Obwody neuronalne są zorganizowane w funkcjonalne mapy topograficzne. Aby zwizualizować złożoną architekturę obwodów, opracowaliśmy metodę pozwalającą na wiarygodne znakowanie globalnego wzorca wielu projekcji topograficznych. Móżdżek stanowi idealny model do badania uporządkowanego układu obwodów neuronalnych. Na przykład przedziałowa organizacja rdzeniowo-móżdżkowych włókien mszystych okazała się niezbędnym systemem do badania wzorców włókien mszystych. Niedawno wykazaliśmy, że aglutynina z zarodków pszenicy (WGA) sprzężona z Alexa 555 i 488 może być wykorzystana do śledzenia projekcji rdzeniowo-móżdżkowych włókien mszystych u myszy w rozwoju i u osobników dorosłych (Reeber et al. 2011). Zidentyfikowaliśmy trzy główne właściwości, które czynią znaczniki WGA-Alexa pożądanymi narzędziami do znakowania projekcji neuronalnych. Po pierwsze, fluorofory Alexa są intensywne, a ich jasność umożliwia obrazowanie całych preparatów bezpośrednio po śledzeniu. Po drugie, znaczniki WGA-Alexa znakują całą trajektorię rozwijających się i dorosłych projekcji neuronalnych. Po trzecie, znaczniki WGA-Alexa są szybko transportowane zarówno w kierunku wstecznym, jak i w przód. W niniejszej pracy szczegółowo opisujemy sposób przygotowania znaczników i innych niezbędnych narzędzi, sposób przeprowadzenia zabiegu chirurgicznego w celu śledzenia dróg rdzeniowo-móżdżkowych oraz optymalne metody obrazowania śledzonych projekcji w trzech wymiarach. Podsumowując, przedstawiamy protokół śledzenia krok po kroku, który będzie przydatny w rozszyfrowywaniu organizacji i łączności map funkcjonalnych nie tylko w móżdżku, ale także w korze mózgowej, pniu mózgu i rdzeniu kręgowym.