Поколение комплексного грудной База данных Онкология - Инструмент для трансляционных исследований

Одна из современных парадигм исследования рака гласит, что понимание генетических изменений, приводящих к раку, приведет к улучшению профилактики, раннему выявлению, выявлению прогностических маркеров и разработке таргетной терапии. Эта онкологическая база данных в Microsoft Access распределена по семи основным таблицам, включая таблицу пациента с клинической информацией, таблицу TMA с данными об экспрессии белков и таблицу образцов ДНК. С мутационными данными развиваются взаимосвязи, связывающие данные между таблицами, чтобы лабораторные исследования тканей, принадлежащих конкретному пациенту, могли быть связаны с его или ее клинической историей.

Связанные данные затем могут быть извлечены с помощью запроса к базе данных и статистически проанализированы для определения взаимосвязи между экспрессией белка, ДНК, мутациями и клиническими исходами. В конечном счете, объединение клинических и лабораторных данных облегчает изучение генетических аберраций и экспрессии белков с точки зрения клинических конечных точек у онкологических больных. Ключевым компонентом трансляционных исследований является способность накапливать данные клинических и фундаментальных научных исследований и объединять их в значимые отношения.

Однако необходимые для этого биоинформатические инструменты часто ограничены и зависят от учреждений. Эта база данных была разработана, чтобы помочь нашим исследователям ответить на ключевые вопросы, относящиеся к трансляционным исследованиям рака, например, как генетический и протеомный состав пациента может способствовать определенным клиническим конечным точкам, таким как ответ на терапию или выживаемость. Несмотря на то, что эта база данных была разработана для исследователей и клиницистов, занимающихся злокачественными новообразованиями грудной клетки, эта модель может быть применена к другим заболеваниям и удовлетворить потребности исследователей и других учреждений.

Мы надеемся, что вы примете этот протокол для своих собственных проектов баз данных. Прежде чем начать проект трансляционной базы данных, важно разработать протоколы, одобренные IRB. Чтобы обеспечить конфиденциальность пациента, пометьте все собранные образцы, ткани, кровь или другие жидкости организма уникальным идентификатором со штрих-кодом и соответствующим образом задокументируйте их в форме закупки образцов.

Чтобы начать разработку базы данных, сначала создайте первичные таблицы для захвата интересующих областей, таких как информация о данных образцов пациентов, микрочипы тканей и образцы ДНК. Другие представляющие интерес таблицы могут включать конференцию по онкологии грудной клетки, клеточные линии и таблицы ганса. Для того, чтобы создать таблицу в Microsoft Access, перейдите на вкладку «Создать» и выберите таблицу.

Изначально таблица представлена в виде спецификации. Однако для ввода интересующих переменных таблица должна быть представлена в виде проекта. На вкладке «Домашняя» выберите «Вид», «Представление дизайна», введите и опишите интересующие переменные в представлении «Дизайн» для стола пациента.

Это будет включать в себя номер медицинской карты, фамилию, имя, дату рождения и так далее. В режиме конструктора дата поля должна быть описана с помощью типа данных, так как номер медицинской карты является семизначным числом. Эта переменная будет описываться как числовая.

Поскольку переменная lastname является текстовой, она указывается как переменная с произвольным текстом. Также полезно предоставить описание переменной. Например, для переменного пола важно, чтобы лицо, вводящее данные, знало, что мужчина должен быть введен как один, а женщина как два, спроектируйте таблицы таким образом, чтобы ограничить избыточность.

Таблица пациента должна быть единственным местом, где хранится подробная информация о пациентах, их раке, клиническом течении, факторах риска и их исходах. Разработайте таблицу образцов данных, чтобы связать патологические образцы с их источниками пациентов, поскольку от каждого пациента может быть получено несколько образцов. Эта таблица должна связать идентификационный номер каждого образца с номером медицинской карты пациента в таблице A TMA capture данные экспрессии белка, полученные в результате иммуногистохимического анализа тканевых микрочипов.

Пометьте изученный белок и определите уровень экспрессии этого белка с помощью стандартизированной системы оценки. Также определите тип ткани, которая была проанализирована, например, список опухолей или нормальных тканей, все образцы ДНК, которые подверглись мутационному анализу. В таблице образцов ДНК четко обозначьте генетические изменения, такие как описание точной мутации, гена, для которого есть мутация, и конечный результат такой мутации.

Создайте пятый стол для совещаний по онкологии грудной клетки, чтобы описать еженедельные совещания клинической бригады по торакальной онкологии. Включите соответствующую информацию, полученную в результате этих встреч, такую как наличие патологических образцов Для каждого пациента создайте отдельную таблицу клеточных линий, в которой описаны клеточные линии, используемые в лаборатории. В исследовательских целях опишите важные характеристики, принадлежащие каждой клетке.

Наконец, создайте еще одну отдельно стоящую таблицу для CL elgan, чтобы перечислить аутологичные рецепторы, тирозинкиназы и связанные с ними баллы иглы. Мера сходства с человеческими белками. Чтобы упростить запросы из нескольких таблиц, отдельные таблицы должны быть связаны с помощью первичных ключей.

Установите первичный ключ или уникальный идентификатор для каждой таблицы. Уникальный идентификатор — это число или слово, которое обозначает только одного уникального человека и не может быть указано дважды в таблице. Например, номер медицинской карты пациента является первичным ключом в таблице пациента.

Чтобы установить первичный ключ, перейдите в режим конструктора интересующей таблицы. Щелкните правой кнопкой мыши по полю. Это станет первичным ключом, и нажмите на опцию первичный ключ.

Чтобы связать таблицы, перейдите на вкладку инструментов базы данных и нажмите на иконку связей. Перетащите мышь из поля интереса в одной таблице в соответствующее поле в другой таблице. Таким образом, две таблицы связаны отношениями на месте.

Затем можно выполнить запрос Чтобы получить связанную информацию из нескольких таблиц, выберите параметр разработки запроса на вкладке «Создать», выберите и отобразите таблицы, включая интересующие поля. Затем выберите интересующие переменные из каждой таблицы. Выполните запрос, чтобы создать форму результатов в виде электронной таблицы, и сохраните данные с использованием соответствующего расширения файла для импорта данных.

Убедитесь, что имя переменных в импортированных данных полностью совпадает с именем переменных в Microsoft Access. Данные не могут быть успешно импортированы, если переменные описываются по-разному, например, если в одной из них есть пробелы, но нет в другой. После того как симметрия между двумя таблицами будет получена, используйте запрос на добавление или обновление для импорта данных в доступ.

Запрос на добавление добавляет новые строки данных, например о новых пациентах, в то время как запрос на обновление обновляет данные о записях, уже имеющихся в базе данных. Чтобы экспортировать данные в виде таблицы Microsoft Excel, перейдите на вкладку «Внешние данные» и нажмите «Экспортировать данные в Excel». Microsoft Access также позволяет экспортировать данные в другие широко используемые форматы.

Исследователь заинтересован в корреляции информации о протеине паксин в таблице пациента, таблице ТМА и таблице образцов ДНК. Поскольку таблицы уже связаны через номер медицинской карты, данные можно легко запросить. Чтобы получить соответствующую информацию, она нажимает на вкладку «Создать» и нажимает на дизайн запроса. Она выбирает три таблицы интересующих пациентов, образцы ТМА и ДНК из каждой таблицы.

Она выбирает интересующие ее переменные, такие как имя пациента из таблицы пациента, происхождение образца из таблицы ТМА, экспрессия паксина из таблицы ТМА и мутации паксина из таблицы образцов ДНК. Она нажимает кнопку «Выполнить» для создания запроса, и результаты отображаются в таблице запросов. Все пациенты, для которых есть как паксинные, экспрессионные, так и мутационные данные, будут представлены в этой таблице.

Затем она может определить частоту таких мутаций, соотнести конкретные мутации с изменениями в экспрессии или связать мутации с клиническими переменными, такими как выживаемость. Обратите внимание, что представленные здесь результаты относятся к выборочным пациентам, а не к реальным пациентам, идентифицированным в базе данных. Результаты могут быть экспортированы для анализа первичных данных биостатистиком, а результаты передаются исследователю.

При создании такой базы данных важно убедиться, что все данные вводятся согласованным образом. Данные следует вводить только в поле. Если исследователь уверен в его достоверности, необходимо еще раз подчеркнуть важность сохранения конфиденциальности и ведения базы данных, которая находится в строгом соответствии с правилами HIPAA и IRB.

С помощью этого проекта трансляционной базы данных с использованием Microsoft Access мы смогли создать базу данных с почти 3000 уникальных пациентов и получить данные об экспрессии 63 уникальных белков.