$$\rightleftharpoonup{xx}$$
$$\longleftharp{xx}$$,
$$\longrightharp{xx}$$,
Deneysel İşlemler:
Tahlil sentetik peptidler ve anti-peptid antikorları gerektirir. Seçilen peptidler ilgi protein benzersiz olması, 8 ila 22 amino asitleri içeren ve bilinen hiçbir post-translasyonel modifikasyonlar olmalıdır. Methionine artıkları genellikle kaçınılması ve çift bazlı amino asitler (örneğin, KK, KR, RR) içeren peptidler arzu edilmez. Bu teknik için, (13 C ve 15 N), C-peptid terminus (yani K veya R etiketli) amino asitler etiketli ağır içeren kararlı izotop etiketli peptidler, iç standartlar gibi kullanmak yaygındır .
Aşağıdaki protokol Epitomics A.Ş. (Burlingame, CA) ve New England Peptid (Gardner, MA) sentetik peptidler elde edilen anti-peptid antikorları kullanarak, fare protein osteopontin, peptid GDSLAYGLR ölçmek için geliştirilen bir test açıklamaktadır. 1) peptidler zenginleştirilmesi 3) kütle spektrometresi ile analizi karmaşık protein karışımı, 2 tripsin sindirim): Bu protokol, üç temel aşamadan oluşmaktadır (Şekil 1). Bu fare osteopontin protein ile çivili bir insan plazma örnek gösterilecektir.
1. Tripsin enzimatik sindirim ve temizlik
- Islak buz üzerinde 10 mcL düzgün plazma kısım çözülme.
- BCA yöntemi ile total protein konsantrasyonu belirlemek ve askıda katı madde kaldırmak için örnek santrifüj.
- 1000 mcL derin kuyucuklu plaka delmek mümkün film ile kaplayın ve depolama tüp pipetleyin 10 mcL kısım.
- Her bir numune üre / 30mm dithiothreitol (DTT) (son konsantrasyon 6M üre / 20mm DTT) taze 9M 20 mcL ekleyin.
- 37 az 30 dakika boyunca inkübe ° C
- Her bir numune için taze 500 mM iodoacetamide (son IAM 50mm) 3 mcL ekleyin.
- Oda sıcaklığında, karanlıkta 30 dakika inkübe edin.
- 100 mM Tris (pH 8) (~ 0.6M sulandırır üre) 257 mcL ekleyin.
- Tripsin stok solüsyonu (;: 01:50 enzim substrat oranı 1 mikrogram / mcL) 10 mcL ekleyin.
- Inkübe 37 ° C gece (12-16 saat).
- Düzgün formik asit (% 1 final konsantrasyon) 3 mcL ekleyin.
- Stabil izotop standart (çoğullanır tahlil yapmak, genellikle bu 10 mcL standart isotopically etiketli peptid içeren 50-100 fmol hakkında ise birden fazla standartları eklenir) ekleyin.
- Oasis kartuş plaka ile% 80 asetonitril atarak akışı ile% 0.1 formik asit 500 mcL yıkayın. Bu 3 kez tekrarlayın.
- 500 mcL% 0.1 formik asit su ekleyerek kartuşu plaka dengelenmesi ve flow-through atın. Bu 4 kez tekrarlayın.
- Kartuş plaka sindirmek numuneleri yükleyin ve akışı çok yavaş bu yüzden vakum ayarlayabilirsiniz.
- 500 mcL% 0.1 formik asit su ile yıkayın ve flow-through atın. Bu 3 kez tekrarlayın.
- 1000 ul derin kuyu plakasına% 80 asetonitril% 0.1 formik asit, 2 x 500 mcL ekleyerek Zehir peptidler (flow-through atmayın).
- Eluat kuruyacak kadar (ya da speedvac) Lyophilize. (Liyofilizasyon tercih edilen yöntem)
- Sulandırın 50 mcL PBS +% 0.03 ahbap ekleyerek peptidler kurutulur.
2. Peptid immünoafinite zenginleştirme
- Standart Kingfisher 96 kuyucuğu örnek aktarın.
- 1 mg antikor ve ortalama 1.5 mcL hedef Protein-G kaplı manyetik bilye (yanı sıra boncuklar önce antikor çapraz isteğe bağlıdır) ekleyin. Emin olun boncuk iyi sallayarak veya vorteks askıya alınır.
- Plaka folyo ile örtün.
- Nazik boncuk askıya sağlamak için yuvarlanan (12-16 saat) gece inkübe edin.
- Folyo yüzeyi herhangi bir sıvı kaldırmak için 5 saniye boyunca 32 xg'de plaka santrifüjleyin.
- Folyo kapağını çıkarın.
- Yıkama ve elüsyon boncuklar elle ya da otomatik bir şekilde yapılabilir. Bu prosedür Kingfisher bir platform üzerinde otomatik adımları açıklar.
- 200 mcL PBS +% 0.03 ahbap (1 dakika Yıkama başına) boncuk, 2 kez yıkayın.
- PBS 200 mcL 1:10 seyreltme +% 0.03 ahbap (1 dakika) ile boncuk, 1 kez yıkayın.
- % 5 asetik asit +% 0.03 ahbap 25 uL peptidler kolonda sürüklenecektir.
- Bir mıknatıs elüsyon plaka koyun ve artık boncuk aktarmak için özen, 96 plaka eluat transfer.
- Sızdırmazlık mat plaka Kapak.
- Eluat içeren plaka, analiz için üçlü quadrapole kütle spektrometresi teslim edilir.
3. Birden fazla reaksiyon izleme Analizi - kütle spektrometresi
- SRM / MRM analizi için Geçişler 0.5 mcL / dak kütle spektrometresi% 30 acetonitrile/0.1% formik asit peptid standart mikrolitrelik çözüm başına 1 picomole beslerken tarafından seçilen ve optimize edilebilir. Istikrarlı sprey elde edilir, bir MS / MS spektrum toplamak.
- Geçişler thre belirleyerek MS / MS spektrum seçilene biraz gürültü ile yelpazenin bir bölgede bol parçası iyonları. Çarpın ücret peptid iyonları için, y-iyon parçaları, z> m / s tespit habercisi m / z genellikle SRM / MRM testinin geliştirilmesi için en iyisidir. Şekil 2 476,3 MS / MS spektrumu ve seçilen geçiş iyonlar> 508,3, 579,3 peptid GDSLAYGLR 692,4 (ağır stabil izotop standart 481,3 geçişler> 518,3, 589,3, 702,4 gösterilir).
- Kullanılan kütle spektrometresi marka ve modeline bağlı olarak, her geçiş için optimize edilebilir birden çok parametre vardır. Burada seçilen her geçiş çarpışma enerjisi çarpışma enerjisi Ramping ve sinyal seviyesi izleme optimize edilmiş. Her geçiş için 25 bir çarpışma enerjisi kullanıldı.
- Kısaca, aşağıdaki gibi SRM / MRM analizi için tipik bir yapılandırma: Mobil faz (A)% 0.1 formik asit (B)% 90 Asetonitril /% 0.1 formik asit, 0,3 x 5 mm C18 tuzak sütun, 75 mikron ID x 15 cm C18 analitik kolon (Reprosil-Pur C18 AQ, 120 A ° gözenek). Enjeksiyon hacmi 10 mcL ve örnek toplam akış oranı% 3 B 5 dakika yüklü 3 mcL / dk ve 3 doğrusal bir degrade tarafından yıkandı,% 45 - 300 B - 10 dakika içinde 400 nL / dak. 4000 QTRAP (ABSCIEX, Foster City, CA) Koşullar sprey gerilim 2.3kV, iyon kaynağı sıcaklığı 150 ° C, 12 GS1 ve perde gaz 15.
- Örnek, numune 10 mcL enjekte edilerek SRM / MRM tarafından analiz edilir. Pik alanları program Skyline kullanarak hafif ve ağır peptidler için entegre 14, bu durumda, arka plan gürültü ücretsiz en bol bulunan bir geçiş kullanarak her bir örnek etiketsiz / etiketli peptid pik alan oranı (PAR), Y5 geçiş hesaplayın. (ışık peptid 476,3 579,3, ağır standart peptid 481,3 589,3).
4. Temsilcisi Sonuçlar:
Ölçülen pik alan oranları (çivili ağır isotopically etiketli peptid ışık endojen peptid akrabası) hedef peptid nicel bir ölçüsüdür. Şekil 3, hafif ve ağır bir SISCAPA zenginleştirilmiş örnek peptidlerin bir örnek kromatogram gösterir . Aynı zamanda ve çoklu geçişler Zehir hafif ve ağır peptidler peptid kimliğini teyit etmek için her için takip edilebilir unutmayın.

Şekil 1 SISCAPA süreci şematik bir bakış. Karmaşık bir protein karışımı peptidlerin içine sindirilir. Hedeflenen peptid analitler (endojen analit ve çivili bir kararlı izotop etiketli internal standart) Protein G-kaplı manyetik parçacıklar üzerinde immobilize anti-peptid antikorları kullanarak zenginleştirilmiştir. Izolasyonundan sonra, hedeflenen peptidler manyetik partiküller yıkandı, ve iç standart göre kantitatif için kütle spektrometresi ile analiz.

Şekil 2 SRM / MRM geçişler için üç parça seçimi gösteren peptid GDSLAYGLR MS / MS spektrumu.

Şekil 3, hafif bir peptid analitin tepe profili (kırmızı) ve ağır stabil izotop etiketli internal standart (mavi) gösteren örnek kromatogramlar . Kromatografi sistemi Zehir gibi ışık peptid (476,3 579,3) ve ağır stabil izotop etiketli Y5 geçiş için Kromatogramlar standart (481,3 589,3) zamanla çizilir.