Artigo de investigação
Aqui, é apresentado um protocolo microbiológico retrospectivo para analisar amostras do trato respiratório inferior em pacientes da unidade de terapia intensiva, incluindo processamento de culturas, identificação da EM com MALDI-TOF e comparação das distribuições de patógenos bacterianos em pacientes negativos para COVID-19 antes e depois da pandemia de COVID-19.
Para comparar a distribuição de patógenos bacterianos isolados de amostras do trato respiratório inferior em pacientes da unidade de terapia intensiva negativa para COVID-19 antes e depois da pandemia de COVID-19, os resultados da cultura de pacientes internados em uma unidade de cuidados intensivos de doenças torácicas de hospital universitário foram analisados retrospectivamente. Pacientes sem suspeita clínica ou radiológica de COVID-19 e com resultados negativos de PCR foram incluídos e classificados como pré-COVID-19 ou pós-COVID-19 com base em março de 2020. Os exemplares foram cultivados em ágar sanguíneo de ovelha a 5%, ágar azul de metileno e ágar chocolate, e avaliados após incubação de 24 a 48 horas a 37 °C. Apenas microrganismos dominantes demonstrando crescimento pelo menos no setor de segunda estria foram considerados clinicamente significativos. Um total de 1.665 pacientes foi incluído, com crescimento microbiano detectado em 48,9% das amostras, a maioria originada do período pré-COVID-19. Acinetobacter baumannii foi o organismo mais frequentemente isolado em ambos os períodos. A análise de regressão logística mostrou taxas reduzidas de detecção de Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus (razão de chances ≈0,3) e Escherichia coli (razão de chances ≈0,4) no período pós-COVID-19. As taxas de mortalidade também foram menores no período pós-COVID-19, embora não tenha sido observada diferença significativa no tipo de corrimento. A diversidade geral de patógenos permaneceu semelhante entre os períodos; No entanto, foram observadas diminuições em detecções bacterianas selecionadas após o início da pandemia. Esses achados podem refletir mudanças nas práticas de controle de infecção durante o período pandêmico, embora a causalidade não possa ser estabelecida devido ao desenho retrospectivo do estudo e à ausência de medições diretas dos fatores contribuintes.
Infecções do trato respiratório inferior (LRTIs) abrangem condições inflamatórias das vias aéreas, incluindo bronquite, bronquiectase, bronquiolite, abscesso pulmonar, derrame pleural epneumonia 1. Essas infecções representam uma das principais causas de morbidade e mortalidade em pacientes hospitalizados e representam um risco significativo em ambientes de alta gravidade, como unidades de terapia intensiva (UTIs)2. As LRTIs representam aproximadamente 10%–25% das infecções hospitalares, com taxas de mortalidade relatadas variando de 22% a 71% entre pacientesda UTI 3,4. Podem surgir de patógenos bacterianos, virais ou fúngicos, com agentes bacterianos comuns incluindo Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae e Staphylococcusaureus 5. Bacilos gram-negativos como Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. e Enterobacter spp. são frequentemente associados a LRTIs hospitalares de início tardio, frequentemente ligados a hospitalizações prolongadas e aumento da colonizaçãoorofaríngea 6.
O manejo da pneumonia adquirida em hospitais tornou-se cada vez mais desafiador devido ao surgimento de patógenos multirresistentes. Os desfechos clínicos são influenciados não apenas por fatores relacionados ao paciente, mas também pelo organismo causador e seu perfil de suscetibilidadeantimicrobiana 7,8. Consequentemente, a vigilância da distribuição de patógenos em ambientes de UTI continua essencial para orientar a terapia empírica e melhorar os resultados dos pacientes9.
A pandemia da doença do coronavírus 2019 (COVID-19) alterou substancialmente os sistemas de saúde em todo o mundo, levando a mudanças significativas nas práticas de controle de infecções, nas estratégias de manejo dos pacientes e no uso deantimicrobianos 10–12. A maior implementação de medidas de prevenção de infecções e o uso generalizado de antimicrobianos de amplo espectro durante esse período podem ter influenciado a epidemiologia de patógenos respiratórios em ambientes de UTI.
Este estudo teve como objetivo identificar microrganismos responsáveis por infecções do trato respiratório inferior em pacientes de UTI negativos para COVID-19 e comparar a distribuição de patógenos antes e depois da pandemia de COVID-19, utilizando métodos microbiológicos padronizados.
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O protocolo de estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética da Faculdade de Medicina da Universidade de Harran (decisão nº HRU/23.12.23; 10 de julho de 2023). Devido ao desenho retroativo, o consentimento informado foi renunciado. Todos os procedimentos foram conduzidos de acordo com os padrões institucionais do laboratório. As ferramentas de pesquisa usadas neste protocolo estão listadas na Tabela de Materiais.
1. Desenho do estudo e seleção de pacientes
Os resultados da cultura do trato respiratório inferior de pacientes internados em uma UTI de doenças torácicas de hospital universitário entre março de 2017 e março de 2023 foram revisados retrospectivamente. Os pacientes foram incluídos se a COVID-19 não fosse suspeita clínica ou radiologicamente e os resultados do teste de reação em cadeia da polimerase SARS-CoV-2 (PCR) fossem negativos. Pacientes com menos de 18 anos e aqueles com resultados positivos em PCR foram excluídos.
Os pacientes foram categorizados em grupos pré-COVID-19 (antes de março de 2020) e pós-COVID-19 (março de 2020 e posteriores) com base na data do primeiro caso confirmado de COVID-19 na Turquia.
2. Coleta de espécimes
Amostras do trato respiratório inferior incluíram escarro, aspiração traqueal profunda (DTA) e lavagem broncoalveolar (BAL) coletadas sob condições assépticas, conforme práticas clínicas padrão de UTI.
Amostras de escarro e DTA foram obtidas de pacientes intubados e não intubados utilizando técnicas de sucção estéril. Amostras de BAL foram coletadas durante broncoscopia de fibra óptica usando instilação salina estéril seguida de aspiração.
3. Avaliação preliminar do espécime
Estípias de escarro e DTA foram inicialmente avaliadas por coloração de Gram. As amostras foram consideradas adequadas para cultivo se contivessem pelo menos 25 leucócitos polimorfonucleares e menos de 10 células epiteliais escamosas por campo de baixa potência com ampliação de 100x. Espécimes que não atenderam a esses critérios foram excluídos.
4. Processamento cultural
As amostras de escarro foram processadas usando um método de cultura qualitativa. As amostras foram inoculadas em ágar sanguíneo de ovelha a 5%, ágar azul de metilena e ágar chocolate, depois incubadas aeróbicamente a 37°C e avaliadas após 24 e 48 horas. Apenas microrganismos predominantes que demonstraram crescimento que se estende até pelo menos o segundo setor de estriação foram considerados clinicamente significativos.
As amostras DTA e BAL foram processadas usando métodos quantitativos de cultura. Aliquotas foram inoculadas no mesmo meio e incubadas sob condições idênticas. Limiares de crescimento de pelo menos 100.000 unidades formadoras de colônia (CFU) por mL para DTA e pelo menos 10.000 CFU por mL para amostras de BAL foram considerados significativos.
5. Identificação de microrganismos
Todos os isolados que atenderam a critérios pré-definidos foram identificados usando espectrometria de massas de tempo de voo por ionização por dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-TOF MS), de acordo com procedimentos laboratoriais padrão.
6. Registro e análise de dados
Características demográficas, tipos de amostras, resultados de cultura, microrganismos identificados e resultados de descarga foram registrados sistematicamente. As distribuições de microrganismos foram comparadas entre os períodos pré e pós-COVID-19.
7. Análise estatística
As análises estatísticas foram realizadas usando SPSS (versão 15.0) e o software Minitab. A normalidade das variáveis contínuas foi avaliada usando o teste de Shapiro-Wilk. Variáveis categóricas foram comparadas usando o teste qui-quadrado. Foi realizada uma análise de regressão logística para avaliar associações entre distribuição de microrganismos e mortalidade. Um valor p menor que 0,05 foi considerado estatisticamente significativo.
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A população do estudo variava de 18 a 103 anos, com idade média de 68,95 mais ou menos 15,00. As mulheres representaram 34,4% (n = 572) e os homens 65,6% (n = 1093) dos participantes. No geral, 42,3% (n = 704) dos pacientes tiveram alta, enquanto a mortalidade ocorreu em 57,7%. Crescimento microbiano foi detectado em 48,9% (n = 815) das culturas, enquanto nenhum crescimento foi observado em 51,1% (n = 850).
Os tipos de amostras incluíam escarro (45,6%, n = 759), DTA (41,9%, n = 698) e BAL (12,...
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Infecções que se desenvolvem em unidades de terapia intensiva estão associadas a alta morbidade e mortalidade, e a identificação de agentes microbiológicos causadores continua essencial para estratégias eficazes de prevenção etratamento 1,7. Este estudo avaliou patógenos do trato respiratório inferior isolados em uma UTI de doenças torácicas ao longo de um período de seis anos e comparou períodos pré e pós-COVID-19. De acordo com...
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Os autores declaram que não têm conflitos de interesse.
Os autores reconhecem o apoio institucional fornecido pela administração hospitalar durante o período do estudo.
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| Nome | Empresa | Número de catálogo | Comentários |
|---|---|---|---|
| Broncoalveolar lavage collection set | Não aplicável | Não aplicável | Usado para coleta de espécimes de Lavagem Broncoalveolar |
| Ágar Chocolate | RTA | Não aplicável | Meio de cultura para espécimes respiratórios |
| Cáteter de aspiração traqueal profunda | Não aplicável | Não aplicável | Usado para coleta de espécimes de Aspiração Traqueal Profunda |
| Ágar Eosina Azul de Metileno | RTA | Não aplicável | Meio seletivo para bactérias Gram-negativas |
| Reagentes para coloração de Gram | Não aplicável | Não aplicável | Usados para avaliação microscópica preliminar |
| Incubadora (37 ºC) | Não aplicável | Não aplicável | Usada para incubação de culturas |
| Sistema MALDI-TOF MS (VITEK MS) | bioMérieux | Não aplicável | Usado para identificação bacteriana |
| Solução de matriz para MALDI-TOF MS | bioMérieux | Não aplicável | Usado de acordo com as instruções do fabricante |
| Ágar sangue de cordeiro (5%) | RTA | Não aplicável | Meio de cultura primário |
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