala im się zagiąć i zbliżyć do promotora genu. Aktywatory transkrypcji są również wymagane do kontynuowania wydłużania transkryptu lub ponownego inicjowania transkrypcji w przypadkach, gdy proces zatrzymuje się w połowie. Wiadomo, że aktywatory transkrypcji działają synergistycznie. Transkrypcja osiągnięta w wyniku działania wielu aktywatorów jest wyższa niż ta, która wystąpiłaby jako suma poszczególnych czynników działających oddzielnie. Podobnie jak inne białka, aktywatory transkrypcji podlegają modyfikacjom potranskrypcyjnym. W wielu przypadkach modyfikacje te pomagają w pozytywnej regulacji transkrypcji. Na przykład acetylacja p53, aktywatora regulującego geny odpowiedzialne za supresję nowotworu, zwiększa jego zdolność do wiązania się z DNA.

Aktywatory transkrypcji eukariotycznej

Aktywatory transkrypcji to białka, które promują transkrypcję genów z DNA na RNA. W większości przypadków białka te zawierają dwie oddzielne domeny ...

Education

JoVE Core

Molecular Biology

Biologia molekularna

Unit 1

Jednostka 1

Gene Expression

Ekspresja genów

KEY TERMS AND CONCEPTS

Kluczowe terminy i pojęcia

how transcription activators turn genes on

Transcription activators are proteins that help turn genes on by promoting transcription from DNA to RNA. They often have two parts. One part binds to DNA, and the other part activates transcription. In some proteins, such as the glucocorticoid receptor and MyoD, one domain can do both jobs.

The DNA-binding part recognizes specific regulatory sequences on the DNA. These binding domains are grouped into families based on their structure. Common examples include the leucine zipper, zinc finger, and helix-turn-helix motifs. The activation part is usually shorter and simpler. It is often described by amino acid content, such as glutamine-rich, proline-rich, or alanine-rich sequences.

Transcription activators also help recruit the proteins needed to start transcription. These include general transcription factors, RNA polymerase, and co-activators. Together, these proteins form the pre-initiation complex. Activators can bind near a gene promoter or thousands of base pairs away. When they bind far away, DNA bending helps bring them close to the promoter.

These proteins can also help transcription continue if it pauses partway through or needs to start again. Many activators work synergistically, which means several together can produce more transcription than each one alone. Like other proteins, activators can be modified after they are made. For example, acetylation of p53 increases its ability to bind DNA and helps regulate genes involved in tumor suppression.

How Transcription Activators Turn Genes On

how-transcription-activators-turn-genes-on

cell specific gene expression

How Cells Switch Genes On and Off

Cells switch genes on and off to make different proteins for different jobs. In multicellular organisms, many cell types are built from the same DNA, but they do not use the same genes in the same way. This difference in gene expression helps explain why cells can look and act so differently. Liver cells are a clear example. They help detoxify blood, make bile to help digest fats, and produce proteins needed for metabolism. To do these jobs, liver cells must express a specific set of genes.

regulation of expression occurs at multiple steps

regulation-of-expression-occurs-at-multiple-steps

How Cells Control Gene Expression

Cells control gene expression at several points between DNA and protein. The most common control point is transcription. At this stage, proteins bind to short regulatory DNA sequences and can either increase or reduce transcription of the linked gene. After transcription, a precursor mRNA is made. This pre-mRNA contains exons, which code for protein, and introns, which do not. It must be processed before translation, and splicing removes the introns and joins the exons. Cells can also regulate...

cis-regulatory sequences

How Cis-Regulatory DNA Controls Transcription

Cis-regulatory sequences are short, non-coding DNA segments that control gene transcription. They sit on the same chromosome as the genes they regulate and act as binding sites for transcriptional regulators. In eukaryotes, these proteins help control gene expression patterns in different cell types. These DNA sequences can be close to a gene or thousands of bases away. When they are far from the gene in the DNA sequence, they are often brought close together in space because chromosomes are...

cooperative binding of transcription regulators

cooperative-binding-of-transcription-regulators

How Transcription Factors Bind DNA

Transcriptional regulators bind to cis-regulatory DNA sequences to control gene transcription. These DNA sequences are very short, usually fewer than ten nucleotide pairs long. Because they are so short, the same sequence can appear by chance in many places across the genome. Some regulators can also bind to groups of similar sequences. That raises the chance of random binding even more. To lower this risk, transcription regulators often form dimers, which are pairs of proteins that bind a DNA...

prokaryotic transcriptional activators and repressors

prokaryotic-transcriptional-activators-and-repressors

Operon Control by Activators and Repressors

Operon control in prokaryotes depends on activators and repressors. Prokaryotic genes are often arranged in groups, not one by one like in eukaryotes. Genes that help carry out the same biochemical process are placed together with their regulatory elements. This group is called an operon, and it is transcribed into a single polycistronic mRNA strand. Activators and repressors are DNA-binding proteins that control transcription in an operon. Activators bind near the promoter, which is the site...

operons

Operons in Bacterial Gene Control

Operons help bacteria control groups of genes at the same time. An operon is a set of genes that are regulated together and can be turned on or off as a unit. This shared control helps bacteria respond quickly to changes in their environment. In many operons, a promoter gives RNA polymerase a place to bind and start transcription. The operon also includes a regulatory region that helps control whether the genes are expressed. When conditions change, the cell can use this setup to manage gene...

the eukaryotic promoter region

Eukaryotic Promoter Motifs and Gene Control

The eukaryotic promoter region is a stretch of DNA located upstream of a gene. It includes an RNA polymerase binding site, a transcription start site, and several cis-regulatory sequences. These DNA signals help control when transcription begins. The promoter can be divided into proximal and distal regions. The proximal promoter lies close to the gene and includes cis-regulatory sequences and the core promoter. The core promoter is the RNA polymerase binding site, and it is usually found...

co-activators and co-repressors

Chromatin Control in Gene Transcription

Chromatin control plays a major role in gene transcription in eukaryotes. Gene expression is regulated by several proteins that work together at a gene regulatory site. Some of these proteins bind directly to specific DNA sequences, while co-regulators attach to those regulators but do not bind DNA on their own. Co-regulators can act as co-activators or co-repressors, depending on the complex they join. One co-regulator may even switch roles in different settings. For example, the...

eukaryotic transcription activators

Transcription activators are proteins that help turn genes on by promoting transcription from DNA to RNA. They often have two parts. One part binds to DNA, and the other part activates transcription. In some proteins, such as the glucocorticoid receptor and MyoD, one domain can do both jobs. The DNA-binding part recognizes specific regulatory sequences on the DNA. These binding domains are grouped into families based on their structure. Common examples include the leucine zipper, zinc finger,...

eukaryotic transcription inhibitors

How Eukaryotic Gene Repressors Work

Eukaryotic gene repressors help turn specific genes off when the cell needs to control growth, development, or other biochemical processes. These DNA-binding proteins regulate gene expression in eukaryotes. Their presence at the right time and place can be triggered by hormones and signals from other cells. Most transcription inhibitors have two main parts. One part binds DNA, and the other is a repressor domain, which helps shut down transcription. Repressor domains can connect with basal...

combinatorial gene control

Gene Expression by Transcription Factor Combinations

Gene expression can depend on combinations of transcription factors working together. In combinatorial gene control, several transcription factors act in a coordinated way to regulate a single gene. If one or more of these factors are missing, the level of gene expression or repression can change a lot. This kind of control helps explain how a relatively small number of transcription factors can regulate a very large number of genes. More than 30,000 genes are controlled by about 2,000 to...

induced pluripotent stem cells

Reprogramming Cells into Stem Cells

Induced pluripotent stem cells are created by reprogramming mature cells back into a stem-cell state. This process shows that specialized cells can be changed into cells with broader developmental potential. The topic is important in biology because it links cell identity, gene control, and stem cell research. These cells begin as ordinary body cells and are pushed to de-differentiate, or lose their specialized features. After reprogramming, they behave like pluripotent stem cells, which means...

master transcription regulators

MEF2C and Gene Control Cascades

MEF2C is a master transcription regulator that controls gene expression in coordinated cascades. These regulators are proteins that manage the activity of multiple genes that often work together to produce a complex outcome. When a master transcription regulator is activated, it can start a chain of transcriptional activation that supports that outcome. Master transcription regulators can act in two main ways. They may bind directly to the regulatory sequences of several genes involved in a...

epigenetic regulation

DNA Methylation and Histone Changes

Epigenetic regulation controls gene activity without changing the DNA sequence. It helps determine when genes are turned on or off in a cell. Two major epigenetic mechanisms are DNA methylation and histone modification. DNA methylation adds chemical groups to DNA, while histone changes affect how tightly DNA is packed around histone proteins. These changes can make genes easier or harder to use. In high school biology, epigenetic regulation is important for understanding how cells with the...

genomic imprinting and inheritance

Genomic Imprinting in Human Disease

Genomic imprinting affects how some inherited genes are turned on or off in human cells. Diploid organisms inherit chromosomes from both parents, and each gene usually has two alleles. In most cases, both alleles are expressed. If one allele is missing or mutated, the other can often compensate, but some genes do not work that way. In genomic imprinting, a gene or its regulatory sequence carries chemical tags, such as methyl groups, on the copy inherited from only one parent. These tags are...

key terms and concepts

Learn how transcription activators bind DNA, recruit the pre-initiation complex, and boost gene transcription with examples like p53, MyoD, and the glucocorticoid receptor.

How Transcription Activators Turn Genes On | JoVE K12

molecular biology

JoVE Core Molecular Biology showcases the molecular processes of the cell through clear and concise animated video lessons. Additionally, in scientist-in-action videos, these concepts' application is demonstrated through real experiments in modern laboratories.

How Transcription Activators Turn Genes On

Description

Transcript

Tags