Etik Beyanı: Hayvan denekleri aşağıdaki prosedür Sağlık kurallar National Institutes uygun olarak yapılır ve Dana-Farber Kanser Kurumsal Hayvan Bakım ve Kullanım Kurulu tarafından kabul edildi. Bütün insan denekler çalışma Kurumsal Değerlendirme Kurulu gerektiğinde Tüm olguların elde olan aydınlatılmış onam Brigham ve Kadın Hastanesi ve Dana-Farber Kanser Enstitüsü, ve uygun kullanımı için Stanford Üniversitesi tarafından Komiteler, ve rıza gereksinimleri uygun feragat tarafından gözden geçirilmiştir minimal risk çalışmaları için elde edilmiştir.
Dilim Kültür Protokolü Timeline:

Beyin Tümörü / Organotipik Dilim Co-kültür Protokol'ün 1. Timeline Şekil. Bu rakam, tüm sekiz gün o kapsayan dilim kültür prosedürü zaman çizelgesi gösteriyorDeney ve prosedürün önemli adımlar f. Hücreler kaplama önce prosedür gün başlayan önemini vurgulamak amacıyla bir dilimin üzerine kaplama zaman çizelgesi Gün 0 göredir. Bu rakamın büyük halini görmek için lütfen buraya tıklayınız.
1. Diseksiyon Tampon
- 15 mM HEPES (1 M), 6.5mg / ml glükoz, 1.3 mM MgSO4 (1 M), 20 mM KCI (2M) ve% 1 penisilin / streptomisin içinde 1 x HBSS hazırlayın.
- NaOH ile 7.4'e pH ayarlayın.
- -20 ° C'de filtre saklayın.
2. Dilim Kültür Medya
- Neurobasal-A Orta eksi fenol kırmızı B-27,% 1 N2 takviyesi,% 1 penisilin / streptomisin,% 1 Glutamax ve 1,5 mg / ml Glukoz,% 2 hazırlayın.
- -20 ° C'de filtre saklayın. Gerektiğinde çözülme ve 4 ° C'de 1 hafta sonra atılır.
Not: Aşağıdaki prosedür üzerinde kadar yapılabilirdiseksiyon başlamadan önce e bir gün. - % 3 düşük ergime noktalı agaroz
Not: Aşağıdaki yordam diseksiyonu başlamadan önce bir gün kadar yapılabilir. - Gevşek kapaklı 25 saniye boyunca diseksiyon tamponu, mikrodalga ~ 31 ml agaroz 0.9 g düşük erime noktasına karıştırın. Eritilmiş ve yapana kadar mikrodalga emin karışım taşma yok.
- Kadar gerekli 55-65 ° C'de tutun.
Not: Aşağıdaki yordam diseksiyonu başlamadan önce bir gün kadar yapılabilir.
4. Kat Laminin Dilim Kültür Uçlar
Not: Aşağıdaki yordam diseksiyonu başlamadan önce bir gün kadar yapılabilir.
- Bir doku kültürü kaputu steril forseps kullanarak, bir 6 plaka her kuyuda bir dilim kültür insert yerleştirin (eğer elde etmek niyetinde dilim sayısını maç yaklaşık 12 bir prosedür alınabilir. Aşağıdaki yordam için yazılmıştır Altı dilim). 15 ml konik t doldurun 1x PBS ile Ube (800 ul / insert) ve laminin (10 ug / ml) ekleyin.
- Her dilim kültür ucun üstüne laminin karışımı 800 ul ekleyin. Gerekli olana kadar 37 ° C'de inkübe edilir.
Diseksiyon 5. Hazırlık
- Dilim kültür ortamı 1200 ul, 6 gözlü bir plakanın her bir oyuğuna doldurun. 1200 ul PBS ile Kullanılmayan kuyu doldurun ve PBS 1x 5 ml plakanın merkezi alanı doldurur. 37 ° C 'de, bu plaka saklayın.
- % 70 etanol içinde diseksiyon araçları sterilize edin. Yağ çıkarmak ve kullanmadan önce sterilize etmek aseton ile vibratome bıçağı silin.
- Üç adet 35 mm 2 yemekleri ve kaputu beş 10 cm 2 doku kültürü yemekleri yerleştirin. Buz üzerinde diseksiyon tamponu ve yeri ile bir adet 10 cm 2 çanak doldurun.
Not: Süreç seferinde bir yavrular.
6. Diseksiyon
Not: Süreç seferinde bir yavrular.
es / ftp_upload / 53304 / 53304fig2.jpg "/>
Şekil 2. Diseksiyon keser. Bu görüntüler bir P6 fare beyninden kafatasını kaldırmak için gerekli diseksiyon keser gösterir. Keser noktalı çizgiler olarak gösterilmiştir. (A) 1 gösterilmektedir kesin. Cuts 1 ve 2 çift taraflı her iki tarafta göz yuvasına bağlayan beyin / arka .. (B) 3 ve 4 gösterilmektedir Cuts yapılır. 3 1 ve 2. Cut 4 kesme 3 orta hat başlar ve koku ampuller arasındaki kafatası (Ölçek çubuğu = 4.4 mm) bölünmesi burun. Ucuna doğru devam diğer bağlantı Cuts bir göz çukurlarının yapılır kesilmiş Lütfen Bu rakamın büyük halini görmek için buraya tıklayın.
- Izofluran pozlama (% 100 izofluran) kullanılarak P6 fare anestezisi. Yaklaşık 5 dakika sonra yavaşlar, nefes alma ve solunum belirtisi yok olduğunda, hızlı bir şekilde başını kesmekkeskin bir makas ile fare. Bir doku kültürü çanağı içinde 70% etanol ve yer ile baş püskürtün.
- Kullanılarak büyük künt forseps burun kapma sürekli kafa tutun. Orta ölçekli diseksiyon makas kullanarak, kafatası ortaya çıkarmak için fazla deri kaldırın.
- Göz soketine kesim bağlayan her iki tarafta öne doğru kafatası posterior, bilateral kafatası keserek kesikler 1 ve 2 yapın. Doku hasarı önlemek için mümkün olduğunca kafatasına yakın makas ucu tutun.
- Kesim 3 için, kesikler 1 bağlamak için küçük yaylı makas kullanın ve 2. Sonra yavaşça kafatası kalkmasına küçük künt forseps kullanabilir.
- Küçük yaylı makas kullanarak, yavaşça geriye kalan kafatası 2 yarıları olur, öyle ki üst orta hat boyunca kalan kafatası kesti (Şekil 2 # kesti 4). Forseps iki koku ampuller ortaya çıkarmak için kafatasını soyulabilir.
- Düz yüzlü spatula yerleştirin (diseksiyon tamponu ile nemlendirilmiş, yani doku ona sopa olmaz) b arasındabeyin ve kafatası tabanında ottom, yavaşça beyin kaldırmak ve buz üzerinde diseksiyon tampon içeren çanak içine yerleştirin.
- Dilimleme için ikinci bir beyin elde etmek için 6. adımı tekrarlayın
7. Agaroz içinde Brains katıştırma
- Buz üzerinde açık 35 mm 2 yemekleri iki koyun ve% 70 etanol ile büyük künt forseps bir çift silin.
- Üst kubbe oluşana kadar iki tabaklara (adım 3'te hazırlanan) 3% düşük erime noktalı agaroz dökün. 3 dakika boyunca zamanlayıcıyı ayarlayın. 3 dakika bir agaroz dolu 35 mm çanak yan içine künt forseps ve yer ile tek beyin pick up (agaroz polimerizasyon görülebilir eğer, agaroz dolu kubbe jant dokunarak testi, hazır), daha sonra hareket çanak merkezine (o daha iyi bağlar, böylece bu beynin çevresinde aşırı diseksiyon tampon kaldırır).
- 2. beyin için tekrarlayın. 10 dakika için bir zamanlayıcı başlatın.
- 10 dakika sonra, arasındaki boşluğa düz spatula yerleştirinAgaroz ve çanak P6 beyinleri içeren polimerize agarozun dışarı pop.
- Kenarları mümkün olduğunca düz olduğundan emin olun, beynin etrafında bir küp içine agaroz kesmek için düz bir jilet kullanın.
- Iki şeritte vibratome plaka üzerinde yapıştırıcı yerleştirin. Ardından, agaroz monte beyni pick up ve hafifçe sagital dilimleri için konumlandırılmış yapıştırıcı, üzerine açılan. Diğer beynin için de yapın. Her iki beyinleri birbirlerine dizilmiş emin olun.
- 5-8 dakika boyunca, oda sıcaklığında yapışkan kurumaya bırakın. Bu süre boyunca, ezilmiş buz ve su ile vibratome buz tutucusu alanı doldurmak.
8. Vibratome ile dilimleme
- Yerine oturtmak için sağa sekmeyi hareketli, buz tutucu alana kesme rezervuar yerleştirin.
- Dairesel kafa tornavida kullanarak, üzerinde yapıştırılmış beyinleri ile dairesel Vibratome plaka almak ve rezervuar içine sığacak. Vida sürücüsünü kaldırın ve inci ile yerde plaka sabitlemeke altıgen baş tornavida. Plaka ve kesim rezervuar yerinde oturduğundan emin olun.
- Forseps, pikap vibratome bıçak, altıgen tornavida ile yerde kesme kafası, kilide uyar. Ardından, yuvarlak vida kullanılarak vibratome üzerine takılı bıçak kesme kafasını sabitleyin.
- Emin yaparken jilet (sadece veya üzeri) aynı yükseklikte, beyinleri mümkün olduğunca agaroz gömülü beyinleri olarak yakın jilet konumunu getirin. Bıçağı karşılamak için yeterli soğuk diseksiyon tamponu ile odasına doldurun.
- Basın ↕ düğmesine bir kez (Eğer bıçak ileri geri gidecek bu düğmeye sınırlarını tanımlar, bu yanıp görmelisiniz), ardından ve jilet agaroz blok temizler kadar elle gömülü beyin, serbest kesmek için "İleri" tuşunu basılı tutun. Hemen bu otomatik kesim için aralığın sonunu belirleyecek, yine ↕ düğmesine basın.
- Bir kez "TEK / CONT" düğmesine basın ve lCONT tarafından ight gitmeli. Kırpma ayarı olacaktır 4. Bu, 5.5-6'ya sıklığını ve hız titreşimli, 400-450 um kesme kalınlığını ayarlayın.
- Bir zamanlar "başlatma / durdurma" düğmesine basın ve otomatik kesim başlamalıdır. Basın "pause" gerektiği gibi, delikli kaşık kullanarak doku toplamak için. Bu orta hatta yakın ulaşmak için, yaklaşık 5-10 dakika sürer. Bu noktada, basın "pause" ve 3 hızını değiştirmek ve 200 mikron kalınlık değiştirin. Bu değişikliği yaptıktan sonra üretilen ilk dilim toplamak yok.
- 200 mikron kalınlığında istenilen dilim beyincik ile koku alma ampul güzel tanımlanmış olacaktır. Bunlar buz üzerinde diseksiyon tampon ile doldurulmuş 6 oyuklu plakalar halinde kesilip gibi arzu edilen her bir dilim aktarın. , Mümkün olduğunca küçük dokunmadan, dilim yüzer o oluklu kaşık üzerinde kare iken tampon dışarı çıkarın doku etrafında dilimleme odasında tampon hareket ettirerek bunu yapın. Tipik olarak yaklaşık 1İstenilen yapılarla 2 dilim toplanabilir. Dilimleri kadar 20 dakika boyunca buz üzerinde tampon kesme bırakılabilir.
- Dilimler buz üzerinde iken, ekler 37 ° C inkübatör laminin ile kaplanmış olan 6-plaka çıkar. Diseksiyon kaput ekler zarar vermemeye özen göstererek laminin atın. Her ucun üstüne dilim kültür ortamı 3,5 ml ekleyin. Ortamın üst kuyu içine dökülüp olmadan kubbe şekli oluşturacak.
9. Kaplama Uçlar üzerine Dilimler
- Oluklu kaşık aracını kullanarak, yavaşça dilim tam sokulmasına iterek, insert medya içine beyin dilim yerleştirin. Tüm dilimleri için tekrarlayın.
- Insertin üst kesit kültür ortamı 1 ml çizmek ve de alt içine dağıtmak için P1000 kullanın. Çıkarın ve beynin etrafında agaroz kenarları görünür slicebecome kadar fazla medya atın. Kalan dilimleri için bunu yapın.
- T Pick upO forseps, tilt ile jant ile yerleştirin ve aşırı ortamı çıkarın. Daha sonra, hızlı bir şekilde dilim kültür ortamı 1 ml içeren 35 mm 2 çanak içine ekleme aktarın. Streç / zarar dilim veya agaroz çok kenarında gözyaşı yaparsanız, o zaman agaroz dışında çekin kolay (zarında delik açmak için özen, doku etrafında agaroz kaldırmak için keskin forseps 2 çift kullanın iki taraf da). Sonra geri 6-plaka elemanını taşımak ve geri kalan dilimleri için tekrarlayın.
- Körük kapalı bir doku kültürü kaputu (kurumasını dilim önlemek için) her zardan agaroz parçaları kaldırmak.
- Aşama 5.1'de hazırlanan bir 6-yuvalı plakaya dilimleri aktarın ve 37 ° C 'de plaka saklayın. 24-48 saat boyunca inkübe dilimleri.
10. Dilim Kültür Medya değiştirme
- Taze 6 plaka ile adımı yineleyin 5.1.
- Körük kapalı bir doku kültürü kaputu, devam yeni 6-kuyucuğu ekler transferiTaze dilim medya Aining.
Dilim 11. Kaplama Tümör Hücreleri
- 2 dakika boyunca orta hızda Cm-DII boya ve spin sonikasyon.
- Spin tümör hücreleri 5 dk için 201 x g'de bindirme için kullanılır. Daha sonra dilim kültür ortamı 2 ml yeniden süspanse edin.
- Hücreler ve ortam 2 ml Cm-DII 7 ul ilave edin ve 20 dakika boyunca 37 ° C'de inkübe edin.
- Dilimleme medya 200 ul 5 dakika ve tekrar süspansiyon için 201 xg'de hücreleri aşağı doğru döndürün. Çiğnemek yavaşça (10-20 defa veya pelet bitene kadar) hücreleri ayırmak ve daha sonra 1000 ul toplam hacmi yapmak için medyayı dilimleme 800 ul ekleyin.
- Tripan mavi kullanarak canlı tümör hücreleri saymak. Hücreleri gibi aynı konsantrasyonda, tümör hücrelerine karşı, yeşil flüoresan mikro küreleri ekleyin. Bu atıl mikroküreler bir kontrol olarak görev yapacak. 5 dakika ve dilim kültür ortamı istenilen miktarda tekrar süspansiyon 201 xg'de hücre / Microsphere karışımı aşağı doğru döndürün. 6000 hücre yoğunluğunda Plaka hücre / sl65 ul hacminde buz. Dilim başına kaplama hücrelerin sayısı tercihi ve durumuna bağlı olarak artırılabilir.
- Doku kültürü kaputu dilim merkezi üzerine medya / dilim 65 ul hücreleri dağıtmak.
12. Görüntüleme ve Sabitleme
Not: Nikon Eclipse Ni C2si konfokal kırmızı ve yeşil floresan kanallı 4X de bütün sagital dilim büyük bir görüntü taraması almak için kullanılan dik. Tarama özelliği mevcut değilse, dilim boyunca birden çok görüntü sırayla alıp daha sonra (mikroküreler yerini ve gezinmek için dilimin kenarına kullanarak) Photoshop birlikte görüntüleri dikiş.
- Ertesi gün (gün 1 görüntüleme), 1 mi dilim kültür ortamı ile altı 35 mm2 tabaklar içine dilimlerini aktarın. Görüntü floresan dik mikroskop bir anda her dilim biri. Kırmızı ve yeşil floresan kanallı 4X de bütün sagital dilim bir büyük görüntü taraması atın. Lazer tutunve kazanç her dilim için aynı ayarları. Görüntüleme sonunda geri dilim taze ortam ihtiva eden bir 6-yuvalı plaka her dilim aktarın.
- EDU diğer proliferasyon markeri veya ilaç durumun eklenmesi isteniyorsa tedavi durum için hergün ortam değişiklikleri için kullanılacak bir ilaç ile bir dilim ortamının bir stoğunu yaratacak. Tedavi durumu (doğrudan Gün 1 görüntüleme sonra) aşama 12.1 olarak getirilmelidir. Herhangi EDU veya çoğalması işaretleyici medya da 12,1 başlayan eklenmiş ve (10 uM'de EDU'yu kullanın) her gün yenilenir edilmelidir.
- Görüntü yine Gün 7 Günü olarak 1 görüntüleri aynı ayarları kullanarak.
- Gün 7 görüntüleme işlemi tamamlandıktan sonra,% 4 paraformaldehit (PFA) ihtiva eden her bir göze 1,2 ml, 6 gözlü bir plakanın her bir dilim taşıyın. Dikkatle yavaş yavaş, her dilimin üstüne PFA ek 1 ml bırakın. 1 st için oda sıcaklığında bırakın.
- Her bir çukurdaki ve her dilim üst PFA çıkarın. PBS ile her bir kuyucuğa 3x yıkayın. PBS dilimleri MağazaLekelenme veya slaytlar üzerine monte edilmek üzere, 4 ° C.
Not: ImageJ ayarları, görüntü ve mikroskop kalitesi yanı sıra, tümör hücresi boyutu için hesap ayarlandı ve optimize edilmesi gerekebilir.
Görüntüler 13. Niceleme (ImageJ Kullanarak)
Not: ImageJ ayarları, görüntü ve mikroskop kalitesi yanı sıra, tümör hücresi boyutu için hesap ayarlandı ve optimize edilmesi gerekebilir.
- ImageJ, tüm dilim veya ölçmek istediğiniz bölgeyi anahat çokgen aracını kullanın. Eğer yeniden adlandırın ve kaydedebilirsiniz ROI yöneticisi bu seçimi ekleyin.
- Sağ seçilen alanın üzerine tıklayın ve yinelenen seçin. Bölge, dilim, gün bu yinelenen görüntü adlandırın. Basın CTL + Shift + E, ardından seçin Süreci anahat göstermek için - çıkarma arkaplan - Rolling topu Radius = 4.
- Arka plan çıkarma sonra, seçin "Görüntü" açılır menüsünden "ayarlayabilirsiniz.Özellik". Karanlık bir arka plan kontrol edin -; yakınlaştırma görüntüye bakmak ve eşiğini ayarlamak. Eğer eşik çubuğunu hareket ettirerek eşiğini ayarlamak üzere, tüm hücre / dahil vurgulanan ama (bir hücre veya daha küçük) enkaz son derece küçük noktalar dahil değildir sağlamak. Tüm görüntüler için aynı eşiği kullanın. Tarafına eşik penceresini taşıyın.
- Parçalı parçacıklar gibi Önizleme nokta seçimi, çıktı türü, alt eşiğin üstünde, kenar maxima hariç: "Maxima Find" 5 ile 10 arasında gürültü toleransı ayarlamak ve aşağıdakileri kontrol edin - "Süreç" seçeneğini seçin. Sonra CTL + Shift + E tuşlarına basarak ilgi bölgeyi yeniden seçin.
- Analiz açılan menüden "Parçacıklar Analiz" seçeneğini seçin. 4-40 piksel boyutu ve 0.00-1.00 kadar daireselliğe ayarlayın. Ayrıca "show bindirme hatlarını" "ekran sonuçlarını tıklayın" ve "ardından OK tuşuna basın" özetler.
- Tüm ham verileri ve Microsoft ofis belgesinde özeti kaydedin. Her bölge i için "Kont"kültürde hafta içinde katlık değişime hesaplamak için gerekli s.
- Eşik ve diğer ayarlar tutarlı kalmasını emin, tüm görüntülerin ve ilgi alanları için bu işlemi tekrarlayın.
- Benzer şekilde, 1. Günden dilim üzerinde hücrelerin sayısına göre Gün 7 dilim tümör hücrelerinin sayısına bölünmesiyle kültür hafta boyunca dilim hücre sayısındaki katlı değişim hesaplama her bir bölge içinde hücre sayısındaki katlı değişim Gün 1 bu bölgede hücrelerin sayısına göre Gün 7 bu bölgede hücrelerin sayısının bölünmesiyle hesaplanmaktadır.
- Yanı sıra mikroküreler için adım 13.8 gerçekleştirin. Dilim Microsphere numara Gün 1 (= 1 değişiklik katlayın) olduğu gibi Gün 7 aynı olmalıdır. Benzer şekilde, her bölgede Microsphere numarası Gün 1 (= 1 değişiklik katlayın) olduğu gibi Gün 7 aynı olmalıdır. Katlama değişiklik 1 farklıysa, bu zamanla dilim topografya değişiklikleri gösterir.
14. Boyama
- Bant th parafilm bir parçae lab tezgah ve (bir dilim boyutundan biraz daha büyük, her dilim için biri) bir sıvı bloker pap kalemle altı daireler çizin. Her dairenin ortasında bir nokta PBS yaklaşık 400 ul yerleştirin. Sayı her dilim tanımlamak için daireler etiket veya.
- 1 ml PBS içinde, dilim yaklaşık zarın bir boşluk bırakarak, dilim etrafında bir kare kesmek için bir traş makinesi bıçak kullanılır. Forseps ilk çemberin içine kesip dilim taşımak ve dikkatle PBS balonun üstünde dilim yatıyordu kullanma. Bu dilim kendi üzerine kat yok veya baş aşağı bu süreçte saygısız olsun emin olmak için gereklidir. Ardından, dilim altından PBS kaldırmak ve dilimin üstüne koydu ve batık kalır emin olmak için gerekirse daha fazla PBS ekleyin. Her dilim için bu adımı yineleyin.
- PBS içinde% 3 BSA, 10 ml sağlayın. 2 ml çıkartın ve ona digitonin 100 ul ekleyin. Karıştırın ve oda sıcaklığında 30 dakika bloke etmek ve nüfuz edilebilir kılınması için dilimler ekle.
Not: Böyle Tri gibi diğer permeabilization maddelerinin kullanımıtonluk X-100 CM-DII etiketleme kaybına neden olur. - Permeabilizasyon / bloke çözeltisi çıkarın ve 10 dakika boyunca PBS ile 3 kez yıkayın.
- EDU için boyama ise, karışımın monte kiti tarafından sağlanan yönergeleri izleyin. 45 dakika boyunca karışımın uygulanır. Diğer antikorlar ile lekeleme, protokol primer ve sekonder antikor konsantrasyonu (~ birincil ve ikincil 1 saat, oda sıcaklığı) için optimize edilmelidir. 10 dakika boyunca PBS ile 3 kez yıkayın.
- PBS içinde 1.000 5 dk RT: DAPI 1 ile Leke. PBS ile 2x durulayın.
15. Dilimler Montaj
- Bir mikroskop lamı dilim aktarın. Dilim membran tarafı yukarı bakacak kalır ve kendi üzerine kat olmadığından emin olun. Bir sıvı bloker pap kalem dilim etrafında bir sınır çizin.
- Dilim her iki tarafında, küçük bir cam lamel (5 mm) yerleştirilir (hasar görmesini dilim tutmak için). Üstündeki (imüno) Fluoromount-G, iki veya üç damla damladilim zar zor onu karşılamak için. Sonra dilim uzun lamel (24 x 50 mm) kapsamaktadır.
- Her dilim için tekrarlayın. 4 ° C'de oje ve mağaza ile slaytlar kenarları mühür. Boyanma konfokal görüntüleme yapın.