Przeprowadzono analizę ilościową dla metody Digital-Image-Analysis-Direct-Counting-Assay oraz Parasite-Rescue-Transformation-Assay w odstępach 24, 48, 72 i 96 hr po zastosowaniu leku
W metodzie bezpośredniego liczenia stopień zakażenia makrofagami zakażonymi L. donovani (komórki THP1) obliczano według następującego równania:

Liczba amastigotów (wyznaczona poprzez zliczenie jąder amastigotów)/100 przekształconych komórek THP1 (wyznaczona poprzez zliczenie jąder komórek THP1) (Rysunek 7) jest dokładniejszą miarą do analizy wpływu różnych związków wzorcowych lub testowych niż procent zainfekowanych komórek THP1, o którym wspomniano w niektórych wcześniejszych publikacjach, ponieważ liczba ta jest bezpośrednio powiązana z ogólnym efektem związków, przejawiającym się albo poprzez zmniejszenie liczby pasożytów w makrofagach, albo całkowite usunięcie pasożyta z komórek makrofagów. Stopień infekcji obliczono na podstawie cyfrowych obrazów zainfekowanych komórek THP1 traktowanych różnymi lekami wzorcowymi w różnych rozcieńczeniach przez różne odstępy czasu (Rysunek 10 oraz Tabela 1). Odczytem dla testu Digital-Image-Analysis-Direct-Counting-Assay była liczba infekcji amastigotami/100 przekształconych komórek THP1, natomiast odczytem dla testu Parasite-Rescue-Transformation-Assay były względne jednostki fluorescencji (RFU), które są wprost proporcjonalne do liczby żywych amastigotów Leishmania odzyskanych z zainfekowanych makrofagów i przekształconych w promastigoty. Test alamarBlue jest rutynowo stosowany do przesiewania leków przeciwleiszmanialnych wobec promastigotów Leishmania.
Test został początkowo znormalizowany i zoptymalizowany pod kątem kontrolowanej lizy komórek THP1 zainfekowanych Leishmania. Celem była optymalizacja warunków obróbki detergentem, aby uzyskać niemal całkowitą lizę komórek THP1 przy minimalnym wpływie na żywotność odzyskanych amastigot. Rycina 1 przedstawia mikroskopowy widok pełnego protokołu testu. Nienaruszone komórki THP1 zainfekowane amastigotami Leishmania widoczne są na Rycini 1A. Rycina 1B pokazuje lizę komórek THP1 po obróbce detergentem. Rycina 1C przedstawia odzyskane amastigoty Leishmania, które zostały częściowo przekształcone w promastigoty, a Rycina 1D pokazuje niemal całkowitą transformację amastigot w promastigoty i ich późniejszą proliferację. Wzrost tych przekształconych promastigot można monitorować ilościowo poprzez dodanie alamarBlue i pomiar fluorescencji za pomocą czytnika mikropłytek. Obróbka NP-40 (Rycina 2A) oraz Triton X-100 (Rycina 2B) doprowadziła do lizy zainfekowanych komórek THP1, jednak wpłynęła również na żywotność i transformację odzyskanych amastigot. Obróbka Tween 20 (Rycina 2C) oraz Tween 80 (Rycina 2D) nie spowodowała optymalnej lizy komórek THP1, co skutkowało niepełnym odzyskaniem amastigot, na co wskazywała niska liczba przekształconych promastigot. Obróbka 0,05% SDS przez 30 s (Rycina 2E) przyniosła niemal całkowitą lizę komórek THP1 zainfekowanych Leishmania i nie wpłynęła na żywotność oraz transformację odzyskanych amastigot. Dalsza optymalizacja wykazała, że obróbka komórek 0,05% SDS przez 20-30 s pozwoliła na najwyższy odzysk żywych amastigot Leishmania (Rycina 2F). W kolejnych eksperymentach stosowano obróbkę 0,05% SDS przez 30 s. Procedura obróbki SDS jest taka sama dla pojedynczych lub wielu płytek. W przypadku wielu płytek obróbka SDS była przeprowadzana kolumna po kolumnie za pomocą pipety wielokanałowej. Pożywkę bez surowicy usuwano ze wszystkich 8 studzienek jednej kolumny płytki, następnie do 8 studzienek tej samej kolumny dodawano 20 μl 0,05% SDS i po 30 s rozcieczano za pomocą RPMI-1640 z 10% FBS. Podczas wstępnej normalizacji testu płytki sprawdzano pod mikroskopem w celu wykrycia nieinternalizowanych promastigot. Aby usunąć pasożyty przed krokiem 5 (obróbka zainfekowanych komórek makrofagów związkami standardowymi), konieczne było co najmniej pięć płukań, a przed krokiem 7 (obróbka SDS) konieczne były trzy płukania. W ten sposób komórki płukano 8 razy i przed kontrolną lizą zainfekowanych komórek THP1 nie pozostały żadne widoczne nieinternalizowane promastigoty.
Cyfrowa analiza obrazu i bezpośrednie liczenie
Obrazy cyfrowe komórek THP1 zainfekowanych Leishmania zostały zarejestrowane za pomocą mikroskopu fluorescencyjnego Nikon Eclipse 90i po barwieniu SYBR Green I. Zarówno jądra makrofagów, jak i wewnątrzkomórkowe jądra Leishmania z charakterystycznym DNA kinetoplastu były widoczne pod filtrami fluorescencyjnymi (Rysunek 3). Ponadto obrazy zainfekowanych komórek THP1 zarejestrowano również w trybie DIC. Po nałożeniu obu obrazów zarysy komórek THP1 z wewnątrzkomórkowymi amastigotami stały się bardziej wyraźne (Rysunek 4). Do analizy tych obrazów wykorzystano oprogramowanie ImageJ. ImageJ to program do przetwarzania obrazów oparty na języku Java, będący w domenie publicznej, opracowany w National Institutes of Health (http://rsb.info.nih.gov/ij/download.html). ImageJ został zaprojektowany z otwartą architekturą, która zapewnia rozszerzalność poprzez wtyczki Java i nagrywalne makra. Niestandardowe wtyczki do akwizycji, analizy i przetwarzania mogą być tworzone przy użyciu wbudowanego edytora ImageJ i kompilatora Java. W celu przeprowadzenia różnicowego liczenia jąder komórek THP1 i jąder pasożytów w programie ImageJ, otwarto obraz w ImageJ. Narzędzie Cell counter znaleziono w opcji Analyze w wtyczkach oprogramowania. Obraz został zainicjowany, a następnie wybrano typ licznika 1 dla jąder komórek THP1 oraz typ licznika 2 dla jąder pasożytów (Rysunek 3). Liczenie różnicowe przeprowadzono dla co najmniej 200 jąder komórek THP1 oraz znajdujących się w nich wewnątrzkomórkowych amastigot. Porównano metodę testu ratowania pasożytów (parasite-rescue assay) oraz metodę analizy obrazu w celu oceny zakaźności komórek THP1 przy różnych stosunkach makrofagów do promastigot (Rysunek 4). Rysunek 5 przedstawia różnice w zakaźności komórek THP1 przy różnych stosunkach makrofagów do promastigot. Obie metody wykazały porównywalne wyniki, a stosunek makrofagów do promastigot 1:10 zapewnił optymalną i powtarzalną zakaźność.
Po zoptymalizowaniu warunków testu ratowania/transformacji pasożytów oraz cyfrowej analizy obrazu, oceniono użyteczność tych metod w przesiewaniu leków przeciwleiszmanialnych. Komórki THP1 zainfekowane Leishmania poddano działaniu różnych stężeń standardowych leków przeciwleiszmanialnych, a mianowicie amfoterycyny B, pentamidyny i miltefosyny, przez różne przedziały czasowe od 24 do 96 hr. Eksperyment w ramach testu ratowania/transformacji pasożytów przeprowadzono w trzech powtórzeniach, natomiast eksperyment z wykorzystaniem metody bezpośredniego liczenia komórek przeprowadzono w dwóch powtórzeniach. Rycina 6 przedstawia obrazy mikroskopowe niezinfekowanych komórek kontrolnych, zinfekowanych komórek kontrolnych nieleczonych oraz zainfekowanych Leishmania i leczonych komórek THP1. Krzywe zależności efektu od dawki przygotowano na podstawie testu ratowania i transformacji pasożytów (stężenie leku względem przekształconych pasożytów) oraz testu analizy obrazu (liczba amastygotów/100 komórek THP1) (Ryciny 7-9). Wartości IC50 leków obliczono za pomocą programu ExcelFit i przedstawiono w Tabeli 1. Metoda analizy cyfrowego obrazu z bezpośrednim liczeniem oraz test ratowania/transformacji pasożytów wykazały porównywalne wyniki. Analiza cyfrowego obrazu z bezpośrednim liczeniem była mniej optymalna w wczesnych punktach czasowych leczenia lekami (24 i 48 hr), podczas gdy test ratowania/transformacji pasożytów wykazał wyniki bardziej spójne z wartościami raportowanymi we wszystkich punktach czasowych w okresie od 24 do 96 hr po zastosowaniu leków. Ta różnica w wynikach między analizą cyfrowego obrazu z bezpośrednim liczeniem a testem ratowania/transformacji pasożytów może wynikać z obecności nieżywotnych amastygotów podczas wczesnych etapów leczenia lekiem w przypadku analizy cyfrowego obrazu z bezpośrednim liczeniem.

Rycina 1. Mikroskopowy obraz odzyskiwania amastigot Leishmania donovani i ich transformacji w promastigoty. A - Adherentne komórki THP1 zainfekowane amastigotami Leishmania; B - Adherentne, zainfekowane komórki THP1 po kontrolowanej lizie C - Transformowane promastigoty Leishmania donovani powstałe z amastigot odzyskanych z zainfekowanych makrofagów THP1 D - Wzrost i proliferacja transformowanych promastigot Leishmania donovani.

Rycina 2. Optymalizacja kontrolowanej lizy zakażonych komórek THP1 w celu maksymalnego odzyskania żywych amastigot Leishmania donovani i ich transformacji w promastigoty. Analiza lizy komórek THP1 i odzyskiwania amastigot z zakażonych Leishmania komórek THP1 przy użyciu różnych detergentów. Przetestowano dwa stężenia detergentu (0,05% i 0,1%) oraz dwa okresy czasu ekspozycji (30 s i 60 s). RFU = względne jednostki fluorescencji. Każdy słupek reprezentuje średnią z pomiarów powtórzonych. [A] Obróbka NP-40 spowodowała lizę komórek THP1, a także wpłynęła na żywotność odzyskanych pasożytów w stadium amastigoty. [B] Obróbka Triton X-100 spowodowała lizę komórek THP1, a także wpłynęła na żywotność odzyskanych pasożytów w stadium amastigoty [C] Tween 80 spowodował częściową lizę komórek THP1 w celu odzyskania amastigot.[D] Tween 80 spowodował częściową lizę komórek THP1 w celu odzyskania amastigot. [E] Obróbka SDS spowodowała niemal całkowitą lizę komórek THP1 i nie wpłynęła na żywotność odzyskanych amastigot przy 0,05%/30 s. [F] Obróbka 0,05% SDS przez 20-30 s spowodowała niemal całkowitą lizę komórek THP1 i pozwoliła na odzyskanie żywotnych amastigot pasożyta do ich transformacji w promastigoty. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą rycinię.

Rysunek 3. Cyfrowy obraz fluorescencyjny zróżnicowanej komórki THP1 zainfekowanej in vitro amastygotami Leishmania donovani. Charakterystyczne kDNA jest widoczne przy każdym jądrze pasożyta. Jądro makrofaga (mN) (1) oraz jądra pasożytów (pN) (2) mogą być różnicowo znakowane i przeliczane za pomocą oprogramowania analitycznego ImageJ w celu ilościowej oceny infekcji. Kwantyfikację określono jako liczbę amastygot/100 komórek THP1.

Rycina 4. Porównanie analizy obrazu cyfrowego z bezpośrednim liczeniem (dolny panel) oraz testu transformacji z odzyskiwaniem pasożytów (górny panel). Stosunek makrofagów do promastigot wynoszący 1:10 zapewnił optymalną infekcję. Obie metody wykazały porównywalne wyniki. Test odzyskiwania pasożytów wykazał pewne wartości tła. Każdy słupek przedstawia średnią z wartości powtórzonych.

Rycina 5. Komórki THP1 zainfekowane promastigotami Leishmania przy różnych stosunkach THP1:promastigota. Wyniki ilościowe w postaci liczby amastigot/100 komórek THP1 przedstawiono na Rycini 4.

Rycina 6. Obrazy cyfrowe (fluorescencyjne + DIC) komórek THP1 zainfekowanych amastigotami Leishmania donovani po leczeniu standardowymi lekami przeciwleiszmanialnymi przez różne okresy czasu. Wyniki ilościowo określono jako liczbę amastigot/100 komórek THP1 i wykorzystano do obliczenia procentowego wzrostu w porównaniu z kontrolami nieleczonymi oraz do wyznaczenia wartości IC50.

Rysunek 7. Porównanie testu bezpośredniego liczenia za pomocą cyfrowej analizy obrazu (Digital-Image-Analysis-Direct-Counting-Assay) i testu transformacji ratunkowej pasożytów (Parasite-Rescue-Transformation-Assay) w przesiewaniu leków przeciwleiszmanialnych (amfoterycyna B). Zainfekowane makrofagi traktowano różnymi stężeniami standardowego leku przeciwleiszmanialnego przez różne okresy czasu. Wartości IC50 (μg/ml) obliczono z krzywej odpowiedzi na dawkę za pomocą programu Excelfit. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększony rysunek.

Rycina 8. Porównanie testu bezpośredniego liczenia z analizą obrazu cyfrowego oraz testu transformacji ratującej pasożyty w badaniach przesiewowych leków przeciwleiszmaniowych (pentamidyna). Zainfekowane makrofagi traktowano różnymi stężeniami standardowego leku przeciwleiszmaniowego przez różne okresy czasu. Wartości IC50 (μg/ml) obliczono z krzywych zależności odpowiedzi od dawki za pomocą programu Excelfit. Kliknij tutaj, aby wyświetlić większą rycinę.

Rycina 9. Porównanie testu bezpośredniego zliczania za pomocą cyfrowej analizy obrazu (Digital-Image-Analysis-Direct-Counting-Assay) oraz testu transformacji z ratowaniem pasożytów (Parasite-Rescue-Transformation-Assay) w przesiewaniu leków przeciwleiszmanialnych (miltefozyna). Zainfekowane makrofagi poddano działaniu różnych stężeń standardowego leku przeciwleiszmanialnego przez różne okresy czasu. Wartości IC50 (μg/ml) obliczono z krzywych zależności efektu od dawki za pomocą programu Excelfit. Kliknij tutaj, aby wyświetlić powiększoną rycinę.
| Testowany lek | 24 hra | 48 hra | 72 hra | 96 hra |
| IACAb | PRTAc | IACAb | PRTAc | IACAb | PRTAc | IACAb | PRTAc |
| Amphotericin B | 0.24± 0.03 | 0.17± 0.01* | 0.12± 0.04 | 0.20± 0.07 | 0.06± 0.01 | 0.06± 0.01 | 0.11± 0.03 | 0.10± 0.03 |
| Pentamidine | >10 | 2.55± 1.16* | 2.88± 0.58 | 1.43± 0.91 | 1.24± 0.35 | 1.52± 0.16 | 0.71± 0.63 | 0.98± 0.33 |
| Miltefosine | 0.38± 0.02 | 0.19± 0.08* | 0.24± 0.06 | 0.30± 0.08 | 0.36±0.02 | 0.16± 0.06 | 0.21± 0.15 | 0.17± 0.10 |
Tabela 1. Porównanie testu analizy obrazu cyfrowego i bezpośredniego liczenia (Digital-Image-Analysis-Direct-Counting-Assay) oraz testu transformacji z odzyskiem pasożytów (Parasite-Rescue-Transformation-Assay) w przesiewaniu leków przeciwleiszmaniowych. Zainfekowane makrofagi traktowano różnymi stężeniami standardowego leku przeciwleiszmaniowego przez różne okresy czasu. Wartości IC50 (μg/ml) obliczono z krzywych zależności dawka-odpowiedź za pomocą programu Excelfit (Ryciny 7-9). aGodziny po podaniu leku; bIACA = Image Analysis and Direct Counting Assay; cPRTA = Parasite-Rescue and Transformation Assay. Podane wartości to IC50 (stężenie leku powodujące 50% zahamowanie wzrostu pasożytów) w μg/ml, przedstawione jako średnia ± S.D. z co najmniej trzech eksperymentów. * Istotność statystyczna (<0.05) w porównaniu z wartościami IC50 uzyskanymi w IACA.