W głównej korze wzrokowej ssaków innych niż gryzonie, neurony są grupowane zgodnie z ich preferencjami dla cech bodźców, takich jak orientacja1-4, kierunek5-7, dominacja oka8,9 i różnica obuoczna9. Selektywność orientacji jest najczęściej badaną cechą, a ciągła mapa z quasi-okresowym układem preferowanej orientacji jest obecna w całej pierwszorzędowej korze wzrokowej10,11. Zintegrowanie wkładów synaptycznych, komórkowych i sieciowych, które prowadzą do selektywnych odpowiedzi na bodźce w tych mapach funkcjonalnych, wymaga hybrydyzacji technik obrazowania, które obejmują skale przestrzenne od submikronów do milimetrów. Dzięki konwencjonalnemu obrazowaniu optycznemu sygnału wewnętrznego można określić ogólny układ map funkcjonalnych na całej powierzchni kory wzrokowej12. Opracowanie mikroskopii dwufotonowej in vivo z wykorzystaniem barwników wrażliwych na wapń umożliwia określenie danych synaptycznych docierających do poszczególnych kolców dendrytycznych13 lub jednoczesne rejestrowanie aktywności z setek pojedynczych ciał komórek nerwowych6,14. W związku z tym połączenie obrazowania sygnału wewnętrznego z submikronową rozdzielczością przestrzenną mikroskopii dwufotonowej daje możliwość dokładnego określenia, które segmenty i komórki dendrytyczne przyczyniają się do mikrodomeny dowolnej mapy funkcjonalnej w korze nowej. Tutaj demonstrujemy wysokowydajną metodę szybkiego uzyskiwania mapy orientacji kory mózgowej i celowania w określoną mikrodomenę w tej funkcjonalnej mapie do znakowania neuronów barwnikami fluorescencyjnymi u ssaków innych niż gryzonie. Za pomocą tego samego mikroskopu, który jest używany do obrazowania dwufotonowego, najpierw generujemy mapę orientacji za pomocą obrazowania optycznego sygnału wewnętrznego. Następnie pokazujemy, jak celować w mikrodomenę zainteresowania za pomocą mikropipety wypełnionej barwnikiem, aby oznaczyć populację ciał komórek nerwowych lub oznaczyć pojedynczy neuron tak, aby dendryty, kolce i aksony były widoczne in vivo. Nasze udoskonalenia w stosunku do poprzednich metod ułatwiają badanie relacji struktura-funkcja neuronów z rozdzielczością subkomórkową w ramach funkcjonalnych architektur kory nowej.