Preparação de ilhotas fetais de primatas não humanos congelados para sequenciamento combinado de RNA de núcleo único e sequenciamento ATAC e metabolômica em massa
November 8th, 2024
Este protocolo descreve procedimentos para isolar núcleos de alta qualidade de ilhotas pancreáticas de primatas não humanos congelados para uso em sequenciamento simultâneo de RNA de núcleo único e sequenciamento ATAC, preservando a fração citosólica em massa para análises metabolômicas das mesmas amostras.
Utilizamos um modelo de primata não humano altamente translacional para avaliar como a dieta materna e o consumo de medicamentos durante a gravidez influenciam o desenvolvimento embrionário e a função pós-natal das ilhotas pancreáticas na prole. Mudanças programadas no desenvolvimento podem alterar a suscetibilidade à doença mais tarde na vida. Um desafio ao trabalhar com amostras difíceis de adquirir, como as de primatas não humanos, é avaliar várias perguntas do mesmo indivíduo de forma eficiente.
Infelizmente, extrair simultaneamente informações do metaboloma e do genoma pode ser difícil devido à incompatibilidade dos reagentes de ensaio na degradação sensível ao tempo das moléculas a serem quantificadas. Nosso protocolo permite a extrapolação da abundância de metabólitos, acessibilidade da cromatina e expressão gênica diferencial do mesmo material de partida. Essa abordagem em várias camadas fornece informações sobre como o metabolismo pode alterar o genoma nas ilhotas pancreáticas.
Visão Geral
Este protocolo descreve métodos para isolar núcleos de alta qualidade de ilhotas pancreáticas de primatas não humanos congelados para sequenciamento de RNA simultâneo e sequenciamento ATAC. Também preserva a fração citosólica em massa para análises metabolômicas, permitindo uma compreensão abrangente das interações metabólicas e genômicas.
Componentes Principais do Estudo
Área da Ciência
- Neurociência
- Biologia
- Metabolômica
Fundo
- Modelos de primatas não humanos são cruciais para estudar mecanismos de doenças humanas.
- A dieta materna e a medicação podem influenciar o desenvolvimento das ilhotas pancreáticas da prole.
- A análise simultânea do metaboloma e do genoma é desafiadora devido à degradação da amostra.
- Este estudo aborda a necessidade de análises multicamadas eficientes a partir de amostras limitadas.
Propósito do Estudo
- Avaliar o impacto dos fatores maternos no desenvolvimento das ilhotas pancreáticas embrionárias.
- Explorar como as mudanças metabólicas podem influenciar a expressão genômica.
- Desenvolver um protocolo que permita uma análise abrangente a partir da mesma amostra.
Métodos Utilizados
- Isolamento de núcleos das ilhotas pancreáticas.
- Sequenciamento de RNA simultâneo e sequenciamento ATAC.
- Preservação de frações citosólicas para estudos metabolômicos.
- Análise multicamadas para avaliar a abundância de metabólitos e expressão gênica.
Principais Resultados
- Isolamento bem-sucedido de núcleos e frações citosólicas de alta qualidade.
- Insights sobre como a dieta materna afeta a função das ilhotas pancreáticas.
- Demonstração da viabilidade de análises genômicas e metabolômicas simultâneas.
- Revelação de potenciais ligações entre metabolismo e expressão gênica nas ilhotas.
Conclusões
- Este protocolo permite uma análise abrangente das ilhotas pancreáticas.
- Os resultados podem informar futuros estudos sobre suscetibilidade à doença.
- Destaca a importância das influências maternas na saúde da prole.
