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अधिक प्रोटीन की तुलना में आधे से इलेक्ट्रॉन माइक्रोस्कोप इमेजिंग और तीन आयामी पुनर्निर्माण दोनों के लिए चुनौती दे रहे हैं कि छोटे प्रोटीन (आणविक जन <200 केडीए) कर रहे हैं. अनुकूलित नकारात्मक धुंधला उच्च विपरीत और अपेक्षाकृत उच्च संकल्प (~ 1 एनएम) विभिन्न शारीरिक शर्तों के तहत छोटे असममित प्रोटीन या परिसरों की छवियों को प्राप्त करने के लिए एक मजबूत और उच्च throughput प्रोटोकॉल है.