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Research Article
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Erratum Notice
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Retraction Notice
The article Assisted Selection of Biomarkers by Linear Discriminant Analysis Effect Size (LEfSe) in Microbiome Data (10.3791/61715) has been retracted by the journal upon the authors' request due to a conflict regarding the data and methodology. View Retraction Notice
Este protocolo visa demonstrar como combinar em vitro matrizes de microeletrodos com dispositivos microfluídicos para estudar a transmissão do potencial de ação em culturas neuronal. Análise de dados, ou seja, a detecção e caracterização de potenciais de ação, de propagação é realizada utilizando um novo avançado, ainda amigável e livremente disponível, ferramenta computacional.
Matrizes de microeletrodos (MEAs) são amplamente utilizados para estudar a função neuronal em vitro. Estes dispositivos permitem simultânea gravação/estimulação não-invasiva da atividade eletrofisiológica por longos períodos. No entanto, a propriedade de sensoriamento de sinais de todas as fontes em torno de cada microeletrodos pode tornar-se desfavorável ao tentar compreender a comunicação e propagação em circuitos neuronais do sinal. Em uma rede neuronal, vários neurônios podem ser ativados simultaneamente e podem gerar potenciais de ação sobrepostas, dificultando a discriminar e controlar a propagação do sinal. Considerando esta limitação, nós estabelecemos uma configuração em vitro focada na avaliação eletrofisiológica comunicação, que é capaz de isolar e amplificar sinais axonal com alta resolução espacial e temporal. Por interfaceando dispositivos microfluídicos e MEAs, somos capazes de compartimentalizar culturas neuronal com um alinhamento bem controlado dos axônios e microeletrodos. Esta configuração permite gravações de propagação de pico com uma alta relação sinal-ruído ao longo de várias semanas. Combinado com algoritmos de análise de dados especializados, fornece quantificação detalhada de vários comunicação relacionados propriedades tais como a velocidade de propagação de falha de condução, taxa de queima, picos anterógrada e mecanismos de codificação.
Este protocolo demonstra como criar uma configuração de cultura neuronal compartimentada sobre MEAs integrada ao substrato, como cultura neurônios nesta configuração e como com êxito, gravar, analisar e interpretar os resultados de tais experiências. Aqui, nós mostramos como a configuração estabelecida simplifica a compreensão da comunicação neuronal e propagação de sinal axonal. Essas plataformas pavimentar o caminho para novos modelos em vitro com topografias de rede neuronal engenharia e controlável. Eles podem ser usados no contexto das culturas neuronais homogêneas, ou com configurações de cultura co onde, por exemplo, a comunicação entre os neurônios sensoriais e outros tipos de células é monitorizada e avaliada. Esta configuração fornece condições muito interessantes para estudar, por exemplo, neurodesenvolvimento, circuitos neuronais, informações de codificação, abordagens neurodegeneração e Epilepsias.
Compreender a comunicação elétrica em circuitos neuronais é um passo fundamental para revelar a função normal e elaborar estratégias terapêuticas para tratar a disfunção. Os neurônios integram, computar e potenciais de ação (APs), que se propagam ao longo de seus axônios finos de relé. Técnicas eletrofisiológicas tradicionais (por exemplo, braçadeira do remendo) são técnicas poderosas para estudar a atividade neuronal, mas muitas vezes são limitadas para as maiores estruturas celulares, tais como o soma ou os dendritos. Técnicas de imagem para oferecer uma alternativa para estudar sinais axonal com alta resolução espacial, mas eles são tecnicamente difíceis de executar e não permita que a longo prazo as medidas1. Neste contexto, a combinação de matrizes de microeletrodos (ama) e microfluídica pode dar um contributo poderoso em divulgar as propriedades fundamentais de transmissão de atividade e do sinal de neuron´s dentro de redes neuronais em vitro2 , 3.
Tecnologia MEA baseia-se em gravações extracelulares de culturas neuronal. As principais vantagens desta metodologia eletrofisiológicos são sua capacidade de oferecer suporte a estimulação simultânea, a longo prazo e gravação em vários locais e em uma maneira não-invasiva de3. MEAs são feitos de biocompatíveis, altos microeletrodos condutivos e resistentes à corrosão incorporados em uma carcaça de vidro da bolacha. Eles são compatíveis com celulares convencionais cultura bio-revestimentos de, promovendo a adesão célula significativamente aumentam a resistência da selagem entre o substrato e as células3,4. Além disso, eles são versáteis no design e podem variar em tamanho de microeletrodos, geometria e densidade. MEAs trabalham global, como vasos de cultura de células convencional com a vantagem de permitir simultâneas de imagem ao vivo e eletrofisiológica gravações/estimulação.
O uso da tecnologia MEA tem contribuído para o estudo das características importantes de redes neurais,5. No entanto, existem características inerentes que limitam o desempenho de MEAs para estudar comunicação e propagação de APs em um circuito neuronal. MEAs permitem gravações de simples células e estruturas subcelulares mesmo como axônios, mas quando comparado aos sinais somal, sinais axonal têm uma muito baixa relação sinal-ruído (SNR)6. Além disso, a característica de sensoriamento potenciais de campo extracelular de todas as fontes em torno de cada microeletrodos dificulta o rastreamento da propagação de sinal em um circuito neuronal.
Estudos recentes têm demonstrado, no entanto, que melhores condições de gravação podem ser conseguidas tendo os microeletrodos alinhados dentro de microcanais estreito no qual podem crescer axônios. Essa configuração fornece um aumento significativo do SNR tal que axonal sinais de propagação pode ser facilmente detectado7,8,9,10,11,12, 13. A estratégia de aliar microfluidic dispositivos com tecnologia MEA cria um isolado eletricamente microambiente adequado para amplificar sinais axonal11. Além disso, a presença de múltiplos microeletrodos sensoriamento ao longo de um disco é fundamental para detecção e caracterização de propagação do sinal axonal.
Tais plataformas em vitro com topografias altamente controlável rede neuronal podem ser adaptadas para muitas perguntas de pesquisa14. Essas plataformas são apropriadas para ser utilizados no contexto das culturas neuronais, mas podem ser expandidas para engenheiro configurações de cultura co, onde a comunicação entre os neurônios e outros tipos de células pode ser monitorizada e avaliada. Assim, esta configuração fornece condições muito interessantes para explorar uma série de estudos neurais relacionados como neurodesenvolvimento, circuitos neuronais, informações de codificação, neurodegeneração e Epilepsias. Além disso, sua combinação com modelos emergentes de de15,de células-tronco pluripotentes induzidas humana16 pode abrir novos caminhos no desenvolvimento de terapias potenciais para doenças humanas que afetam o sistema nervoso.
Nosso laboratório está usando esta plataforma combinando microeletrodos com microfluídica (µEF) para compreender processos neuronais ao nível celular e rede e sua implicação na physio - e patológico sistema nervoso. Dado o valor de tal plataforma no campo da neurociência, o propósito do presente protocolo é demonstrar como criar uma cultura neuronal compartimentada sobre MEAs integrada ao substrato, como os neurônios de cultura nesta plataforma e como gravar com êxito, analisar e interpretar os resultados de tais experiências. Este protocolo certamente irá enriquecer a caixa de ferramentas experimental para culturas neuronal no estudo da comunicação neural.
Todos os procedimentos que envolvam animais foram realizados de acordo com a União Europeia (UE) Directiva 2010/63/UE (transposta para a legislação portuguesa pelo Decreto-Lei 113/2013). O protocolo experimental (0421/000/000/2017) foi aprovado pelo Comitê de ética de ambos oficial autoridade portuguesa no bem-estar dos animal e a experimentação (Direção-Geral de Alimentação e Veterinária - DGAV) e da instituição de acolhimento.
1. preparação de meios de cultura e outras soluções
Nota: Recentemente prepare as soluções de revestimento no dia de seu uso. As soluções de revestimento não utilizados e meios de cultura podem ser armazenados a-20 ° C ou 4 ° C, conforme detalhado abaixo.
2. microfluídicos e preparação de dispositivos MEA
Nota: Execute etapas 2.1-2.11 no dia antes da semeadura de célula.
3. pré-frontal córtex dissecação
4. cortical neurônios dissociação e cultura em µEF
Nota: Os procedimentos a seguir foram realizados dentro de uma capa de fluxo laminar, após 15 min de um ciclo de esterilização UV. Trabalho área de superfície, bem como todos os materiais colocados dentro do capô deve ser previamente desinfectado com etanol a 70%.
5. gravação espontânea atividade Neuronal
Nota: Culturas de neurônios corticais embrionárias para mimcomo normalmente apresentam atividade espontânea, assim como 7 dias in vitro (DIV), mas dê estável de 2-3 semanas (14-21 DIV) para amadurecer e exibem atividade. Cabe o experimentador para decidir quando começar as medições eletrofisiológicas baseadas os objectivos do estudo. Neste protocolo, a gravação da atividade neuronal de µEF é demonstrada por meio de um sistema de gravação comercial (ver Tabela de materiais para obter detalhes de hardware), com um módulo de aquecimento incorporado. Para a realização de gravações, usamos um software livremente disponível (ver Tabela de materiais para detalhes do software).
6. análise de dados
Nota: As etapas a seguir mostram como usar o software µSpikeHunter, uma ferramenta computacional desenvolvida no laboratório de Aguiar (disponível mediante pedido de e-mail para pauloaguiar@ineb.up.pt), para analisar os dados registrados com µEF. Uma interface gráfica do usuário (Figura 2) é usado para carregar os dados, identificar a propagação de ondas de pico, determinar sua direção (anterógrada ou retrógrada) e estimar a velocidade de propagação. µSpikeHunter é compatível com arquivos HDF5 gerados a partir de gravações obtidas usando sistemas de família MEA2100, que podem ser usados em conjunto com 60 - 120- e 256-eletrodo MEAs. As gravações obtidas usando o experimentador de canal múltiplos podem ser facilmente convertidas para arquivos HDF5 usando software livremente disponíveis (ver Tabela de materiais).
Usando o protocolo descrito aqui, rato de E-18 de neurônios cortical semeado na µEF é capaz de desenvolver e manter-se saudável nestas condições de cultura para mais de um mês. Logo que 3 a 5 dias na cultura, os neurônios corticais crescem seus axônios através de microgrooves em direção ao compartimento axonal de µEF (Figura 1). Após 15 dias em cultura, esperam-se que apresentam níveis estáveis de atividade corticais neurônios cultivados na µEF e propagação dos potenciais de ação ao longo do microgrooves é esperada. Culturas mais velhas (> 14 DIV) tendem a ser dominado por atividade como no convencional MEA gravações18,19a rebentar.
Gravações e análise de dados
Análise de dados brutos com µSpikeHunter (Figura 2) permitiu a detecção e extração de propagação de ondas de pico ao longo de conjuntos de 4 microeletrodos (dentro microgrooves). A Figura 3 mostra um desses eventos. µSpikeHunter permitido para a estimativa das velocidades de propagação, baseado no Cruz-correlações entre as formas de onda de tensão de pares selecionados de microeletrodos (fornecendo um tempo de atraso) e a distância de eletrodo inter conhecida associada.
Os dados extraídos mais foi analisados usando código personalizado projetado em MATLAB. Uma parcela representativa raster da propagação spike ondas ao longo de 11 (dos 16) microgrooves é mostrado na figura 4a. A taxa de disparo instantâneo para um alto - e um disco de baixa atividade é mostrada na figura 4b.
Gravações de µEF exibem diferentes níveis de actividade por microeletrodos. Frequentemente, vários microeletrodos no compartimento somal são "silenciosos". No entanto, a maioria dos microeletrodos dentro microgrooves tendem a ser ativo (Figura 5a). É bem descrito que o microgrooves funcionam como amplificadores de sinal8. A amplitude do sinal gravado depende não só do tamanho das correntes de fonte, mas também a resistividade da mídia circundante. A resistência ao longo de um disco é particularmente elevada, que aumenta a amplitude dos sinais medidos em comparação com as dos microeletrodos no compartimento somal (Figura 5b).

Figura 1 . Neurônios corticais de rato embrionárias cultivados na µEF. (a) foto de µEF. Barra de escala: 1 cm. (b) representante imagem de neurônios corticais, cultivadas no µEF por 5 dias, mostrando vários axônios atravessando o microgrooves e atingindo o compartimento axonal (setas). Barra de escala: 100 µm. clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 2 . Tela de captura da interface gráfica do usuário principal µSpikeHunter. O usuário pode carregar os dados registrados com µEF, identificar a propagação de ondas de pico, determinar sua direção (anterógrada ou retrógrada) e estimar a velocidade de propagação. Uma ferramenta de kymograph permite que o usuário manualmente estimar a velocidade de propagação, com base em uma linha que o kymograph. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 3 . Onda de pico anterógrada propagação detetada por 4 microeletrodos (E8-E11) dentro de um disco. Cada traço representa um microeléctrodo cru gravação para o MS. 3 após análise com µSpikeHunter, a correlação cruzada entre os microeletrodos mais distantes (E8 e E11) permitiu o cálculo de uma velocidade de propagação de 0,52 m/s. por favor, clique aqui Ver uma versão maior desta figura.

Figura 4 . Barragem de informações através da microgrooves. (a) representante raster plot de 2 minutos de atividade espontânea gravado ao longo de 11 microgrooves. Cada ponto representa uma onda de pico propagação (unidade) detetada por 4 microeletrodos e identificados através da análise com µSpikeHunter. Um alto - e um disco de baixa atividade são destacadas em amarelo e vermelho, respectivamente. (b) evolução da taxa de queima instantânea (como codificação de taxa) para os dois microgrooves destaque ao longo de 10 minutos. Únicas unidades de propagação foram consideradas para o cálculo da taxa de disparo. Nota a sincronização de atividade, apesar dos diferentes níveis de taxa a disparar. A taxa de disparo instantâneo foi calculada convolving os eventos de pico com um kernel Gaussian com um desvio padrão de 100 ms. clique aqui para ver uma versão maior desta figura.

Figura 5 . Qualidade das gravações extracelulares em µEF. (a) janela de tempo (1 segundo) de uma gravação de µEF (neurônios corticais rato em 15 dias em vitro) com uma taxa de amostragem de 20 kHz e um filtro passa-alta em 300 Hz. linhas de eletrodo correspondem a somal compartimento e linhas 8-11 para o microgrooves 1-7. (b) (picos detectados usando um método de limiar, com fase negativa apenas, fixado em 6 x desvio-padrão) caixa e whisker plot de toda a gama de amplitudes pico extraído as linhas especificadas (tempo total de gravação de 10 minutos). Amplitudes dos espinhos são significativamente maiores nos microeletrodos dentro microgrooves (linhas 8-11; 16 microgrooves), quando comparado com os microeletrodos do compartimento somal (linhas 1-7; 16 microeletrodos ativos). One-Way ANOVA, Dunn é testes de comparação múltipla, * * *p < 0,0001. Clique aqui para ver uma versão maior desta figura.
Os autores não têm nada para divulgar.
Este protocolo visa demonstrar como combinar em vitro matrizes de microeletrodos com dispositivos microfluídicos para estudar a transmissão do potencial de ação em culturas neuronal. Análise de dados, ou seja, a detecção e caracterização de potenciais de ação, de propagação é realizada utilizando um novo avançado, ainda amigável e livremente disponível, ferramenta computacional.
Este trabalho foi financiado pelo FEDER - Fundo Europeu de Desenvolvimento Regional fundos até 2020 o COMPETE - Programa Operacional para a competitividade e internacionalização (POCI), Portugal 2020 e pelos portugueses de fundos através da FCT - Fundação para uma Ciência e uma Tecnologia / Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior no âmbito do projecto PTDC/CTM-NAN/3146/2014 (POCI-01-0145-FEDER-016623). José C Mateus foi apoiado pela FCT (PD/BD/135491/2018). Paulo Aguiar foi apoiada pelo Programa Ciência - Programa Operacional Potencial Humano (POPH) - promoção do emprego científico, FSE e MCTES e programa Investigador FCT, POPH e Fundo Social Europeu. Os dispositivos microfluídicos foram fabricados no INESC - microsistemas e nanotecnologias, Portugal, sob a supervisão de João Pedro Conde e Virginia Chu.
| B-27 Suplement (50X) | Thermo Fisher Scientific | LTI17504-044 | |
| Poli(etileno imina) ramificado (PEI), 25 kDa | Sigma-Aldrich | 408727 | Purificar PEI ramificado por diálise usando uma membrana de corte de 2,5 kDa por 3 dias a 4° C contra uma solução de HCl 5 mM (renovada diariamente). Liofilize o PEI purificado. |
| Filtro de células (40 µ m) | Falcon | 352340 | |
| Microtubos cônicos (1,5 ml) | VWR | 211-0015 | |
| Fralda descartável, 60x40 cm | Bastos Viegas SA | 455-019 | |
| Fórceps Dumont #5, reto | Ferramentas de Belas Ciências | 91150-20 | |
| Fórceps Dumont #5/45 | Ferramentas de Ciências Finas | 11251-35 | |
| Fórceps Dumont #7, curvo | Ferramentas de Ciências Finas | 91197-00 | |
| Soro Fetal Bovino Inativado por Calor Premium | Biowest | S181BH-500ML | |
| Laminina de Engelbreth-Holm-Swarm | Sigma-Aldrich | L2020-1MG | Prepare a solução estoque de laminina a 1 mg / mL dissolvendo o pó no respectivo volume de meio não suplementado. Armazene a solução de laminina a -20 > C em alíquotas pequenas (20 µ L) para evitar ciclos repetidos de congelamento/descongelamento. |
| L-Glutamina 200mM | Thermo Fisher Scientific | LTID25030-024 | |
| Neubauer câmara de contagem melhorada (hemocitômetro) | Marienfeld | 630010 | |
| Meio Neurobasal (1X) | Thermo Fisher Scientific | 21103-049 | Meio basal usado para culturas neuronais |
| Dispositivos microfluídicos PDMS | não aplicável | não aplicável Composto | por dois compartimentos de semeadura celular interligados por 20 microranhuras com 450 μ m comprimento e tempos; 10 μ m altura e tempos; 14 μ m de largura e separadas por 86 µ m (espaço total de 100 μ m). |
| Solução de penicilina-estreptomicina (P/S) (100X) | Unidade de filtro de seringaPES Biowest | L0022-100 | |
| (Ø 30 mm), 0.22 µ m | Tubos cônicosde polipropileno Frilabo | 1730012 | |
| , 15 ml | Thermo Fisher Scientific | 07-200-886 | |
| Tubos cônicos de polipropileno, 50 ml | Thermo Fisher Scientific | 05-539-13 | |
| Pipetas sorológicas de poliestireno disposabel, 10 ml | Thermo Fisher Scientific | 1367811D | |
| Pipetas sorológicas de disposabel de poliestireno, 5 ml | Thermo Fisher Scientific | 1367811D | |
| Membrana de celulose regenerada padrão (2 kDa) | Laboratórios Spectrum | 132107 | |
| Tesoura cirúrgica padrão | Ferramentas de Belas Ciências | 91401-14 | |
| MEAs planares integrados ao substrato (256 microeletrodos) | Sistemas multicanais | 256MEA100/30iR-ITO | 252 eletrodos de registro de nitreto de titânio (TiN) e 4 eletrodos de referência internos organizados em uma grade quadrada de 16 por 16. Cada eletrodo de gravação é de 30 µ m de diâmetro e espaçado por 100 µm. |
| Seringa com ponta luer-lock, 10 ml | Seringa Terumo Europe | 5100-X00V0 | |
| com trava luer, 50 ml | Terumo Europe | 8300006682 | |
| Terg-A-Zyme | Sigma-Aldrich | Z273287 | Detergente em pó enzyme-active usado para a limpeza de MEAs |
| Placas de cultura de tecidos, 35 mm | StemCell Technologies | 27150 | |
| Placas de cultura de tecidos, 90 mm | Frilabo | 900095 | |
| Solução de Azul de Tripano (0,4%) | Sigma-Aldrich | T8154 | |
| Tripsina (1:250) | Thermo Fisher Scientific | 27250018 | |
| Fita de Vinil 471 | 3M | B40071909 |