Hi-C: Metoda badania trójwymiarowej architektury genomów.

416.1K wyświetleń

Cytowano 517 razy

22:27 min.

6 maja 2010

10.3791/1869-v

6 maja 2010

416.1K wyświetleń

Nynke L. van Berkum^*¹ , Erez Lieberman-Aiden^*²^,³^,⁴^,⁵ , Louise Williams^*² , Maxim Imakaev⁶ , Andreas Gnirke² , Leonid A. Mirny³^,⁶ , Job Dekker¹ , Eric S. Lander²^,⁷^,⁸

¹Program in Gene Function and Expression, Department of Biochemistry and Molecular Pharmacology, University of Massachusetts Medical School, ²Broad Institute of Harvard and Massachusetts Institute of Technology, ³Division of Health Sciences and Technology, Massachusetts Institute of Technology, ⁴Program for Evolutionary Dynamics, Department of Organismic and Evolutionary Biology, Department of Mathematics, Harvard University , ⁵Department of Applied Mathematics, Harvard University , ⁶Department of Physics, Massachusetts Institute of Technology, ⁷Department of Systems Biology, Harvard Medical School, ⁸Department of Biology, Massachusetts Institute of Technology

^* These authors contributed equally

Metoda Hi-C umożliwia bezstronną, genomową identyfikację oddziaływań chromatyny (1). Hi-C łączy ligację bliskościową z sekwencjonowaniem masowo równoległym. Wynikowe dane mogą być wykorzystane do badania architektury genomowej w wielu skalach: wstępne wyniki pozwoliły zidentyfikować takie cechy jak terytoria chromosomowe, segregacja chromatyny otwartej i zamkniętej oraz struktura chromatyny w skali megabazy.