Abstract
Detta protokoll beskriver en snabb kolorimetrisk upptäckt av Escherichia coli, Salmonella spp.., Och Listeria monocytogenes från stora volymer (10 L) av jordbruks vatten. Här är vattnet filtreras genom steril Modifierade Moore Svabbproverna (MMS), vilka består av en enkel gasväv filter innesluten i en plastampull, att koncentrera bakterier. Efter filtrering, är icke-selektiva eller selektiva anrikningsgrad för målbakterien utförs i MMS. För kolorimetrisk detektion av mål-bakterierna är de anrik analyseras sedan med hjälp av pappersbaserade analytiska enheter (μPADs) inbäddade med bakterie vägledande underlag. Varje substrat reagerar med mål-vägledande bakteriella enzymer, generera färgade produkter som kan detekteras visuellt (kvalitativ detektion) på μPAD. Alternativt kan digitala bilder av de reagerade μPADs genereras med vanlig skanning eller fotografiska apparater och analyserades med ImageJ programvara, aljande för mer objektiv och standardiserad tolkning av resultat. Även om de biokemiska procedurer är utformade för att identifiera de ovannämnda bakteriella patogener, i vissa fall enzymer som produceras av bakgrundsfloran eller nedbrytningen av de kolorimetriska substrat kan ge ett falskt positivt. Därför behövs en bekräftelse med hjälp av en mer diskriminerande diagnostik. Ändå är denna bakteriekoncentration och upptäckt plattform billigt, känsligt (0,1 CFU / ml detektionsgränsen), lätt att utföra, och snabb (koncentration, anrikning, och detektion utförs inom cirka 24 timmar), motiverar dess användning som ett första screeningmetod för den mikrobiologiska kvaliteten på jordbruks vatten.
Introduction
Det är viktigt att agenter livsmedelsburna sjukdomen upptäcks snabbt och helst i fältbaserade inställningar för att minska bördan av livsmedelsburna sjukdomar. Gemensamma strategier för att upptäcka livsmedelsburna bakteriella patogener inkluderar biokemiska profilering, selektiv och differentierad odling, immunologisk isolering och detektion, och molekylär detektion. Men dessa metoder hindras av sporadisk kontamination, små provvolymer testade, de ofta låga koncentrationer av de livsmedelsburna sjukdomsframkallande bakterier, kräver långa handläggningstider, och / eller inte är tillämpliga för lokala inställningar. Vidare föreningar i många livsmedelsmatriser är hämmande för upptäckt och diagnostiska tillämpningar. För att förbättra sannolikheten för mikrobiell upptäckt, har den amerikanska myndigheten Food and Drug Administration föreslog att testa jordbruks vatten (t.ex. tvättvatten och bevattningsvatten) som antingen kommer i kontakt med en stor yta av färskvaror eller fungerar som ett fordon för produce föroreningar är ett lönsamt alternativ till direkt testning av livsmedel 1. Trots detta gör provberedningsmetoder för patogen koncentration viktigt det ofta låg naturlig patogen-belastning i kombination med utspädningseffekten av den representativa jordbruks vattenprov. En sådan metod skulle kräva provtagning stora mängder vatten (≥ 10 L), adekvat patogen-koncentration, och kompatibilitet med efterföljande strategier upptäckt.
Modifierade Moore kloak (MMS) är billiga, enkla och robusta enheter som används för att koncentrera bakterier från stora volymer (≥ 10 L) vatten 2-4. MMS består av en plastkassett fylld med gasbinda, som fungerar som ett grovfilter för stora mängder vatten som pumpas genom kassetten med hjälp av en peristaltisk pump. MMS är ett icke-diskriminerande sätt för bakteriekoncentration (≥ 10 gånger koncentration) som fångar organiskt och oorganiskt partikulärt material inklusive mikroorganismer i bearbetad liquid prover. Det är troligt att den utmärkta effekten av koncentrationen av målmikroorganismer från MMS kan förklaras av det faktum att mikroorganismer förväntas vara fäst vid silt-lera fraktion eller organiska mikroaggregaten i det suspenderade fasta materialet 3. Den robusta designen av MMS gör för att övervinna de flesta brister i samband med andra filtreringsmetoder för avskiljning och koncentration av bakterier från vatten, såsom igensättning av filter, oförmåga att hantera stora volymer, filterprov med hög grumlighet, och höga kostnader. Av dessa skäl är FDA rekommenderar att MMS införlivas i officiella förfaranden för miljö och producera relaterade provtagningsförfaranden 5.
Här beskrivs en metod för koncentrationen, anrikning, och upptäckt av Escherichia coli, Salmonella spp.., Och Listeria monocytogenes från jordbruket vatten. En MMS används för koncentration av bactEria, och även fungerar som en behållare för selektiv eller icke-selektiv bakterie anrikning. Bakteriell detektion uppnås biokemiskt använda pappersbaserade analytiska enheter (μPADs) 6. μPADs kan tillverkas som fluidic nät eller fläckprov med hjälp av olika metoder inklusive fotolitografi, bläckstråleutskrift, prägling, och vax printing 7-11. Exempel på fluidiska konstruktioner kan vara dendritiska kanalmönster där provet deponeras i centrum och därefter strömmar till distala reservoarer eller enstaka kanalmönster där provet eller substrat dras från de yttre reservoarer av kanalen genom kapillärkraften in i centrum 12. För detta protokoll, har vi valt att använda för 7 mm tjocka vax-papper spot arrayer inbäddade med kromogena substrat som kan bearbetas av enzymer som indikerar de testade här mikroorganismerna: klorfenolrött β-D-galaktopyranosid (CPRG) och 5 - brom-4-klor-3-indolyl-β-D-glukuronid (X-Gluc)för detektion av β-galaktosidas och β-glukuronidas som produceras av E. coli; 5-brom-6-klor-3-indolyl kaprylat (magenta kaprylat) för detektion av C8-esteras produceras av Salmonella spp..; och 5-brom-4-klor-3-indolyl-myo-inositol-fosfat (X-InP) för detektering av fosfatidylinositol-specifikt fosfolipas C (PI-PLC) som produceras av L. monocytogenes 6. Således kan konstateras att förekomsten av en viss bakterie visuellt utan behov av komplicerad utrustning eller tolkning av data. Den specificitet och sensitivitet av enzymet baserade kolorimetrisk μPAD detektion av dessa specifika mål bakterier har tidigare undersökt 6. Dessutom var känsligheten hos den integrerade metoden för dessa målbakterier koncentration-detektion utvärderas genom spetsning av stora volymer vatten med förutbestämda nivåer av mikroorganismer (opublicerade data och Bisha et al. 13).
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Protocol
1. Koncentration av bakterier från stora volymer av jordbruks Vatten Använda MMS
- MMS Framställning
- Skär ett rektangulärt 4-lagers cheesecloth som mäter 40 x 12 cm.
- Vik cheesecloth längs båda axlarna för att få en rektangel på 20 x 6 cm.
- Rulla cheesecloth tätt utmed dess längdaxel för att bilda en cylindrisk svabb av ungefär 6 cm lång och 3 cm i diameter.
- Autoklavera cheesecloth pinnen i aluminiumfolie, inte autoklaveras kassetten. Dekontaminera kassetten genom att blötlägga den under 30 min i 10% blekmedel, och deaktivera restklor genom blötläggning av kassett för 15 min i en natriumtiosulfat-pentahydrat (Na 2 S 2 O 3 · 5H 2 O)-lösning (50 mg / L beredd i sterilt vatten).
- För in pinnen i MMS-kassetten.
OBS: Om flergångs version av MMS-kassett används, starta med en 4-lagers papper cheesecloth migasuring 80 x 22 cm, vik det till 40 x 11 cm och rulla den till en cylinder med ca 11 cm lång och 6 cm i diameter. - Montera MMS.
- Bifoga vinyl slangen till tapparna på båda sidor av MMS, se till att slangen fastnar helt på stoserna, och fixera slangen i den peristaltiska pumpen. Se till att slangen uppströms den peristaltiska pumpen är av tillräcklig längd för provtagning.
- Koncentration av bakterier
- Prov åtminstone 10 L av jordbruks vatten genom att köra den peristaltiska pumpen med hög hastighet.
- Efter provtagningen är klar, ta ut den peristaltiska pumpinloppet från vattenprovet och fortsätta att köra pumpen tills inget avloppsvatten observeras lämnar MMS.
- Om ett grenrör används för att köra flera prover samtidigt, samla utflödet av varje MMS, och när 10 L filtreras genom en enda MMS stänga ventilen för just MMS och fortsätta att köra pumpen.
- Vid provtagning is klar, ta ut den peristaltiska pumpinloppet från jordbruks vatten, öppna alla ventiler i grenröret, och fortsätta att köra pumpen tills inget avloppsvatten observeras lämnar MMS.
- När koncentrationen har genomförts för alla MMS, försiktigt bort vinylslangen från MMS tappar och mössa tapparna på båda sidor om MMS. Tätt tillslutna MMS kan lagras i upp till 12 timmar innan du lägger anrikningsmedia.
2. MMS Berikning och provberedning
- Anrikning
- Skruva av locket på MMS, och tillsätt aseptiskt 20 ml lämplig steril anrikningsbuljong. Använd ett MMS för varje selektiv anrikning. Alternativt, utför en icke-selektiv berikning för att propagera alla tre målbakterier i samma prov.
OBS: Om flergångs version av MMS-kassett används, aseptiskt bort cheesecloth filter från kassetten och placera i en steril påse innan annonsending 225 ml lämplig anrikningsmedia.- För anrikning av E. coli, tillsätt 20 ml buffrat peptonvatten (BPW) kompletterat med 8 mg / L av vancomycin hydroklorid.
- För anrikning av Salmonella spp.., Tillsätt 20 ml BPW kompletteras med Salmonella tillägg (4 ml / L).
- För anrikning av L. monocytogenes, tillsätt 20 ml VIDAS UP Listeria (LPT) buljong.
- För samtidig icke-selektiv anrikning för alla tre mikroorganismer som använder en enda MMS, använda universella preenrichment buljong (UPB).
- Skruva på locket på MMS på ordentligt. Se till att tapparna är väl försluten för att undvika spill och eventuella föroreningar under anrikning.
- Inkubera MMS i upp till 18-24 timmar i en skakande inkubator vid 200 rpm. Använd 42 ° C för E. coli och Salmonella spp.. selektiva anrikningsgrad. Använd 30 ° C för L. monocytogenes selektiv anrikning, och använd 37 & #176, C i icke-selektiv anrikning.
- Skruva av locket på MMS, och tillsätt aseptiskt 20 ml lämplig steril anrikningsbuljong. Använd ett MMS för varje selektiv anrikning. Alternativt, utför en icke-selektiv berikning för att propagera alla tre målbakterier i samma prov.
- Provberedning
- När inkubationen är klar, ta bort MMS från inkubatorn, fixed en av tapparna, och försiktigt fördela ca 0,5 ml i en 1,5 ml mikrocentrifugrör. Alternativt, skruva av MMS och pipett ut 0,5 ml av natten anrikning.
OBS: Om det inte användbar version av MMS-kassett används, pipett 0,5 ml av anrikning ur påsen. - För kolorimetrisk analys av E. coli selektiv anrikning, eller för analys av icke-selektiva anrikning, låt ligga 0,5 ml anrikning på 5 W, 22 kHz till 20 sekunder med hjälp av en probsonikator.
- När inkubationen är klar, ta bort MMS från inkubatorn, fixed en av tapparna, och försiktigt fördela ca 0,5 ml i en 1,5 ml mikrocentrifugrör. Alternativt, skruva av MMS och pipett ut 0,5 ml av natten anrikning.
3. Beredning och inbäddning av kolorimetriska substrat i μPADs
- Förbered tillräckligt μPADs för varje prov och mål testas. För att upptäcka E. coli förbereda CPRG och X-Gluc μPADs, för Salmonella spp.. detektion förbereda MC μPADs och för L. monocytogenes detektering förbereda X-InP μPADs.
- Förbered HEPES buffert [0,1 M HEPES med 0,1% bovint serumalbumin (BSA)] för de kolorimetriska substrat och justera pH-värdet i bufferten enligt underlaget som ska användas: pH 7,5 för beredning av CPRG eller X-Gluc, pH 9 för MC, och pH 7 för X-ing.
- Framställ stamlösningar av substraten i pH justerades HEPES-buffert vid koncentrationer av 3 mM (CPRG), 62,5 mM (X-Gluc), 15 mM (MC), 100 mM (X-InP). Skydda lagerlösningar från ljus.
- Placera μPADs inuti en steril petriskål och sedan bädda in den μPAD Micro med 24 | il av varje substratstamlösning.
4. Upptäckt och dataanalys
- Detektion
- Lägg 6 ul av anrikat prov till varje lämpligt μPAD Microsluten i en petriskål.
- Sätt tillbaka locket på petriskålen och försegla den med Parafilm.
- Inkubera provetmed μPAD vid 37 ° C i upp till 3 h för att tillåta färgutveckling och torkning av microspots.
- Visuell granskning av resultaten
- Utför upptäckt genom enkel visuell inspektion av färgskiftningar i de μPADs.
OBS: Normalt är starka reaktioner som producerar definitiva färgförändringar förväntas efter 18-24 timmar av anrikning, vilket skulle undanröja behovet av ytterligare förtydliganden och bör betraktas som positivt. - Bestämma närvaron av ett E. coli positiva prov genom att observera microspots inbäddade med CPRG förändring från gul till röd-violett och microspots inbäddade med X-Gluc förändring från färglös till blågrönt.
- Bestämma närvaron av ett L. monocytogenes positivt prov genom att observera microspots inbäddade med X-InP förändring från färglös till indigo.
- Bestämma närvaron av en Salmonella spp.. positivt prov genom att observera microspots inbäddade med MC förändring från colorless till lila-lila.
- Utför upptäckt genom enkel visuell inspektion av färgskiftningar i de μPADs.
- Programvara Aided Data Analysis
OBSERVERA: Utförd att klart bestämma huruvida svaga reaktioner är positiva eller negativa, och att möjliggöra för en semi-kvantitativ analys av resultaten.- Låt μPADs torka helt.
- Skanna μPAD hjälp av en flatbäddsskanner.
- Använd ImageJ programvara för att bearbeta bilden.
- "Öppna" skannad bild som ska analyseras i ImageJ finns under "Arkiv"-fliken i huvudmenyn (eller tryck på "Clt + O").
- Vänd bilden välja "Invert" finns under "Redigera"-fliken i huvudmenyn (eller tryck på "Clt + Shift + I").
- Använd "Analyze" fliken i huvudmenyn och välj "Set Mått ..." för att välja de redovisade mätningarna analyseras.
- Se till att "Mean grå intensitet", "Gräns för tröskel," och "Visa etikett" lådor ärkontrolleras, och tryck på "OK." Detta ställer hur programmet analyserar varje område som valts och hur den rapporterar det.
- Använd "ovala" verktyg för att rita en cirkel som anger det område som du vill mäta inom.
- Under "Analyze" fliken välja "Measure" (eller tryck på "Clt + M"). Programvaran kommer att mäta den genomsnittliga grå intensitet inom det område som anges och rapportera det i ett popup-skärmen som kan kopieras och klistras in i Excel för vidare analys.
OBS: För närmare analyser, åtminstone två tekniska replikat av varje prov bör utföras.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Representative Results
Som beskrivs i detta protokoll, kan utföras koncentration av bakterier med hjälp av MMS (figur 1) i ca 15-20 min. MMS i byggda från akrylonitrilbutadienstyren (ABS) i två separata delar; ett lock och en patron både med en integrerad tapp församling i vilken en cylindrisk cheesecloth pinne sätts in (Figur 1A). Båda komponenterna är sedan skruvas ihop bildar de MMS (Figur 1B). MMS-baserad behandling drivs av en batteridriven peristaltisk pump, vilket möjliggör prover som skall koncentreras till lokala inställningar. Genom att koppla MMS koncentration, selektiva anriknings (18-24 h), och μPADs; jordbruks vatten kan snabbt vara (ca 24 tim), enkelt och billigt screenas för viktiga livsmedelsburna patogener och indikator mikroorganismer, inklusive E. coli, Salmonella spp.., och L. monocytogenes. Med det här protokollet kan dessa målbakterier att upptäckaed vid nivåer så låga som 0,1 cfu / ml. De μPAD analyser är baserade på detektion av bakterie indikativa enzymer som reagerar med kolorimetriska substrat (figur 2). Analyser som detekterar E. coli, men inte E. coli O157: H7, producera en blå-grön produkt (Figur 2A). Likaså analysen som detekterar en majoritet av E. coli-stammar producerar en röd-violett reaktionsprodukten (figur 2B). Analyser upptäcka Salmonella spp.. (Figur 2C) och L. monocytogenes (Figur 2D) producerar lila-lila och indigo färger, respektive. Testet kan tolkas av ögat (kvalitativt), och visuella bedömningar är oftast tillfredsställande för att skilja mellan positiva och negativa prov. Alternativt kan digitaliserade bilder manipuleras med ImageJ programvara (Figur 3A) för att möjliggöra en mer objektiv och standardiserad tolkning av data (Figur 3B).
Figur 1. The Modified Moore Swab (MMS) kassett. (A) demonterat MMS. MMS produceras i en 3D-skrivare från akrylonitrilbutadienstyren (ABS) och består av tre huvudkomponenter: en patron med en inbyggd tapp församling i vilken en cylindrisk cheesecloth pinne (vikta 4-ply) är isatt och maximalt med en lock som har en integrerad tapp församling. (B) De sammansatta MMS.
Figur 2. Bakterier-indikativ kolorimetriska reaktioner. Substrat (X-Gluc, CPRG, MC, och X-InP) inbäddad i microspots av μPADs reagera med bakterie indikativa enzymer (&# 946;-glukuronidas, β-galaktosidas, C8-esteras, och PI-PLC) för att producera en kolorimetrisk förändring. (A) En positiv X-Gluc reaktion är en indikation på generisk E. coli, men inte E. coli O157: H7; (B) en positiv CPRG reaktion är en indikation på att E. coli är närvarande; (C) en positiv MC reaktion indikerar förekomst av Salmonella spp..; (D) och en positiv X-InP-reaktion indikerar närvaro av L. monocytogenes.
.. Figur 3 Visuell och ImageJ analyser av bakterie vägledande kolorimetriska μPAD tester A visar digitaliserade kolorimetriska bilder för varje analys med både en negativ (-) och positiva (+)-test. Negativa tester utfördes med användning av lysat av bakteriella species som inte koda målenzym och positiva test med lysat eller anrikningar av målbakterien. (1) Oförändrad skannade bilder. (2) Skannade bilder konverteras till gråskala med ImageJ programvara, och (3) färg inverterade bilder för senare tolkning av grå intensitet. (4) Genomsnitt grå intensitet mätt med ImageJ inom varje Micro av μPAD (ett exempel Micro indikeras av den gula pilen och cirkel). B visar de genomsnittliga gråa intensiteter (bestäms av ImageJ) för varje kolorimetrisk μPAD positivt och negativt test. Vänligen klicka här för att se en större version av denna siffra.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Discussion
Detta protokoll beskriver en integrerad metod för att detektera E. coli, Salmonella spp.., och L. monocytogenes i jordbruks vatten. Här, MMS koncentration av bakterier från stora volymer (10 L) av jordbruks vatten, kopplas med bakterie anrikning, och bakterie vägledande kolorimetrisk upptäckt med hjälp μPADs. MMS Förfarandet kan klara av hög partikelhalt i vattenproverna samtidigt koncentrera bakterier 10 gånger, är robust och enkel nog för fältapplikationer med minimalt utbildad personal, och kan utföras med minimala kostnader. Genom att införliva en bakteriell anrikningssteg är levande bakterier detekteras och känsligheten hos förfarandet har ökat avsevärt. Anrikning förstärker det mål som ska analyseras, och i kombination med selektiv tillväxtmedier, minskar oönskad floran tillväxt i prover som skulle kunna bidra till falskt positiva resultat. Slutlig detektion utförs med μPADs, som ger en enkel,kostnadseffektiv och lätt att tolka lösning för att screena för viktiga livsmedelsburna patogener. Hela proceduren, inklusive MMS koncentration, natten anrikning, och kolorimetrisk detektering kan utföras inom en dag och upptäcker bakteriell kontamination på nivåer så få som 0,1 CFU / ml.
För att förenkla förfarandet och minska risken för kontaminering, är MMS används som en behållare för bakteriell anrikning. Lägga denna anrikning av förfarandet ökar känsligheten, specificiteten, ökar flexibiliteten i metoden. Även om endast tre selektiva anriknings utnyttjades här, kan förbättrade anrik för bakterierna utvecklas. Till exempel är vi undersöker möjligheten att införa särskilda inducerare i anrikningsmedia för att öka produktionen av reporter enzymer som används för kolorimetrisk detektion.
De μPADs som används för detektion av patogener är enkel att använda enkla spot arrayer som kostar så lite som $ 0.002/device Före tillsatsen av den kolorimetriska reportersubstrat. Även redovisning av anriknings reagenser och kolorimetriska substrat, är kostnaden för varje test några cent, med undantag för L. monocytogenes test som uppskattas till $ 1.28/test på grund av den för närvarande höga kostnaderna för X-ing. Ändå jämför denna kostnad positivt till nuvarande metoder för livsmedelsburna patogener 6 upptäckt. I sin nuvarande form, måste μPADs beredas omedelbart före provningen på grund av dålig substratstabilitet. För att övervinna denna begränsning, testar vi tillsats av stabiliserande tillsatsmedel och utvärdering av torr lagring för att öka substrat / μPAD hållbarhetstid. Dessutom utvecklar vi multiplexade μPADs med hjälp av flera prov / reagens webbplatser kopplade till varandra genom mikroflödessystem kanaler.
Trots de fördelar som tidigare angivna för μPAD testning, problem med analys specificitet är möjliga: 1) De reporter enzymer inte uteslutandesivt produceras av målbakterien kan därmed förorenar bakgrundsfloran bidrar till ett falskt positivt resultat. 2) Om mörk partiklar kvarstår i anrikningsmedia, kan det dölja visuella och ImageJ analys när den överförs till μPAD. 3) Den aktuella analysen kan inte specifikt upptäcka E. coli O157: H7. Därför är metoden mer lämpad som en första screeningtest som ger impulser för ytterligare tester och bekräftelse skall genomföras. Ändå är många av dessa brister kan lätt åtgärdas. I förening med en större panel av vägledande kolorimetriska substrat skulle medge mer exakt bestämning av mål-bakterien, inklusive E. coli O157: H7. På samma sätt kan ytterligare selektiva förfaranden anriknings minimera kontaminerande mikroorganismer i provet. För att minska effekterna av partiklar i anrikningar skulle ett grovfilter användas före ansökan prover till μPAD.
Sammanfattningsvis this studie visar att MMS kombination med anrikning och μPADs kan användas för att detektera låga nivåer av E. coli, Salmonella spp.. och L. monocytogenes i jordbruks vatten. Med några få ändringar, är det förfarande portabel och kan användas i lokala inställningar.
Subscription Required. Please recommend JoVE to your librarian.
Materials
| Name | Company | Catalog Number | Comments |
| Agricultural water | Irrigation water, produce wash water, well water, etc. | ||
| Vinyl tubing | Wilmar | BN-CVT1005 | 1/4" inner diameter, 3/8" outer diameter, available at: http://www.wilmar.com |
| Modified Moore Swab cartridge | Lumiere Diagnostics | 11 ½ cm in length and 4 ½ cm in width, available at: http://www.lumierediagnostics.com. Alternativelly, a non-disposable version of the cartridge can be used (refer to the text) | |
| Cheesecloth | Chesapeake Wiper & Supply, Inc. | CC90 | Grade #90, 44 x 36 weave, available at: www.raglady.com |
| Household Bleach | Various | Sodium hypochlorite concentration approx. 6% | |
| Sodium thiosulphate 5-hydrate | Mallinckrodt Baker Inc | 8100-04 | |
| Manifold | Built in-house | Optional, device can be constructed from PVC pipes and appropriate fittings | |
| Peristaltic pump | Micron Meters | RPP1300 | Available at: http://www.micronmeters.com |
| Serological pipette | Various | Disposable, 10 ml | |
| Universal preenrichment broth | Difco | 223510 | |
| Buffered peptone water | Difco | 218105 | |
| Salmonella supplement | Biomérieux Industry | 42650 | http://www.biomerieux-usa.com |
| VIDAS UP Listeria (LPT) Broth | Biomérieux Industry | 410848 | http://www.biomerieux-usa.com |
| Vancomycin | Sigma-Aldrich | 861987 | http://www.sigmaaldrich.com |
| Pipet-Aid | Various | Drummond DP-110 used here | |
| Shaking incubator | Various | Excella E25, New Brunswick Scientific used here | |
| Micropipette | Various | 10 μl, 1 ml | |
| Micropipette tips | Various | Barrier, 10 μl, 1 ml | |
| 1.5 microcentrifuge tubes | Various | RNase- and DNase-free | |
| Probe sonicator | Q Sonica LLC | XL-2000 series | |
| µPADs | Avant | Wax printed 7 mm diameter circles, with 4 pt line thickness. Contact Dr. Charles Henry for additional information | |
| HEPES [N-(2-Hydroxyethyl)piperazine-N′-2-ethanesulfonic acid] | Sigma-Aldrich | H3375 | |
| Bovine serum albumin | Sigma-Aldrich | A8022 | |
| Chlorophenol red-galactopyranoside (CPRG) | Sigma-Aldrich | 59767 | |
| 5-Bromo-4-chloro-3-indolyl-β-D-glucuronide (X-Gluc) | Sigma-Aldrich | B8174 | |
| 5-bromo-6-chloro-3 indolylcaprylate (magenta caprylate) | Sigma-Aldrich | 53451 | |
| 5-Bromo-4-chloro-myo-inositol phosphate (X-InP) | Sigma-Aldrich | 38896 | |
| Petri dishes, polystyrene 100 mm by 15 mm | Various | Sterile | |
| Flat bed scanner | Various | Xerox USB scanner | |
| ImageJ software | National Institutes of Health | http://rsb.info.nih.gov/ij/ |
References
- Guidance for industry: Guide to minimize microbial food safety hazards for fresh fruits and vegetables. , U.S. Dept. of Health and Human Service, Food and Drug Administration, Center for Food Safety and Applied Nutrition (CFSAN). (1998).
- Bisha, B., Pérez-Méndez, A., Danyluk, M. D., Goodridge, L. D. Evaluation of Modified Moore swabs and continuous flow centrifugation for concentration of Salmonella and Escherichia coli O157:H7 from large volumes of water). J Food Prot. 74, 1934-1937 (2011).
- Sbodio, A., Maeda, S., Lopez-Velasco, G., Suslow, T. V. Modified Moore swab optimization and validation in capturing E. coli O157:H7 and Salmonella enterica in large volume field samples of irrigation water. Food Res Int. 51, 654-662 (2013).
- McEgan, R., et al. Detection of Salmonella spp. from large volumes of water by modified Moore swabs and tangential flow filtration. Lett Appl Microbiol. 56, 88-94 (2013).
- Solicitation Number: FDA-SS-1116253. , Administration USFaD. (2013).
- Jokerst, J. C., et al. Development of a paper-based analytical device for colorimetric detection of select foodborne pathogens. Analytical Chemistry. 84, 2900-2907 (1021).
- Martinez, A. W., Phillips, S. T., Butte, M. J., Whitesides, G. M. Patterned paper as a platform for inexpensive, low-volume, portable bioassays. Angew Chem Int Edit. 46, 1318-1320 (2007).
- Martinez, A. W., Phillips, S. T., Wiley, B. J., Gupta, M., Whitesides, G. M. FLASH: A rapid method for prototyping paper-based microfluidic devices. Lab on a Chip. 8, 2146-2150 (1039).
- Abe, K., Suzuki, K., Citterio, D. Inkjet-printed microfluidic multianalyte chemical sensing paper. Analytical Chemistry. 80, 6928-6934 (1021).
- Cheng, C. M., et al. Millimeter-scale contact printing of aqueous solutions using a stamp made out of paper and tape. Lab on a Chip. 10, 3201-3205 (1039).
- Lu, Y., Shi, W. W., Jiang, L., Qin, J. H., Lin, B. C. Rapid prototyping of paper-based microfluidics with wax for low-cost, portable bioassay. Electrophoresis. 30, 1497-1500 (2009).
- Jokerst Rapid detection of pathogens using paper devices. US patent. Charles, S., Henry, L. D. G., Jana, C. , WO2012125781 A3 (2012).
- T10-06 Colorimetric paper-based detection of Salmonella spp. and Escherichia coli from artificially contaminated irrigation river water. Bisha, B., et al. Internation Association for Food Protection Annual Meeting, Providence, RI, , (2012).
