1. Lentivirüs üretimi, hasadı ve dondurulması
- Bu protokole başlamadan önce kurumunuzun güvenlik sorumlusuna danışın ve önerdikleri güvenlik kılavuzlarını takip edin.
- 1. Gün. Virüs üretmek için sağlıklı ve hızlı büyüyen 293T hücreleri ile başlayın. Hücreleri 5 x 106
10 cm'lik plak başına hücre sayısı. Virüs üretimi için antibiyotiksiz 293T medyumu (%10 FBS ve 4 mM L-glutamin içeren yüksek glikozlu DMEM) kullanın.
- 2. Gün. Öğleden sonra geç saatlerde, 293T hücrelerini aşağıdaki şekilde transfekte edin (verilen sayılar bir adet 10 cm'lik plak içindir).
Tüm reaktiflerin oda sıcaklığına gelmesini bekleyin. Pipetle... 375 μl bir mikrocentrifüj tüpüne OptiMEM ekleyin, ardından ekleyin 25 μl
Fugene HD. Seyreltilmemiş Fugene'in tüp yüzeyine temas etmesine izin vermeyin.
- Bir mikrosantrifüj tüpünde şunları karıştırın:
- 5 μg transfer plazmidi (Slc7a1, hedef vektör veya floresan kontrol vektörü)
- 3.75 μg paketleme plazmidi (pCMV-dR8.91 veya psPax2)
- 1.25 μg zarf plazmidi (pantropik için pMD2.G, ekotropik için pHCMV-EcoEnv)
- serumsuz OptiMEM'e 100 μl
- İki tübü birleştirin ve karışımı oda sıcaklığında 20-30 dakika inkübe edin.
- 293T hücrelerinin besiyerini 10 ml taze antibiyotiksiz 293T besiyeri ile değiştirin. Fugene/plazmit karışımını plağa damla damla ekleyin ve gece boyunca şu sıcaklıkta inkübe edin: 37°C, %5 CO22.
- 3. Gün. 293T hücrelerinin ortamını, 10 ml taze antibiyotiksiz 293T ortamı ile değiştirin. 293T hücreleri yüzeye sadece gevşek bir şekilde tutunduğu ve ortamın monokatman üzerine çok güçlü pipetlenmesiyle yerinden kopabileceği için dikkatli olun. Virüs üretimi için nemlendirilmiş bir inkübatörde iki gün boyunca inkübe edin.
- 5. Gün. Virüsü hasat edin ve 0,45 mm'lik düşük protein bağlama kapasiteli bir filtre ile filtreleyin. Hemen kullanın veya tek kullanımlık alikotlara bölerek -da dondurun.80°CDondurulmuş pantropik ve ekotropik virüslerin titresi, sırasıyla altı aylık ve bir aylık saklama sürelerinden sonra yeniden belirlenmelidir.
- Transdüksiyona nispeten uygun hücreler kullanarak virüs titrasyonunu şu şekilde gerçekleştirin. Hücreleri, taze besiyeri içerisinde seri dilüsyonlar (örneğin 1:10, 1:10, 1:10) kullanarak floresan kontrol virüsü ile gece boyunca transdükte edin. 6 μg/ml PB. Ertesi gün taze besiyeri ile değiştirin. Transdüksiyondan sonra hücrelerin floresan proteini eksprese etmeye başlaması için iki gün bekleyin, ardından FACS ile transdükse edilmiş hücrelerin oranını belirleyin. Belirli dilüsyonları temel alarak, ml başına transforme eden birim (TU) cinsinden titre değerini hesaplayın. < Çoklu transdüksiyon olaylarını minimize etmek için %15 transdüksiyon.
2. İnsan hedef hücrelerinin fare retrovirüs reseptörü Slc7a1 ile transduksiyonu
- Çoğu hücrenin transduklandığından emin olmak için enfeksiyon çokluğu (MOI) = 2 seçin. HDF'ler gibi transduksiyona dirençli hedef hücreler için daha yüksek bir MOI gerekecektir; hücrelerin çoğunluğunun transduksiyonunu sağlamak için viral süpernatantı yalnızca 1:2 oranında seyreltiriz.
- Hedef hücreleri, virüs ile hedef hücre arasındaki elektrostatik etkileşimi artırarak transduksiyonu yükselten 6 μg/ml PB içeren taze kültür ortamında seyreltilmiş viral süpernatant ile gece boyunca transdukle edin.1 Difüzyon, transduksiyon verimliliğinde sınırlayıcı bir faktör olduğundan, ideal olarak 35 mm'lik bir plaka için 1 ml gibi minimum bir virüs hacmi kullanılmalıdır.
- Slc7a1 reseptörünün yeterli ekspresyonunu sağlamak amacıyla, ekotropik virüs ile transdukleme yapmadan önce virüsü uzaklaştırıp hücreleri en az 48 saat daha kültürleyin.
- (Opsiyonel) İsteğe bağlı olarak, Slc7a1 eksprese eden stabil transduklanmış hücreleri seçmek için blastisidin kullanılabilir. Transduklanmamış tüm hedef hücreleri 7 gün içinde öldüren en düşük etkili konsantrasyonu (genellikle 2 – 10 μg/ml arası) belirlemek için önceden bir blastisidin öldürme eğrisi oluşturulmalıdır. Slc7a1 virüsünün uzaklaştırılmasından yaklaşık 2 gün sonra, transduklanmış hücreleri blastisidin içeren ortama geçirin. Hücreleri blastisidin içeren ortamda 7 gün boyunca kültürleyin; bu noktada geriye kalan tüm hücreler retrovirüs reseptörünü stabil olarak eksprese edecektir; böylece bu hücreler hem ekotropik virüs ile transdukle edilebilir hem de stabil Slc7a1 eksprese eden bir hat olarak gelecekteki kullanımlar için bankalara saklanabilir.
3. Toksisiteyi belirlemek için polimer kompleks titrasyonu
- 1. Gün. Hücreleri 96 kuyucuklu bir plakaya, her deneysel grup için en az üç tekrarlı kuyucuk bırakacak şekilde, kuyucuk başına 50 hücre olacak şekilde ekin. Sağlıklı hücreler için bir baz değer sağlamak amacıyla tam besiyerinde transdüksiyon yapılmamış hücreler ve kontrol olarak büyüme durmasını indüklemek için serumsuz besiyerindeki hücrelerden oluşan örnekler ekleyin. Paralel olarak, her deneysel koşuldaki transdüksiyon verimliliğinin mikroskobik veya FACS tabanlı analizi için hücreleri uygun bir formatta (örneğin 24 kuyucuklu plaka) ekin.
- 2. Gün. Hem MTT hem de FACS analizleri için hazırlanan plakalardaki hücreleri, hedef hücrelerin yaklaşık %40'ını transdükte etmek için 0,5 MOI değerinde GFP kodlayan virüs ile transdükte edin. Optimal miktarları belirlemek için farklı CS/PB konsantrasyonlarını (örneğin her bir bileşenden 50, 100, 20, 40, 60 ve 800 mg/ml) ve ayrıca 6 μg/ml PB'yi test edin. Polimer komplekslerini aşağıdaki Bölüm 4'te açıklandığı şekilde oluşturun.
- 3. Gün. Virüs içeren besiyerini uzaklaştırın ve taze besiyeri ile değiştirin. Plakaları nemlendirilmiş inkübatöre geri yerleştirin.
- 5. Gün. Her polimer konsantrasyonu ile transdüksiyon verimliliğini belirlemek için FACS plakasını analiz edin.
- 6. Gün. MTT plakasının tüm kuyucuklarındaki besiyerini uzaklaştırın ve 10 μl MTT çözeltisi (tam besiyerinde 1 mg/ml MTT) ile değiştirin. MTT'nin metabolik olarak aktif hücrelerin mitokondrilerinde indirgenmesini sağlamak için nemlendirilmiş inkübatörde üç saat boyunca kültüre edin.
- MTT çözeltisini uzaklaştırın ve 20 ml MTT çözücüsü (izopropanol içinde 0,1 N HCl, %0,1 Igepal CA-630) ile değiştirin.
- Oda sıcaklığında iki saat boyunca veya mor MTT formazan çökeleğinin tamamı çözülene kadar inkübe edin. Absorbansı bir mikroplaka okuyucuda 570 nm'de okuyun ve 690 nm'deki arka plan değerini çıkarın.
- FACS ile belirlenen maksimum transdüksiyon artışını sağlayan ve MTT ile belirlenen metabolik aktivite üzerinde minimum etkiye sahip olan optimal polimer konsantrasyonunu seçin. HDF'ler için, aşağıdaki Temsili Sonuçlarda gösterilen verilere dayanarak 10 μg/ml CS/PB seçtik.
4. Polimer komplekslemesi ile ekotropik transdüksiyon
- PB ve kondroitin sülfatın suda 20 mg/ml konsantrasyonda steril filtrelenmiş stok çözeltilerini hazırlayın. Alikotlayın ve -20°C'de saklayın.
- Viral supernatanı bir mikrosantrifüj tüpüne pipetleyin ve taze kültür besiyeri ile istenen nihai konsantrasyona (örneğin 2 MOI) seyreltin. PB ve kondroitin sülfatın (konsantrasyonları yukarıdaki 3. adımda belirlenmiştir) eşit hacimlerini sırayla ekleyin ve her eklemeden sonra karıştırmak için tüpü hafifçe vurun. Çökeltiler oluştukça viral karışım anında bulanıklaşacaktır. Kompleks oluşumuna izin vermek için viral karışımı oda sıcaklığında 5 dakika inkübe edin.
- Reseptör eksprese eden hedef hücrelerdeki besiyerini uzaklaştırın, yerine viral karışımı ekleyin ve 37°C'de, %5 CO2 ortamında gece boyunca inkübe edin. Viral karışımı uzaklaştırdıktan sonra, viral komplekslerin temizlenmesine yardımcı olmak için hücre yüzeyini iki kez PBS ile yıkayın. Tamamen uzaklaştırmak gerekli değildir; kalıntı polimer komplekslerin hücre sağlığı üzerinde herhangi bir olumsuz etkisine rastlamadık.
5. Ekotropik transdüksiyon özgüllüğünün doğrulanması
- Ekotropik virüs ilk kez üretildiğinde, güvenlik açısından virüsün modifiye edilmemiş insan hücrelerini transdükte edemediğinin doğrulanması yerinde olacaktır. İnsan hücrelerini, nispeten yüksek konsantrasyondaki ekotropik lentivirüs ile (viral süpernatantın taze besiyerinde sadece 1 ila 2 kat seyreltilmesiyle) gece boyunca 6 μg/ml PB veya optimize edilmiş CS/PB konsantrasyonu kullanarak transdükte edin.
- Virüs içeren besiyerini uzaklaştırın ve taze besiyeri ile değiştirin. Hücreleri 2 gün inkübe ettikten sonra, floresan vektörler kullanarak FACS ile ve/veya transgen-spesifik primerlerle RT-PCR yaparak transgen ekspresyonunu doğrulayın.
6. Temsili sonuçlar:
Şekil 1A lentivirüs üretim sürecini, Şekil 1B ise murin retrovirüs reseptörü Slc7a1 ile ön transdüksiyonu da içeren ekotropik lentivirüs ile insan hücrelerinin transdüksiyonunu göstermektedir. Virüs titrasyonu için, Slc7a1 ile stabil olarak transdükse edilmiş bir insan rabdomiyosarkom hücre hattı (Slc-hRMS) kullanıyoruz. Transdüksiyon verimliliğini izlemek için floresan kontrol vektörleri kullanıldığında, Şekil 2A ve 2B'de gösterildiği gibi, ekotropik virüs ile Slc-hRMS hücrelerinde rutin olarak > 90% transdüksiyon verimliliği elde ediyoruz. HDF'lerin transdüksiyon oranları, hücreler reseptör ekspresyonu için blastisidin ile seçilmediği için genellikle daha düşüktür (Şekil 2C). Ekotropik lentivirüs titreleri, Slc-hRMS üzerinde ölçüldüğünde genellikle VSV-psödotiplenmiş virüsün %10-20'si kadardır (Şekil 2D).
Bir dondur-çöz döngüsü, ekotropik virüsün titresini %3 - 16 oranında azaltır; bu değer, VSV-psödotiplenmiş virüsün tek bir dondur-çöz döngüsündeki titre kaybına eşittir (p > 0,05). Önceki raporların aksine,2 kuru buzda şok dondurmanın virüs titresi üzerinde herhangi bir pozitif etkisini gözlemlemedik. Aksine, virüs tüplerini sadece -80°C dondurucu (veriler gösterilmemiştir).
MTT canlılık testi, hedef hücrelerdeki büyüme duraksamasının hassas bir şekilde tespit edilmesini sağlar. Virüs ile birlikte 80 μg/ml'ye kadar olan CS/PB konsantrasyonları ile yapılan transdüksiyonun HDF metabolizması üzerinde herhangi bir etkisi yoktur (Şekil 3A). Hücrelerin virüs olmadan CS/PB'ye maruz kalmasının da toksik bir etkisi yoktur (veriler gösterilmemiştir). Virüs ve çeşitli CS/PB konsantrasyonları ile transdükte edilen HDF'lerin FACS analizi, tek başına PB ile karşılaştırıldığında transdüksiyonun arttığını göstermektedir (Şekil 3B). Maksimum artış, daha önce bildirilen değerlerden3 birkaç kat daha düşük olan 10 μg/ml CS/PB konsantrasyonunda gerçekleşmektedir (Şekil 3C). Bu nedenle, herhangi bir hedef hücre tipi için koşulların optimize edilmesi önemlidir.
CS/PB ile kompleksleşme, Slc-hRMS'de gözlemlenen titreyi yaklaşık 3 kat artır (Şek. 4A, p < 0.01). Pratikte bu durum, düşük virüs konsantrasyonlarında transdüksiyon verimliliği üzerinde yüksek konsantrasyonlara göre daha büyük bir etki yaratır (Şek. 4B); bu durum büyük olasılıkla yüksek virüs konsantrasyonlarındaki çoklu transdükse hücrelerden ve reseptör doygunluğundan kaynaklanmaktadır.
Ekotropik virüs ile transdüksiyon, fare retrovirüs reseptörü eksprese eden hücreler için özgüdür. Şekil 5A'da gösterildiği üzere, modifiye edilmemiş insan hücrelerine ekotropik virüs ile transdüksiyon uygulandığında, PB veya CS/PB kullanımıyla fark etmeksizin, transdükse edilmemiş arka plan seviyesinden daha yüksek bir floresans gözlemlenmemiştir. Mikroskobik olarak, HDF'ler reseptör yokluğunda transdüksiyon göstermezken (Şekil 5B), reseptör ile ön transdüksiyon yapılması floresan hücreler ile sonuçlanmaktadır (Şekil 5C).

Şekil 1. ... şematik görünümü (A) virüs üretim süreci ve (B) insan hücrelerinin önce fare retrovirüs reseptörüyle, ardından ekotropik lentivirüsle transduksiyonu.

Şekil 2. GFP kodlayan ekotropik lentivirüs ile insan hücrelerinin yüksek verimli transdüksiyonu. Hücreler, önceden fare retrovirüs reseptörü Slc7a1 ile transdükte edilmiştir. (A) Slc7a1 için blastisidin ile seçilmiş insan rabdomiyosarkom hücre hattı (Slc-hRMS), GFP ile transdukt edilmiş (mavi) veya transdukt edilmemiş (pembe). (B) Ekotropik olarak transdukt edilmiş Slc-hRMS'nin floresan mikrografı (4X). (C) ekotropik GFP lentivirüsü ile transdükte edilmiş (mavi) ve transdükte edilmemiş (pembe) HDF'ler; hücreler, ekotropik transdüksiyondan iki gün önce Slc7a1 ile transdükte edilmiştir. (D) Slc-hRMS üzerinde ölçülen VSV-G pseudotiplenmiş ve ekotropik lentivirüs titresi.

Şekil 3. İnsan dermal fibroblastlarında kondroitin sülfat/polibren (CS/PB) konsantrasyonlarının optimizasyonu. (A) Sadece PB varlığında veya farklı konsantrasyonlarda CS/PB ile transdüksiyon sonrası HDF'lerin canlılığının MTT analizi ile ölçümü. (B) FACS ile ölçülen, farklı CS/PB konsantrasyonları ile HDF'lerdeki transdüksiyon verimliliğinin artırılması. (C) Transdüksiyon artışının kantifikasyonu, maksimum transdüksiyonun şu noktada gerçekleştiğini göstermektedir: 100 μg/ml CS/PB.

Şekil 4. Etkisi 400 μg/ml ekotropik lentivirüs ile Slc-hRMS transdüksiyonu üzerine CS/PB. (A) Titre artırımı ve (B) ... ile karşılaştırıldığında transduksiyon hızındaki kat değişimi 6 μg/ml yalnızca polybrene.

Şekil 5. Murin retrovirüs reseptörü Slc7a1 yokluğunda HDF'lerin ekotropik transduksiyon eksikliği. (A) Reseptör Slc7a1'in yokluğunda, transdüksiyon yapılmamış (pembe) veya ekotropik GFP lentivirüsü ile transdüksiyon yapılmış (mavi) BJ insan fibroblastlarının FACS grafiği. Ekotropik GFP lentivirüsü ile transdüksiyon yapılmış BJ insan fibroblastları, ... olmadan (B) ve ile (C) reseptör Slc7a1 ile ön transdüksiyon (4X).