Vi presenterer en protokoll for å studere fordelingen av mitokondrier og endoplasmatiske retikulum i hele celler etter genetisk modifisering ved hjelp av correlative lys og volum elektron mikroskopi inkludert ascorbate peroksidase 2 og pepperrot peroksidase farging, seriell snitting av celler med og uten mål genet i samme avsnitt, og seriell avbildning via elektron mikroskopi.