3DNA ile Nükleik Asit Yapıları analiz ve Yapı

Summary

3DNA yazılım paketi, analiz inşa ve üç boyutlu nükleik asit yapıları görselleştirmek için yetenekleri ile popüler ve çok yönlü biyoinformatik bir araçtır. Bu makale bireysel yapıları ve ilgili yapıların toplulukları hem de uygulanabilir 3DNA mevcut yeni ve popüler özellikler, bir alt kümesi için ayrıntılı protokoller sunar.

Abstract

3DNA yazılım paketi, analiz inşa ve üç boyutlu nükleik asit yapıları görselleştirmek için yetenekleri ile popüler ve çok yönlü biyoinformatik bir araçtır. Bu makale bireysel yapıları ve ilgili yapıların toplulukları hem de uygulanabilir 3DNA mevcut yeni ve popüler özellikler, bir alt kümesi için ayrıntılı protokoller sunar. Protokol 1 yazılımı indirmek ve kurmak için gerekli talimatları kümesini listeler. Bu baz çifti atama ve yapısını açıklamak katı cisim parametrelerin belirlenmesi de dahil olmak üzere bir nükleik asit yapısı, analiz edilmesi ile Protokol 2, olarak, takip ve Protokol 3, bir atom yeniden inşası bir açıklaması olduğunu onun katı cisim parametreleri bir yapı modeli. 3DNA, sürüm 2.1, en son sürümünü, nükleer manyetik rezonans (NMR) ölçümleri ve moleküler dinamik (MD çıkarılabilir gibi yapıların topluluklarından analiz ve manipülasyon için yeni özellikler vardır) Simülasyonları, bu özelliklere Protokoller 4 ve 5'te yer almaktadır. 3DNA tek başına yazılım paketi ek olarak, bulunan w3DNA web sunucusu, http://w3dna.rutgers.edu , yazılımın seçilen özellikleri kullanıcı dostu bir arayüz sağlar. Protokol 6 kullanıcı tarafından belirlenen yerlerde bağlı proteinler ile dekore uzun DNA moleküllerinin modelleri oluşturmak için sitenin bir roman özelliği göstermektedir.

Introduction

DNA, RNA ve proteinler, ilaçlar, ve diğer ligandlar ile kompleksleri, üç boyutlu yapıları anlamak onların çeşitli biyolojik fonksiyonları deşifre için çok önemlidir ve tedavi rasyonel tasarım izin verdiği için. Analizi (şekil ve etkileşim desenleri ayıklamak için), modelleme (enerji bilimi ve moleküler dinamik değerlendirmek için), ve görselleştirme: bu yapıların keşif üç ayrı, ama yakından ilişkili bileşenleri gerektirir. Yapısal analiz ve model oluşturma aynı madalyonun aslında iki yüzü ve görselleştirme her ikisi de tamamlar.

Bilgisayar programlarının 3DNA paketi üç boyutlu nükleik asit yapıları, analiz inşa ve görselleştirmek için yet....

Protocol

1. Yazılım Paketi montajı

1. De 3DNA web sitesine bağlanmak http://x3dna.org ve 3DNA Forum bağlantısını tıklayın. Forum içindeki 'kayıt' bağlantısını seçin ve yeni bir hesap oluşturmak için yönergeleri izleyin.
2. Varsayılan bir 'bash' kabuğu ile bir OS X tabanlı Macintosh bilgisayarda yazılım aşağıdaki yönergeleri ayrıntılı kurulum. Yaygın olarak kullanılan kabukları ('tcsh' dahil) ile Linux veya Windows (Cygwin, MinGW / MSYS) sistemleri için prosedür 3DNA Forum içinde bulunan.
3. Eğer bir kullanıcı adı ve parola kurduktan sonra, Forum oturum. Hoş Geldiniz bölümünde ve yeni ....

Results

3DNA yazılım araçları rutin nükleik asit yapıları analiz etmek için kullanılır. Örneğin, baz çiftlerinin kimlikleri ve DNA ve RNA yapılarının çift sarmal parçaları bazların düzenlemeleri karakterize katı cisim parametreler otomatik nükleik asit veritabanı ^22, dünya çapında bir depo her yeni giriş için hesaplanır ve saklanır nükleik asit yapısal bilgi. Protokol 2 ile belirlenen katı cisim parametrelerinin değerleri hali hazırda bulunan, bu tür büyük pozitif bir rulo açıları (64.95 ° ve 60.93 °) ile birlikte, ö.......

Discussion

Bu makalede sunulan protokoller kümesi sadece programların 3DNA paketinin yeteneklerini değinmek. Bu araçlar, vb gibi eşleştirme ortaya çıktığı, ikincil yapı bağlamında belirlemek için sarmal parçaları mekansal eğilim ölçmek için, zincir omurgası boyunca bazlar örtüşme ölçmek için, kurallı olmayan baz çifti tespit etmek yapıları RNA uygulanabilir Yeniden oluşturma komut, kullanıcının 1 Şekil ilave göründüğü üsleri ve baz çifti basit ve bilgilendirici blok gösterimleri oluşturmanıza olanak sağlar. Bina a.......