Методическая статья

Количественный анализ клеточного липидома Сахаромиса Церевизии с использованием жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией

DOI:

10.3791/60616

⸱

8 марта 2020 г.

 ,  ,  , 
1Department of Biology, Concordia University, 2Department of Chemistry and Biochemistry, Centre for Biological Applications of Mass Spectrometry, Concordia University

В этой статье

Краткое содержание

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы представляем протокол с использованием жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией для выявления и количественной оценки основных клеточных липидов в Saccharomyces cerevisiae. Описанный метод количественной оценки основных классов липидов в дрожжевой клетке является универсальным, надежным и чувствительным.

Аннотация

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Липиды являются структурно разнообразными молекулами амфипатических, которые нерастворяются в воде. Липиды являются важными факторами, способствующими организации и функционированию биологических мембран, хранению и производству энергии, клеточной сигнализации, везикулярной транспортировке белков, биогенезу органеллы и регулируемой гибели клеток. Поскольку подающий надежды дрожжи Saccharomyces cerevisiae является одноклеточным эукариотом, поддающимся тщательному молекулярным анализам, его использование в качестве модельного организма помогло раскрыть механизмы, связывающие липидный метаболизм и внутриклеточный перенос со сложными биологическими процессами в эукариотических клетках. Наличие универсального аналитического метода для надежной, чувствительной и точной количественной оценки основных классов липидов в дрожжевой клетке имеет решающее значение для получения глубокого понимания этих механизмов. Здесь мы представляем протокол для использования жидкой хроматографии в сочетании с тандемной масс-спектрометрией (LC-MS/MS) для количественного анализа основных клеточных липидов S. cerevisiae. Описанный метод LC-MS/MS является универсальным и надежным. Это позволяет идентифицировать и количественно многих видов (в том числе различных изобарических или изомерических форм) в рамках каждого из 10 классов липидов. Этот метод является чувствительным и позволяет идентифицировать и количественно некоторых видов липидов в концентрациях до 0,2 моль/Л. Метод успешно применяется для оценки липидоменов цельных дрожжевых клеток и их очищенных органелл. Использование альтернативных мобильных фазовых добавок для масс-спектрометрии электроспрея в этом методе может повысить эффективность ионизации для некоторых видов липидов и поэтому может быть использовандля для улучшения их идентификации и количественной оценки.

Введение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Совокупность доказательств указывает на то, что липиды, один из основных классов биомолекул, играют важную роль во многих жизненно важных процессах в эукариотической клетке. Эти процессы включают в себя сборку липидных двухслойных, которые составляют плазменную мембрану и мембраны, окружающие клеточные органеллы, транспортировку небольших молекул через клеточные мембраны, реакцию на изменения в внеклеточной среде и внутриклеточной трансдукции сигналов, генерацию и хранение энергии, импорт и экспорт белков, ограниченных различными органеллами, везикулярный оборот белков в системе эндоммраленции и белковой секреции, а также несколько режимов клеточной секреции, а также несколько способов регулирования клеточной секреции клеток1 ,2,3,4,5,7,8,9,10.

Подающий надежды дрожжи S. cerevisiae, одноклеточный эукариотический организм, был успешно использован, чтобы раскрыть некоторые из механизмов, лежащих в основе основных ролей липидов в этих жизненно важных клеточных процессов4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15 ,16,17,18,19,20. S. cerevisiae является ценным моделью организма для раскрытия этих механизмов, поскольку он поддается всеобъемлющей биохимической, генетической, клеточной биологической, химической биологической, системной биологической и микрофлюидной анализы21,22,23,24,25. Дальнейший прогресс в понимании механизмов, с помощью которых липидный метаболизм и внутриклеточный транспорт способствуют этим жизненно важным клеточным процессам, требует чувствительных технологий масс-спектрометрии для количественной характеристики клеточного липидома, понимания молекулярной сложности липидома и интеграции количественной липидоми в многодисциплинарную платформу систем биологии1,2,3,26, 27,28,29,30.

Современные методы массовой спектрометрии при содействии количественной липидоми дрожжевых клеток и клеток других эукариотических организмов не являются достаточно универсальными, надежными или чувствительными. Кроме того, эти используемые в настоящее время методы не способны дифференцировать различные изобарические или изомерные липидные виды друг от друга. Здесь мы описываем универсальный, надежный и чувствительный метод, который позволяет использовать жидкую хроматографию в сочетании с тандемной масс-спектрометрией (LC-MS/MS) для количественного анализа основных клеточных липидов S. cerevisiae.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Протокол

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

1. Подготовка стерильных носителей для культивирования дрожжей

  1. Приготовьте 90 мл полной среды YP, которая содержит 1% (w/v) экстракт дрожжей и 2% (w/v) бактопептон.
  2. Приготовьте 90 мл синтетической минимальной среды YNB, содержащей 0,67% (w/v) дрожжевой азотной базы без аминокислот, 20 мг/л L-гистидин, 30 мг/л-лейцин, 30 мг/л -лизин, и 20 мг/л uracil.
  3. Разделите 90 мл полной среды YP в равной степени на две фляги Erlenmeyer 250 мл (т.е. 45 мл каждая).
  4. Разделите 90 мл синтетической минимальной среды YNB на две фляги Erlenmeyer 250 мл (т.е. 45 мл каждая).
  5. Автоклав колбы с YP и YNB средств массовой информации на 15 psi/121 КК в течение 45 минут до использования.

2. Дрожжи штамма

  1. Используйте дикий тип штамма BY4742 (MAT' his3 '1 leu2 '0 lys2 '0 ura3 '0).

3. Культивирование дрожжей в полной среде YP с глюкозой

  1. Автоклав 20% (w/v) стоковой раствор глюкозы при 15 пси/121 КС в течение 45 минут до использования.
  2. Добавьте 5 мл стерильных 20% (w/v) запасного раствора глюкозы к каждой из двух колб Erlenmeyer, содержащих стерильную среду YP для окончательной концентрации 2% глюкозы (w/v).
  3. Используйте микробиологическую петлю, чтобы привить клетки штамма дикого типа BY4742 в каждую из двух колб Эрленмейера, содержащих среду YP с глюкозой.
  4. Культура клетки на ночь при 30 градусах Цельсия с вращательной тряской при 200 об/мин.
  5. Возьмите аликвот дрожжевой культуры. Используйте гемоцитометр для определения общего количества дрожжевых клеток на мл культуры.

4. Передача дрожжей и культивирование их в синтетической минимальной среде YNB с глюкозой

  1. Добавьте 5 мл стерильных 20% (w/v) запасного раствора глюкозы к каждой из двух колб Erlenmeyer, содержащих стерильную среду YNB, до конечной концентрации 2% глюкозы (w/v).
  2. Используйте стерильную пипетку для передачи объема ночной дрожжевой культуры, которая содержит общее количество 5,0 х 107 клеток в каждую из двух колб Эрленмейера, содержащих среду YNB с глюкозой.
  3. Культура клетки, по крайней мере 24 ч (или более, если эксперимент требует) при 30 градусах Цельсия с вращательной тряской при 200 об/мин.

5. Подготовка реагентов, лабораторных изделий и оборудования для извлечения липидов

  1. Подготовка к следующему: 1) высокий сорт (Nogt;99.9%) хлороформ; 2) высокий сорт (Nogt;99.9%) метанол; 3) 28% (v/v) раствор гидроксида аммония в нано-чистой воде; 4) стеклянные бусы (кислотно-мытые, 425-600 мкм); 5) вихрь с соответствующим адаптером; 6) 15 мл высокоскоростных стеклянных центрифуговых трубок с политетрафторэтиленом, облицованными колпачками; 7) 17:1 и 2:1 смеси хлороформа и метанола; 8) смесь хлороформа/метанола (2:1) с гидроксидом аммония 0,1% (v/v); 9) Раствор ABC (155 мМ бикарбонат аммония, рН 8,0); 10) смесь внутренних стандартов липидов, подготовленных в смеси хлороформа и метанола 2:1, как указано в таблице 1; и 11) 2 мл стеклянных проб флаконов с политетрафтометиленом, облицованными колпачками для извлечения клеточных липидов.

6. Подготовка реагентов, лабораторных изделий и оборудования для LC

  1. Подготовка следующего: 1) ацетонитрил/2-пропанол/нано-чистая вода (65:35:5) смесь; 2) вихрь с соответствующим адаптером; 3) ультразвуковой звуковой ореол; 4) стеклянные флаконы с вставками для колодца; 5) СИСТЕМА LC, оснащенная бинарным насосом, дегазсером и автосэмпером; 6) обратная фаза C18 (2,1 мм; 75 мм; размер пор 130- з; диапазон рН 1-11) в сочетании с предварительной колонкой системы; 7) смесь A: ацетонитрил/вода (60:40); и 8) смесь B: изопропанол/ацетонитрил (90:10).

7. Липидная добыча из дрожжевых клеток

  1. Возьмите аликвот дрожжевой культуры. Используйте гемоцитометр или измерить OD600, чтобы определить общее количество дрожжевых клеток на мл культуры.
  2. Возьмите объем дрожжей культуры, которая содержит общее число 5,0 х 107 клеток (3,3 единицы OD600). Поместите этот объем культуры в прехладное 1,5 мл микроцентрифуговой трубки.
  3. Урожай клеток центрифугирования при 16000 х г в течение 1 мин при 4 градусах Цельсия. Отбросьте супернатант.
  4. Добавьте 1,5 мл ледяной наночистой воды и промойте клетки центрифугированием при 16 000 х г в течение 1 мин при 4 градусах Цельсия. Отбросьте супернатант.
  5. Добавьте 1,5 мл ледяного раствора ABC и промойте клетки центрифугированием при 16 000 х г в течение 1 мин при 4 градусах Цельсия. Отбросьте супернатант. Клеточные гранулы могут храниться при -80 градусов по Цельсию до извлечения липидов.
  6. Для начала извлечения липидов разморозите клеточные гранулы на льду.
  7. Приостанавливайте действие клеточной гранулы в 200 л ледяной наночистой воды. Перенесите подвеску клетки на высокопрочный стеклянный винт 15 мл верхней центрифуги с политетрафторэтиленом, выстроившейся крышкой. Добавьте в эту трубку следующее: 1) 25 л смеси внутренних липидных стандартов, подготовленных в смеси хлороформа/метанола (2:1); 2) 100 л из 425-600 мкм кислотно-промытых стеклянных бусин; и 3) 600 л хлороформ/метанол (17:1) смеси.
  8. Вихрь трубки на высокой скорости в течение 5 минут при комнатной температуре (RT), чтобы нарушить клетки.
  9. Вихрь трубки на низкой скорости в течение 1 ч на RT для облегчения извлечения липидов.
  10. Инкубировать образец в течение 15 минут на льду для содействия протеиновым осадкам и отделению водно-органических фаз друг от друга.
  11. Центрифуга трубки в клинической центрифуги на 3000 х г в течение 5 мин на RT. Этот этап центрифугации позволяет отделить верхнюю ваквистую фазу от нижней органической фазы, которая содержит все классы липидов.
  12. Используйте борозиликатстеклянную стеклянную пипетку для переноса нижней органической фазы (400 мл л) на еще 15 мл высокопрочного стеклянного винта верхней центрифуги с политетрафторэтиленовой облицовкой. Не нарушайте стеклянные бусы или верхнюю ваковую фазу во время такой передачи. Держите нижнюю органическую фазу под потоком азотного газа.
  13. Добавьте 300 л хлороформ-метанола (2:1) смеси к оставшейся верхней водной фазе, чтобы позволить извлечения сфинголипидов и PA, PS, PI и CL. Vortex трубку энергично в течение 5 мин на RT.
  14. Центрифуга трубки в клинической центрифуги на 3000 х г в течение 5 мин на RT.
  15. Используйте боризиликатный стеклянный пипетку для переноса нижней органической фазы (200 л), образуется после центрифугации, в органическую фазу, собранную на этапе 7.13.
  16. Используйте поток азотного газа для испарения растворителя в комбинированных органических фазах. Закройте трубки, содержащие липидную пленку под потоком азотного газа. Храните эти трубки при -80 градусах Цельсия.

8. Разделение извлеченных липидов по LC

  1. Добавьте смесь 500 кЛ ацетонитрила/2-пропанола/нано-чистой воды (65:35:5) в трубку, содержащую липидную пленку, полученную на шаг 7.16. Вихрь трубки 3x для 10 s на RT.
  2. Подвергните содержимое трубки ультразвуковой звуковой в течение 15 мин. Vortex трубки 3x для 10 s на RT.
  3. Возьмите 100 зл и пилус из трубки и добавьте его в стеклянный флакон со вставкой, используемой для скважины. Устраните пузырьки воздуха в вставке, прежде чем ходить его в скважину.
  4. Используйте систему LC для разделения различных видов липидов на обратной фазе C18 колонки CSH в сочетании с предварительной колонкой системы (см. Таблица материалов). Во время разделения поддерживайте столбец при 55 градусах Цельсия и при скорости потока 0,3 мл/мин. Держите образец в скважине на РТ.
  5. Используйте мобильные фазы, которые состоят из смеси А (ацетонитрил/вода (60:40 (v/v)) и смеси B (изопропанол/ацетонитрил (90:10 (v/v)). Для положительного способа обнаружения родительских ионов, созданных с использованием источника ионизации электроспрея (ESI), режима ESI( esI, мобильные фазы A и B содержат аммоний formate при конечной концентрации 10 мМ. Для отрицательного способа обнаружения родительских ионов, режим ESI (-), мобильные фазы A и B содержат ацетат аммония при конечной концентрации 10 мМ.
  6. Используйте образец объемом 10 л для инъекций в режим ESI (я) и ESI (-)
  7. Отделить различные виды липидов по LC, используя следующий градиент LC: 0-1 мин 10% (фаза B); 1-4 мин 60% (фаза B); 4-10 мин 68% (фаза B); 10-21 97% (фаза B); 21-24 мин 97% (фаза B); 24-33 мин 10% (фаза B).
  8. Запустите пробелы для извлечения в качестве первого образца, между каждыми четырьмя образцами и в качестве последнего образца. Вычесть фон для нормализации данных.
  9. Репрезентативная общая ионная хроматограмма из данных LC/MS липидов, извлеченных из клеток штамма дикого типа BY4742, показана на рисунке 1.

9. Массовый спектрометрический анализ липидов, разделенных LC

  1. Используйте масс-спектрометр, оснащенный источником ионизации heSI (подогрев электроспрея) для анализа липидов, которые были разделены LC. Используйте настройки, приведенные в таблице 2.
  2. Используйте анализатор преобразования Fourier для обнаружения родительских ионов (MS1) с разрешением 60 000 и в пределах диапазона массы 150-2000 Da.
  3. Используйте настройки, приведенные в таблице 3, для обнаружения вторичных ионов (MS2).

10. Идентификация и количественная оценка различных классов липидов и видов путем обработки необработанных данных от LC-MS/MS

  1. Ознакомьтесь с таблицей материалов для программного обеспечения для проведения идентификации и количественной оценки различных липидов из необработанных файлов LC-MS/MS. Это программное обеспечение использует самую большую базу данных липидов, содержащую более 1,5 миллиона липидных ионных прекурсоров (MS1) и их прогнозируемые ионы фрагментов (MS2). Программное обеспечение также использует MS1 пики для липидной количественной оценки и MS2 для идентификации липидов. Репрезентативная хроматограмма двух изомерических форм фосфатидилсерина (34:0), которые имеют одинаковое значение м/з, но разное время удержания, а также их спектры MS1 и MS2, показаны на рисунке 2, Рисунок 3и Рисунок 4, соответственно.
  2. Поиск LC-MS сырые файлы, содержащие полный сканирование данных MS1 и данные-зависимые данные MS2 бесплатно (неэстерифицированные) жирные кислоты (FFA), кардиолипин (CL), фитоцерамид (PHC), фитосфингозин (PHS), фосфатидилхолина (PC), фосфатидилатана минонов (PE), фосфатидилглицерол (PG), фосфатидидининозинозил (PI), фосфатидилсерин (PS) и триацилглицерол (TAG) липидные классы с использованием м / з толерантности 5 ppm для ионов прекурсоров и 10 ppm для ионов продукта. Другие параметры поиска отображаются в таблице 4. Следуйте инструкциям, приведенным в руководстве пользователя программного обеспечения. Личности внутренних липидных стандартов и видов липидов с необычным составом жирных кислот должны быть проверены вручную.
  3. Для выявления и количественной оценки различных классов липидов и видов с помощью свободно доступных альтернатив с открытым исходным кодом для программного обеспечения Lipid Search, используйте анализатор данных Lipid(http://genome.tugraz.at/lda2/lda_download.shtml),M'mine 2 (http://mzmine.github.io/),или программное обеспечение XCMS(https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/xcms.html)для обработки необработанных данных от LC-MS/MS.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Результаты

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Наш метод количественной оценки основных клеточных липидов в дрожжевой клетке с помощью LC-MS/MS был универсальным и надежным. Это позволило нам определить и количественно 10 различных классов липидов в S. cerevisiae клеток культивируется в синтетической минимальной среде YNB первоначально содержащие 2% глюкозы. Эти классы липидов включают свободные (неэстерифицированные) жирные кислоты (FFA), CL, фитоцерамид (PHC), фитосфингозин (PHS), PC, PE, PG, PI, PS, и TAG(Дополните...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Обсуждение

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Для успешной реализации протокола, описанного здесь, важны следующие меры предосторожности:

1. Хлороформ и метанол токсичны. Они эффективно извлекают различные вещества из поверхностей, в том числе лабораторную пластичную посуду и кожу. Поэтому, обрабатывать эти органические растворители с осторожностью, избегая использования пластмасс в шагах, которые включают контакт с хлороформом и / или метанолом, используя borosilicate стеклянные пипетки для этих шагов, и промыть эти пипетки с хлороформом...

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Раскрытие информации

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Авторы заявляют, что у них нет конкурирующих финансовых интересов.

Благодарности

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,

Мы благодарны нынешним и бывшим сотрудникам лаборатории Титоренко за дискуссии. Мы признательны Центру биологического применения массовой спектрометрии и Центру структурной и функциональной геномики (оба при Университете Конкордии) за выдающиеся услуги. Это исследование было поддержано грантами Совета по естественным наукам и инженерным исследованиям (NSERC) Канады (RGPIN 2014-04482) и Фонда кафедры Университета Конкордия (CC0113). К.М. была поддержана премией Университета Конкордии за заслуги.

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Материалы

Список материалов, использованных в этой статье
ИмяКомпанияКаталожный номерКомментарии
15 мл Высокоскоростные стеклянные центрифужные пробирки с крышками с тефлоновой футеровкойPYREX05-550
мл Стеклянные флаконы для образцов с крышками с тефлоновой футеровкойFisher Scientific60180A-SV9-1P
2-пропанолFisher ScientificA461-500
АцетонитрилFisher ScientificA9554
Agilent серии 1100 LC системаAgilent ТехнологииG1312A
Agilent1100 СкважинаAgilent TechnologiesG1367A
Ацетат аммонияFisher ScientificA11450
Бикарбонат аммонияSigma9830
Формиат аммонияFisher ScientificA11550
Гидроксид аммонияFisher ScientificA470-250
БактопептонFisher ScientificBP1420-2
кардиолипинAvanti Polar Lipids750332
Centra CL2 клиническая центрифугаThermo Scientific004260F
КерамидAvanti Polar Lipids860517
хлороформFisherScientific C297-4
CSH C18 VanGuardВоды186006944системе предварительной колонки
Свободные жирные кислоты (19:0)Matreya1028
Стеклянные шарики (промытые кислотой, 425-600 μ M)Sigma-AldrichG8772
ГлюкозаFisher ScientificD16-10
ГемацитометрFisher Scientific267110
L-гистидинSigmaH8125
Программное обеспечение для поиска липидов (V4.1)Программное обеспечение для анализа липидовFisherScientific V4.1LC-MS/
MSL-лейцинSigmaL8912
L-лизинSigmaL5501
МетанолFisher ScientificA4564
ФосфатидилхолинAvanti Полярные липиды850340
ФосфатидилэтаноламинAvanti Полярные липиды850704
фосфатидилглицеринAvanti Полярные липиды
ФосфатидилинозитолAvanti Полярные липидыLM1502
ФосфатидилсеринAvanti Полярные липиды840028
Колонка обратной фазы CSH C18Воды186006102
СфингозинAvanti Полярные липиды860669
Thermo Orbitrap Velos MSFisher ScientificETD-10600
ТрицилглицеринLarodan, MalmoTAG Mixed FA
Ультразвуковой ультразвуковой аппаратFisher Scientific15337416
UracilSigmaU0750
VortexFisher Scientific2215365
Экстракт дрожжейFisher ScientificBP1422-2
Дрожжевая азотная основа без аминокислотFisher ScientificDF0919-15-3
Штамм дрожжей BY4742DharmaconYSC1049
2 840446

Ссылки

$$\rightleftharpoonup{xx}$$ $$\longleftharp{xx}$$, $$\longrightharp{xx}$$,
  1. Bou Khalil, M., et al. Lipidomics era: accomplishments and challenges. Mass Spectrometry Review. 29 (6), 877-929 (2010).
  2. Shevchenko, A., Simons, K. Lipidomics: coming to grips with lipid diversity. Nature Reviews Molecular Cell Biology. 11 (8), 593-598 (2010).
  3. Brügger, B. Lipidomics: analysis of the lipid composition of cells and subcellular organelles by electrospray ionization mass spectrometry. Annual Review of Biochemistry. 83, 79-98 (2014).
  4. Zechner, R., et al. FAT SIGNALS - lipases and lipolysis in lipid metabolism and signaling. Cell Metabolism. 15 (3), 279-291 (2012).
  5. Eisenberg, T., Büttner, S. Lipids and cell death in yeast. FEMS Yeast Research. 14 (1), 179-197 (2014).
  6. Richard, V. R., et al. Mechanism of liponecrosis, a distinct mode of programmed cell death. Cell Cycle. 13 (23), 3707-3726 (2014).
  7. Arlia-Ciommo, A., Svistkova, V., Mohtashami, S., Titorenko, V. I. A novel approach to the discovery of anti-tumor pharmaceuticals: searching for activators of liponecrosis. Oncotarget. 7 (5), 5204-5225 (2016).
  8. Mårtensson, C. U., Doan, K. N., Becker, T. Effects of lipids on mitochondrial functions. Biochimica et Biophysica Acta. 1862 (1), 102-113 (2017).
  9. Basu Ball, W., Neff, J. K., Gohil, V. M. The role of non-bilayer phospholipids in mitochondrial structure and function. FEBS Letters. 592 (8), 1273-1290 (2018).
  10. Thakur, R., Naik, A., Panda, A., Raghu, P. Regulation of membrane turnover by phosphatidic acid: cellular functions and disease implications. Frontiers in Cell and Developmental Biology. 7, 83(2019).
  11. Goldberg, A. A., et al. A novel function of lipid droplets in regulating longevity. Biochemical Society Transactions. 37 (5), 1050-1055 (2009).
  12. Kohlwein, S. D. Obese and anorexic yeasts: experimental models to understand the metabolic syndrome and lipotoxicity. Biochimica et Biophysica Acta. 1801 (3), 222-229 (2010).
  13. Titorenko, V. I., Terlecky, S. R. Peroxisome metabolism and cellular aging. Traffic. 12 (3), 252-259 (2011).
  14. Henry, S. A., Kohlwein, S. D., Carman, G. M. Metabolism and regulation of glycerolipids in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Genetics. 190 (2), 317-349 (2012).
  15. Kohlwein, S. D., Veenhuis, M., vander Klei, I. J. Lipid droplets and peroxisomes: key players in cellular lipid homeostasis or a matter of fat--store 'em up or burn 'em down. Genetics. 193 (1), 1-50 (2013).
  16. Baile, M. G., Lu, Y. W., Claypool, S. M. The topology and regulation of cardiolipin biosynthesis and remodeling in yeast. Chemistry and Physics of Lipids. 179, 25-31 (2014).
  17. Dimmer, K. S., Rapaport, D. Mitochondrial contact sites as platforms for phospholipid exchange. Biochimica et Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids. 1862 (1), 69-80 (2017).
  18. Csordás, G., Weaver, D., Hajnóczky, G. Endoplasmic reticulum-mitochondrial contactology: structure and signaling functions. Trends in Cell Biology. 28 (7), 523-540 (2018).
  19. Mitrofanova, D., et al. Lipid metabolism and transport define longevity of the yeast Saccharomyces cerevisiae. Frontiers in Bioscience (Landmark Edition). 23, 1166-1194 (2018).
  20. Tamura, Y., Kawano, S., Endo, T. Organelle contact zones as sites for lipid transfer. Journal of Biochemistry. 165 (2), 115-123 (2019).
  21. Weissman, J., Guthrie, C., Fink, G. R. Guide to Yeast Genetics: Functional Genomics, Proteomics, and Other Systems Analyses. , Academic Press. Burlington. (2010).
  22. Botstein, D., Fink, G. R. Yeast: an experimental organism for 21st Century biology. Genetics. 189 (3), 695-704 (2011).
  23. Duina, A. A., Miller, M. E., Keeney, J. B. Budding yeast for budding geneticists: a primer on the Saccharomyces cerevisiae model system. Genetics. 197 (1), 33-48 (2014).
  24. Strynatka, K. A., Gurrola-Gal, M. C., Berman, J. N., McMaster, C. R. How surrogate and chemical genetics in model organisms can suggest therapies for human genetic diseases. Genetics. 208 (3), 833-851 (2018).
  25. Zimmermann, A., et al. Yeast as a tool to identify anti-aging compounds. FEMS Yeast Research. 18 (6), (2018).
  26. Ejsing, C. S., et al. Global analysis of the yeast lipidome by quantitative shotgun mass spectrometry. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 106 (7), 2136-2141 (2009).
  27. Guan, X. L., Riezman, I., Wenk, M. R., Riezman, H. Yeast lipid analysis and quantification by mass spectrometry. Methods in Enzymology. 470, 369-391 (2010).
  28. Guan, X. L., et al. Biochemical membrane lipidomics during Drosophila development. Developmental Cell. 24 (1), 98-111 (2013).
  29. Klose, C., Tarasov, K. Profiling of yeast lipids by shotgun lipidomics. Methods in Molecular Biology. 1361, 309-324 (2016).
  30. Wang, M., Wang, C., Han, R. H., Han, X. Novel advances in shotgun lipidomics for biology and medicine. Progress in Lipid Research. 61, 83-108 (2016).
  31. Sud, M., et al. LMSD: LIPID MAPS structure database. Nucleic Acids Research. 35 (Database issue), D527-D532 (2007).
  32. Pauling, J. K., et al. Proposal for a common nomenclature for fragment ions in mass spectra of lipids. PLoS One. 12 (11), e0188394(2017).

Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.

Перепечатки и разрешения

Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE

Запросить разрешение

Теги

C18

Похожие статьи