Aby zrozumieć dynamikę sieci mikroukładów w neokorze, niezbędne jest jednoczesne rejestrowanie aktywności dużej liczby neuronów. Obrazowanie wapnia metodą dwufotonową in-vivo jest jedyną metodą pozwalającą na rejestrację aktywności gęstej populacji neuronowej z rozdzielczością pojedynczych komórek. Metoda ta polega na implantacji czaszkowego okna obrazującego, wstrzyknięciu fluorescencyjnego barwnika wskaźnikowego wapnia, który może zostać pobrany przez dużą liczbę neuronów, a następnie zarejestrowaniu aktywności neuronów za pomocą obrazowania wapnia w odstępach czasu przy użyciu mikroskopu dwufotonowego in-vivo. Współiniekcja barwników specyficznych dla astrocytów pozwala na odróżnienie neuronów od astrocytów. Technikę tę można przeprowadzić u myszy wykazujących ekspresję cząsteczek fluorescencyjnych w specyficznych subpopulacjach neuronów, aby lepiej zrozumieć interakcje sieciowe różnych grup komórek.