Исследовательская статья
Здесь представлен ретроспективный микробиологический протокол для анализа образцов нижних дыхательных путей у пациентов в отделениях интенсивной терапии, включая обработку культуры, идентификацию MALDI-TOF MS и сравнение распределения бактериальных патогенов у пациентов с отрицательным COVID-19 до и после пандемии COVID-19.
Для сравнения распределения бактериальных патогенов, выделенных из образцов нижних дыхательных путей у пациентов с отрицательным диагнозом COVID-19 в отделениях интенсивной терапии до и после пандемии COVID-19, были ретроспективно проанализированы результаты посева пациентов, поступивших в отделение интенсивной терапии заболеваний грудной клетки университетской больницы. Пациенты без клинических или радиологических подозрений на COVID-19 и с отрицательными результатами ПЦР были включены и классифицированы как до-COVID-19 или пост-COVID-19 на основе марта 2020 года. Образцы культивировались на 5% агаре овечьей крови, эозин-метиленового синего агара и шоколадном агаре, а после 24–48 часов инкубации при 37 °C. Только доминирующие микроорганизмы, демонстрирующие рост как минимум во втором секторе полос, считались клинически значимыми. Всего было включено 1 665 пациентов, при этом микробный рост был зафиксирован в 48,9% выборок, большинство из которых пришлось на период до COVID-19. Acinetobacter baumannii был самым часто изолируемым организмом в оба периода. Логистический регрессионный анализ показал снижение частот обнаружения Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus (коэффициент ≈0,3) и Escherichia coli (коэффициент ≈0,4) в пост-COVID-19 период. Уровень смертности также был ниже в пост-COVID-19 период, хотя значимой разницы в типе выписки не наблюдалось. Общее разнообразие патогенов оставалось неизменным в разные периоды; однако после начала пандемии наблюдалось снижение количества выявленных бактерий. Эти результаты могут отражать изменения в практике контроля инфекций в период пандемии, хотя причинно-следственность не может быть установлена из-за ретроспективного дизайна исследования и отсутствия прямых измерений факторов.
Инфекции нижних дыхательных путей (LRTI) включают воспалительные состояния дыхательных путей, включая бронхит, бронхоэктаз, бронхиолит, легочный абсцесс, плевральный выпот ипневмонию 1. Эти инфекции являются основной причиной заболеваемости и смертности у госпитализированных пациентов и представляют значительный риск в условиях высокой остроты, таких как отделения интенсивной терапии (ICU)2. LRTI составляют примерно 10–25% инфекций, приобретённых в больнице, при этом зарегистрированные показатели смертности варьируются от 22% до 71% среди пациентов отделенияинтенсивной терапии 3,4. Они могут возникать из-за бактериальных, вирусных или грибковых патогенов, с распространёнными бактериальными агентами, такими как Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Streptococcus pneumoniae и Staphylococcusaureus 5. Грамотрицательные бациллы, такие как Escherichia coli, K. pneumoniae, Serratia marcescens, P. aeruginosa, Acinetobacter spp. и Enterobacter spp., часто связаны с поздними госпитализационными ЛРТИ, часто связывающимися с длительной госпитализацией и увеличенной колонизацией ротоглотки6.
Лечение пневмонии, приобретённой в больницах, становится всё более сложным из-за появления мультилекарственно-устойчивых патогенов. Клинические результаты зависят не только от факторов, связанных с пациентом, но и от причинителя организма и его профиля антимикробнойчувствительности 7,8. Следовательно, мониторинг распределения патогенов в отделениях интенсивной терапии остаётся необходимым для проведения эмпирической терапии и улучшения исходовпациентов 9.
Пандемия коронавирусной болезни 2019 года (COVID-19) существенно изменила системы здравоохранения по всему миру, приведя к значительным изменениям в практиках контроля инфекций, стратегиях ведения пациентов и применении антимикробных препаратов10–12. Усиление мер профилактики инфекций и широкое применение широкоспектральных антимикробных препаратов в этот период могли повлиять на эпидемиологию респираторных патогенов в отделениях интенсивной терапии.
Целью данного исследования было выявление микроорганизмов, ответственных за инфекции нижних дыхательных путей у пациентов с отрицательной реанимацией с COVID-19, а также сравнение распределения патогенов до и после пандемии COVID-19 с использованием стандартизированных микробиологических методов.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Протокол исследования был утверждён Комитетом по этике медицинского факультета Университета Харран (решение No HRU/23.12.23; 10 июля 2023 года). Из-за ретроспективного дизайна информированное согласие было отменено. Все процедуры проводились в соответствии с институциональными лабораторными стандартами. Исследовательские инструменты, используемые в этом протоколе, перечислены в Таблице материалов.
1. Дизайн исследования и отбор пациентов
Результаты посева нижних дыхательных путей пациентов, поступивших в отделение интенсивной терапии по заболеваниям грудной клетки университетской больницы с марта 2017 по март 2023 года, были ретроспективно рассмотрены. Пациенты включались, если COVID-19 не подозревался клинически или радио, а результаты теста на SARS-CoV-2 полимеразной цепной реакции (ПЦР) были отрицательными. Пациенты младше 18 лет и те, у кого положительные результаты ПЦР, были исключены.
Пациенты были классифицированы на группы до COVID-19 (до марта 2020 года) и после COVID-19 (март 2020 года и позже) на основе даты первого подтверждённого случая COVID-19 в Турции.
2. Сбор образцов
Образцы нижних дыхательных путей включали мокроту, глубокую трахеальную аспирацию (DTA) и бронхоальвеолярную лаважу (BAL), собранные в асептических условиях согласно стандартной клинической практике реанимации.
Образцы мокроты и ДТА были получены у интубированных и неинтубированных пациентов с использованием стерильных методов всасывания. Образцы BAL были собраны во время фибероптической бронхоскопии с использованием стерильной инстилляции физиологического раствора с последующим аспирацией.
3. Предварительная оценка образца
Образцы мокроты и ДТА изначально оценивались с помощью окрашивания Gram. Образцы считались подходящими для культуры, если они содержали не менее 25 полиморфоядерных лейкоцитов и менее 10 плоских эпителиальных клеток на поле при низкомощном поле при увеличении в 100 раз. Образцы, не соответствующие этим критериям, были исключены.
4. Обработка культуры
Образцы мокроты были обработаны методом качественной культуры. Образцы были инкубированы на 5% агара из овечьей крови, эозин метиленово-голубой агара и шоколадный агар, затем аэробно инкубировали при 37°C и оценивались через 24 и 48 часов. Клинически значимыми считались только преобладающие микроорганизмы, демонстрирующие рост, распространяющийся как минимум на второй сектор полос.
Образцы DTA и BAL были обработаны с помощью количественных методов культуры. Аликвоты были привиты на те же среды и инкубированы при одинаковых условиях. Пороги роста не менее 100000 единиц формирования колоний (CFU) на мл для DTA и не менее 10000 CFU на мл для образцов BAL были признаны значимыми.
5. Идентификация микроорганизмов
Все изоляты, соответствующие заранее определённым критериям, были выявлены с помощью масс-спектрометрии с использованием матричной лазерной десорбции ионизации с временем полёта (MALDI-TOF MS) согласно стандартным лабораторным процедурам.
6. Запись и анализ данных
Демографические характеристики, типы образцов, результаты культуры, выявленные микроорганизмы и результаты выбросов систематически фиксировались. Распределение микроорганизмов сравнивалось между периодами до и после COVID-19.
7. Статистический анализ
Статистический анализ проводился с использованием SPSS (версия 15.0) и программного обеспечения Minitab. Нормальность непрерывных переменных оценивалась с помощью теста Шапиро-Вилка. Категориальные переменные сравнивались с помощью теста хи-квадрата. Был проведён логистический регрессионный анализ для оценки связи между распространением микроорганизмов и смертностью. Значение p менее 0,05 считалось статистически значимым.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Возраст исследованной популяции варьировался от 18 до 103 лет, со средним возрастом 68,95 плюс-минус 15,00. Женщины составляли 34,4% (n = 572) и мужчины — 65,6% (n = 1093) участников. В целом 42,3% (n = 704) пациентов были выписаны, при этом смертность наблюдалась у 57,7%. Микробный рост был зафиксирован в 48,9% (n = 815) культур, тогда как рост не наблюдался в 51,1% (n = 850).
Типы образцов включали мокроту (45,6%, n = 759), DTA (41,9%, n = 698) и BAL (12,5%, n = 208). Самым часто выделяющимс...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Инфекции, развивающиеся в отделениях интенсивной терапии, связаны с высокой заболеваемостью и смертностью, и выявление причинных микробиологических агентов остаётся необходимым для эффективных стратегий профилактики илечения 1,7. В этом исследовании были оценены патогены нижних дыхательных путей, выделенные в отделении интенсивной терапии заболеваний грудной клетки в течение шести лет, и сравнивались периоды до и после COVID-19. ...
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
Авторы заявляют, что у них нет конфликта интересов.
Авторы отмечают институциональную поддержку, оказанную администрацией больницы в течение периода исследования.
Доступ ограничен. Войдите в систему или начните пробный период, чтобы просмотреть этот контент.
| Имя | Компания | Каталожный номер | Комментарии |
|---|---|---|---|
| Набор для сбора бронхоальвеолярного лаважа | Не применимо | Не применимо | Используется для сбора образцов БАЛ |
| Шоколадный агар | RTA | Не применимо | Питательная среда для дыхательных образцов |
| Катетеры для глубокого трахеального аспиратива | Не применимо | Не применимо | Используется для сбора образцов ГТА |
| Агар с эозином и метиленовым синим | RTA | Не применимо | Селективная среда для грамотрицательных бактерий |
| Реактивы для окрашивания по Граму | Не применимо | Не применимо | Используются для предварительной микроскопической оценки |
| Инкубатор (37 ºC) | Не применимо | Не применимо | Используется для инкубации культур |
| Система MALDI-TOF MS (VITEK MS) | bioMérieux | Не применимо | Используется для идентификации бактерий |
| Матричный раствор для MALDI-TOF MS | bioMérieux | Не применимо | Используется в соответствии с инструкциями производителя |
| Агар с овчиным кровью (5%) | RTA | Не применимо | Основная питательная среда |
Запросить разрешение на повторное использование текста или иллюстраций этой статьи JoVE
Запросить разрешение