As ressecções intestinais são frequentemente necessárias para o tratamento de doenças que envolvem o trato gastrointestinal, sendo a doença de Crohn e o câncer de cólon dois exemplos comuns. Apesar da frequência desses procedimentos, permanece uma lacuna significativa de conhecimento na descrição dos efeitos inerentes da ressecção intestinal na fisiologia do hospedeiro e na fisiopatologia da doença. Este artigo fornece instruções detalhadas para uma ressecção ileocólica com anastomose primária término-terminal em camundongos, bem como aspectos essenciais dos cuidados perioperatórios para maximizar o sucesso pós-operatório. Quando seguido de perto, esse procedimento produz uma taxa de sobrevida de 95% a longo prazo, sem falha no crescimento e minimiza as complicações pós-operatórias de obstrução intestinal e vazamento anastomótico. Os desafios técnicos de realizar o procedimento em camundongos são uma barreira para seu uso generalizado em pesquisas. As habilidades descritas neste artigo podem ser adquiridas sem experiência cirúrgica prévia. Uma vez dominado, o procedimento de ressecção ileocólica murina fornecerá uma ferramenta reprodutível para estudar os efeitos da ressecção intestinal em modelos de doenças humanas.